b*7
2 楼
s*t
3 楼
用了一年多一直没问题。最近不知道怎么回事电池掉电非常厉害,刚刚充满电维持不到
两小时就没电了完全没法用。请问是不是电池坏了?需要去apple store换一块新电池
吗?谢谢
两小时就没电了完全没法用。请问是不是电池坏了?需要去apple store换一块新电池
吗?谢谢
u*1
4 楼
坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
所以有点想:
1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
大家来说说看法吧。谢谢
一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
所以有点想:
1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
大家来说说看法吧。谢谢
s*g
5 楼
有可能
建议给客服发个message
建议给客服发个message
h*e
7 楼
我11年10月買的iPhone 4S也是最近出現電池嚴重掉電問題。
原來每天一充毫無壓力,最近幾個星期以來,差不多要一天充個兩次才能維持。原來一
夜掉電5%,現在有20%甚至以上。
我本來以為是我這幾個月用iPhone當GPS用,過熱導致電池損壞。但如果普遍近期出現
電池問題,或許與iOS近期的升級有關?不過我LD的iPhone 4S也升級到了iOS6.1.3,她
就沒出現電池問題。
原來每天一充毫無壓力,最近幾個星期以來,差不多要一天充個兩次才能維持。原來一
夜掉電5%,現在有20%甚至以上。
我本來以為是我這幾個月用iPhone當GPS用,過熱導致電池損壞。但如果普遍近期出現
電池問題,或許與iOS近期的升級有關?不過我LD的iPhone 4S也升級到了iOS6.1.3,她
就沒出現電池問題。
d*r
8 楼
问题问得很好,可以转给SarahtheFool批阅。。
我的感觉是,这个主要看你的老板是bio background还是CS background的,你跟什么
背景的老板就学到什么东西,bio背景的老板用工具多一些,CS背景的老板主要自己
develop工具和算法。
Sarah以前实验室的工具都是自己C++写的。她好像也没有take什么课,就自己学,但是
他们学校的资源太强大了。应该是整个领域这方面最强的。
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
前的老板给得罪了么
也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且单身身份出问题
【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
: 2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
: 大家来说说看法吧。谢谢
我的感觉是,这个主要看你的老板是bio background还是CS background的,你跟什么
背景的老板就学到什么东西,bio背景的老板用工具多一些,CS背景的老板主要自己
develop工具和算法。
Sarah以前实验室的工具都是自己C++写的。她好像也没有take什么课,就自己学,但是
他们学校的资源太强大了。应该是整个领域这方面最强的。
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
前的老板给得罪了么
也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且单身身份出问题
【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
: 2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
: 大家来说说看法吧。谢谢
g*n
9 楼
最迟下个statement会到账
s*t
11 楼
d*m
12 楼
数学物理背景才是关键,bioinformatics里编程的部分,说个实话,是个人都学的好。
u*1
14 楼
well,我两个老板。一个是疾病研究的大牛,就是有钱做很多whole-genome
sequencing的。当然他对sequencing/bioinfor一无所知
主要跟另外一个bioinformatics的老板。但他自己又不是专业出身的。自己是生物背景
的,然后又是医生。但稍微懂一点计算机。
所以可以说自己更像是做genomics study的,而不是bioinformatics;毕竟老板都不是
cs的。而且老板也是医生,压力不会像其他只搞学术的那么大。所以也很nice
加上自己是joint student;所以感觉都是自己弄。
【在 d*****r 的大作中提到】
: 问题问得很好,可以转给SarahtheFool批阅。。
: 我的感觉是,这个主要看你的老板是bio background还是CS background的,你跟什么
: 背景的老板就学到什么东西,bio背景的老板用工具多一些,CS背景的老板主要自己
: develop工具和算法。
: Sarah以前实验室的工具都是自己C++写的。她好像也没有take什么课,就自己学,但是
: 他们学校的资源太强大了。应该是整个领域这方面最强的。
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
: bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
sequencing的。当然他对sequencing/bioinfor一无所知
主要跟另外一个bioinformatics的老板。但他自己又不是专业出身的。自己是生物背景
的,然后又是医生。但稍微懂一点计算机。
所以可以说自己更像是做genomics study的,而不是bioinformatics;毕竟老板都不是
cs的。而且老板也是医生,压力不会像其他只搞学术的那么大。所以也很nice
加上自己是joint student;所以感觉都是自己弄。
【在 d*****r 的大作中提到】
: 问题问得很好,可以转给SarahtheFool批阅。。
: 我的感觉是,这个主要看你的老板是bio background还是CS background的,你跟什么
: 背景的老板就学到什么东西,bio背景的老板用工具多一些,CS背景的老板主要自己
: develop工具和算法。
: Sarah以前实验室的工具都是自己C++写的。她好像也没有take什么课,就自己学,但是
: 他们学校的资源太强大了。应该是整个领域这方面最强的。
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
: bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
