c*e
2 楼
【 以下文字转载自 PDA 讨论区 】
发信人: colgate (colgate), 信区: PDA
标 题: 我的假冒Win8 pro板
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 20 22:39:34 2012, 美东)
在ipad上装了一个Splashtop Win8.然后连到台式机的windows8桌面。效果还可接受。
感觉点那些小按钮也不是太难啊。如果家里的wifi是高速的，应该感觉更好。
发信人: colgate (colgate), 信区: PDA
标 题: 我的假冒Win8 pro板
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 20 22:39:34 2012, 美东)
在ipad上装了一个Splashtop Win8.然后连到台式机的windows8桌面。效果还可接受。
感觉点那些小按钮也不是太难啊。如果家里的wifi是高速的，应该感觉更好。
h*r
3 楼
project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
结构。大概用什么步骤做这件事啊？
我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
道也看不出来。
我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
谢谢大家！到时一定发包子！
结构。大概用什么步骤做这件事啊？
我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
道也看不出来。
我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
谢谢大家！到时一定发包子！
s*t
4 楼
half year
【在 r***e 的大作中提到】
: 我同学,想过来玩,B1签证,一年多次往返.她现在想订往反机票.请问她回程最晚能订什
: 么时候的?半年?一年?
: 谢谢
【在 r***e 的大作中提到】
: 我同学,想过来玩,B1签证,一年多次往返.她现在想订往反机票.请问她回程最晚能订什
: 么时候的?半年?一年?
: 谢谢
F*u
5 楼
windows键怎么按？
【在 c*****e 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 PDA 讨论区 】
: 发信人: colgate (colgate), 信区: PDA
: 标 题: 我的假冒Win8 pro板
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 20 22:39:34 2012, 美东)
: 在ipad上装了一个Splashtop Win8.然后连到台式机的windows8桌面。效果还可接受。
: 感觉点那些小按钮也不是太难啊。如果家里的wifi是高速的，应该感觉更好。
【在 c*****e 的大作中提到】
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: 在ipad上装了一个Splashtop Win8.然后连到台式机的windows8桌面。效果还可接受。
: 感觉点那些小按钮也不是太难啊。如果家里的wifi是高速的，应该感觉更好。
h*e
6 楼
搭车同问啊
n*9
7 楼
open。
【在 r***e 的大作中提到】
: 我同学,想过来玩,B1签证,一年多次往返.她现在想订往反机票.请问她回程最晚能订什
: 么时候的?半年?一年?
: 谢谢
【在 r***e 的大作中提到】
: 我同学,想过来玩,B1签证,一年多次往返.她现在想订往反机票.请问她回程最晚能订什
: 么时候的?半年?一年?
: 谢谢
c*e
8 楼
app带的键盘有windows键, 也可以用手势调出windows键
windows键怎么按？
★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.52
【在 F*********u 的大作中提到】
: windows键怎么按？
windows键怎么按？
★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.52
【在 F*********u 的大作中提到】
: windows键怎么按？
l*1
9 楼
just try
//www.molmovdb.org/cgi-bin/morph.cgi?ID=538723-32748
//molmovdb.mbb.yale.edu/molmovdb/
others just go to
//dirac.cnrs-orleans.fr/DomainFinder/links.html
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
//www.molmovdb.org/cgi-bin/morph.cgi?ID=538723-32748
//molmovdb.mbb.yale.edu/molmovdb/
others just go to
//dirac.cnrs-orleans.fr/DomainFinder/links.html
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
r*e
10 楼
OPEN的机票太贵啦
是在如关时决定吗?跟父母探亲一样?
谢谢
是在如关时决定吗?跟父母探亲一样?
谢谢
F*u
11 楼
前者就算了，每次还得把键盘调出来
后面手势是怎么回事？
【在 c*****e 的大作中提到】
: app带的键盘有windows键, 也可以用手势调出windows键
:
: windows键怎么按？
: ★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.52
后面手势是怎么回事？
【在 c*****e 的大作中提到】
: app带的键盘有windows键, 也可以用手势调出windows键
:
: windows键怎么按？
: ★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.52
h*r
12 楼
Thanks LS!
Please check the BAOZI.
Please check the BAOZI.
S*8
13 楼
机票可以改吧。
【在 r***e 的大作中提到】
: OPEN的机票太贵啦
: 是在如关时决定吗?跟父母探亲一样?
: 谢谢
【在 r***e 的大作中提到】
: OPEN的机票太贵啦
: 是在如关时决定吗?跟父母探亲一样?
