问个关于老鼠遗传背景的问题 - 未名空间MITBBS历史存档

问个关于老鼠遗传背景的问题# Biology - 生物学

s*y2012-07-10 07:07

1 楼

我的project是杂交了两个line的老鼠，一个是心脏病模型，另一个是特定磷酸化位点
被disable的老鼠（S-A mutation）。因为disease model本来就是个不纯的遗传背景，
然后我又不怎么懂这些老鼠遗传，所以老鼠们一直都有mixed genetic background的问
题。
文献里关于这个磷酸位点的作用本来就很大争议，有人说这个mutation能帮助救助心脏
病，有人说没用。现在我们发现，治病是不太可能了，相反，在这个位点是
heterozygous的时候，这个病更严重了，所谓的heterogeneous disadvantage。因为我
们这个研究的蛋白是个tetramer，所以我们搞出一个hypothesis来解释这个现象，我还
在做一些实验来验证我们的理论。
请问我们观察到的这个现象是由于遗传背景不纯的可能性有多大呢？我的control都是
litter match的啊，所以虽然是个mixed background，但是是可比的。我觉得现象应
该是真实存在的。
但是现在我在写proposal，虽然我有个hypothesis来解释这个现象，也有一个些证据，
但是我不敢push too hard，因为有这个genetic background 的问题。我想把这个问题
作为一个alternative hypothesis，然后设计点实验来rule out。
1） backcross to a pure genetic background
但是我们这老鼠已经三个转基因了，人两年的project，我花一年多再纯化背景好像说
不过去
现在我能想到的也就是强调control的可比性了，除此之外我还有什么办法来address这
个问题吗？
谢谢了！

O*e2012-07-10 07:07

2 楼

你这个呢，S-A mutation's penetrance很重要。如果是绝大多数都有这个phenotype，
那遗传背景的因素就不用那么担心。
不过做老鼠呢，纯系是最基本的要求，不然后续的实验会非常麻烦。

【在 s******y 的大作中提到】

: 我的project是杂交了两个line的老鼠，一个是心脏病模型，另一个是特定磷酸化位点
: 被disable的老鼠（S-A mutation）。因为disease model本来就是个不纯的遗传背景，
: 然后我又不怎么懂这些老鼠遗传，所以老鼠们一直都有mixed genetic background的问
: 题。
: 文献里关于这个磷酸位点的作用本来就很大争议，有人说这个mutation能帮助救助心脏
: 病，有人说没用。现在我们发现，治病是不太可能了，相反，在这个位点是
: heterozygous的时候，这个病更严重了，所谓的heterogeneous disadvantage。因为我
: 们这个研究的蛋白是个tetramer，所以我们搞出一个hypothesis来解释这个现象，我还
: 在做一些实验来验证我们的理论。
: 请问我们观察到的这个现象是由于遗传背景不纯的可能性有多大呢？我的control都是

D*a2012-07-10 07:07

3 楼

写proposal没大有关系吧？发文章的话reviewer不大好搞。所以为了应付将来的问题还
是最好平行建立一个backcross，最后或者你自己主动稍微重复几个实验，或者等到他
们挑刺的时候可以有老鼠重复实验。
另外你老板这样也挺不利的，因为如果他想过一两年再用这个老鼠弄别的project的话
，想再买别的老鼠交，背景就更不可控了，所以一般是实验室会同时建立个纯系备用吧
。

r*y2012-07-10 07:07

4 楼

mouse genetic background is critical if you did not see a phenotype as
expected and you believed that the genetic modifier(s) with the mixed
background affected the phenotypic penetrance/expressivity. In this case,
you will need to have a knockout model with a pure genetic background to
prove that this gene is important for certain heart disease, because you see
a (severe) cardiac phenotype in mice with pure genetic background.
In your case however, since you already observed a severe cardiac phenotype
in mice with a mixed genetic background, having mice with a pure genetic
background is not important, because the genetic modifier, if any, did not
seem to have a dramatic impact on the phenotypic development/progression of
your mice.
For the proposal and publication, there is no any problem if you just
indicate that the mice in your study have a mixed genetic background. as
aforementioned. It is not always necessary to have a pure genetic background
for a knockout model.
In the transgenic mouse model, pure genetic background becomes less
important if it was originally generated with a mixed background and a
phenotype was observed. After many generations of crossing to get a pure
genetic background, it is highly likely that the phenotype becomes less
severe or even disappears because the mice can be adapted to the impact
caused by the overexpressed transgene.