r*y
15 楼
同是4s用户表示电池正常,虽不如新手机,但是一天一冲毫无压力。11年10月买的
G*y
18 楼
对我来说生物信息是工具不是问题。你现在要想明白的是你自己的兴趣到底在哪边,是
生物还是计算机。
如果你喜欢的是生物,你要找到你感兴趣的,可以用生物信息学方法解决的生物问题,
比如rare SNP对疾病的贡献。
如果你喜欢的是计算机或者算法,你可能要再上一些CS的课程。你的研究方向可以是如
何提高现有的算法,比如如何快速精确的进行whole genome de novo assembly。
这两个方向虽说都归在生物信息下面,但是用到的知识和研究的性质还是有很大区别的。
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
前的老板给得罪了么
也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且单身身份出问题
【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
: 2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
: 大家来说说看法吧。谢谢
生物还是计算机。
如果你喜欢的是生物,你要找到你感兴趣的,可以用生物信息学方法解决的生物问题,
比如rare SNP对疾病的贡献。
如果你喜欢的是计算机或者算法,你可能要再上一些CS的课程。你的研究方向可以是如
何提高现有的算法,比如如何快速精确的进行whole genome de novo assembly。
这两个方向虽说都归在生物信息下面,但是用到的知识和研究的性质还是有很大区别的。
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
前的老板给得罪了么
也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且单身身份出问题
【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
: 2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
: 大家来说说看法吧。谢谢
d*m
20 楼
理解你啊哥们,以前在国内读硕士的时候,老板做的是microarray,我就整天埋头用软
件拼序列,美其名曰攻读生物信息学。
这种狗屁东西,做起来简直是郁闷到了极点,更郁闷的是,本科学的一大堆数学都生疏
了,完全没有用武之地。这辈子算是被这个狗屁行业狠狠坑了一次爹。
到了米国,找了个完全是benchwork的实验室做phd,估计我也是那种极少见的物理转纯benchwork的同志之一了。
纯发泄回帖
【在 u*********1 的大作中提到】
: 完全没数学物理背景
: 所以觉得我都不是bioinformatics的学生。只不过我比其他benchwork会用一点
: software。人家benchwork做的是药剂药品的实验;我做的是人家写好的program的实验
件拼序列,美其名曰攻读生物信息学。
这种狗屁东西,做起来简直是郁闷到了极点,更郁闷的是,本科学的一大堆数学都生疏
了,完全没有用武之地。这辈子算是被这个狗屁行业狠狠坑了一次爹。
到了米国,找了个完全是benchwork的实验室做phd,估计我也是那种极少见的物理转纯benchwork的同志之一了。
纯发泄回帖
【在 u*********1 的大作中提到】
: 完全没数学物理背景
: 所以觉得我都不是bioinformatics的学生。只不过我比其他benchwork会用一点
: software。人家benchwork做的是药剂药品的实验;我做的是人家写好的program的实验
S*l
22 楼
没关系的。别郁闷了。其实本科毕业,要是学生自己没兴趣的话什么都做不了,不管是
bio还是CS的。自己闲下来的时候提高提高就可以了。
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
前的老板给得罪了么
也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
: 2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
: 大家来说说看法吧。谢谢
bio还是CS的。自己闲下来的时候提高提高就可以了。
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
前的老板给得罪了么
也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
: 2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
: 大家来说说看法吧。谢谢
S*l
24 楼
是的。主要看你对什么感兴趣,毕业了想干啥,职业理想是什么。然后再选择学什么。
我一般上厕所的时候或者等appointment的时候,都是带一本algorithm或者machine
learning,这两个跟我们做的比较相关。
【在 G***y 的大作中提到】
: 对我来说生物信息是工具不是问题。你现在要想明白的是你自己的兴趣到底在哪边,是
: 生物还是计算机。
: 如果你喜欢的是生物,你要找到你感兴趣的,可以用生物信息学方法解决的生物问题,
: 比如rare SNP对疾病的贡献。
: 如果你喜欢的是计算机或者算法,你可能要再上一些CS的课程。你的研究方向可以是如
: 何提高现有的算法,比如如何快速精确的进行whole genome de novo assembly。
: 这两个方向虽说都归在生物信息下面,但是用到的知识和研究的性质还是有很大区别的。
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
我一般上厕所的时候或者等appointment的时候,都是带一本algorithm或者machine
learning,这两个跟我们做的比较相关。
【在 G***y 的大作中提到】
: 对我来说生物信息是工具不是问题。你现在要想明白的是你自己的兴趣到底在哪边,是
: 生物还是计算机。
: 如果你喜欢的是生物,你要找到你感兴趣的,可以用生物信息学方法解决的生物问题,
: 比如rare SNP对疾病的贡献。
: 如果你喜欢的是计算机或者算法,你可能要再上一些CS的课程。你的研究方向可以是如
: 何提高现有的算法,比如如何快速精确的进行whole genome de novo assembly。
: 这两个方向虽说都归在生物信息下面,但是用到的知识和研究的性质还是有很大区别的。
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
d*r
25 楼
嗯,你现在带学生有感而发?
