n*7
2 楼
应该是htc amaze。比gs2强感觉。
d*p
3 楼
这几年一直在做高通量的shRNA筛选，感觉现有的产品有很大缺陷，想开发以下产品：
现在做功能研究比较快,能够进行高通量的就是knockdown and over-expression 这两
种方法。因此想做下面两类产品：
1， 覆盖全基因组的shRNA和siRNA， 每个基因两条， 每条的knockdown效率经过验证
，保证大于80%，提供蛋白水平的knockdown结果。
2， 覆盖全基因组的cDNA表达库，克隆每个基因的cDNA到Lenti-vector, 带上Barcode。
算了一下成本，用我的方法，大概5m 美元能够做完人和小鼠的这两个库，Broad现在也
在做，但是他们的方法效率太低，结果还非常不可靠，按他们的方法，50m都不够。
完成以后,
1. 可卖单个基因的产品，和市场上的公司竞争，全球市场大概有5亿美元左右的市场。
目前市场上的shRNA基本都是卖几个给你，不知道那个有用，有时候一个有用的都没有
，或者knockdown太低，看不到表型，需要自己花时间去验证。
2. 全基因组的knockdown 和over-expression library完成后，每个基因有两个经过验
证的shRNA, 还可同时进行over-expression screen, 即保证了screen的数量，又大幅
减小规模，比现在常用的一个基因5个没有经过验证的shRNA,好太多。因此可以卖sub-
library给做screen的， 还可提供全基因组screen服务。
3. 自己不卖，直接licence给大公司，这个有点亏，卖质粒和病毒的利润太高了。
完成整个产品预计要3年时间，但是可以边开发边卖，先完成重要的常用的基因。欢迎
大家提建议，拍砖也行。
现在做功能研究比较快,能够进行高通量的就是knockdown and over-expression 这两
种方法。因此想做下面两类产品：
1， 覆盖全基因组的shRNA和siRNA， 每个基因两条， 每条的knockdown效率经过验证
，保证大于80%，提供蛋白水平的knockdown结果。
2， 覆盖全基因组的cDNA表达库，克隆每个基因的cDNA到Lenti-vector, 带上Barcode。
算了一下成本，用我的方法，大概5m 美元能够做完人和小鼠的这两个库，Broad现在也
在做，但是他们的方法效率太低，结果还非常不可靠，按他们的方法，50m都不够。
完成以后,
1. 可卖单个基因的产品，和市场上的公司竞争，全球市场大概有5亿美元左右的市场。
目前市场上的shRNA基本都是卖几个给你，不知道那个有用，有时候一个有用的都没有
，或者knockdown太低，看不到表型，需要自己花时间去验证。
2. 全基因组的knockdown 和over-expression library完成后，每个基因有两个经过验
证的shRNA, 还可同时进行over-expression screen, 即保证了screen的数量，又大幅
减小规模，比现在常用的一个基因5个没有经过验证的shRNA,好太多。因此可以卖sub-
library给做screen的， 还可提供全基因组screen服务。
3. 自己不卖，直接licence给大公司，这个有点亏，卖质粒和病毒的利润太高了。
完成整个产品预计要3年时间，但是可以边开发边卖，先完成重要的常用的基因。欢迎
大家提建议，拍砖也行。
p*a
4 楼
不聪明能上清华？
a*x
5 楼
Qiagen, Dharmacon都有library了。很多大药厂也有自己内部的全gene library。别人
很难信任你的比他们好。
此外怎么保证>80%的knock-down?用qPCR做全基因可以不是5M可以搞定的。
很难信任你的比他们好。
此外怎么保证>80%的knock-down?用qPCR做全基因可以不是5M可以搞定的。
n*7
6 楼
加50分上的
【在 p********a 的大作中提到】
: 不聪明能上清华？
【在 p********a 的大作中提到】
: 不聪明能上清华？
d*p
7 楼
肯定不能用qqPCR了，除了成本， qPCR的试验结果本身就很大误差，所以我说是蛋白水
平80％， 技术没有问题。
Qiagen, Dharmacon这些地方的，就是没有验证的，买回来还要自己做qPCR的， 有的公
司说卖5个，保证至少一个大于70％，如果没有的话，再给你五个，就是这个保证而已
。
目前市场上有的library,没有那个经过验证的，基本是一个基因设计5－10个shrna, 而
且library内各个不同shrna的丰度差异很大，100倍的变化是很常见的，这样的library
来做筛选，要找几个有用的基因容易，要做系统的研究就难了，袁俊英为什么没有筛到
王晓东做的那个基因? 就是这些原因。
【在 a*****x 的大作中提到】
: Qiagen, Dharmacon都有library了。很多大药厂也有自己内部的全gene library。别人
: 很难信任你的比他们好。
: 此外怎么保证>80%的knock-down?用qPCR做全基因可以不是5M可以搞定的。
平80％， 技术没有问题。
Qiagen, Dharmacon这些地方的，就是没有验证的，买回来还要自己做qPCR的， 有的公
司说卖5个，保证至少一个大于70％，如果没有的话，再给你五个，就是这个保证而已
。
目前市场上有的library,没有那个经过验证的，基本是一个基因设计5－10个shrna, 而
且library内各个不同shrna的丰度差异很大，100倍的变化是很常见的，这样的library
来做筛选，要找几个有用的基因容易，要做系统的研究就难了，袁俊英为什么没有筛到
王晓东做的那个基因? 就是这些原因。
【在 a*****x 的大作中提到】
: Qiagen, Dharmacon都有library了。很多大药厂也有自己内部的全gene library。别人
: 很难信任你的比他们好。
: 此外怎么保证>80%的knock-down?用qPCR做全基因可以不是5M可以搞定的。
s*y
8 楼
嘿嘿，这是他的特色，不安静难道去飙高音?