F*p2012-07-10 07:07

5 楼

If phenotype is only seen in homozygous then mixed genetic bacgound is fine.
However the phenotype is only seen in heterozygous mice, this complicated
the issue. you better explain it in a gain-of-function way and use knockout
mice as control.

see
phenotype
of

【在 r*******y 的大作中提到】

: mouse genetic background is critical if you did not see a phenotype as
: expected and you believed that the genetic modifier(s) with the mixed
: background affected the phenotypic penetrance/expressivity. In this case,
: you will need to have a knockout model with a pure genetic background to
: prove that this gene is important for certain heart disease, because you see
: a (severe) cardiac phenotype in mice with pure genetic background.
: In your case however, since you already observed a severe cardiac phenotype
: in mice with a mixed genetic background, having mice with a pure genetic
: background is not important, because the genetic modifier, if any, did not
: seem to have a dramatic impact on the phenotypic development/progression of

s*y2012-07-10 07:07

6 楼

其实S-A 这个mutation 就自己而言是没有明显表形的，但是个disease 相关的
mutation （model里面的double mutant）会致死。如果估计一下penetrance，（或者
是Expressivity？）和以前的double mutant disease model 比较，我的triple
mutant，同样的基因型下，明显没有以前死的那么厉害。也就是说在这个新的 mixed
genetic background 下，还是有phenotype，只是说没那么严重，活的更久。
如果这样的话，会有什么问题吗？

【在 O******e 的大作中提到】

: 你这个呢，S-A mutation's penetrance很重要。如果是绝大多数都有这个phenotype，
: 那遗传背景的因素就不用那么担心。
: 不过做老鼠呢，纯系是最基本的要求，不然后续的实验会非常麻烦。

s*y2012-07-10 07:07

7 楼

理论上写proposal不提就好了，但是我们那个解释现象的hypothesis 不是很直接，我
跟人讨论过，人家死活不buy，觉得应该有个alternative的来back up一下。
如果这个会成为一个潜在问题的话，我是不是应该不提 mixed genetic background 呢？
我们老板不懂老鼠，他们前面characterize disease model 的paper 就悲剧了，mixed
genetic background 被点出来批评了。
看来我还是早点开始backcross的好啊。

【在 D*a 的大作中提到】

: 写proposal没大有关系吧？发文章的话reviewer不大好搞。所以为了应付将来的问题还
: 是最好平行建立一个backcross，最后或者你自己主动稍微重复几个实验，或者等到他
: 们挑刺的时候可以有老鼠重复实验。
: 另外你老板这样也挺不利的，因为如果他想过一两年再用这个老鼠弄别的project的话
: ，想再买别的老鼠交，背景就更不可控了，所以一般是实验室会同时建立个纯系备用吧
: 。