【在 S**********l 的大作中提到】
: 没关系的。别郁闷了。其实本科毕业,要是学生自己没兴趣的话什么都做不了,不管是
: bio还是CS的。自己闲下来的时候提高提高就可以了。
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
: bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
: 后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
: ;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
: 就可以学会。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 没关系的。别郁闷了。其实本科毕业,要是学生自己没兴趣的话什么都做不了,不管是
: bio还是CS的。自己闲下来的时候提高提高就可以了。
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
: bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
: 后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
: ;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
: 就可以学会。
S*M
28 楼
能把别人的算法发扬光大了,也是不错的事情
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
前的老板给得罪了么
也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
: 2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
: 大家来说说看法吧。谢谢
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
前的老板给得罪了么
也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
: 2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
: 大家来说说看法吧。谢谢
w*y
29 楼
可以去修math/stat的课程
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好br />
都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种
随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
course么?还是说CS这个东西br />
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
前的老板给得罪了么
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【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
: 2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
: 大家来说说看法吧。谢谢
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都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种
随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
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摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
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也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
: 2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
: 大家来说说看法吧。谢谢
N*n
31 楼
很多生物信息学program或者faculty都是半路出家,水平可想而知。但是,他对个人的
要求很高,起码是EE,CS的本科基础知识,加上生物的课程,当然还有编程和数据库的
经验,没有4-5年,很难。
现在网络的资源很多,都很容易学的到。
至少要统计硕士的课程, cs算法课程,还有,一些sampling method, Bayesian,
optimization....这些是基本的工具。
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
前的老板给得罪了么
也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
: 2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
: 大家来说说看法吧。谢谢
要求很高,起码是EE,CS的本科基础知识,加上生物的课程,当然还有编程和数据库的
经验,没有4-5年,很难。
现在网络的资源很多,都很容易学的到。
至少要统计硕士的课程, cs算法课程,还有,一些sampling method, Bayesian,
optimization....这些是基本的工具。
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
前的老板给得罪了么
也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
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: 大家来说说看法吧。谢谢
G*G
32 楼
NIU.
do you have tutorial about how to use bwa and samtools?
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好br />
都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种
随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
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人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
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摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
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也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
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都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种
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摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
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: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
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: 大家来说说看法吧。谢谢
w*y
33 楼
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学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种
【在 G***G 的大作中提到】
: NIU.
: do you have tutorial about how to use bwa and samtools?
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
: bioinformatician好像都是在跑别人写好br />
: 都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种
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: 人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
or just google
学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种
【在 G***G 的大作中提到】
: NIU.
: do you have tutorial about how to use bwa and samtools?
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
: bioinformatician好像都是在跑别人写好br />
: 都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种
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: 鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
: 人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
t*d
35 楼
看你自己适合什么了。和很多其它学科一样,bioinformatics也分理论多一些,和应用
多一些的领域。象物理中理论物理对数学要求高一些,实验物理就比较繁琐一些。
编程那点东西也是很繁琐的,是把别人开发好的成千上万 API,module 拼在一起用一
用。学起来不见得比bioinformatics更清爽。不过cs的应用面广,工作好找,工资也就
高了。
你先需要把自己的目标弄清楚。你是想写出一个大家都喜欢用的程序呢,还是想找出一
些 biomarker,drug targets。有了一个清楚的目标,再去学需要的技术。
写程序也很 boring 的。问问 macs 的作者 Tao Liu,看看每天对付mail-list 上的那
么多问题,不停的找出 bug,debug 一个程序是不是也蛮烦人的。
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
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就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
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摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
前的老板给得罪了么
也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
: 2.干脆直接转到cs的master算了。自己摸索了一年的bioinfor,对coding什么的好歹也有个大概的概念。但cs master,自己又没钱;而且担心身份出问题
: 大家来说说看法吧。谢谢
多一些的领域。象物理中理论物理对数学要求高一些,实验物理就比较繁琐一些。
编程那点东西也是很繁琐的,是把别人开发好的成千上万 API,module 拼在一起用一
用。学起来不见得比bioinformatics更清爽。不过cs的应用面广,工作好找,工资也就
高了。
你先需要把自己的目标弄清楚。你是想写出一个大家都喜欢用的程序呢,还是想找出一
些 biomarker,drug targets。有了一个清楚的目标,再去学需要的技术。
写程序也很 boring 的。问问 macs 的作者 Tao Liu,看看每天对付mail-list 上的那
么多问题,不停的找出 bug,debug 一个程序是不是也蛮烦人的。
sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
就可以学会。
鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
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摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目
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【在 u*********1 的大作中提到】
: 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
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: 另外,我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学,觉得很野鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的course么?还是说CS这个东西,就是自己瞎捣弄就ok了?