h*y
9 楼
都没有cDNA lenti library吧
【在 a*****x 的大作中提到】
: Qiagen, Dharmacon都有library了。很多大药厂也有自己内部的全gene library。别人
: 很难信任你的比他们好。
: 此外怎么保证>80%的knock-down?用qPCR做全基因可以不是5M可以搞定的。
【在 a*****x 的大作中提到】
: Qiagen, Dharmacon都有library了。很多大药厂也有自己内部的全gene library。别人
: 很难信任你的比他们好。
: 此外怎么保证>80%的knock-down?用qPCR做全基因可以不是5M可以搞定的。
d*f
10 楼
这装逼犯得能飙高音才行啊
【在 s****a 的大作中提到】
: 李建还是很聪明的，等别人都去玄机飙高音的时候
: 自己平心静气地一首民谣，确实很打动人的。
【在 s****a 的大作中提到】
: 李建还是很聪明的，等别人都去玄机飙高音的时候
: 自己平心静气地一首民谣，确实很打动人的。
P*o
11 楼
哥啊，快点做出来吧，这些天快被傻x们发表的sequence 整疯了，也买了sigma号称
validated, 他娘的没一个好使
validated, 他娘的没一个好使
d*p
12 楼
哈哈，你给了我很大信心啊， 你要的是那个基因的？说不定我手头有好的sequence给
你。
【在 P****o 的大作中提到】
: 哥啊，快点做出来吧，这些天快被傻x们发表的sequence 整疯了，也买了sigma号称
: validated, 他娘的没一个好使
你。
【在 P****o 的大作中提到】
: 哥啊，快点做出来吧，这些天快被傻x们发表的sequence 整疯了，也买了sigma号称
: validated, 他娘的没一个好使
r*e
13 楼
能透露一下怎么保证蛋白水平80%吗？
我们从cellecta订了一个shRNA library，近期准备制病毒了。
如你所说，knockdown效率很难保证啊。
不方便的话，请站内信。
library
【在 d*p 的大作中提到】
: 肯定不能用qqPCR了，除了成本， qPCR的试验结果本身就很大误差，所以我说是蛋白水
: 平80％， 技术没有问题。
: Qiagen, Dharmacon这些地方的，就是没有验证的，买回来还要自己做qPCR的， 有的公
: 司说卖5个，保证至少一个大于70％，如果没有的话，再给你五个，就是这个保证而已
: 。
: 目前市场上有的library,没有那个经过验证的，基本是一个基因设计5－10个shrna, 而
: 且library内各个不同shrna的丰度差异很大，100倍的变化是很常见的，这样的library
: 来做筛选，要找几个有用的基因容易，要做系统的研究就难了，袁俊英为什么没有筛到
: 王晓东做的那个基因? 就是这些原因。
我们从cellecta订了一个shRNA library，近期准备制病毒了。
如你所说，knockdown效率很难保证啊。
不方便的话，请站内信。
library
【在 d*p 的大作中提到】
: 肯定不能用qqPCR了，除了成本， qPCR的试验结果本身就很大误差，所以我说是蛋白水
: 平80％， 技术没有问题。
: Qiagen, Dharmacon这些地方的，就是没有验证的，买回来还要自己做qPCR的， 有的公
: 司说卖5个，保证至少一个大于70％，如果没有的话，再给你五个，就是这个保证而已
: 。
: 目前市场上有的library,没有那个经过验证的，基本是一个基因设计5－10个shrna, 而
: 且library内各个不同shrna的丰度差异很大，100倍的变化是很常见的，这样的library
: 来做筛选，要找几个有用的基因容易，要做系统的研究就难了，袁俊英为什么没有筛到
: 王晓东做的那个基因? 就是这些原因。
d*p
14 楼
80％没那么容易做，我们准备是每个基因设计20个shrna，把最好的两个挑出来，如果
达不到80％，就设计更多的shrna，直到找到两个符合标准的。
【在 r***e 的大作中提到】
: 能透露一下怎么保证蛋白水平80%吗？
: 我们从cellecta订了一个shRNA library，近期准备制病毒了。
: 如你所说，knockdown效率很难保证啊。
: 不方便的话，请站内信。
:
: library
达不到80％，就设计更多的shrna，直到找到两个符合标准的。
【在 r***e 的大作中提到】
: 能透露一下怎么保证蛋白水平80%吗？
: 我们从cellecta订了一个shRNA library，近期准备制病毒了。
: 如你所说，knockdown效率很难保证啊。
: 不方便的话，请站内信。
:
: library
r*e
15 楼
每个基因20个shrna，工作量很大啊，谁来verify呢？免费分给需要的人呢，然后汇报结
果？
不过如果目的在于商业化的话，可以先做常用的基因。比如5000 cancer related gene
.
