怎样检测一个基因组跟谁有过水平基因转移# Biology - 生物学
y*u
1 楼
为什么公司不愿意support Ｈ１Ｂ
请教大家一个问题，为什么很多公司不愿意这么做？公司需要提供什么信息吗？
一直在想自己出钱自己办为什么不可以？
谢谢大家解惑！
请教大家一个问题，为什么很多公司不愿意这么做？公司需要提供什么信息吗？
一直在想自己出钱自己办为什么不可以？
谢谢大家解惑！
t*z
2 楼
我现在需要学做比较基因组学的研究，检测我们的某个已知序列的细菌基因组，曾经跟
别的哪些基因组有过水平基因转移（HGT)。
我查了些资料，发现现有的方法，一是检测某个基因组中有哪些部分是外来的，但是不
能告诉你它们是哪来的，比如IslandViewer、Mauve等程序。二是对已知的一组数据（
比如十个细菌的基因组）构建网状的进化树，检测它们之间发生过什么遗传材料的交换
，比如SplitTree、PhyloNet等程序。
但是它们都不完全符合我的要求，因为它们无法从单独一个基因组出发，找到别的遗传
材料的提供者。我想要做的是知道它们和谁发生过水平基因转移，最好还要知道是什么
时候发生的（用进化分析来估算时间）。
不知现在有没有好的解决方法呢？谢谢大家赐教！祝新学期愉快
别的哪些基因组有过水平基因转移（HGT)。
我查了些资料，发现现有的方法，一是检测某个基因组中有哪些部分是外来的，但是不
能告诉你它们是哪来的，比如IslandViewer、Mauve等程序。二是对已知的一组数据（
比如十个细菌的基因组）构建网状的进化树，检测它们之间发生过什么遗传材料的交换
，比如SplitTree、PhyloNet等程序。
但是它们都不完全符合我的要求，因为它们无法从单独一个基因组出发，找到别的遗传
材料的提供者。我想要做的是知道它们和谁发生过水平基因转移，最好还要知道是什么
时候发生的（用进化分析来估算时间）。
不知现在有没有好的解决方法呢？谢谢大家赐教！祝新学期愉快
l*k
3 楼
因为有身份，有经验，没工作的都够他们挑的。
C*e
4 楼
up
我也想知道
我也想知道
y*u
5 楼
什么都自己做那公司也没什么麻烦的呀？
法律上有原因吗？
【在 l****k 的大作中提到】
: 因为有身份，有经验，没工作的都够他们挑的。
法律上有原因吗？
【在 l****k 的大作中提到】
: 因为有身份，有经验，没工作的都够他们挑的。
l*1
6 楼
RE LD
you can try
Monte Carlo simulations:
i.e.
Nucleic Acids Res. 2011 Nov;39(21):e144. Epub 2011 Sep 14.
Towards an accurate identification of mosaic genes and partial horizontal
gene transfers.
htp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21917854
full text link:
htp://www.info2.uqam.ca/~makarenkov_v/makarenv/Article_NAR_2011.pdf
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我现在需要学做比较基因组学的研究，检测我们的某个已知序列的细菌基因组，曾经跟
: 别的哪些基因组有过水平基因转移（HGT)。
: 我查了些资料，发现现有的方法，一是检测某个基因组中有哪些部分是外来的，但是不
: 能告诉你它们是哪来的，比如IslandViewer、Mauve等程序。二是对已知的一组数据（
: 比如十个细菌的基因组）构建网状的进化树，检测它们之间发生过什么遗传材料的交换
: ，比如SplitTree、PhyloNet等程序。
: 但是它们都不完全符合我的要求，因为它们无法从单独一个基因组出发，找到别的遗传
: 材料的提供者。我想要做的是知道它们和谁发生过水平基因转移，最好还要知道是什么
: 时候发生的（用进化分析来估算时间）。
: 不知现在有没有好的解决方法呢？谢谢大家赐教！祝新学期愉快
you can try
Monte Carlo simulations:
i.e.
Nucleic Acids Res. 2011 Nov;39(21):e144. Epub 2011 Sep 14.
