B*r
2 楼
首先大家要明确一个问题,夜空中一共有88个星座,而不是12个。有人要问了,为什么
平常说的都是12星座呢,那是因为黄道,也就是太阳经过的路径覆盖了12个星座。基本
上88个星座全部囊括了夜空中所见所有行星,而每一颗都是恒星。既然已经都确定了,
该怎么再创造一些新的呢?先来了解下这88个星座是怎么确立的,当然离不开古人丰富
的想象力,再加上以点带面的推理。比如看着几个星星组成的图案像个瓶子,就起个名
字叫做宝瓶座,(占卜学成为水瓶座);如果组成的图案向某种动物,就以动物的名字
命名,比如狮子座,大熊座和猎犬座等。知道了这些,我们自己怎么创造呢?首先忘掉
已有的那些星座,直接抬头仰望头顶的星空,发挥自己超强的想象力,找到自己喜欢的
图案,然后赋予其名称。可以送给女票做礼物哦,或者送给自己提醒自己在忙也不忘善
待自己。需要提醒的是,好的观星地点必须远离城市灯光干扰,外出的时候一定要注意
安全,最好是和好友同行,相互好有个照应。
平常说的都是12星座呢,那是因为黄道,也就是太阳经过的路径覆盖了12个星座。基本
上88个星座全部囊括了夜空中所见所有行星,而每一颗都是恒星。既然已经都确定了,
该怎么再创造一些新的呢?先来了解下这88个星座是怎么确立的,当然离不开古人丰富
的想象力,再加上以点带面的推理。比如看着几个星星组成的图案像个瓶子,就起个名
字叫做宝瓶座,(占卜学成为水瓶座);如果组成的图案向某种动物,就以动物的名字
命名,比如狮子座,大熊座和猎犬座等。知道了这些,我们自己怎么创造呢?首先忘掉
已有的那些星座,直接抬头仰望头顶的星空,发挥自己超强的想象力,找到自己喜欢的
图案,然后赋予其名称。可以送给女票做礼物哦,或者送给自己提醒自己在忙也不忘善
待自己。需要提醒的是,好的观星地点必须远离城市灯光干扰,外出的时候一定要注意
安全,最好是和好友同行,相互好有个照应。
g*n
3 楼
我的文章大体上是证明一个蛋白(A)down regulate另一个比较热门的tumor
suppressor (B)(之前没有报道过),先在线虫里面做,然后延伸到cancer cell line
里面也是一致。工作量不大,不是海量的数据。
总的来说就是线虫里面A的mutant里面见到B增加(western和immunostaining),然后B
的mutant可以suppress A的phenotype。还有过表达B也可以suppress由于过表达A造成
的相反的phenotype。在cancer cell line里面,过表达A的homolog,发现B的homolog
减少,siRNA knockdown A发现B增多。如果增加A上游的ligand,发现B显著减少,如果
knockdown A之后再增加同样的ligand就没有那么显著的效果。另外证明了A和B可以结
合,也narrow down了binding region (通过GST pull down,但不是co-IP)。还证明
了A可以磷酸化B (这里用的是人的homolog,因为线虫的A没有活性)。
基本结果就是这些了,A和B都算是比较热门的基因。
请问大家觉得投哪里比较合适?
我自己的想法是先试一下Science,如果不行的话就投Dev Cell或者Mol Cell。老板觉
得可以改投PNAS或者Current Biology。
我现在是博士最后一年,所以没时间再去补大的实验了。
先谢谢大家的建议!
suppressor (B)(之前没有报道过),先在线虫里面做,然后延伸到cancer cell line
里面也是一致。工作量不大,不是海量的数据。
总的来说就是线虫里面A的mutant里面见到B增加(western和immunostaining),然后B
的mutant可以suppress A的phenotype。还有过表达B也可以suppress由于过表达A造成
的相反的phenotype。在cancer cell line里面,过表达A的homolog,发现B的homolog
减少,siRNA knockdown A发现B增多。如果增加A上游的ligand,发现B显著减少,如果
knockdown A之后再增加同样的ligand就没有那么显著的效果。另外证明了A和B可以结
合,也narrow down了binding region (通过GST pull down,但不是co-IP)。还证明
了A可以磷酸化B (这里用的是人的homolog,因为线虫的A没有活性)。
基本结果就是这些了,A和B都算是比较热门的基因。
请问大家觉得投哪里比较合适?