s*y2012-07-10 07:07

8 楼

多谢指教！
其实我们最初的double mutant disease model 就是mixed 的，（主要是FVB/N）, 后
来又转了个C56BL/6的磷酸化基因。我的确发现在这个新的mixed的背景下，老鼠病的没
那么严重了，死的慢了不少，虽然还是有病。更让我担心的是，的确有一部分老鼠，
好像都不怎么病，也不知道为什么（比如兄弟两老鼠，哥哥1个月就挂了，弟弟活了
一年多）。不过在这样一个相似的大背景下，很明显triple mutant中有S_A mutation
heterozygous的死的更快。
所以我觉得很明显genetic background 有影响phenotype，但是并不至于dramatic到让
他消失，（只是让penetrance 或expressivity 变弱了）。
根据你第一段，我应该证明在一个pure的background 下，这老鼠有病，我们的model相
关的基因是重要的，
但是根据最后一段关于back cross的理论，我要是把这老鼠们backcross了，性状可能
会变弱，或者丢失，我到底该怎么半呢？
如果出现了丢失的状况，是不是就证明我们这个model相关的基因是不重要的，
other random factors screwed me up?? 反之，只要这个病还是有，就算弱了一点，
也没什么大问题！

see
phenotype
of

【在 r*******y 的大作中提到】

: mouse genetic background is critical if you did not see a phenotype as
: expected and you believed that the genetic modifier(s) with the mixed
: background affected the phenotypic penetrance/expressivity. In this case,
: you will need to have a knockout model with a pure genetic background to
: prove that this gene is important for certain heart disease, because you see
: a (severe) cardiac phenotype in mice with pure genetic background.
: In your case however, since you already observed a severe cardiac phenotype
: in mice with a mixed genetic background, having mice with a pure genetic
: background is not important, because the genetic modifier, if any, did not
: seem to have a dramatic impact on the phenotypic development/progression of

D*a2012-07-10 07:07

9 楼

同意前面的但是对最后一段不赞同。
如果回交造成了penetrance的改变，最有可能的是这个background的位点对此基因作用
有很大的影响，而不是因为交过几代之后老鼠适应了Tg 蛋白质。
Tg老鼠回交可以适应这种说法，如果真能实验证明了，拉马克学说基本上也就是被证实
了。而且Tg老鼠改变penetrance直到减小到没有如果是因为传代次数而不是因为
遗传背景，哭的应该是Jax了吧。

see
phenotype
of

【在 r*******y 的大作中提到】

: mouse genetic background is critical if you did not see a phenotype as
: expected and you believed that the genetic modifier(s) with the mixed
: background affected the phenotypic penetrance/expressivity. In this case,
: you will need to have a knockout model with a pure genetic background to
: prove that this gene is important for certain heart disease, because you see
: a (severe) cardiac phenotype in mice with pure genetic background.
: In your case however, since you already observed a severe cardiac phenotype
: in mice with a mixed genetic background, having mice with a pure genetic
: background is not important, because the genetic modifier, if any, did not
: seem to have a dramatic impact on the phenotypic development/progression of

D*a2012-07-10 07:07

10 楼

你如果自己提出来是mixed background的原因，我要是审proposal的我直接就否了。。
。在我看来这个不是alternative hypothesis，而是你自己否定了你的模型。
你老板那个，如果是characterize disease model可能要求比较严？因为很多disease
确实是不同background表现不一样。或者可能是在词汇上过度强调了是mixed
background? 其实应该使劲强调是littermate，你可以搜搜很多paper是怎么写的，现
在大家都互相要老鼠，很多很多paper都是乱交的。
mixed背景确实有可能会让老鼠活的更好。因为strain都太特化了，杂一点反而可能有
对抗各种stress的优势。

呢？
mixed

【在 s******y 的大作中提到】

: 理论上写proposal不提就好了，但是我们那个解释现象的hypothesis 不是很直接，我
: 跟人讨论过，人家死活不buy，觉得应该有个alternative的来back up一下。
: 如果这个会成为一个潜在问题的话，我是不是应该不提 mixed genetic background 呢？
: 我们老板不懂老鼠，他们前面characterize disease model 的paper 就悲剧了，mixed
: genetic background 被点出来批评了。
: 看来我还是早点开始backcross的好啊。

s*y2012-07-10 07:07

11 楼

谢谢，我也觉得是说是background的话，是搬着石头砸自己，只是也想不出什么靠谱的
alternative。不行就不alternative了，反正我们还有些模糊的证据。
btw，我在proposal里面是完全不提genetic background呢？还是说是mixed的？
不提可能好点？
至于paper，我看看老板怎么address这个第一篇，我反正还在后面，不过我手头还有好
几个别的杂交的project，一直都很纠结要不要back cross，实在是费时费力，要不比
较promising的就弄纯下，其他的就让他们杂着把：）