: 谢谢
c*e
14 楼
在屏幕右边界划一下。出来一个工具条，上面有windows键。虽不如物理键，也不算太
麻烦
前者就算了，每次还得把键盘调出来后面手势是怎么回事？
★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.52
【在 F*********u 的大作中提到】
: 前者就算了，每次还得把键盘调出来
: 后面手势是怎么回事？
麻烦
前者就算了，每次还得把键盘调出来后面手势是怎么回事？
★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.52
【在 F*********u 的大作中提到】
: 前者就算了，每次还得把键盘调出来
: 后面手势是怎么回事？
p*u
15 楼
个人觉得，如果底物改变太大，将会给酶活带来风险。尽管活性中心有保守的key 残基
用来催化反应，但未知的，尤其与中间态相关的难以确定。重新设计酶，最好根据3d重
新预测。该图pymol做的，很多的文章都不做引用了。
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
用来催化反应，但未知的，尤其与中间态相关的难以确定。重新设计酶，最好根据3d重
新预测。该图pymol做的，很多的文章都不做引用了。
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
l*1
16 楼
Re rien
three BAOZI got, Thank you.
BTW, plus one paper:
Predicting protein ligand binding motions with the Conformation Explorer
Flores, S.C. and Gerstein, M.B. (2011) BMC Bioinformatics, 12: 417 (Highly
Accessed).
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22032721
its corresponding author link:
//xray.bmc.uu.se/flores/Papers.html
【在 h**********r 的大作中提到】
: Thanks LS!
: Please check the BAOZI.
three BAOZI got, Thank you.
BTW, plus one paper:
Predicting protein ligand binding motions with the Conformation Explorer
Flores, S.C. and Gerstein, M.B. (2011) BMC Bioinformatics, 12: 417 (Highly
Accessed).
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22032721
its corresponding author link:
//xray.bmc.uu.se/flores/Papers.html
【在 h**********r 的大作中提到】
: Thanks LS!
: Please check the BAOZI.
l*1
17 楼
Your said is right
but now might we can refer below methods reported by
Swedish team and Yale Team:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22032721
corresponding author:
//xray.bmc.uu.se/flores/Papers.html
【在 p*****u 的大作中提到】
: 个人觉得，如果底物改变太大，将会给酶活带来风险。尽管活性中心有保守的key 残基
: 用来催化反应，但未知的，尤其与中间态相关的难以确定。重新设计酶，最好根据3d重
: 新预测。该图pymol做的，很多的文章都不做引用了。
but now might we can refer below methods reported by
Swedish team and Yale Team:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22032721
corresponding author:
//xray.bmc.uu.se/flores/Papers.html
【在 p*****u 的大作中提到】
: 个人觉得，如果底物改变太大，将会给酶活带来风险。尽管活性中心有保守的key 残基
: 用来催化反应，但未知的，尤其与中间态相关的难以确定。重新设计酶，最好根据3d重
: 新预测。该图pymol做的，很多的文章都不做引用了。
h*r
18 楼
认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
另外找个合作者是不是更靠谱呢？
多谢！
另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
有点唐：（
多谢多谢！
是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
另外找个合作者是不是更靠谱呢？
多谢！
另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
有点唐：（
多谢多谢！
l*1
19 楼
please refer below UK professor his CV:
//davapc1.bioch.dundee.ac.uk/new/cv.html
so not PhD of relative Biophysics you never can hope to fix this field by yourself.
You/or your boss can contact to him if you had project for collaboration.
//www.lifesci.dundee.ac.uk/people/daan-van-aalten
For
> 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
//davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
NB: it was built by above UK professor his team.
more other relative X-ray Structure biology analysis tools:
please go to
//xray.bmc.uu.se/hicup/MSE/
【在 h**********r 的大作中提到】
: 认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
: 是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
: 另外找个合作者是不是更靠谱呢？
: 多谢！
: 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
: 有点唐：（
: 多谢多谢！
//davapc1.bioch.dundee.ac.uk/new/cv.html
so not PhD of relative Biophysics you never can hope to fix this field by yourself.
You/or your boss can contact to him if you had project for collaboration.
//www.lifesci.dundee.ac.uk/people/daan-van-aalten
For
> 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
//davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
NB: it was built by above UK professor his team.
more other relative X-ray Structure biology analysis tools:
please go to
//xray.bmc.uu.se/hicup/MSE/
【在 h**********r 的大作中提到】
: 认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
: 是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
: 另外找个合作者是不是更靠谱呢？
: 多谢！
: 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
: 有点唐：（
: 多谢多谢！
K*4
20 楼
做点突变 ，测酶活性而已
不需要什么 计算
况且结构计算 已经没有人 相信了
连文章 都看不到了
往往蛋白质活性中心有 一组residues用于催化
同时还有 几个 residues用于 bind ligand.
所以你只要根据sequence／structure找到 这些 residues，做个突变就可以吧
【在 h**********r 的大作中提到】
: 认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
: 是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
: 另外找个合作者是不是更靠谱呢？
: 多谢！
: 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
: 有点唐：（
: 多谢多谢！
不需要什么 计算
况且结构计算 已经没有人 相信了
连文章 都看不到了
往往蛋白质活性中心有 一组residues用于催化
同时还有 几个 residues用于 bind ligand.