我自己的想法是先试一下Science,如果不行的话就投Dev Cell或者Mol Cell。老板觉
得可以改投PNAS或者Current Biology。
我现在是博士最后一年,所以没时间再去补大的实验了。
先谢谢大家的建议!
a*x
5 楼
如果只是level变化加这些不完全的mechanism不够CNS。需要either phenotype or
thorough mechanism.个人认为phenotype(比如老鼠肿瘤抑制)机会更大一些。
line
后B
homolog
【在 g*****n 的大作中提到】
: 我的文章大体上是证明一个蛋白(A)down regulate另一个比较热门的tumor
: suppressor (B)(之前没有报道过),先在线虫里面做,然后延伸到cancer cell line
: 里面也是一致。工作量不大,不是海量的数据。
: 总的来说就是线虫里面A的mutant里面见到B增加(western和immunostaining),然后B
: 的mutant可以suppress A的phenotype。还有过表达B也可以suppress由于过表达A造成
: 的相反的phenotype。在cancer cell line里面,过表达A的homolog,发现B的homolog
: 减少,siRNA knockdown A发现B增多。如果增加A上游的ligand,发现B显著减少,如果
: knockdown A之后再增加同样的ligand就没有那么显著的效果。另外证明了A和B可以结
: 合,也narrow down了binding region (通过GST pull down,但不是co-IP)。还证明
: 了A可以磷酸化B (这里用的是人的homolog,因为线虫的A没有活性)。
thorough mechanism.个人认为phenotype(比如老鼠肿瘤抑制)机会更大一些。
line
后B
homolog
【在 g*****n 的大作中提到】
: 我的文章大体上是证明一个蛋白(A)down regulate另一个比较热门的tumor
: suppressor (B)(之前没有报道过),先在线虫里面做,然后延伸到cancer cell line
: 里面也是一致。工作量不大,不是海量的数据。
: 总的来说就是线虫里面A的mutant里面见到B增加(western和immunostaining),然后B
: 的mutant可以suppress A的phenotype。还有过表达B也可以suppress由于过表达A造成
: 的相反的phenotype。在cancer cell line里面,过表达A的homolog,发现B的homolog
: 减少,siRNA knockdown A发现B增多。如果增加A上游的ligand,发现B显著减少,如果
: knockdown A之后再增加同样的ligand就没有那么显著的效果。另外证明了A和B可以结
: 合,也narrow down了binding region (通过GST pull down,但不是co-IP)。还证明
: 了A可以磷酸化B (这里用的是人的homolog,因为线虫的A没有活性)。
p*a
6 楼
年底前,包子?
O*e
7 楼
听你老板的。这些结果离着CNS还比较远。
line
后B
homolog
【在 g*****n 的大作中提到】
: 我的文章大体上是证明一个蛋白(A)down regulate另一个比较热门的tumor
: suppressor (B)(之前没有报道过),先在线虫里面做,然后延伸到cancer cell line
: 里面也是一致。工作量不大,不是海量的数据。
: 总的来说就是线虫里面A的mutant里面见到B增加(western和immunostaining),然后B
: 的mutant可以suppress A的phenotype。还有过表达B也可以suppress由于过表达A造成
: 的相反的phenotype。在cancer cell line里面,过表达A的homolog,发现B的homolog
: 减少,siRNA knockdown A发现B增多。如果增加A上游的ligand,发现B显著减少,如果
: knockdown A之后再增加同样的ligand就没有那么显著的效果。另外证明了A和B可以结
: 合,也narrow down了binding region (通过GST pull down,但不是co-IP)。还证明
: 了A可以磷酸化B (这里用的是人的homolog,因为线虫的A没有活性)。
line
后B
homolog
【在 g*****n 的大作中提到】
: 我的文章大体上是证明一个蛋白(A)down regulate另一个比较热门的tumor
: suppressor (B)(之前没有报道过),先在线虫里面做,然后延伸到cancer cell line
: 里面也是一致。工作量不大,不是海量的数据。
: 总的来说就是线虫里面A的mutant里面见到B增加(western和immunostaining),然后B
: 的mutant可以suppress A的phenotype。还有过表达B也可以suppress由于过表达A造成
: 的相反的phenotype。在cancer cell line里面,过表达A的homolog,发现B的homolog
: 减少,siRNA knockdown A发现B增多。如果增加A上游的ligand,发现B显著减少,如果
: knockdown A之后再增加同样的ligand就没有那么显著的效果。另外证明了A和B可以结
: 合,也narrow down了binding region (通过GST pull down,但不是co-IP)。还证明
: 了A可以磷酸化B (这里用的是人的homolog,因为线虫的A没有活性)。
l*n
8 楼
Only Mr. O knows the answer.
g*n
9 楼
谢谢两位的建议。
To aardlbx: 表型我在线虫里面已经有了,我们实验室是做线虫遗传的,所以没法按照
做mouse model的实验室的方法去研究肿瘤抑制(我也希望能做到这样的结果,只可惜
实验室条件不允许)。你所谓的完全的mechanism是指什么?找到负调控的机制,比如
找到ubiquitin ligase吗?