: 所以有点想:
: 1.我还是很喜欢bioinformatics的。但觉得目前的状况下没什么training,都是自己摸索。所以想转到一个established的更好的bioinformatics program;但这不就把目前的老板给得罪了么
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: 大家来说说看法吧。谢谢
u*1
36 楼
谢谢。你说的很有道理。
我的问题基本也是找rare SNP vs de novo assembly算法的开发。
我自己在独立的医学院,根本就没有CS的course;所以其实目前的现实是:偏生物的。
好像老板的意思也是先computational work的找target,至于以后怎么弄再说(比如以
后要是找到target,或许也可能回归benchwork做validation,这样就成纯生物了)但
我挺不甘心啊,我想学CS。但又怕自己小打小闹的效率不高或者根本是野鸡。
说到兴趣,我其实还是很喜欢biology的。但一定做的东西是“真"的,而不是一堆
artifact自己都不相信,那就太没意思了。
但我还是羡慕CS的,积累一些真经验真本事。而且工资高。
所以我自己也迷茫
的。
【在 G***y 的大作中提到】
: 对我来说生物信息是工具不是问题。你现在要想明白的是你自己的兴趣到底在哪边,是
: 生物还是计算机。
: 如果你喜欢的是生物,你要找到你感兴趣的,可以用生物信息学方法解决的生物问题,
: 比如rare SNP对疾病的贡献。
: 如果你喜欢的是计算机或者算法,你可能要再上一些CS的课程。你的研究方向可以是如
: 何提高现有的算法,比如如何快速精确的进行whole genome de novo assembly。
: 这两个方向虽说都归在生物信息下面,但是用到的知识和研究的性质还是有很大区别的。
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
我的问题基本也是找rare SNP vs de novo assembly算法的开发。
我自己在独立的医学院,根本就没有CS的course;所以其实目前的现实是:偏生物的。
好像老板的意思也是先computational work的找target,至于以后怎么弄再说(比如以
后要是找到target,或许也可能回归benchwork做validation,这样就成纯生物了)但
我挺不甘心啊,我想学CS。但又怕自己小打小闹的效率不高或者根本是野鸡。
说到兴趣,我其实还是很喜欢biology的。但一定做的东西是“真"的,而不是一堆
artifact自己都不相信,那就太没意思了。
但我还是羡慕CS的,积累一些真经验真本事。而且工资高。
所以我自己也迷茫
的。
【在 G***y 的大作中提到】
: 对我来说生物信息是工具不是问题。你现在要想明白的是你自己的兴趣到底在哪边,是
: 生物还是计算机。
: 如果你喜欢的是生物,你要找到你感兴趣的,可以用生物信息学方法解决的生物问题,
: 比如rare SNP对疾病的贡献。
: 如果你喜欢的是计算机或者算法,你可能要再上一些CS的课程。你的研究方向可以是如
: 何提高现有的算法,比如如何快速精确的进行whole genome de novo assembly。
: 这两个方向虽说都归在生物信息下面,但是用到的知识和研究的性质还是有很大区别的。
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
u*1
37 楼
您的意思是,我还是继续做下去。
空闲的时候自己多多自学CS的course?
【在 S**********l 的大作中提到】
: 没关系的。别郁闷了。其实本科毕业,要是学生自己没兴趣的话什么都做不了,不管是
: bio还是CS的。自己闲下来的时候提高提高就可以了。
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
: bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
: 后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
: ;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
: 就可以学会。
空闲的时候自己多多自学CS的course?
【在 S**********l 的大作中提到】
: 没关系的。别郁闷了。其实本科毕业,要是学生自己没兴趣的话什么都做不了,不管是
: bio还是CS的。自己闲下来的时候提高提高就可以了。
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
: bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie;然
: 后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理
: ;然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
: 了那就是自己的;以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program,感觉是个人
: 就可以学会。
u*1
38 楼
http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml
http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml
这个,自己多实验几下就应该很容易吧。
一下子读完所有tutorial其实还是一头雾水。要不断实践,才慢慢明白那些parameter
啥意思
【在 G***G 的大作中提到】
: NIU.
: do you have tutorial about how to use bwa and samtools?
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
: bioinformatician好像都是在跑别人写好br />
: 都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种
: 随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
: 人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml
这个,自己多实验几下就应该很容易吧。
一下子读完所有tutorial其实还是一头雾水。要不断实践,才慢慢明白那些parameter
啥意思
【在 G***G 的大作中提到】
: NIU.
: do you have tutorial about how to use bwa and samtools?
:
: sequencing成本越来越低,越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本
: 科是读生物的;然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是,
: bioinformatician好像都是在跑别人写好br />
: 都没有。感觉人家CS的,学到了技术,学到了那就是自己的;以后用的到。而我们这种
: 随便run个人家写好的program,感觉是个人就可以学会。
: 鸡,一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般,很小很新,都没什么
: 人。各位在综合性大学bioinformaticics phd program的,你们都有上很正规的CS的
u*1
39 楼
我觉得我双重人格。
我有时候很ambitious想做faculty,就是生物医学统计计算机基因组学sequencing全部
都懂。我骨子里还是那种精神化的人,想做有趣的事情的
但有时候也会妥协现实,就想改行做个马工算了;或者bioinfor facility core帮人家
打杂,混口饭吃算了。爱情对我更重要。
不过感觉自己在目前这个破烂program,CS的course都没的修,根本就没那个flatform
实现这些理想啊。只自学就ok?