如果是每个单独设计，鉴定，最后如何pool，这也是个大问题。
我们买的是customized library，就是给他们一个lenti backbone,他们插入shRNA lib
rary。你的工艺能做吗？
【在 d*p 的大作中提到】
: 80％没那么容易做，我们准备是每个基因设计20个shrna，把最好的两个挑出来，如果
: 达不到80％，就设计更多的shrna，直到找到两个符合标准的。
果？
不过如果目的在于商业化的话，可以先做常用的基因。比如5000 cancer related gene
.
如果是每个单独设计，鉴定，最后如何pool，这也是个大问题。
我们买的是customized library，就是给他们一个lenti backbone,他们插入shRNA lib
rary。你的工艺能做吗？
【在 d*p 的大作中提到】
: 80％没那么容易做，我们准备是每个基因设计20个shrna，把最好的两个挑出来，如果
: 达不到80％，就设计更多的shrna，直到找到两个符合标准的。
d*p
16 楼
cellecta的library是市场上质量比较好的了，他们能做到library内单个shrna的丰度
差异在10倍内，我和他们的技术负责人有过比较深的沟通，knockdown的效率和那个公
司没有关系，大家都是按照相似的algorism设计的，互相之间差别不大，平均大概是设
计7个可以有2个大于60－70％，仍然只是平均，还有一部分基因得设计10个以上才能达
到这个效率。我们现在常用的方法就是把筛选出来的阳性基因，再设计10个新的shrna,
做2nd筛选，在这个基础上，如果一个基因有3个以上shrna，off target的可能性就非
常小了，你可以参考一下，当然构建新的library是需要技术的，我现在10ul的连接体
系，可以做到10万个克隆出来，自连的概率小于0.01％。
【在 r***e 的大作中提到】
: 能透露一下怎么保证蛋白水平80%吗？
: 我们从cellecta订了一个shRNA library，近期准备制病毒了。
: 如你所说，knockdown效率很难保证啊。
: 不方便的话，请站内信。
:
: library
差异在10倍内，我和他们的技术负责人有过比较深的沟通，knockdown的效率和那个公
司没有关系，大家都是按照相似的algorism设计的，互相之间差别不大，平均大概是设
计7个可以有2个大于60－70％，仍然只是平均，还有一部分基因得设计10个以上才能达
到这个效率。我们现在常用的方法就是把筛选出来的阳性基因，再设计10个新的shrna,
做2nd筛选，在这个基础上，如果一个基因有3个以上shrna，off target的可能性就非
常小了，你可以参考一下，当然构建新的library是需要技术的，我现在10ul的连接体
系，可以做到10万个克隆出来，自连的概率小于0.01％。
【在 r***e 的大作中提到】
: 能透露一下怎么保证蛋白水平80%吗？
: 我们从cellecta订了一个shRNA library，近期准备制病毒了。
: 如你所说，knockdown效率很难保证啊。
: 不方便的话，请站内信。
:
: library
d*p
17 楼
pool 比较简单了，机器能做好的，关键的还是verify. 我们计划是自己verify这20个
shrna, 把最好的拿出来，pool，也卖单个基因的。
报结
gene
lib
【在 r***e 的大作中提到】
: 每个基因20个shrna，工作量很大啊，谁来verify呢？免费分给需要的人呢，然后汇报结
: 果？
: 不过如果目的在于商业化的话，可以先做常用的基因。比如5000 cancer related gene
: .