所以你只要根据sequence／structure找到 这些 residues，做个突变就可以吧
【在 h**********r 的大作中提到】
: 认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
: 是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
: 另外找个合作者是不是更靠谱呢？
: 多谢！
: 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
: 有点唐：（
: 多谢多谢！
s*y
21 楼
没有你想的那么难做，认真做一次就知道怎么回事了。
一般就是看看蛋白结构，猜那个残基在底物结合位置附近，然后就
乱突变一气，然后挑好的结果来发表，不好看的结果就不提了。
如果正好突变在和底物接触的位点，那很好解释，
如果不在接触位点，那就可能是改变了蛋白的局部结构，
很多时候预测的突变没有用，反而是一些好像没有关系的有用。
所以预测什么的，只能作为一个指导方向，不能太当真的
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
一般就是看看蛋白结构，猜那个残基在底物结合位置附近，然后就
乱突变一气，然后挑好的结果来发表，不好看的结果就不提了。
如果正好突变在和底物接触的位点，那很好解释，
如果不在接触位点，那就可能是改变了蛋白的局部结构，
很多时候预测的突变没有用，反而是一些好像没有关系的有用。
所以预测什么的，只能作为一个指导方向，不能太当真的
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
s*e
22 楼
严重同意，只要你筛选手段过关，敏感而且通量大，做起来远远超过模拟预测基础上的
设计速度。
【在 K**4 的大作中提到】
: 做点突变 ，测酶活性而已
: 不需要什么 计算
: 况且结构计算 已经没有人 相信了
: 连文章 都看不到了
: 往往蛋白质活性中心有 一组residues用于催化
: 同时还有 几个 residues用于 bind ligand.
: 所以你只要根据sequence／structure找到 这些 residues，做个突变就可以吧
设计速度。
【在 K**4 的大作中提到】
: 做点突变 ，测酶活性而已
: 不需要什么 计算
: 况且结构计算 已经没有人 相信了
: 连文章 都看不到了
: 往往蛋白质活性中心有 一组residues用于催化
: 同时还有 几个 residues用于 bind ligand.
: 所以你只要根据sequence／structure找到 这些 residues，做个突变就可以吧
h*r
23 楼
其实我有好的筛选方法。但是不甘心啊
多谢！
多谢！
o*u
24 楼
真心觉得这是偷懒的做法。
不是说你，是指目前的整个科研界。
说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
目前真正能做预测的只有DAVID BAKER。有很多号称搞结构预测的组其实都是噱头而已
，大多是有了结果然后用计算机模拟去解释一下。或者即使预测了一大堆突变，只有一
个运气好的能起点作用，发文章了事。就算是david本人，他的出发点也颇有些问题。
他的算法还是基于反应的transition state的。而从catalytic antibody的整体失败来
看，酶催化的本质可能并不符合这个经典Model。所以他的几个所谓计算机设计的酶，
其实还是要N轮的定向进化后才能用。Hellinga其实也有实力去做这个，但是他的
science撤稿以后，他的科研生涯已经基本宣告结束，现在听说靠卖仪器维持实验室的运
转了。
不过现在计算机越来越快，以前在计算中必须要忽略的东西，现在也可以做了，这个领
域很快会有大突破的。各个搞酶的公司已经开始组建自己的计算小组试水了，有心的可以关
注一下job market的动向。
从没发表的一些内部消息来看。我知道的最好的结果已经能做到30%左右预测成功率。大概2-3年
内会有一批新的s/n的文章出来。
要是你没有信心从头去把分子模拟，rosseta, yasara编程和计算化学，高等有机化学，
量子力学学一遍，那就按其他人建议的吧，随便做几千个突变，筛选一下好了。运气好
的话，也能出点东西。推荐你读一下F. Arnold, MT. Reetz的文章。
【在 s******y 的大作中提到】
: 没有你想的那么难做，认真做一次就知道怎么回事了。
: 一般就是看看蛋白结构，猜那个残基在底物结合位置附近，然后就
: 乱突变一气，然后挑好的结果来发表，不好看的结果就不提了。
: 如果正好突变在和底物接触的位点，那很好解释，
: 如果不在接触位点，那就可能是改变了蛋白的局部结构，
: 很多时候预测的突变没有用，反而是一些好像没有关系的有用。
: 所以预测什么的，只能作为一个指导方向，不能太当真的
不是说你，是指目前的整个科研界。
说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
目前真正能做预测的只有DAVID BAKER。有很多号称搞结构预测的组其实都是噱头而已
，大多是有了结果然后用计算机模拟去解释一下。或者即使预测了一大堆突变，只有一
个运气好的能起点作用，发文章了事。就算是david本人，他的出发点也颇有些问题。
他的算法还是基于反应的transition state的。而从catalytic antibody的整体失败来
看，酶催化的本质可能并不符合这个经典Model。所以他的几个所谓计算机设计的酶，
其实还是要N轮的定向进化后才能用。Hellinga其实也有实力去做这个，但是他的
science撤稿以后，他的科研生涯已经基本宣告结束，现在听说靠卖仪器维持实验室的运
转了。
不过现在计算机越来越快，以前在计算中必须要忽略的东西，现在也可以做了，这个领
域很快会有大突破的。各个搞酶的公司已经开始组建自己的计算小组试水了，有心的可以关
注一下job market的动向。
从没发表的一些内部消息来看。我知道的最好的结果已经能做到30%左右预测成功率。大概2-3年
内会有一批新的s/n的文章出来。
要是你没有信心从头去把分子模拟，rosseta, yasara编程和计算化学，高等有机化学，
量子力学学一遍，那就按其他人建议的吧，随便做几千个突变，筛选一下好了。运气好
的话，也能出点东西。推荐你读一下F. Arnold, MT. Reetz的文章。
【在 s******y 的大作中提到】
: 没有你想的那么难做，认真做一次就知道怎么回事了。
: 一般就是看看蛋白结构，猜那个残基在底物结合位置附近，然后就
: 乱突变一气，然后挑好的结果来发表，不好看的结果就不提了。
: 如果正好突变在和底物接触的位点，那很好解释，
: 如果不在接触位点，那就可能是改变了蛋白的局部结构，
: 很多时候预测的突变没有用，反而是一些好像没有关系的有用。
: 所以预测什么的，只能作为一个指导方向，不能太当真的
h*r
25 楼
Thanks!