disease

【在 D*a 的大作中提到】

: 你如果自己提出来是mixed background的原因，我要是审proposal的我直接就否了。。
: 。在我看来这个不是alternative hypothesis，而是你自己否定了你的模型。
: 你老板那个，如果是characterize disease model可能要求比较严？因为很多disease
: 确实是不同background表现不一样。或者可能是在词汇上过度强调了是mixed
: background? 其实应该使劲强调是littermate，你可以搜搜很多paper是怎么写的，现
: 在大家都互相要老鼠，很多很多paper都是乱交的。
: mixed背景确实有可能会让老鼠活的更好。因为strain都太特化了，杂一点反而可能有
: 对抗各种stress的优势。
:
: 呢？

r*y2012-07-10 07:07

12 楼

backcrossing many generations in Tg study results in delay in the onset,
less severity or (to the extreme) even disappearance of the phenotype,
particularly in the heart field, has been observed in many labs which have
been working on Tg models. In some cases this phenomenon has nothing to do
with the position effect, or with mouse genetic background, becaseu it can
occur on independent lines with the similar genetic background. some labs
therefore had to repeatedly do the microinjection to generate similar
cardiac phenotypes in terms of severity, onset and so on. However, this does
not happen to all Tg animal models.Probably, the Tg models from JAX belong
to the latter, but you never know until you try it yourself.
for sssnoonpy's proposal, I would suggest that you should focus on the
phenotype itself, and do not focus on the genetic background, because you
already observe the phenotype, which suggested the importance of that gene
to the heart function, and also because talking about mouse genetic
background is too complicated and I do not think that the reviewers would
appreicate it, unless you want to study the genetic modifiers, and again it
is a very complex issue and you need to design a set of experiments to prove
it. There are many ways to write alternative hypothesis in a proposal.
BTW, your animal model is Tg ( I guess so)? or compound of Tg and KO?

【在 D*a 的大作中提到】

: 同意前面的但是对最后一段不赞同。
: 如果回交造成了penetrance的改变，最有可能的是这个background的位点对此基因作用
: 有很大的影响，而不是因为交过几代之后老鼠适应了Tg 蛋白质。
: Tg老鼠回交可以适应这种说法，如果真能实验证明了，拉马克学说基本上也就是被证实
: 了。而且Tg老鼠改变penetrance直到减小到没有如果是因为传代次数而不是因为
: 遗传背景，哭的应该是Jax了吧。
:
: see
: phenotype
: of

O*e2012-07-10 07:07

13 楼

换个遗传系后表型消失很正常。但纯系的小鼠是最基本的要求，因为这样你的实验结果
的重复性才能保证，别人用同样的老鼠同样的突变才能做出同样的结果。表型纵然重要，
但更重要的是找到表型后面的机制。没有纯系做基础，机制做起来会非常艰难。

does
belong

【在 r*******y 的大作中提到】

: backcrossing many generations in Tg study results in delay in the onset,
: less severity or (to the extreme) even disappearance of the phenotype,
: particularly in the heart field, has been observed in many labs which have
: been working on Tg models. In some cases this phenomenon has nothing to do
: with the position effect, or with mouse genetic background, becaseu it can
: occur on independent lines with the similar genetic background. some labs
: therefore had to repeatedly do the microinjection to generate similar
: cardiac phenotypes in terms of severity, onset and so on. However, this does
: not happen to all Tg animal models.Probably, the Tg models from JAX belong
: to the latter, but you never know until you try it yourself.