To Oncogene: 我之所以想试试Science,是因为我们实验室以前有过一篇类似的发表在
Dev Cell上,而且那篇论文只是在线虫里面做。我这次的课题还延伸到了人里面,证明
了这样的调控在人里面也是保守的,所以想试试更高的杂志。但如果不行的话我个人更
倾向于Dev Cell。但也想听听版上前辈和同僚的意见。
再次感谢
To aardlbx: 表型我在线虫里面已经有了,我们实验室是做线虫遗传的,所以没法按照
做mouse model的实验室的方法去研究肿瘤抑制(我也希望能做到这样的结果,只可惜
实验室条件不允许)。你所谓的完全的mechanism是指什么?找到负调控的机制,比如
找到ubiquitin ligase吗?
To Oncogene: 我之所以想试试Science,是因为我们实验室以前有过一篇类似的发表在
Dev Cell上,而且那篇论文只是在线虫里面做。我这次的课题还延伸到了人里面,证明
了这样的调控在人里面也是保守的,所以想试试更高的杂志。但如果不行的话我个人更
倾向于Dev Cell。但也想听听版上前辈和同僚的意见。
再次感谢
l*o
10 楼
年底前,应该差不多了。
a*x
11 楼
如果没有mouse model的条件,至少要有human cancer cell line, 或者ex vivo tumor
model的phenotype,或者找合作者做mouse model。而且phenotype光用siRNA knock-
down是不可信的,要有resuce。
Mechanism指的是要完整的story。磷酸化位点是什么,突变以后就没有level变化了?磷
酸化以后为什么B的level会变低,影响了E3的结合?蛋白A是不是B直接的kinase,等等
。就是可以做出一个model的figure,而且主要的地方不需要加问号。更多的是Cell的
要求,如果Mechanism有big surprise的话可以try Nature/Science。
如果你老板很大,或者大家一直在找B的调控蛋白但是找不到的话,目前的数据试CNS也
未尝不可。不过一般情况下没有太大希望 -- it doesn't hurt to try. Science第一
轮不过的话一个星期就会通知你。
model的phenotype,或者找合作者做mouse model。而且phenotype光用siRNA knock-
down是不可信的,要有resuce。
Mechanism指的是要完整的story。磷酸化位点是什么,突变以后就没有level变化了?磷
酸化以后为什么B的level会变低,影响了E3的结合?蛋白A是不是B直接的kinase,等等
。就是可以做出一个model的figure,而且主要的地方不需要加问号。更多的是Cell的
要求,如果Mechanism有big surprise的话可以try Nature/Science。
如果你老板很大,或者大家一直在找B的调控蛋白但是找不到的话,目前的数据试CNS也
未尝不可。不过一般情况下没有太大希望 -- it doesn't hurt to try. Science第一
轮不过的话一个星期就会通知你。
g*n
13 楼
非常感谢详细的介绍 :-)
y*r
14 楼
真的吗??
l*1
15 楼
Nature Cell Biology may be more suitable than Dev Cell
while Science does not approve your next going in your this case.
Please refer:
//www2.nature.com/catalog/ncb
or
//www.elsevier.com/wps/find/journaldescription.cws_home/622228/description#
description
more
//www.mitbbs.com/pc/pccon_2289_25631.html
【在 g*****n 的大作中提到】
: 谢谢两位的建议。
: To aardlbx: 表型我在线虫里面已经有了,我们实验室是做线虫遗传的,所以没法按照
: 做mouse model的实验室的方法去研究肿瘤抑制(我也希望能做到这样的结果,只可惜
: 实验室条件不允许)。你所谓的完全的mechanism是指什么?找到负调控的机制,比如
: 找到ubiquitin ligase吗?
: To Oncogene: 我之所以想试试Science,是因为我们实验室以前有过一篇类似的发表在
: Dev Cell上,而且那篇论文只是在线虫里面做。我这次的课题还延伸到了人里面,证明
: 了这样的调控在人里面也是保守的,所以想试试更高的杂志。但如果不行的话我个人更
: 倾向于Dev Cell。但也想听听版上前辈和同僚的意见。
: 再次感谢
while Science does not approve your next going in your this case.