F. Arnold读了许多。
结构这块儿我是handle不了的～～
也认识几个早期在stemmer的maxygen工作过的人～
F. Arnold读了许多。
结构这块儿我是handle不了的～～
也认识几个早期在stemmer的maxygen工作过的人～
l*1
26 楼
another mentor candidate: Andrew Karplus
recent papers:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19836332
//www.cgrb.oregonstate.edu/faculty/karplus
more his team papers:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=Search&db=pubmed&term=karplus%20pa%
5Bau%5D
or
HHMI PI Brian Matthews if he still no retired.
paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20095051
//www.hhmi.org/research/investigators/matthews.html
//www.molbio.uoregon.edu/facres/matthews.php
PS: Thanks so much to ouzhou (ouzhou) without his/her noted
//depts.washington.edu/bakerpg/drupal/biblio
plus PubMed relative articles searching
i never can get above both Niu Professors their web link.
------
[ 12 ]
发信人: ouzhou (ouzhou), 信区: Biology
标 题: Re: 问一个改变酶的底物特异性问题
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Feb 3 15:55:34 2012, 美东)
真心觉得这是偷懒的做法。
不是说你，是指目前的整个科研界。
说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
目前真正能做预测的只有DAVID BAKER
below ignored
【在 h**********r 的大作中提到】
: Thanks!
: F. Arnold读了许多。
: 结构这块儿我是handle不了的～～
: 也认识几个早期在stemmer的maxygen工作过的人～
recent papers:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19836332
//www.cgrb.oregonstate.edu/faculty/karplus
more his team papers:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=Search&db=pubmed&term=karplus%20pa%
5Bau%5D
or
HHMI PI Brian Matthews if he still no retired.
paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20095051
//www.hhmi.org/research/investigators/matthews.html
//www.molbio.uoregon.edu/facres/matthews.php
PS: Thanks so much to ouzhou (ouzhou) without his/her noted
//depts.washington.edu/bakerpg/drupal/biblio
plus PubMed relative articles searching
i never can get above both Niu Professors their web link.
------
[ 12 ]
发信人: ouzhou (ouzhou), 信区: Biology
标 题: Re: 问一个改变酶的底物特异性问题
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Feb 3 15:55:34 2012, 美东)
真心觉得这是偷懒的做法。
不是说你，是指目前的整个科研界。
说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
目前真正能做预测的只有DAVID BAKER
below ignored
【在 h**********r 的大作中提到】
: Thanks!
: F. Arnold读了许多。
: 结构这块儿我是handle不了的～～
: 也认识几个早期在stemmer的maxygen工作过的人～
l*1
27 楼
搞湿的In Vivo In vitro 水系的筛选的 目前尚不理解搞干的结晶 in vivo vitro X-
ray 数据解析筛选 也可能是一个新行当
361/N行吧? SHI YI Gong 行头within mainland China.
【在 h**********r 的大作中提到】
: 其实我有好的筛选方法。但是不甘心啊
: 多谢！
ray 数据解析筛选 也可能是一个新行当
361/N行吧? SHI YI Gong 行头within mainland China.
【在 h**********r 的大作中提到】
: 其实我有好的筛选方法。但是不甘心啊
: 多谢！
l*1
28 楼
YOU SURE?
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19906726
Berkholz DS, Krenesky PB, Davidson JR, Karplus PA.
Protein Geometry Database: a flexible engine to explore backbone
conformations and their relationships to covalent geometry.
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D320-5
【在 K**4 的大作中提到】
: 做点突变 ，测酶活性而已
: 不需要什么 计算
: 况且结构计算 已经没有人 相信了
: 连文章 都看不到了
: 往往蛋白质活性中心有 一组residues用于催化
: 同时还有 几个 residues用于 bind ligand.
: 所以你只要根据sequence／structure找到 这些 residues，做个突变就可以吧
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19906726
Berkholz DS, Krenesky PB, Davidson JR, Karplus PA.
Protein Geometry Database: a flexible engine to explore backbone
conformations and their relationships to covalent geometry.