O*e2012-07-10 07:07

14 楼

对发文章而言，纯系与否是个非常重要的问题，你想逃是逃不掉的，除非你有非常新颖
的表型加机制。至于写proposal，你应该可以淡化这个问题，毕竟只是preliminary
data

mixed

【在 s******y 的大作中提到】

: 其实S-A 这个mutation 就自己而言是没有明显表形的，但是个disease 相关的
: mutation （model里面的double mutant）会致死。如果估计一下penetrance，（或者
: 是Expressivity？）和以前的double mutant disease model 比较，我的triple
: mutant，同样的基因型下，明显没有以前死的那么厉害。也就是说在这个新的 mixed
: genetic background 下，还是有phenotype，只是说没那么严重，活的更久。
: 如果这样的话，会有什么问题吗？

O*e2012-07-10 07:07

15 楼

我觉得他想表达的不是适应，而是在传代的过程中此转基因的表达可能会被改变。这个
虽然是小概率事件，但毕竟是可能发生的。

【在 D*a 的大作中提到】

: 同意前面的但是对最后一段不赞同。
: 如果回交造成了penetrance的改变，最有可能的是这个background的位点对此基因作用
: 有很大的影响，而不是因为交过几代之后老鼠适应了Tg 蛋白质。
: Tg老鼠回交可以适应这种说法，如果真能实验证明了，拉马克学说基本上也就是被证实
: 了。而且Tg老鼠改变penetrance直到减小到没有如果是因为传代次数而不是因为
: 遗传背景，哭的应该是Jax了吧。
:
: see
: phenotype
: of

r*y2012-07-10 07:07

16 楼

Theoretically, working on a pure genetic background is important, however,
working on mice with a mixed background is also acceptable, (at least in the
heart field,a great number of publications just used mixed background), as
long as you find a novel mechanism underlying the phenotype(s) and you
indicate that these results were obtained from a mixed background.

要，

【在 O******e 的大作中提到】

: 换个遗传系后表型消失很正常。但纯系的小鼠是最基本的要求，因为这样你的实验结果
: 的重复性才能保证，别人用同样的老鼠同样的突变才能做出同样的结果。表型纵然重要，
: 但更重要的是找到表型后面的机制。没有纯系做基础，机制做起来会非常艰难。
:
: does
: belong

b*r2012-07-10 07:07

17 楼

趁早建纯系吧

D*a2012-07-10 07:07

18 楼

哈，就跟我上次说的那个辛辛苦苦搞了个老鼠出来发现没表型，研究了半天发现老鼠自
己偷偷把转基因甲基化了。。。

【在 O******e 的大作中提到】

: 我觉得他想表达的不是适应，而是在传代的过程中此转基因的表达可能会被改变。这个
: 虽然是小概率事件，但毕竟是可能发生的。

D*a2012-07-10 07:07

19 楼

我很想知道楼主自己maintainance老鼠不也要过几个月交一下么，这个过程中慢慢纯化
不就行了？
另外学生懒得纯化可以理解，为嘛老板也没这方面要求？
mix还有个问题是你自己每代跟每代的老鼠也都互相不一样。

D*a2012-07-10 07:07

20 楼

这个还真不知道哈，但是这是因为老鼠自身对genome的修饰（比如我听过一个例子是老
鼠把转基因给甲基化了）还是因为每一代老鼠对tg蛋白多一点adaptation（蛋白表达量
仍然很大但不再影响心脏发育）？

does
belong

【在 r*******y 的大作中提到】

: backcrossing many generations in Tg study results in delay in the onset,
: less severity or (to the extreme) even disappearance of the phenotype,
: particularly in the heart field, has been observed in many labs which have
: been working on Tg models. In some cases this phenomenon has nothing to do
: with the position effect, or with mouse genetic background, becaseu it can
: occur on independent lines with the similar genetic background. some labs
: therefore had to repeatedly do the microinjection to generate similar
: cardiac phenotypes in terms of severity, onset and so on. However, this does
: not happen to all Tg animal models.Probably, the Tg models from JAX belong
: to the latter, but you never know until you try it yourself.

r*y2012-07-10 07:07

21 楼

both of them are possible, but for what I know, no any lab really did work
to investigate the underlying mechnisms. this phenomenon is not a secret to
those heart labs that work on Tg mouse models.