【在 t*d 的大作中提到】
: 看你自己适合什么了。和很多其它学科一样,bioinformatics也分理论多一些,和应用
: 多一些的领域。象物理中理论物理对数学要求高一些,实验物理就比较繁琐一些。
: 编程那点东西也是很繁琐的,是把别人开发好的成千上万 API,module 拼在一起用一
: 用。学起来不见得比bioinformatics更清爽。不过cs的应用面广,工作好找,工资也就
: 高了。
: 你先需要把自己的目标弄清楚。你是想写出一个大家都喜欢用的程序呢,还是想找出一
: 些 biomarker,drug targets。有了一个清楚的目标,再去学需要的技术。
: 写程序也很 boring 的。问问 macs 的作者 Tao Liu,看看每天对付mail-list 上的那
: 么多问题,不停的找出 bug,debug 一个程序是不是也蛮烦人的。
:
我有时候很ambitious想做faculty,就是生物医学统计计算机基因组学sequencing全部
都懂。我骨子里还是那种精神化的人,想做有趣的事情的
但有时候也会妥协现实,就想改行做个马工算了;或者bioinfor facility core帮人家
打杂,混口饭吃算了。爱情对我更重要。
不过感觉自己在目前这个破烂program,CS的course都没的修,根本就没那个flatform
实现这些理想啊。只自学就ok?
【在 t*d 的大作中提到】
: 看你自己适合什么了。和很多其它学科一样,bioinformatics也分理论多一些,和应用
: 多一些的领域。象物理中理论物理对数学要求高一些,实验物理就比较繁琐一些。
: 编程那点东西也是很繁琐的,是把别人开发好的成千上万 API,module 拼在一起用一
: 用。学起来不见得比bioinformatics更清爽。不过cs的应用面广,工作好找,工资也就
: 高了。
: 你先需要把自己的目标弄清楚。你是想写出一个大家都喜欢用的程序呢,还是想找出一
: 些 biomarker,drug targets。有了一个清楚的目标,再去学需要的技术。
: 写程序也很 boring 的。问问 macs 的作者 Tao Liu,看看每天对付mail-list 上的那
: 么多问题,不停的找出 bug,debug 一个程序是不是也蛮烦人的。
:
u*1
40 楼
我倒不想像heng li那样能写BWA/samtools,甚至ANNOVAR这样的非常popular大家都用
的爽的软件。
因为我竞争不过那些科班出身的牛人;其次目前NGS的各种平台软件已经搭好了;我晚
出生很多年,没赶上。
但我只想根据自己的意愿,希望能写一些相对复杂的program;而不是每天傻里巴几的
用人家的program。我一个bioinformatician,都写不出属于自己的program,真是没脸混
但你说写那写复杂的软件;一方面C++/java要学;另外一方面很多statistics啊,
algorithm啊,我都没上类似的course。也比较没头绪
【在 t*d 的大作中提到】
: 看你自己适合什么了。和很多其它学科一样,bioinformatics也分理论多一些,和应用
: 多一些的领域。象物理中理论物理对数学要求高一些,实验物理就比较繁琐一些。
: 编程那点东西也是很繁琐的,是把别人开发好的成千上万 API,module 拼在一起用一
: 用。学起来不见得比bioinformatics更清爽。不过cs的应用面广,工作好找,工资也就
: 高了。
: 你先需要把自己的目标弄清楚。你是想写出一个大家都喜欢用的程序呢,还是想找出一
: 些 biomarker,drug targets。有了一个清楚的目标,再去学需要的技术。
: 写程序也很 boring 的。问问 macs 的作者 Tao Liu,看看每天对付mail-list 上的那
: 么多问题,不停的找出 bug,debug 一个程序是不是也蛮烦人的。
:
的爽的软件。
因为我竞争不过那些科班出身的牛人;其次目前NGS的各种平台软件已经搭好了;我晚
出生很多年,没赶上。
但我只想根据自己的意愿,希望能写一些相对复杂的program;而不是每天傻里巴几的
用人家的program。我一个bioinformatician,都写不出属于自己的program,真是没脸混
但你说写那写复杂的软件;一方面C++/java要学;另外一方面很多statistics啊,
algorithm啊,我都没上类似的course。也比较没头绪
【在 t*d 的大作中提到】
: 看你自己适合什么了。和很多其它学科一样,bioinformatics也分理论多一些,和应用
: 多一些的领域。象物理中理论物理对数学要求高一些,实验物理就比较繁琐一些。
: 编程那点东西也是很繁琐的,是把别人开发好的成千上万 API,module 拼在一起用一
: 用。学起来不见得比bioinformatics更清爽。不过cs的应用面广,工作好找,工资也就
: 高了。
: 你先需要把自己的目标弄清楚。你是想写出一个大家都喜欢用的程序呢,还是想找出一
: 些 biomarker,drug targets。有了一个清楚的目标,再去学需要的技术。
: 写程序也很 boring 的。问问 macs 的作者 Tao Liu,看看每天对付mail-list 上的那
: 么多问题,不停的找出 bug,debug 一个程序是不是也蛮烦人的。
:
f*d
42 楼
靠,Tao Liu也这么出名了
【在 t*d 的大作中提到】
: 看你自己适合什么了。和很多其它学科一样,bioinformatics也分理论多一些,和应用
: 多一些的领域。象物理中理论物理对数学要求高一些,实验物理就比较繁琐一些。
: 编程那点东西也是很繁琐的,是把别人开发好的成千上万 API,module 拼在一起用一
: 用。学起来不见得比bioinformatics更清爽。不过cs的应用面广,工作好找,工资也就
: 高了。
: 你先需要把自己的目标弄清楚。你是想写出一个大家都喜欢用的程序呢,还是想找出一