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D320-5
【在 K**4 的大作中提到】
: 做点突变 ，测酶活性而已
: 不需要什么 计算
: 况且结构计算 已经没有人 相信了
: 连文章 都看不到了
: 往往蛋白质活性中心有 一组residues用于催化
: 同时还有 几个 residues用于 bind ligand.
: 所以你只要根据sequence／structure找到 这些 residues，做个突变就可以吧
h*r
29 楼
谢谢大家的讨论。其实对不同领域的人不能太苛求，当然严谨一点是必要的。像
protein engineering这样的工具对于很对领域都十分有用，可是由于“术业有专攻”
，又没办法弄得很透彻。和人合作吧，别人也不想沦为工具，而且怎么都没有自己掌握
来得顺手～～就像自家有个Wii，想啥时候打就啥时候打，不用看别人的脸色，也有个
沟通的问题～～你的左手挠不到我右手的痒哈
很多都这样～～
protein engineering这样的工具对于很对领域都十分有用，可是由于“术业有专攻”
，又没办法弄得很透彻。和人合作吧，别人也不想沦为工具，而且怎么都没有自己掌握
来得顺手～～就像自家有个Wii，想啥时候打就啥时候打，不用看别人的脸色，也有个
沟通的问题～～你的左手挠不到我右手的痒哈
很多都这样～～
l*1
30 楼
Exactly
not different fields, even same Systems Biology: microscopy System Biologist
almost does not
care Theory Modeling System Biologist what he/she did and reported and it is
almost no problem for his/her
career development.
【在 h**********r 的大作中提到】
: 谢谢大家的讨论。其实对不同领域的人不能太苛求，当然严谨一点是必要的。像
: protein engineering这样的工具对于很对领域都十分有用，可是由于“术业有专攻”
: ，又没办法弄得很透彻。和人合作吧，别人也不想沦为工具，而且怎么都没有自己掌握
: 来得顺手～～就像自家有个Wii，想啥时候打就啥时候打，不用看别人的脸色，也有个
: 沟通的问题～～你的左手挠不到我右手的痒哈
: 很多都这样～～
not different fields, even same Systems Biology: microscopy System Biologist
almost does not
care Theory Modeling System Biologist what he/she did and reported and it is
almost no problem for his/her
career development.
【在 h**********r 的大作中提到】
: 谢谢大家的讨论。其实对不同领域的人不能太苛求，当然严谨一点是必要的。像
: protein engineering这样的工具对于很对领域都十分有用，可是由于“术业有专攻”
: ，又没办法弄得很透彻。和人合作吧，别人也不想沦为工具，而且怎么都没有自己掌握
: 来得顺手～～就像自家有个Wii，想啥时候打就啥时候打，不用看别人的脸色，也有个
: 沟通的问题～～你的左手挠不到我右手的痒哈
: 很多都这样～～
p*u
31 楼
很多不是做计算的，老以为就是把软件玩一玩就行了。这种态度是不对的，然后做不出
来就说计算不可信。计算这领域的水很深，我个人认为，如果做酶方面的计算，没有量
子化学基础根本做不深。很多灌水的文章企图用分子力学去解释机制，我觉得这就根本
说不清。纵然通过大量突变可以得出某个结果，可仍然是费时费力，这就相当于算法里
的random search然后找到一个解。可人毕竟不是计算机阿。
针对 protein engineering，还是要有考虑的：
1. 选择的突变是针对对catalytic反应，还是针对 substrate binding，还是对于中间
态的稳定？
2. 突变对蛋白的stability有影响没？这属于物理化学的范畴吧。。。
3. 水分子在活性中心是否有作用，突变会不会造成水分子的侵入，或者其他极性基团
的侵入。
等等
并不是说计算没人相信了，真正让我们做生物的去做计算，恐怕光数学知识就得补一堆
。单单一个分子三维显示，说明不了什么。有一个量的东西在里面。目前做的较好的就
是QM/MM了，可是在QM里方法又不一。我看单纯从实验去阐明催化机理很难吧，倒是一
堆的假设推理。
来就说计算不可信。计算这领域的水很深，我个人认为，如果做酶方面的计算，没有量
子化学基础根本做不深。很多灌水的文章企图用分子力学去解释机制，我觉得这就根本
说不清。纵然通过大量突变可以得出某个结果，可仍然是费时费力，这就相当于算法里
的random search然后找到一个解。可人毕竟不是计算机阿。
针对 protein engineering，还是要有考虑的：
1. 选择的突变是针对对catalytic反应，还是针对 substrate binding，还是对于中间
态的稳定？
2. 突变对蛋白的stability有影响没？这属于物理化学的范畴吧。。。
3. 水分子在活性中心是否有作用，突变会不会造成水分子的侵入，或者其他极性基团
的侵入。
等等
并不是说计算没人相信了，真正让我们做生物的去做计算，恐怕光数学知识就得补一堆
。单单一个分子三维显示，说明不了什么。有一个量的东西在里面。目前做的较好的就
是QM/MM了，可是在QM里方法又不一。我看单纯从实验去阐明催化机理很难吧，倒是一
堆的假设推理。
K*4
32 楼
DAVID BAKER 是做 酶的全新设计的吧
至于结构预测，真给他几个序列，恐怕他还真handle不了
【在 o****u 的大作中提到】
: 真心觉得这是偷懒的做法。
: 不是说你，是指目前的整个科研界。
: 说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
: 生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
: 人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
: 目前真正能做预测的只有DAVID BAKER。有很多号称搞结构预测的组其实都是噱头而已
: ，大多是有了结果然后用计算机模拟去解释一下。或者即使预测了一大堆突变，只有一
: 个运气好的能起点作用，发文章了事。就算是david本人，他的出发点也颇有些问题。
: 他的算法还是基于反应的transition state的。而从catalytic antibody的整体失败来