【在 D*a 的大作中提到】

: 这个还真不知道哈，但是这是因为老鼠自身对genome的修饰（比如我听过一个例子是老
: 鼠把转基因给甲基化了）还是因为每一代老鼠对tg蛋白多一点adaptation（蛋白表达量
: 仍然很大但不再影响心脏发育）？
:
: does
: belong

r*y2012-07-10 07:07

22 楼

both of them are possible, but for what I know, no any lab really did work
to investigate the underlying mechnisms. this phenomenon is not a secret to
those heart labs that work on Tg mouse models.

【在 D*a 的大作中提到】

: 这个还真不知道哈，但是这是因为老鼠自身对genome的修饰（比如我听过一个例子是老
: 鼠把转基因给甲基化了）还是因为每一代老鼠对tg蛋白多一点adaptation（蛋白表达量
: 仍然很大但不再影响心脏发育）？
:
: does
: belong

r*y2012-07-10 07:07

23 楼

either of them is possible, but to what I know it has not been systemically
studied. at least in my hands, I did not see the change in the level of
transgene expression in the Tg line that altered the severity of phenotype.
this phenomenon is not a secret to those heart labs that work on Tg mouse
models.
发信人: Dua (Dua), 信区: Biology
标题: Re: 问个关于老鼠遗传背景的问题
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 11 07:41:09 2012, 美东)
这个还真不知道哈，但是这是因为老鼠自身对genome的修饰（比如我听过一个例子是老
鼠把转基因给甲基化了）还是因为每一代老鼠对tg蛋白多一点adaptation（蛋白表达量
仍然很大但不再影响心脏发育）？

r*y2012-07-10 07:07

24 楼

either of them is possible, but to what I know it has not been systemically
studied. at least in my hands, I did not see the change in the level of
transgene expression in the Tg line that altered the severity of phenotype.
this phenomenon is not a secret to those heart labs that work on Tg mouse
models.
发信人: Dua (Dua), 信区: Biology
标题: Re: 问个关于老鼠遗传背景的问题
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 11 07:41:09 2012, 美东)
这个还真不知道哈，但是这是因为老鼠自身对genome的修饰（比如我听过一个例子是老
鼠把转基因给甲基化了）还是因为每一代老鼠对tg蛋白多一点adaptation（蛋白表达量
仍然很大但不再影响心脏发育）？

s*y2012-07-10 07:07

25 楼

Thank you so much!
My disease model is compound of TG (or overexpression) and KO, and then I
crossed that with a Knock in.

does
belong

【在 r*******y 的大作中提到】

: backcrossing many generations in Tg study results in delay in the onset,
: less severity or (to the extreme) even disappearance of the phenotype,
: particularly in the heart field, has been observed in many labs which have
: been working on Tg models. In some cases this phenomenon has nothing to do
: with the position effect, or with mouse genetic background, becaseu it can
: occur on independent lines with the similar genetic background. some labs
: therefore had to repeatedly do the microinjection to generate similar
: cardiac phenotypes in terms of severity, onset and so on. However, this does
: not happen to all Tg animal models.Probably, the Tg models from JAX belong
: to the latter, but you never know until you try it yourself.

s*y2012-07-10 07:07

26 楼

我管的line很多，老板也没经验，（我们lab以前做大型动物model的）我phd做生化的
，老鼠对我来说也是新的，我一开始genotyping都是自己做的，我们triple mutant做
起来也很tedious的。而且还有别的line等着我。估计有些一直做老鼠的lab都有专门的
technician来干这些吧，而且人家更有经验知道这些隐患。
后来反正也发现了现象，就一直拖着：（，因为我要做很多别的实验来characterize啊
，一忙又忘了。
再说吧，我要back cross回去，就算5代，一代三个月，那也要15个月后开始
characterize了，觉得耗时太久了。
什么叫每代跟每代老鼠不一样？我的确发现有variation，我平行设了几个breeder，
来自于各个breeder的老鼠，on average 没有明显不同，但是 littermate的确有
variation，有的发病快，有的发病慢。