: 些 biomarker,drug targets。有了一个清楚的目标,再去学需要的技术。
: 写程序也很 boring 的。问问 macs 的作者 Tao Liu,看看每天对付mail-list 上的那
: 么多问题,不停的找出 bug,debug 一个程序是不是也蛮烦人的。
:
【在 t*d 的大作中提到】
: 看你自己适合什么了。和很多其它学科一样,bioinformatics也分理论多一些,和应用
: 多一些的领域。象物理中理论物理对数学要求高一些,实验物理就比较繁琐一些。
: 编程那点东西也是很繁琐的,是把别人开发好的成千上万 API,module 拼在一起用一
: 用。学起来不见得比bioinformatics更清爽。不过cs的应用面广,工作好找,工资也就
: 高了。
: 你先需要把自己的目标弄清楚。你是想写出一个大家都喜欢用的程序呢,还是想找出一
: 些 biomarker,drug targets。有了一个清楚的目标,再去学需要的技术。
: 写程序也很 boring 的。问问 macs 的作者 Tao Liu,看看每天对付mail-list 上的那
: 么多问题,不停的找出 bug,debug 一个程序是不是也蛮烦人的。
:
G*y
43 楼
"其次目前NGS的各种平台软件已经搭好了,我晚出生很多年,没赶上。"
很不同意这个.NGS数据从最基础的base call到variant call需要改进的东西不要太多,
大家做都做不过来.你如果真的对写算法感兴趣的话这方面大有潜力.不过这个对编程和
统计的要求都比较高,估计还得正经学几年.
脸混
【在 u*********1 的大作中提到】
: 我倒不想像heng li那样能写BWA/samtools,甚至ANNOVAR这样的非常popular大家都用
: 的爽的软件。
: 因为我竞争不过那些科班出身的牛人;其次目前NGS的各种平台软件已经搭好了;我晚
: 出生很多年,没赶上。
: 但我只想根据自己的意愿,希望能写一些相对复杂的program;而不是每天傻里巴几的
: 用人家的program。我一个bioinformatician,都写不出属于自己的program,真是没脸混
: 但你说写那写复杂的软件;一方面C++/java要学;另外一方面很多statistics啊,
: algorithm啊,我都没上类似的course。也比较没头绪
很不同意这个.NGS数据从最基础的base call到variant call需要改进的东西不要太多,
大家做都做不过来.你如果真的对写算法感兴趣的话这方面大有潜力.不过这个对编程和
统计的要求都比较高,估计还得正经学几年.
脸混
【在 u*********1 的大作中提到】
: 我倒不想像heng li那样能写BWA/samtools,甚至ANNOVAR这样的非常popular大家都用
: 的爽的软件。
: 因为我竞争不过那些科班出身的牛人;其次目前NGS的各种平台软件已经搭好了;我晚
: 出生很多年,没赶上。
: 但我只想根据自己的意愿,希望能写一些相对复杂的program;而不是每天傻里巴几的
: 用人家的program。我一个bioinformatician,都写不出属于自己的program,真是没脸混
: 但你说写那写复杂的软件;一方面C++/java要学;另外一方面很多statistics啊,
: algorithm啊,我都没上类似的course。也比较没头绪
s*9
45 楼
要转的话可以先去附近学校看看嘛~财力证明只要一年的I-20就行~暑假找到实习的话赚
的钱还挺多的
的钱还挺多的
l*1
46 楼
最好是到你的那Medical School 的其它校区或联盟校 选科班的课程 C or C++ plus R
至少 掌握用其中一种可以 改写完善
NGS RNA-seq的 platform likes:
HTTPS://wiki.nbic.nl/index.php/NGS_Tools
那里边的一个软件的source code的能力
R book:
//manuals.bioinformatics.ucr.edu/home/R_BioCondManual
please refer:
回复]
[ 9 ]
发信人: Leucothea (Leucothea), 信区: Biology
标 题: Re: illumina测序数据分析
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Aug 3 16:54:03 2011, 美东)
如果完全新手又没有计算资源,找个合作者是最快出结果的方法了。
如果一定要自己搞:
(1)找个靠谱的cloud或其他cluster,把数据传上去。或者花2000多刀买一个work
station。16g内存,8cpu。
(2)找地方参加个workshop。对怎么分析这类数据有个大概的sense。
(3)知道哪些能用公共软件做,哪些需要自己coding,应该从哪些方面入手分析之后
,自己学coding,至少懂两样。perl/python 以及R。
这一套下来半年算很快了。还是在有人能时不时指导下的情况下。
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31549213.html
and
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31659225.html
13th floor
flatform
【在 u*********1 的大作中提到】
: 我觉得我双重人格。
: 我有时候很ambitious想做faculty,就是生物医学统计计算机基因组学sequencing全部
: 都懂。我骨子里还是那种精神化的人,想做有趣的事情的
: 但有时候也会妥协现实,就想改行做个马工算了;或者bioinfor facility core帮人家
: 打杂,混口饭吃算了。爱情对我更重要。
: 不过感觉自己在目前这个破烂program,CS的course都没的修,根本就没那个flatform
: 实现这些理想啊。只自学就ok?