: 如果是每个单独设计，鉴定，最后如何pool，这也是个大问题。
: 我们买的是customized library，就是给他们一个lenti backbone,他们插入shRNA lib
: rary。你的工艺能做吗？
shrna, 把最好的拿出来，pool，也卖单个基因的。
报结
gene
lib
【在 r***e 的大作中提到】
: 每个基因20个shrna，工作量很大啊，谁来verify呢？免费分给需要的人呢，然后汇报结
: 果？
: 不过如果目的在于商业化的话，可以先做常用的基因。比如5000 cancer related gene
: .
: 如果是每个单独设计，鉴定，最后如何pool，这也是个大问题。
: 我们买的是customized library，就是给他们一个lenti backbone,他们插入shRNA lib
: rary。你的工艺能做吗？
r*e
18 楼
谢谢你的解释。
我本人对怎么构建library的技术问题不懂，比如你说单个shrna的丰度我也是第一次听
说，我原以为每个shRNA的copy数都是一样的呢。
我有一系统很好的小鼠模型，想上一些shrna screen。所以如果你能在我的载体上插入
高质量的shRNA library，我非常想和你合作。当然目前你可能还没有现成的library s
equence。
方便的话，可以站内信或者电话聊聊。
shrna,
【在 d*p 的大作中提到】
: cellecta的library是市场上质量比较好的了，他们能做到library内单个shrna的丰度
: 差异在10倍内，我和他们的技术负责人有过比较深的沟通，knockdown的效率和那个公
: 司没有关系，大家都是按照相似的algorism设计的，互相之间差别不大，平均大概是设
: 计7个可以有2个大于60－70％，仍然只是平均，还有一部分基因得设计10个以上才能达
: 到这个效率。我们现在常用的方法就是把筛选出来的阳性基因，再设计10个新的shrna,
: 做2nd筛选，在这个基础上，如果一个基因有3个以上shrna，off target的可能性就非
: 常小了，你可以参考一下，当然构建新的library是需要技术的，我现在10ul的连接体
: 系，可以做到10万个克隆出来，自连的概率小于0.01％。
我本人对怎么构建library的技术问题不懂，比如你说单个shrna的丰度我也是第一次听
说，我原以为每个shRNA的copy数都是一样的呢。
我有一系统很好的小鼠模型，想上一些shrna screen。所以如果你能在我的载体上插入
高质量的shRNA library，我非常想和你合作。当然目前你可能还没有现成的library s
equence。
方便的话，可以站内信或者电话聊聊。
shrna,
【在 d*p 的大作中提到】
: cellecta的library是市场上质量比较好的了，他们能做到library内单个shrna的丰度
: 差异在10倍内，我和他们的技术负责人有过比较深的沟通，knockdown的效率和那个公
: 司没有关系，大家都是按照相似的algorism设计的，互相之间差别不大，平均大概是设
: 计7个可以有2个大于60－70％，仍然只是平均，还有一部分基因得设计10个以上才能达
: 到这个效率。我们现在常用的方法就是把筛选出来的阳性基因，再设计10个新的shrna,
: 做2nd筛选，在这个基础上，如果一个基因有3个以上shrna，off target的可能性就非
: 常小了，你可以参考一下，当然构建新的library是需要技术的，我现在10ul的连接体
: 系，可以做到10万个克隆出来，自连的概率小于0.01％。
d*p
19 楼
我手头上没有筛好了的sequence， 只有我自己在做的项目包括的一部分基因。 不过有
什么问题你可以问我，做screen的经验还是不少的。另外问你一个问题，能告诉我他们
给你的价格吗？
s
【在 r***e 的大作中提到】
: 谢谢你的解释。
: 我本人对怎么构建library的技术问题不懂，比如你说单个shrna的丰度我也是第一次听
: 说，我原以为每个shRNA的copy数都是一样的呢。
: 我有一系统很好的小鼠模型，想上一些shrna screen。所以如果你能在我的载体上插入
: 高质量的shRNA library，我非常想和你合作。当然目前你可能还没有现成的library s
: equence。
: 方便的话，可以站内信或者电话聊聊。
:
: shrna,
什么问题你可以问我，做screen的经验还是不少的。另外问你一个问题，能告诉我他们
给你的价格吗？
s
【在 r***e 的大作中提到】
: 谢谢你的解释。
: 我本人对怎么构建library的技术问题不懂，比如你说单个shrna的丰度我也是第一次听
: 说，我原以为每个shRNA的copy数都是一样的呢。
: 我有一系统很好的小鼠模型，想上一些shrna screen。所以如果你能在我的载体上插入
: 高质量的shRNA library，我非常想和你合作。当然目前你可能还没有现成的library s
: equence。
: 方便的话，可以站内信或者电话聊聊。
:
: shrna,
a*x
20 楼
