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Trp fluo quenching 的问题

Trp fluo quenching 的问题# Biology - 生物学

P*b2012-03-05 08:03

1 楼

Design a game: which transform a word to a target word. for example: from he
ad to tail, each step, you just can replace one character, and the word must
be valid.
这个题目咋解？感觉根edit distance不太一样啊？

S*i2012-03-05 08:03

2 楼

别的都出来了。１０天了，有点桌急

a*h2012-03-05 08:03

3 楼

最近在做一个有2个Trp 残基蛋白的Fluo spectrum（290nm激发，300-400nm的波普. 本
来想把两个Trp都给敲掉后做负对照用的，可是突变的蛋白纯化出来后发现还是有很高
的荧光信号(接近WT的水平，稍低），不知道这个正常么？从哪里可以找到Trp/蛋白的
intrinsic fluo的信息啊？先谢过了！

y*c2012-03-05 08:03

4 楼

BFS. In each iteration, add words that have one different character, have
not been visited and are valid, into the queue.

e*s2012-03-05 08:03

5 楼

你怎么测蛋白浓度的？

【在 a*****h 的大作中提到】

: 最近在做一个有2个Trp 残基蛋白的Fluo spectrum（290nm激发，300-400nm的波普. 本
: 来想把两个Trp都给敲掉后做负对照用的，可是突变的蛋白纯化出来后发现还是有很高
: 的荧光信号(接近WT的水平，稍低），不知道这个正常么？从哪里可以找到Trp/蛋白的
: intrinsic fluo的信息啊？先谢过了！

P*b2012-03-05 08:03

6 楼

不好意思，还是不太懂。
valid怎么判断？有个dictionary?
数据结构是图吗？

【在 y*c 的大作中提到】

: BFS. In each iteration, add words that have one different character, have
: not been visited and are valid, into the queue.

y*p2012-03-05 08:03

7 楼

是在变性条件下比较的吗？ Trp fluo和周围环境有关系的，这种情况是有可能的，特
别是tyr的背景高的话。

【在 a*****h 的大作中提到】

f*52012-03-05 08:03

8 楼

1.get all the words in dic which have the same length as target word
2.
create a two dimensions array,
a[i,j]=1 means word[i] can change to word[j] with only one letter
replaced.
3.then your issue changed to find whether there is a path from start word
to target word
use BFS to do it.

【在 P*******b 的大作中提到】

: 不好意思，还是不太懂。
: valid怎么判断？有个dictionary?
: 数据结构是图吗？

a*h2012-03-05 08:03

9 楼

谢谢了~
我根据A280 和 Theoretical Molar Extinction Coefficient 算的浓度，这个误差很
多么？不过我算浓度的时候没把那个差的分子量（Trp到Phe的分子量差）和
Theoretical Molar Extinction Coefficient算进去,我重新定量下再测下看吧：）

【在 e****s 的大作中提到】

: 你怎么测蛋白浓度的？

P*b2012-03-05 08:03

10 楼

thank you!
本质上graph的两个结点是否有通论。对吧。

【在 f*********5 的大作中提到】

: 1.get all the words in dic which have the same length as target word
: 2.
: create a two dimensions array,
: a[i,j]=1 means word[i] can change to word[j] with only one letter
: replaced.
: 3.then your issue changed to find whether there is a path from start word
: to target word
: use BFS to do it.

a*h2012-03-05 08:03

11 楼

先谢谢您的回复~
不是变性条件测的，是refold之后的条件下测的，蛋白里面除了2个Trp外（我给突变成
Phe了）还有4个Tyr残基，Tyr对290激发的Fluo光谱背景影响很大么？请问您知道从哪
里能找到关于这些氨基酸intrinsic fluo的信息啊，谢谢啦！

【在 y****p 的大作中提到】

: 是在变性条件下比较的吗？ Trp fluo和周围环境有关系的，这种情况是有可能的，特
: 别是tyr的背景高的话。

e*s2012-03-05 08:03

12 楼

你基本已经回答你自己的问题了。
A280同Trp荧光一样主要贡献来自Trp,你mutants里不含有Trp，自然摩尔吸光系数也极
大的下降了，而且这个下降和荧光下降是一致的。
所以你观察到的的突变荧光之所以高是由于实际蛋白浓度高了很多。我推测你突变荧光
图谱的Base line会比WT高很多。
用Bradford assay或者是去Protein claculator算下突变的摩尔吸光系数。建议
Bradford。
Good luck!

【在 a*****h 的大作中提到】

: 谢谢了~
: 我根据A280 和 Theoretical Molar Extinction Coefficient 算的浓度，这个误差很
: 多么？不过我算浓度的时候没把那个差的分子量（Trp到Phe的分子量差）和
: Theoretical Molar Extinction Coefficient算进去,我重新定量下再测下看吧：）

a*h2012-03-05 08:03

13 楼

谢谢了，今天正在测，等会儿看看结果再说:)

【在 e****s 的大作中提到】

: 你基本已经回答你自己的问题了。
: A280同Trp荧光一样主要贡献来自Trp,你mutants里不含有Trp，自然摩尔吸光系数也极
: 大的下降了，而且这个下降和荧光下降是一致的。
: 所以你观察到的的突变荧光之所以高是由于实际蛋白浓度高了很多。我推测你突变荧光
: 图谱的Base line会比WT高很多。
: 用Bradford assay或者是去Protein claculator算下突变的摩尔吸光系数。建议
: Bradford。
: Good luck!