至少 掌握用其中一种可以 改写完善
NGS RNA-seq的 platform likes:
HTTPS://wiki.nbic.nl/index.php/NGS_Tools
那里边的一个软件的source code的能力
R book:
//manuals.bioinformatics.ucr.edu/home/R_BioCondManual
please refer:
回复]
[ 9 ]
发信人: Leucothea (Leucothea), 信区: Biology
标 题: Re: illumina测序数据分析
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Aug 3 16:54:03 2011, 美东)
如果完全新手又没有计算资源,找个合作者是最快出结果的方法了。
如果一定要自己搞:
(1)找个靠谱的cloud或其他cluster,把数据传上去。或者花2000多刀买一个work
station。16g内存,8cpu。
(2)找地方参加个workshop。对怎么分析这类数据有个大概的sense。
(3)知道哪些能用公共软件做,哪些需要自己coding,应该从哪些方面入手分析之后
,自己学coding,至少懂两样。perl/python 以及R。
这一套下来半年算很快了。还是在有人能时不时指导下的情况下。
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31549213.html
and
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31659225.html
13th floor
flatform
【在 u*********1 的大作中提到】
: 我觉得我双重人格。
: 我有时候很ambitious想做faculty,就是生物医学统计计算机基因组学sequencing全部
: 都懂。我骨子里还是那种精神化的人,想做有趣的事情的
: 但有时候也会妥协现实,就想改行做个马工算了;或者bioinfor facility core帮人家
: 打杂,混口饭吃算了。爱情对我更重要。
: 不过感觉自己在目前这个破烂program,CS的course都没的修,根本就没那个flatform
: 实现这些理想啊。只自学就ok?
y*n
48 楼
找个bioinformatics做得好的组合作吧,能学到不少东西
p*r
49 楼
flatform
感觉你还是做应用比较靠谱,靠对你那个具体疾病的深刻理解。
爱情最重要也,同意,哈哈。
【在 u*********1 的大作中提到】
: 我觉得我双重人格。
: 我有时候很ambitious想做faculty,就是生物医学统计计算机基因组学sequencing全部
: 都懂。我骨子里还是那种精神化的人,想做有趣的事情的
: 但有时候也会妥协现实,就想改行做个马工算了;或者bioinfor facility core帮人家
: 打杂,混口饭吃算了。爱情对我更重要。
: 不过感觉自己在目前这个破烂program,CS的course都没的修,根本就没那个flatform
: 实现这些理想啊。只自学就ok?
p*r
50 楼
关键这些tool很快就过时了。感觉长序列的测序仪器很快就要出来了。一出来,这些算
法就过时了。
我个人不爱搞这类算法开发,因为过时太快。我还是喜欢搞能揭示fundamental
science的模型和分析方法。
我觉得现在比较有意义的领域是 population genetics. 现在这领域的模型太初级了。
大规模测序会给我们很多数据,怎么分析?
脸混
建议你多学点statistics。至于编程,其实扔给别人去做是最爽的。哈哈。 :)
我觉得未来的走向还是用informatics 的方法来研究fundamental biology。
Focus on scientific problems, not particular methods.
【在 u*********1 的大作中提到】
: 我倒不想像heng li那样能写BWA/samtools,甚至ANNOVAR这样的非常popular大家都用
: 的爽的软件。
: 因为我竞争不过那些科班出身的牛人;其次目前NGS的各种平台软件已经搭好了;我晚
: 出生很多年,没赶上。
: 但我只想根据自己的意愿,希望能写一些相对复杂的program;而不是每天傻里巴几的
: 用人家的program。我一个bioinformatician,都写不出属于自己的program,真是没脸混
: 但你说写那写复杂的软件;一方面C++/java要学;另外一方面很多statistics啊,
: algorithm啊,我都没上类似的course。也比较没头绪
法就过时了。
我个人不爱搞这类算法开发,因为过时太快。我还是喜欢搞能揭示fundamental
science的模型和分析方法。
我觉得现在比较有意义的领域是 population genetics. 现在这领域的模型太初级了。
大规模测序会给我们很多数据,怎么分析?
脸混
建议你多学点statistics。至于编程,其实扔给别人去做是最爽的。哈哈。 :)
我觉得未来的走向还是用informatics 的方法来研究fundamental biology。
Focus on scientific problems, not particular methods.