: 看，酶催化的本质可能并不符合这个经典Model。所以他的几个所谓计算机设计的酶，
至于结构预测，真给他几个序列，恐怕他还真handle不了
【在 o****u 的大作中提到】
: 真心觉得这是偷懒的做法。
: 不是说你，是指目前的整个科研界。
: 说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
: 生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
: 人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
: 目前真正能做预测的只有DAVID BAKER。有很多号称搞结构预测的组其实都是噱头而已
: ，大多是有了结果然后用计算机模拟去解释一下。或者即使预测了一大堆突变，只有一
: 个运气好的能起点作用，发文章了事。就算是david本人，他的出发点也颇有些问题。
: 他的算法还是基于反应的transition state的。而从catalytic antibody的整体失败来
: 看，酶催化的本质可能并不符合这个经典Model。所以他的几个所谓计算机设计的酶，
l*1
33 楼
楼主 问题 解决了没?
若还没
DOCK 可以试一下这个 免费的 from UCSF:
//dock.compbio.ucsf.edu/
DOCK
DOCK addresses the problem of "docking" molecules to each other. It explores ways in which two
molecules, such as a drug and an enzyme or protein receptor, might fit together. Compounds which dock to
each other well, like pieces of a three-dimensional jigsaw puzzle, have the potential to bind. So, why is it
important to able to identify small molecules which may bind to a target macromolecule? A compound
which binds to a biological macromolecule may inhibit its function, and thus act as a drug
//mdi.ucsf.edu/software.html
//mdi.ucsf.edu/
//myweb.ncku.edu.tw/~wjcnmr/BT.HTM#P
//myweb.ncku.edu.tw/~wjcnmr/index.htm
NB: 从底 倒序 向上看 就知道如何遇到那个工具的啦 还是某台胞教授 的连接全面 啊
【在 h**********r 的大作中提到】
: 认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
: 是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
: 另外找个合作者是不是更靠谱呢？
: 多谢！
: 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
: 有点唐：（
: 多谢多谢！
若还没
DOCK 可以试一下这个 免费的 from UCSF:
//dock.compbio.ucsf.edu/
DOCK
DOCK addresses the problem of "docking" molecules to each other. It explores ways in which two
molecules, such as a drug and an enzyme or protein receptor, might fit together. Compounds which dock to
each other well, like pieces of a three-dimensional jigsaw puzzle, have the potential to bind. So, why is it
important to able to identify small molecules which may bind to a target macromolecule? A compound
which binds to a biological macromolecule may inhibit its function, and thus act as a drug
//mdi.ucsf.edu/software.html
//mdi.ucsf.edu/
//myweb.ncku.edu.tw/~wjcnmr/BT.HTM#P
//myweb.ncku.edu.tw/~wjcnmr/index.htm
NB: 从底 倒序 向上看 就知道如何遇到那个工具的啦 还是某台胞教授 的连接全面 啊
【在 h**********r 的大作中提到】
: 认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
: 是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
: 另外找个合作者是不是更靠谱呢？
: 多谢！
: 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
: 有点唐：（
: 多谢多谢！
h*r
34 楼
Thanks! I tried autodock from Scripps. Because I don't know 结构计算,量子化
学, 非常强大的物理基础，化学基础和编程能力, I cannot go deeply.
On the other hand, my designed screening method does work well. We are
writing a proposal and finding some collaborators from LANL, I'd like to
hear their opinion.
Thanks!
学, 非常强大的物理基础，化学基础和编程能力, I cannot go deeply.
On the other hand, my designed screening method does work well. We are
writing a proposal and finding some collaborators from LANL, I'd like to
hear their opinion.