Towards an accurate identification of mosaic genes and partial horizontal
gene transfers.
htp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21917854
full text link:
htp://www.info2.uqam.ca/~makarenkov_v/makarenv/Article_NAR_2011.pdf
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我现在需要学做比较基因组学的研究，检测我们的某个已知序列的细菌基因组，曾经跟
: 别的哪些基因组有过水平基因转移（HGT)。
: 我查了些资料，发现现有的方法，一是检测某个基因组中有哪些部分是外来的，但是不
: 能告诉你它们是哪来的，比如IslandViewer、Mauve等程序。二是对已知的一组数据（
: 比如十个细菌的基因组）构建网状的进化树，检测它们之间发生过什么遗传材料的交换
: ，比如SplitTree、PhyloNet等程序。
: 但是它们都不完全符合我的要求，因为它们无法从单独一个基因组出发，找到别的遗传
: 材料的提供者。我想要做的是知道它们和谁发生过水平基因转移，最好还要知道是什么
: 时候发生的（用进化分析来估算时间）。
: 不知现在有没有好的解决方法呢？谢谢大家赐教！祝新学期愉快
P*0
7 楼
挺麻烦的，要多付5，6千块钱不说，还要多等3，5个星期，还要跟移民局打交道。
【在 y***u 的大作中提到】
: 什么都自己做那公司也没什么麻烦的呀？
: 法律上有原因吗？
【在 y***u 的大作中提到】
: 什么都自己做那公司也没什么麻烦的呀？
: 法律上有原因吗？
K*4
8 楼
blast is enough.
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我现在需要学做比较基因组学的研究，检测我们的某个已知序列的细菌基因组，曾经跟
: 别的哪些基因组有过水平基因转移（HGT)。
: 我查了些资料，发现现有的方法，一是检测某个基因组中有哪些部分是外来的，但是不
: 能告诉你它们是哪来的，比如IslandViewer、Mauve等程序。二是对已知的一组数据（
: 比如十个细菌的基因组）构建网状的进化树，检测它们之间发生过什么遗传材料的交换
: ，比如SplitTree、PhyloNet等程序。
: 但是它们都不完全符合我的要求，因为它们无法从单独一个基因组出发，找到别的遗传
: 材料的提供者。我想要做的是知道它们和谁发生过水平基因转移，最好还要知道是什么
: 时候发生的（用进化分析来估算时间）。
: 不知现在有没有好的解决方法呢？谢谢大家赐教！祝新学期愉快
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我现在需要学做比较基因组学的研究，检测我们的某个已知序列的细菌基因组，曾经跟
: 别的哪些基因组有过水平基因转移（HGT)。
: 我查了些资料，发现现有的方法，一是检测某个基因组中有哪些部分是外来的，但是不
: 能告诉你它们是哪来的，比如IslandViewer、Mauve等程序。二是对已知的一组数据（
: 比如十个细菌的基因组）构建网状的进化树，检测它们之间发生过什么遗传材料的交换
: ，比如SplitTree、PhyloNet等程序。
: 但是它们都不完全符合我的要求，因为它们无法从单独一个基因组出发，找到别的遗传
: 材料的提供者。我想要做的是知道它们和谁发生过水平基因转移，最好还要知道是什么
: 时候发生的（用进化分析来估算时间）。
: 不知现在有没有好的解决方法呢？谢谢大家赐教！祝新学期愉快
y*u
9 楼
为什么要和移民局打交道？打些什么交道呢
【在 P******0 的大作中提到】
: 挺麻烦的，要多付5，6千块钱不说，还要多等3，5个星期，还要跟移民局打交道。
【在 P******0 的大作中提到】
: 挺麻烦的，要多付5，6千块钱不说，还要多等3，5个星期，还要跟移民局打交道。
y*n
10 楼
进化树方法提供的结果最接近你的问题。但从根本上说你无法确定HGT的提供者（有可
能灭绝了），但定位到某一进化分支是有可以的。
能灭绝了），但定位到某一进化分支是有可以的。
P*0
11 楼
递申请啊，给年报啊，disclose financial information,随时准备应付可能发生的CIS
临检，等等。
【在 y***u 的大作中提到】
: 为什么要和移民局打交道？打些什么交道呢
临检，等等。
【在 y***u 的大作中提到】
: 为什么要和移民局打交道？打些什么交道呢
t*z
12 楼
谢谢楼上各位的指点！我这些天也读了些别的东西。lotkaeuler11朋友提供的文章我在
学习了。祝大家过年愉快
学习了。祝大家过年愉快
l*1
13 楼
De rien.
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢楼上各位的指点！我这些天也读了些别的东西。lotkaeuler11朋友提供的文章我在
: 学习了。祝大家过年愉快
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢楼上各位的指点！我这些天也读了些别的东西。lotkaeuler11朋友提供的文章我在
: 学习了。祝大家过年愉快
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