【在 D*a 的大作中提到】

: 我很想知道楼主自己maintainance老鼠不也要过几个月交一下么，这个过程中慢慢纯化
: 不就行了？
: 另外学生懒得纯化可以理解，为嘛老板也没这方面要求？
: mix还有个问题是你自己每代跟每代的老鼠也都互相不一样。

s*y2012-07-10 07:07

27 楼

看来这个expession level in TG line 并不影响严重性，我一开始觉得是这个水平不
一样，导致这么大variation，但是跑胶发现不同严重性TG表达蛋白差不多。
anyway，我已经把这个作为alternative hypothesis，然后说可能别的蛋白水平被改变
了，因为做个WB就能test。

systemically
.

【在 r*******y 的大作中提到】

: either of them is possible, but to what I know it has not been systemically
: studied. at least in my hands, I did not see the change in the level of
: transgene expression in the Tg line that altered the severity of phenotype.
: this phenomenon is not a secret to those heart labs that work on Tg mouse
: models.
: 发信人: Dua (Dua), 信区: Biology
: 标题: Re: 问个关于老鼠遗传背景的问题
: 发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 11 07:41:09 2012, 美东)
: 这个还真不知道哈，但是这是因为老鼠自身对genome的修饰（比如我听过一个例子是老
: 鼠把转基因给甲基化了）还是因为每一代老鼠对tg蛋白多一点adaptation（蛋白表达量

O*e2012-07-10 07:07

28 楼

他老板没做过老鼠，自然不知道纯化的重要性

【在 D*a 的大作中提到】

: 我很想知道楼主自己maintainance老鼠不也要过几个月交一下么，这个过程中慢慢纯化
: 不就行了？
: 另外学生懒得纯化可以理解，为嘛老板也没这方面要求？
: mix还有个问题是你自己每代跟每代的老鼠也都互相不一样。

D*a2012-07-10 07:07

29 楼

maintain 老鼠不是要靠交配，交配不就顺便纯化了？还是你在triple mutant上
maintain？老鼠line最好是单mutant的系。搞一堆mutant然后过一阵子交一交，那个其
实不叫maintenance。
triple mutant genotyping可以搞mutiple primer，我们的triple mutant都是六七个
primer扔里面，一个PCR。
我们实验室是我们自己管老鼠。technicien只管干活，具体到谁跟谁交配，生几窝，
genotype出来了决定留下谁，这些稍微有点智力投入的，都是博士生和博后自己管。
mix的老鼠每两只都不同，就算是一个妈的。因为配子有crossing over，所以任何两只
老鼠的genome都是不同的, 这就是为啥mix的会被挑刺。更不用提两个breeder之间和F(
n)和F(n+1)的区别了。
你老板要是没有经验你也可以提醒一下他。

【在 s******y 的大作中提到】

: 我管的line很多，老板也没经验，（我们lab以前做大型动物model的）我phd做生化的
: ，老鼠对我来说也是新的，我一开始genotyping都是自己做的，我们triple mutant做
: 起来也很tedious的。而且还有别的line等着我。估计有些一直做老鼠的lab都有专门的
: technician来干这些吧，而且人家更有经验知道这些隐患。
: 后来反正也发现了现象，就一直拖着：（，因为我要做很多别的实验来characterize啊
: ，一忙又忘了。
: 再说吧，我要back cross回去，就算5代，一代三个月，那也要15个月后开始
: characterize了，觉得耗时太久了。
: 什么叫每代跟每代老鼠不一样？我的确发现有variation，我平行设了几个breeder，
: 来自于各个breeder的老鼠，on average 没有明显不同，但是 littermate的确有