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Barcode sequence 和index sequence，有何不同

Barcode sequence 和index sequence，有何不同# Biology - 生物学

v*a2016-04-26 07:04

1 楼

看到NGS Library 的制备方法里面
又是Barcode sequence ，又是index sequence
请问两者有何不同？
谢谢

s*r2016-04-26 07:04

2 楼

基本是同一个意思，barcode更广义一点，一般情况下可以简单点当他们一样

【在 v********a 的大作中提到】

: 看到NGS Library 的制备方法里面
: 又是Barcode sequence ，又是index sequence
: 请问两者有何不同？
: 谢谢

k*62016-04-26 07:04

3 楼

index是接头，miseq里面的i5，i7
barcode是一段序列，8bp或者10bp，区分样本

k*22016-04-26 07:04

4 楼

index是用来区分你的几个样品，比如你把10个样品混在一个lane里面测序（因为一个
lane的通量很大很大），又称multiplexing。
至于Barcode，比如你有100个5kb的长序列，你可以把他们分别和20bp的短序列相连，
然后通过看短序列的frequency变化反映长序列的frequency变化（这只是barcode
sequencing的一个例子，还有很多其他有趣的应用。这里需要barcode是因为你的长序
列太长了，sequencing没办法cover整个segment）。design primer的时候，两者的位
置会有不同。具体要看你要做什么问题~
呃，有点中英交杂，但是英文的部分是一般英文的用词，所以就没翻译过来啦~

k*22016-04-26 07:04

5 楼

这个是indexing的介绍
http://www.illumina.com/documents/products/datasheets/datasheet
不过貌似这种index也可以叫做barcode，参见
http://www.illumina.com/technology/next-generation-sequencing/m
那么也许barcode是更加广义的定义吧。
至于Barcode，如果想进一步了解，可以参考下面几篇paper
2009年的Quantitative phenotyping via deep barcode sequencing
2010年的Global fitness profiling of fission yeast deletion strains by
barcode sequencing
有兴趣的话这类文章有一大把~

v*a2016-04-26 07:04

6 楼

谢谢大家帮我扫盲