Please refer:
//www2.nature.com/catalog/ncb
or
//www.elsevier.com/wps/find/journaldescription.cws_home/622228/description#
description
more
//www.mitbbs.com/pc/pccon_2289_25631.html
【在 g*****n 的大作中提到】
: 谢谢两位的建议。
: To aardlbx: 表型我在线虫里面已经有了,我们实验室是做线虫遗传的,所以没法按照
: 做mouse model的实验室的方法去研究肿瘤抑制(我也希望能做到这样的结果,只可惜
: 实验室条件不允许)。你所谓的完全的mechanism是指什么?找到负调控的机制,比如
: 找到ubiquitin ligase吗?
: To Oncogene: 我之所以想试试Science,是因为我们实验室以前有过一篇类似的发表在
: Dev Cell上,而且那篇论文只是在线虫里面做。我这次的课题还延伸到了人里面,证明
: 了这样的调控在人里面也是保守的,所以想试试更高的杂志。但如果不行的话我个人更
: 倾向于Dev Cell。但也想听听版上前辈和同僚的意见。
: 再次感谢
n*e
16 楼
明天,就明天了。
f*n
17 楼
如果A的phenotype从来没有报道过的话,可以试一下CNS。但你说A也是热门的基因,那
么显然大家都知道A和B有相反的功能。你的发现就是A能够下调B的蛋白量,可能的机制
是磷酸化B。线虫数据做的无可挑剔,磷酸化位点再找出来,做一下mutation,我觉得
developmental cell应该差不多了。现在杂志的要求越来越高,文章不好投啊,DC不中
也属正常。天天bless,呵呵
么显然大家都知道A和B有相反的功能。你的发现就是A能够下调B的蛋白量,可能的机制
是磷酸化B。线虫数据做的无可挑剔,磷酸化位点再找出来,做一下mutation,我觉得
developmental cell应该差不多了。现在杂志的要求越来越高,文章不好投啊,DC不中
也属正常。天天bless,呵呵
g*n
19 楼
谢谢大家的介绍,这下清楚多了
t*2
21 楼
1. this paper can't go to CNS because of no supporting wih in vivo data.
Actually you don't have to do so much in vivo work, just to confirm A
regulates phosphorylation of B by immunostaining in mice model.
2. Another point is if the interaction between A and B can link to any type
of disease. in another word, did you find deficiency of A and B in any kind
of disease
Actually you don't have to do so much in vivo work, just to confirm A
regulates phosphorylation of B by immunostaining in mice model.
2. Another point is if the interaction between A and B can link to any type
of disease. in another word, did you find deficiency of A and B in any kind
of disease
t*2
23 楼
PNAS is fine.
d*u
24 楼
说年底前也算预测?!我以为要说出具体的月份。我来预测一个吧,附带公式:
9+4/2=11周之后 => 今年五月
9+4/2=11周之后 => 今年五月
g*n
25 楼
谢谢Tiger22:A和B单独来说都是和癌症相关的。可惜我们实验室做不了mouse model
w*r
26 楼
我的理解:
1。你们的表型是虫子里A影响B的表达和mutant表型。
2。机理是AB结合(只有GST pull down,没有endogenous co-IP或者更强的
biochemistry的证据)并且A可以磷酸化B(但线虫里的A却没有活性)
看起来2这个机理解释不了1(因为线虫的A无活性)。那么reviewer还是会问,虫子里A
是怎么影响表达的?
同时AB和癌症相关,你们又没有癌症模型的数据...
我觉得这套数据投任何一个decent journal都会被虐...
1。你们的表型是虫子里A影响B的表达和mutant表型。
2。机理是AB结合(只有GST pull down,没有endogenous co-IP或者更强的
biochemistry的证据)并且A可以磷酸化B(但线虫里的A却没有活性)
看起来2这个机理解释不了1(因为线虫的A无活性)。那么reviewer还是会问,虫子里A
是怎么影响表达的?
同时AB和癌症相关,你们又没有癌症模型的数据...
我觉得这套数据投任何一个decent journal都会被虐...
g*n
27 楼
谢谢Windplayer的意见,抱歉“A没有活性”是我没有表述清楚,我说的没有活性是指
在E. coli里面表达出的A没有kinase的活性。
我们实验室是做遗传的,很多时候靠遗传数据来支持我们的结论,生化不是我们的强项
。所以我们这篇文章的侧重点也是遗传多于生化。虽然我也希望能有co-ip来证明两个
蛋白结合,但我们的model是A导致B的降解,很可能他们是mutually exclusive,所以
可能不太好用co-ip做出结合。
在E. coli里面表达出的A没有kinase的活性。
我们实验室是做遗传的,很多时候靠遗传数据来支持我们的结论,生化不是我们的强项
。所以我们这篇文章的侧重点也是遗传多于生化。虽然我也希望能有co-ip来证明两个
蛋白结合,但我们的model是A导致B的降解,很可能他们是mutually exclusive,所以
可能不太好用co-ip做出结合。
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