难道是用pentamer? 这个成本也不小。而且siRNA或者shRNA的off-target effect是主
要问题。个人认为继续发展haploid cell比较有前途。已经做出human iPS的haploid
cell了。
library
【在 d*p 的大作中提到】
: 肯定不能用qqPCR了，除了成本， qPCR的试验结果本身就很大误差，所以我说是蛋白水
: 平80％， 技术没有问题。
: Qiagen, Dharmacon这些地方的，就是没有验证的，买回来还要自己做qPCR的， 有的公
: 司说卖5个，保证至少一个大于70％，如果没有的话，再给你五个，就是这个保证而已
: 。
: 目前市场上有的library,没有那个经过验证的，基本是一个基因设计5－10个shrna, 而
: 且library内各个不同shrna的丰度差异很大，100倍的变化是很常见的，这样的library
: 来做筛选，要找几个有用的基因容易，要做系统的研究就难了，袁俊英为什么没有筛到
: 王晓东做的那个基因? 就是这些原因。
要问题。个人认为继续发展haploid cell比较有前途。已经做出human iPS的haploid
cell了。
library
【在 d*p 的大作中提到】
: 肯定不能用qqPCR了，除了成本， qPCR的试验结果本身就很大误差，所以我说是蛋白水
: 平80％， 技术没有问题。
: Qiagen, Dharmacon这些地方的，就是没有验证的，买回来还要自己做qPCR的， 有的公
: 司说卖5个，保证至少一个大于70％，如果没有的话，再给你五个，就是这个保证而已
: 。
: 目前市场上有的library,没有那个经过验证的，基本是一个基因设计5－10个shrna, 而
: 且library内各个不同shrna的丰度差异很大，100倍的变化是很常见的，这样的library
: 来做筛选，要找几个有用的基因容易，要做系统的研究就难了，袁俊英为什么没有筛到
: 王晓东做的那个基因? 就是这些原因。
d*p
21 楼
为什么一个基因要做两个shrna,就是为了避免off target.
【在 a*****x 的大作中提到】
: 难道是用pentamer? 这个成本也不小。而且siRNA或者shRNA的off-target effect是主
: 要问题。个人认为继续发展haploid cell比较有前途。已经做出human iPS的haploid
: cell了。
:
: library
【在 a*****x 的大作中提到】
: 难道是用pentamer? 这个成本也不小。而且siRNA或者shRNA的off-target effect是主
: 要问题。个人认为继续发展haploid cell比较有前途。已经做出human iPS的haploid
: cell了。
:
: library
p*b
22 楼
我觉得如果这个能做出来的话市场还是很大的， 呵呵， 现在ShRNA 之类的需求太多了
，请问你蛋白水平用什么技术鉴定呢？ WESTERN BLOT吗？ 检测内源蛋白的话工作量
和成本就很大了。 可是如果是检测外源蛋白的话，能不能肯定在内源蛋白上也有相同
效果呢？
library
【在 d*p 的大作中提到】
: 肯定不能用qqPCR了，除了成本， qPCR的试验结果本身就很大误差，所以我说是蛋白水
: 平80％， 技术没有问题。
: Qiagen, Dharmacon这些地方的，就是没有验证的，买回来还要自己做qPCR的， 有的公
: 司说卖5个，保证至少一个大于70％，如果没有的话，再给你五个，就是这个保证而已
: 。
: 目前市场上有的library,没有那个经过验证的，基本是一个基因设计5－10个shrna, 而
: 且library内各个不同shrna的丰度差异很大，100倍的变化是很常见的，这样的library
: 来做筛选，要找几个有用的基因容易，要做系统的研究就难了，袁俊英为什么没有筛到
: 王晓东做的那个基因? 就是这些原因。
，请问你蛋白水平用什么技术鉴定呢？ WESTERN BLOT吗？ 检测内源蛋白的话工作量
和成本就很大了。 可是如果是检测外源蛋白的话，能不能肯定在内源蛋白上也有相同
效果呢？
library
【在 d*p 的大作中提到】
: 肯定不能用qqPCR了，除了成本， qPCR的试验结果本身就很大误差，所以我说是蛋白水
: 平80％， 技术没有问题。
: Qiagen, Dharmacon这些地方的，就是没有验证的，买回来还要自己做qPCR的， 有的公
: 司说卖5个，保证至少一个大于70％，如果没有的话，再给你五个，就是这个保证而已
: 。
: 目前市场上有的library,没有那个经过验证的，基本是一个基因设计5－10个shrna, 而
: 且library内各个不同shrna的丰度差异很大，100倍的变化是很常见的，这样的library
: 来做筛选，要找几个有用的基因容易，要做系统的研究就难了，袁俊英为什么没有筛到
: 王晓东做的那个基因? 就是这些原因。
S*s
23 楼
很多时候不是shRNA序列的问题
很多organelle localized的protein的turnover时间就是比较长。
即使mRNA knockdown了，蛋白降解还需要很长的时间。