Thanks!
g*p
35 楼
比较成功，有传承又有典型意义的是p450
http://research.chem.ox.ac.uk/luet-wong.aspx
印象里是可以商业应用了
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
http://research.chem.ox.ac.uk/luet-wong.aspx
印象里是可以商业应用了
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
g*p
36 楼
3-D结构预测严格的说
没人能做
真正能预测比较理想的也就是同源模建
DAVID BAKER弄得不错，主要是因为有想法，又能搞噱头
比如他发动大家打电子游戏弄model, 然后发篇nsb的文章
本身文章也就是biochemistry, jbc
不过他掺了游戏玩家打电子游戏的噱头，就对上nsb喜欢吸引观众眼球的一贯胃口了
另外从头设计新蛋白这块基本全是噱头
反正一堆民工天天做pcr，然后哪个测出点稀奇古怪的活性
就硬凹说是自己算法“算”出来的
这样一说估计要打击一大批人了，而且可能又打击一些人的积极性了
这不是说protein 从头design, 结构预测不好
东西是好的，只是现在的数理发展水平远远提供不了解决这么难问题的工具
再过个50、百把年再看吧
【在 o****u 的大作中提到】
: 真心觉得这是偷懒的做法。
: 不是说你，是指目前的整个科研界。
: 说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
: 生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
: 人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
: 目前真正能做预测的只有DAVID BAKER。有很多号称搞结构预测的组其实都是噱头而已
: ，大多是有了结果然后用计算机模拟去解释一下。或者即使预测了一大堆突变，只有一
: 个运气好的能起点作用，发文章了事。就算是david本人，他的出发点也颇有些问题。
: 他的算法还是基于反应的transition state的。而从catalytic antibody的整体失败来
: 看，酶催化的本质可能并不符合这个经典Model。所以他的几个所谓计算机设计的酶，
没人能做
真正能预测比较理想的也就是同源模建
DAVID BAKER弄得不错，主要是因为有想法，又能搞噱头
比如他发动大家打电子游戏弄model, 然后发篇nsb的文章
本身文章也就是biochemistry, jbc
不过他掺了游戏玩家打电子游戏的噱头，就对上nsb喜欢吸引观众眼球的一贯胃口了
另外从头设计新蛋白这块基本全是噱头
反正一堆民工天天做pcr，然后哪个测出点稀奇古怪的活性
就硬凹说是自己算法“算”出来的
这样一说估计要打击一大批人了，而且可能又打击一些人的积极性了
这不是说protein 从头design, 结构预测不好
东西是好的，只是现在的数理发展水平远远提供不了解决这么难问题的工具
再过个50、百把年再看吧
【在 o****u 的大作中提到】
: 真心觉得这是偷懒的做法。
: 不是说你，是指目前的整个科研界。
: 说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
: 生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
: 人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
: 目前真正能做预测的只有DAVID BAKER。有很多号称搞结构预测的组其实都是噱头而已
: ，大多是有了结果然后用计算机模拟去解释一下。或者即使预测了一大堆突变，只有一
: 个运气好的能起点作用，发文章了事。就算是david本人，他的出发点也颇有些问题。
: 他的算法还是基于反应的transition state的。而从catalytic antibody的整体失败来
: 看，酶催化的本质可能并不符合这个经典Model。所以他的几个所谓计算机设计的酶，
a*n
37 楼
用计算的方法设计蛋白遇到的问题不是理论问题, 而是计算能力问题
这个短时间内根本不会有突破
【在 p*****u 的大作中提到】
: 很多不是做计算的，老以为就是把软件玩一玩就行了。这种态度是不对的，然后做不出
: 来就说计算不可信。计算这领域的水很深，我个人认为，如果做酶方面的计算，没有量
: 子化学基础根本做不深。很多灌水的文章企图用分子力学去解释机制，我觉得这就根本
: 说不清。纵然通过大量突变可以得出某个结果，可仍然是费时费力，这就相当于算法里
: 的random search然后找到一个解。可人毕竟不是计算机阿。
: 针对 protein engineering，还是要有考虑的：
: 1. 选择的突变是针对对catalytic反应，还是针对 substrate binding，还是对于中间
: 态的稳定？
: 2. 突变对蛋白的stability有影响没？这属于物理化学的范畴吧。。。
: 3. 水分子在活性中心是否有作用，突变会不会造成水分子的侵入，或者其他极性基团
l*1
38 楼
De rien.
【在 h**********r 的大作中提到】
: Thanks! I tried autodock from Scripps. Because I don't know 结构计算,量子化
: 学, 非常强大的物理基础，化学基础和编程能力, I cannot go deeply.
: On the other hand, my designed screening method does work well. We are
: writing a proposal and finding some collaborators from LANL, I'd like to
: hear their opinion.
: Thanks!
:
【在 h**********r 的大作中提到】
: Thanks! I tried autodock from Scripps. Because I don't know 结构计算,量子化
: 学, 非常强大的物理基础，化学基础和编程能力, I cannot go deeply.
: On the other hand, my designed screening method does work well. We are
: writing a proposal and finding some collaborators from LANL, I'd like to
: hear their opinion.
: Thanks!