【在 u*********1 的大作中提到】
: 我倒不想像heng li那样能写BWA/samtools,甚至ANNOVAR这样的非常popular大家都用
: 的爽的软件。
: 因为我竞争不过那些科班出身的牛人;其次目前NGS的各种平台软件已经搭好了;我晚
: 出生很多年,没赶上。
: 但我只想根据自己的意愿,希望能写一些相对复杂的program;而不是每天傻里巴几的
: 用人家的program。我一个bioinformatician,都写不出属于自己的program,真是没脸混
: 但你说写那写复杂的软件;一方面C++/java要学;另外一方面很多statistics啊,
: algorithm啊,我都没上类似的course。也比较没头绪
M*P
51 楼
拜托查查bowtie的引用次数。
【在 p*******r 的大作中提到】
: 关键这些tool很快就过时了。感觉长序列的测序仪器很快就要出来了。一出来,这些算
: 法就过时了。
: 我个人不爱搞这类算法开发,因为过时太快。我还是喜欢搞能揭示fundamental
: science的模型和分析方法。
: 我觉得现在比较有意义的领域是 population genetics. 现在这领域的模型太初级了。
: 大规模测序会给我们很多数据,怎么分析?
:
: 脸混
: 建议你多学点statistics。至于编程,其实扔给别人去做是最爽的。哈哈。 :)
: 我觉得未来的走向还是用informatics 的方法来研究fundamental biology。
【在 p*******r 的大作中提到】
: 关键这些tool很快就过时了。感觉长序列的测序仪器很快就要出来了。一出来,这些算
: 法就过时了。
: 我个人不爱搞这类算法开发,因为过时太快。我还是喜欢搞能揭示fundamental
: science的模型和分析方法。
: 我觉得现在比较有意义的领域是 population genetics. 现在这领域的模型太初级了。
: 大规模测序会给我们很多数据,怎么分析?
:
: 脸混
: 建议你多学点statistics。至于编程,其实扔给别人去做是最爽的。哈哈。 :)
: 我觉得未来的走向还是用informatics 的方法来研究fundamental biology。
G*y
54 楼
Pop Gen这个领域很多就不是算法的问题了,涉及更多的还是BioStat吧。当然如果会写
MCMC之类的肯定有帮助。
【在 p*******r 的大作中提到】
: 关键这些tool很快就过时了。感觉长序列的测序仪器很快就要出来了。一出来,这些算
: 法就过时了。
: 我个人不爱搞这类算法开发,因为过时太快。我还是喜欢搞能揭示fundamental
: science的模型和分析方法。
: 我觉得现在比较有意义的领域是 population genetics. 现在这领域的模型太初级了。
: 大规模测序会给我们很多数据,怎么分析?
:
: 脸混
: 建议你多学点statistics。至于编程,其实扔给别人去做是最爽的。哈哈。 :)
: 我觉得未来的走向还是用informatics 的方法来研究fundamental biology。
MCMC之类的肯定有帮助。
【在 p*******r 的大作中提到】
: 关键这些tool很快就过时了。感觉长序列的测序仪器很快就要出来了。一出来,这些算
: 法就过时了。
: 我个人不爱搞这类算法开发,因为过时太快。我还是喜欢搞能揭示fundamental
: science的模型和分析方法。
: 我觉得现在比较有意义的领域是 population genetics. 现在这领域的模型太初级了。
: 大规模测序会给我们很多数据,怎么分析?
:
: 脸混
: 建议你多学点statistics。至于编程,其实扔给别人去做是最爽的。哈哈。 :)
: 我觉得未来的走向还是用informatics 的方法来研究fundamental biology。
b*7
55 楼
考虑一下join Tao Liu的Lab,喜欢coding的话
【在 t*d 的大作中提到】
: 看你自己适合什么了。和很多其它学科一样,bioinformatics也分理论多一些,和应用
: 多一些的领域。象物理中理论物理对数学要求高一些,实验物理就比较繁琐一些。
: 编程那点东西也是很繁琐的,是把别人开发好的成千上万 API,module 拼在一起用一
: 用。学起来不见得比bioinformatics更清爽。不过cs的应用面广,工作好找,工资也就
: 高了。
: 你先需要把自己的目标弄清楚。你是想写出一个大家都喜欢用的程序呢,还是想找出一
: 些 biomarker,drug targets。有了一个清楚的目标,再去学需要的技术。
: 写程序也很 boring 的。问问 macs 的作者 Tao Liu,看看每天对付mail-list 上的那
: 么多问题,不停的找出 bug,debug 一个程序是不是也蛮烦人的。
:
【在 t*d 的大作中提到】
: 看你自己适合什么了。和很多其它学科一样,bioinformatics也分理论多一些,和应用
: 多一些的领域。象物理中理论物理对数学要求高一些,实验物理就比较繁琐一些。
: 编程那点东西也是很繁琐的,是把别人开发好的成千上万 API,module 拼在一起用一
: 用。学起来不见得比bioinformatics更清爽。不过cs的应用面广,工作好找,工资也就
: 高了。
: 你先需要把自己的目标弄清楚。你是想写出一个大家都喜欢用的程序呢,还是想找出一
: 些 biomarker,drug targets。有了一个清楚的目标,再去学需要的技术。
: 写程序也很 boring 的。问问 macs 的作者 Tao Liu,看看每天对付mail-list 上的那
: 么多问题,不停的找出 bug,debug 一个程序是不是也蛮烦人的。
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