另外跟cell line也有关系。
Barcode。
【在 d*p 的大作中提到】
: 这几年一直在做高通量的shRNA筛选，感觉现有的产品有很大缺陷，想开发以下产品：
: 现在做功能研究比较快,能够进行高通量的就是knockdown and over-expression 这两
: 种方法。因此想做下面两类产品：
: 1， 覆盖全基因组的shRNA和siRNA， 每个基因两条， 每条的knockdown效率经过验证
: ，保证大于80%，提供蛋白水平的knockdown结果。
: 2， 覆盖全基因组的cDNA表达库，克隆每个基因的cDNA到Lenti-vector, 带上Barcode。
: 算了一下成本，用我的方法，大概5m 美元能够做完人和小鼠的这两个库，Broad现在也
: 在做，但是他们的方法效率太低，结果还非常不可靠，按他们的方法，50m都不够。
: 完成以后,
: 1. 可卖单个基因的产品，和市场上的公司竞争，全球市场大概有5亿美元左右的市场。
很多organelle localized的protein的turnover时间就是比较长。
即使mRNA knockdown了，蛋白降解还需要很长的时间。
另外跟cell line也有关系。
Barcode。
【在 d*p 的大作中提到】
: 这几年一直在做高通量的shRNA筛选，感觉现有的产品有很大缺陷，想开发以下产品：
: 现在做功能研究比较快,能够进行高通量的就是knockdown and over-expression 这两
: 种方法。因此想做下面两类产品：
: 1， 覆盖全基因组的shRNA和siRNA， 每个基因两条， 每条的knockdown效率经过验证
: ，保证大于80%，提供蛋白水平的knockdown结果。
: 2， 覆盖全基因组的cDNA表达库，克隆每个基因的cDNA到Lenti-vector, 带上Barcode。
: 算了一下成本，用我的方法，大概5m 美元能够做完人和小鼠的这两个库，Broad现在也
: 在做，但是他们的方法效率太低，结果还非常不可靠，按他们的方法，50m都不够。
: 完成以后,
: 1. 可卖单个基因的产品，和市场上的公司竞争，全球市场大概有5亿美元左右的市场。
b*a
24 楼
如果你说的技术可行性很好，在美国根本不愁找不到投资者。如果大鼠和小鼠的都能够
搞定，市场绝对没有问题，你的老板应该很懂这些。
搞定，市场绝对没有问题，你的老板应该很懂这些。
d*p
25 楼
老板想的还是科研，筛几个好基因出来，拿funding, 上临床。另外涉及到具体的技术
，老板也不是很懂了。
没考虑大鼠是因为感觉市场不大，大鼠现在的应用比较广吗？
【在 b**********a 的大作中提到】
: 如果你说的技术可行性很好，在美国根本不愁找不到投资者。如果大鼠和小鼠的都能够
: 搞定，市场绝对没有问题，你的老板应该很懂这些。
，老板也不是很懂了。
没考虑大鼠是因为感觉市场不大，大鼠现在的应用比较广吗？
【在 b**********a 的大作中提到】
: 如果你说的技术可行性很好，在美国根本不愁找不到投资者。如果大鼠和小鼠的都能够
: 搞定，市场绝对没有问题，你的老板应该很懂这些。
r*e
26 楼
我们定的是5000个基因，每个基因5个shRNA，给200-500ug质粒，自己包装病毒。
价格好像是15K左右，不是我经手的，所以不清楚。
【在 d*p 的大作中提到】
: 我手头上没有筛好了的sequence， 只有我自己在做的项目包括的一部分基因。 不过有
: 什么问题你可以问我，做screen的经验还是不少的。另外问你一个问题，能告诉我他们
: 给你的价格吗？
:
: s
价格好像是15K左右，不是我经手的，所以不清楚。
【在 d*p 的大作中提到】
: 我手头上没有筛好了的sequence， 只有我自己在做的项目包括的一部分基因。 不过有
: 什么问题你可以问我，做screen的经验还是不少的。另外问你一个问题，能告诉我他们
: 给你的价格吗？
:
: s
s*t
27 楼
不是很懂，公司不是都有卖的了吗？
Barcode。
【在 d*p 的大作中提到】
: 这几年一直在做高通量的shRNA筛选，感觉现有的产品有很大缺陷，想开发以下产品：
: 现在做功能研究比较快,能够进行高通量的就是knockdown and over-expression 这两
: 种方法。因此想做下面两类产品：
: 1， 覆盖全基因组的shRNA和siRNA， 每个基因两条， 每条的knockdown效率经过验证
: ，保证大于80%，提供蛋白水平的knockdown结果。
: 2， 覆盖全基因组的cDNA表达库，克隆每个基因的cDNA到Lenti-vector, 带上Barcode。
: 算了一下成本，用我的方法，大概5m 美元能够做完人和小鼠的这两个库，Broad现在也
: 在做，但是他们的方法效率太低，结果还非常不可靠，按他们的方法，50m都不够。
: 完成以后,
: 1. 可卖单个基因的产品，和市场上的公司竞争，全球市场大概有5亿美元左右的市场。
Barcode。
【在 d*p 的大作中提到】
: 这几年一直在做高通量的shRNA筛选，感觉现有的产品有很大缺陷，想开发以下产品：