:
o*u
39 楼
深表同意。
现在能下载的软件，用去预测，基本没有用。包括david baker网上挂着的一堆rosetta
软件包。号称可以作什么抗体结合设计，docking什么的。你去试试，算一堆结果出来
，拿到实验室，９９％是没用的。
david baker的厉害甚至是里程碑的作用，在于他提供了rosetta这么一个开源平台。一
个基本的框架搭好了，你不用从零开始。但是针对每一个蛋白工程的目标。每一个酶反
应的机理都是大相径庭的。首先你要理解你的酶所催化的反应到底需要改进什么，也就
是peuapeu所说的是要针对中间态，还是底物结合的。这要求的是化学功底。知道你需
要什么了，你还得告诉rosetta反应的机理和所需要的计算。这要求的是编程功底。另
外突变对蛋白稳定性的影响，就是属于生物物理的范畴了。最后计算出来的结果，还是
要人工去直觉验证，大约有６０－７０％的预测都可以直接人工排除的，这要求的就是
多年理性蛋白质工程的经验。
我也同意计算最大的问题就是现阶段的计算机实在是太慢了。很多东西都必须要作简略
计算。比如蛋白质中的水分子，那么大的极性，对整个蛋白影响多大，但现在就基本没
法计算。要不就是彻底忽略，要不就是用个球来代替。因为每正确模拟一个水分子，哪
怕是每十度旋转计算一次，空间上也有36*36*36个构像。而一个酶里面有几十到几百个
水分子。要考虑进去的话，计算量就像天文数字一样的滚上去了。估计量子计算机出来
后，能解决这个问题。
另外呢。我觉得大家不要低估了计算机蛋白工程发展的速度。3年前，我也觉得这学科
没有５０－１００年不会靠谱。但现在至少在某些应用方面，未来５年－１０年内就会
开始趋于成熟。不要光看文章，公司里面的东西很多是不会发表的，尤其是酶设计这样
产业相关的方向。
【在 p*****u 的大作中提到】
: 很多不是做计算的，老以为就是把软件玩一玩就行了。这种态度是不对的，然后做不出
: 来就说计算不可信。计算这领域的水很深，我个人认为，如果做酶方面的计算，没有量
: 子化学基础根本做不深。很多灌水的文章企图用分子力学去解释机制，我觉得这就根本
: 说不清。纵然通过大量突变可以得出某个结果，可仍然是费时费力，这就相当于算法里
: 的random search然后找到一个解。可人毕竟不是计算机阿。
: 针对 protein engineering，还是要有考虑的：
: 1. 选择的突变是针对对catalytic反应，还是针对 substrate binding，还是对于中间
: 态的稳定？
: 2. 突变对蛋白的stability有影响没？这属于物理化学的范畴吧。。。
: 3. 水分子在活性中心是否有作用，突变会不会造成水分子的侵入，或者其他极性基团
现在能下载的软件，用去预测，基本没有用。包括david baker网上挂着的一堆rosetta
软件包。号称可以作什么抗体结合设计，docking什么的。你去试试，算一堆结果出来
，拿到实验室，９９％是没用的。
david baker的厉害甚至是里程碑的作用，在于他提供了rosetta这么一个开源平台。一
个基本的框架搭好了，你不用从零开始。但是针对每一个蛋白工程的目标。每一个酶反
应的机理都是大相径庭的。首先你要理解你的酶所催化的反应到底需要改进什么，也就
是peuapeu所说的是要针对中间态，还是底物结合的。这要求的是化学功底。知道你需
要什么了，你还得告诉rosetta反应的机理和所需要的计算。这要求的是编程功底。另
外突变对蛋白稳定性的影响，就是属于生物物理的范畴了。最后计算出来的结果，还是
要人工去直觉验证，大约有６０－７０％的预测都可以直接人工排除的，这要求的就是
多年理性蛋白质工程的经验。
我也同意计算最大的问题就是现阶段的计算机实在是太慢了。很多东西都必须要作简略
计算。比如蛋白质中的水分子，那么大的极性，对整个蛋白影响多大，但现在就基本没
法计算。要不就是彻底忽略，要不就是用个球来代替。因为每正确模拟一个水分子，哪
怕是每十度旋转计算一次，空间上也有36*36*36个构像。而一个酶里面有几十到几百个
水分子。要考虑进去的话，计算量就像天文数字一样的滚上去了。估计量子计算机出来
后，能解决这个问题。
另外呢。我觉得大家不要低估了计算机蛋白工程发展的速度。3年前，我也觉得这学科
没有５０－１００年不会靠谱。但现在至少在某些应用方面，未来５年－１０年内就会
开始趋于成熟。不要光看文章，公司里面的东西很多是不会发表的，尤其是酶设计这样
产业相关的方向。
【在 p*****u 的大作中提到】
: 很多不是做计算的，老以为就是把软件玩一玩就行了。这种态度是不对的，然后做不出
: 来就说计算不可信。计算这领域的水很深，我个人认为，如果做酶方面的计算，没有量
: 子化学基础根本做不深。很多灌水的文章企图用分子力学去解释机制，我觉得这就根本
: 说不清。纵然通过大量突变可以得出某个结果，可仍然是费时费力，这就相当于算法里
: 的random search然后找到一个解。可人毕竟不是计算机阿。
: 针对 protein engineering，还是要有考虑的：
: 1. 选择的突变是针对对catalytic反应，还是针对 substrate binding，还是对于中间
: 态的稳定？
: 2. 突变对蛋白的stability有影响没？这属于物理化学的范畴吧。。。
: 3. 水分子在活性中心是否有作用，突变会不会造成水分子的侵入，或者其他极性基团
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