: 现在做功能研究比较快,能够进行高通量的就是knockdown and over-expression 这两
: 种方法。因此想做下面两类产品：
: 1， 覆盖全基因组的shRNA和siRNA， 每个基因两条， 每条的knockdown效率经过验证
: ，保证大于80%，提供蛋白水平的knockdown结果。
: 2， 覆盖全基因组的cDNA表达库，克隆每个基因的cDNA到Lenti-vector, 带上Barcode。
: 算了一下成本，用我的方法，大概5m 美元能够做完人和小鼠的这两个库，Broad现在也
: 在做，但是他们的方法效率太低，结果还非常不可靠，按他们的方法，50m都不够。
: 完成以后,
: 1. 可卖单个基因的产品，和市场上的公司竞争，全球市场大概有5亿美元左右的市场。
d*p
28 楼
正是由于市场上的质量不行，才有商机。
【在 s*********t 的大作中提到】
: 不是很懂，公司不是都有卖的了吗？
:
: Barcode。
【在 s*********t 的大作中提到】
: 不是很懂，公司不是都有卖的了吗？
:
: Barcode。
s*r
29 楼
外行问一句,怎么样检测有没有off target呢？一个细胞那么多基因，怎么检测其他非
目的基因有没有被knock down?多谢。
【在 d*p 的大作中提到】
: 为什么一个基因要做两个shrna,就是为了避免off target.
目的基因有没有被knock down?多谢。
【在 d*p 的大作中提到】
: 为什么一个基因要做两个shrna,就是为了避免off target.
d*p
30 楼
检测off target的技术目前还没有，或者说非常不完善，等我这个产品做出来了，到是
可以比较容易就能检测到off target的基因。
目前只有排除off target 的方法，就是target 同一个基因的多个shrna 出现同一个表
型，因为这多个shran中，每个target的序列是不一样的，因此即使出现off target,
也不会off target 同一个基因上面，所以出现相同的表型的概率就非常小了，当然这
个是不能避免同源基因的，也就是序列相似的基因。目前学界公认的就是，两个shrna
，表现出相同的表型，就能接受不是由于off target 造成的。
【在 s**********r 的大作中提到】
: 外行问一句,怎么样检测有没有off target呢？一个细胞那么多基因，怎么检测其他非
: 目的基因有没有被knock down?多谢。
可以比较容易就能检测到off target的基因。
目前只有排除off target 的方法，就是target 同一个基因的多个shrna 出现同一个表
型，因为这多个shran中，每个target的序列是不一样的，因此即使出现off target,
也不会off target 同一个基因上面，所以出现相同的表型的概率就非常小了，当然这
个是不能避免同源基因的，也就是序列相似的基因。目前学界公认的就是，两个shrna
，表现出相同的表型，就能接受不是由于off target 造成的。
【在 s**********r 的大作中提到】
: 外行问一句,怎么样检测有没有off target呢？一个细胞那么多基因，怎么检测其他非
: 目的基因有没有被knock down?多谢。
g*5
31 楼
唯一可靠的就是rescue试验...
兄弟你有可靠的lenti vector for cDNA吗？
装了一堆lenti质粒就没有一个能表达蛋白的...
shrna
【在 d*p 的大作中提到】
: 检测off target的技术目前还没有，或者说非常不完善，等我这个产品做出来了，到是
: 可以比较容易就能检测到off target的基因。
: 目前只有排除off target 的方法，就是target 同一个基因的多个shrna 出现同一个表
: 型，因为这多个shran中，每个target的序列是不一样的，因此即使出现off target,
: 也不会off target 同一个基因上面，所以出现相同的表型的概率就非常小了，当然这
: 个是不能避免同源基因的，也就是序列相似的基因。目前学界公认的就是，两个shrna
: ，表现出相同的表型，就能接受不是由于off target 造成的。
兄弟你有可靠的lenti vector for cDNA吗？
装了一堆lenti质粒就没有一个能表达蛋白的...
shrna
【在 d*p 的大作中提到】
: 检测off target的技术目前还没有，或者说非常不完善，等我这个产品做出来了，到是
: 可以比较容易就能检测到off target的基因。
: 目前只有排除off target 的方法，就是target 同一个基因的多个shrna 出现同一个表
: 型，因为这多个shran中，每个target的序列是不一样的，因此即使出现off target,
: 也不会off target 同一个基因上面，所以出现相同的表型的概率就非常小了，当然这
: 个是不能避免同源基因的，也就是序列相似的基因。目前学界公认的就是，两个shrna
: ，表现出相同的表型，就能接受不是由于off target 造成的。
s*g
32 楼
是啊,从QIAGEN买的SHRNA都是给五个不同的质粒的.
【在 d*p 的大作中提到】
: 为什么一个基因要做两个shrna,就是为了避免off target.
【在 d*p 的大作中提到】
: 为什么一个基因要做两个shrna,就是为了避免off target.
d*p
33 楼
rescue不是王道，根据我们自己和BROAD的经验，rescue不工作的几率非常高，原因有
，1，cDNA表达的量无法控制，很难做到恢复生理状态下的正常表达量，直接影响表型
，2，过量表达出现的表型，很多情况下不是和knockdown的相反，有时候甚至相同。3
，isoform, 4,转录调控导致的补偿。
我们用过systembio的pcdh,还可以。可以尝试几个不同的promoter.
【在 g*********5 的大作中提到】
: 唯一可靠的就是rescue试验...
: 兄弟你有可靠的lenti vector for cDNA吗？
: 装了一堆lenti质粒就没有一个能表达蛋白的...
:
: shrna
，1，cDNA表达的量无法控制，很难做到恢复生理状态下的正常表达量，直接影响表型
，2，过量表达出现的表型，很多情况下不是和knockdown的相反，有时候甚至相同。3
，isoform, 4,转录调控导致的补偿。
我们用过systembio的pcdh,还可以。可以尝试几个不同的promoter.
【在 g*********5 的大作中提到】
: 唯一可靠的就是rescue试验...
: 兄弟你有可靠的lenti vector for cDNA吗？
: 装了一堆lenti质粒就没有一个能表达蛋白的...
:
: shrna
a*x
34 楼
学界的标准是要能用slient mutant的cDNA rescue。而且比较严格必须要lentivirus
cDNA rescue, 因为cDNA plasmid copy 数过多会titrate out siRNA/shRNA.
作为screen两个validate好的shRNA是可以接受的。但我还是觉得validation不那么容
易。 而且现在大多都run pooled shRNA screen,然后再收细胞做deep sequencing。
一般的HTS还是用siRNA为主。
shrna
【在 d*p 的大作中提到】
: 检测off target的技术目前还没有，或者说非常不完善，等我这个产品做出来了，到是
: 可以比较容易就能检测到off target的基因。
: 目前只有排除off target 的方法，就是target 同一个基因的多个shrna 出现同一个表
: 型，因为这多个shran中，每个target的序列是不一样的，因此即使出现off target,
: 也不会off target 同一个基因上面，所以出现相同的表型的概率就非常小了，当然这
: 个是不能避免同源基因的，也就是序列相似的基因。目前学界公认的就是，两个shrna
: ，表现出相同的表型，就能接受不是由于off target 造成的。
cDNA rescue, 因为cDNA plasmid copy 数过多会titrate out siRNA/shRNA.
作为screen两个validate好的shRNA是可以接受的。但我还是觉得validation不那么容
易。 而且现在大多都run pooled shRNA screen,然后再收细胞做deep sequencing。
一般的HTS还是用siRNA为主。
shrna
【在 d*p 的大作中提到】
: 检测off target的技术目前还没有，或者说非常不完善，等我这个产品做出来了，到是
: 可以比较容易就能检测到off target的基因。
: 目前只有排除off target 的方法，就是target 同一个基因的多个shrna 出现同一个表
: 型，因为这多个shran中，每个target的序列是不一样的，因此即使出现off target,
: 也不会off target 同一个基因上面，所以出现相同的表型的概率就非常小了，当然这
: 个是不能避免同源基因的，也就是序列相似的基因。目前学界公认的就是，两个shrna
: ，表现出相同的表型，就能接受不是由于off target 造成的。
d*p
35 楼
你有没有确认Kozak sequence还在你的基因前面？
【在 g*********5 的大作中提到】
: 唯一可靠的就是rescue试验...
: 兄弟你有可靠的lenti vector for cDNA吗？
: 装了一堆lenti质粒就没有一个能表达蛋白的...
:
: shrna
【在 g*********5 的大作中提到】
: 唯一可靠的就是rescue试验...
: 兄弟你有可靠的lenti vector for cDNA吗？
: 装了一堆lenti质粒就没有一个能表达蛋白的...
:
: shrna
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