支原体数学模型从基因型预测表型zz - 未名空间MITBBS历史存档

支原体数学模型从基因型预测表型zz# Biology - 生物学

d*e2012-07-21 07:07

1 楼

懂行的请说说这项工作到底怎么样？谢谢。
http://www.weibo.com/labome
【数学来了！支原体数学模型从基因型预测表型】与数学或物理相比，生物体一直难以
预测。不过如今数学家们至少在支原体这种单细胞生物上取得了部分的成功。他们构建
的模型能够根据支原体的基因型来推断表型。看到这个封面，是不是觉得生物也被数学
化了？
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2812%2900776-3
A Whole-Cell Computational Model Predicts Phenotype from Genotype

d*m2012-07-21 07:07

2 楼

没看正文，因为从封面看，数学上还是那么点东西，所以我不认为理论上会有什么多么
重大的突破。

s*a2012-07-21 07:07

3 楼

他们用一个１２８核的LINUX服务器来做模拟，”很好很强大“。。。
2011年ICSB上Covert就提到了他们的这个工作，展示了supplementary那个视频。
卖点在第一个“whole　cell”计算模型。
Cell发这种文章应该很少（我的印象），由此谈不上“生物数学化”。
我觉得倒是可以认为所谓的modeling慢慢被主流生物学“接受”

【在 d**e 的大作中提到】

: 懂行的请说说这项工作到底怎么样？谢谢。
: http://www.weibo.com/labome
: 【数学来了！支原体数学模型从基因型预测表型】与数学或物理相比，生物体一直难以
: 预测。不过如今数学家们至少在支原体这种单细胞生物上取得了部分的成功。他们构建
: 的模型能够根据支原体的基因型来推断表型。看到这个封面，是不是觉得生物也被数学
: 化了？
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2812%2900776-3
: A Whole-Cell Computational Model Predicts Phenotype from Genotype

g*t2012-07-21 07:07

4 楼

我在家，看不到全文。这个课题可以看看能不能用GPGPU来做，成本可以便宜很多。不
过具体要看算法，明天我看看。

【在 s******a 的大作中提到】

: 他们用一个１２８核的LINUX服务器来做模拟，”很好很强大“。。。
: 2011年ICSB上Covert就提到了他们的这个工作，展示了supplementary那个视频。
: 卖点在第一个“whole　cell”计算模型。
: Cell发这种文章应该很少（我的印象），由此谈不上“生物数学化”。
: 我觉得倒是可以认为所谓的modeling慢慢被主流生物学“接受”

c*e2012-07-21 07:07

5 楼

"Our whole-cell model accounts for all annotated gene functions and was
validated against a broad range of data."
Most likely not true.

【在 d**e 的大作中提到】

: 懂行的请说说这项工作到底怎么样？谢谢。
: http://www.weibo.com/labome
: 【数学来了！支原体数学模型从基因型预测表型】与数学或物理相比，生物体一直难以
: 预测。不过如今数学家们至少在支原体这种单细胞生物上取得了部分的成功。他们构建
: 的模型能够根据支原体的基因型来推断表型。看到这个封面，是不是觉得生物也被数学
: 化了？
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2812%2900776-3
: A Whole-Cell Computational Model Predicts Phenotype from Genotype

s*y2012-07-21 07:07

6 楼

听起来是个很大的statement 啊。
这种文章我肯定看不懂就不勉强自己了，有没有懂行的人去仔细看看？

【在 d**e 的大作中提到】

: 懂行的请说说这项工作到底怎么样？谢谢。
: http://www.weibo.com/labome
: 【数学来了！支原体数学模型从基因型预测表型】与数学或物理相比，生物体一直难以
: 预测。不过如今数学家们至少在支原体这种单细胞生物上取得了部分的成功。他们构建
: 的模型能够根据支原体的基因型来推断表型。看到这个封面，是不是觉得生物也被数学
: 化了？
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2812%2900776-3
: A Whole-Cell Computational Model Predicts Phenotype from Genotype

l*12012-07-21 07:07

7 楼

any place can down it
from link:
//cmbi.bjmu.edu.cn/cmbidata/vcell/e-cell/building%20e-cell/review/whole-cell
%20simulation-%20a%20grand%20challenge%20of%20the%2021st%20century.pdf

【在 g**********t 的大作中提到】

: 我在家，看不到全文。这个课题可以看看能不能用GPGPU来做，成本可以便宜很多。不
: 过具体要看算法，明天我看看。

l*12012-07-21 07:07

8 楼

需要genome 生统的背景
比如 H 大以下两lab (NB: one now is at Stanford)
//biosun1.harvard.edu/complab/
的至少one first author a paper 那样的背景
sunny 再去修个MD 如何
one mentor:
//www.hsph.harvard.edu/faculty/frank-hu/
cited from last week Cell cover article:
pp393
>With respect to the first question, replication initiation occurs
>as DnaA protein monomers bind or unbind stochastically and
cooperatively to form a multimeric complex at the replication
origin (Figure 4B, top) (Browning et al., 2004). When the complex
is complete, DNA polymerase gains access to the origin, and the
complex is displaced. We found a correlation (R2 = 0.49)
between the predicted duration of replication initiation and the
initial number of free DnaA monomers (Figure 4C); however,
the low correlation indicated that the duration depends on
more than the initial conditions. In particular, we observed that
the stochastic aspect of the transcription and translation submodels
creates variability in the number of new DnaA monomers
produced over time, as well as the DnaA-binding and -unbinding
events themselves. This indicates that the variability in replication
initiation duration depends not only on variability in initial
conditions but also in the simulation itself.

【在 s******y 的大作中提到】

: 听起来是个很大的statement 啊。
: 这种文章我肯定看不懂就不勉强自己了，有没有懂行的人去仔细看看？

j*p2012-07-21 07:07

9 楼

cool story.

【在 d**e 的大作中提到】

: 懂行的请说说这项工作到底怎么样？谢谢。
: http://www.weibo.com/labome
: 【数学来了！支原体数学模型从基因型预测表型】与数学或物理相比，生物体一直难以
: 预测。不过如今数学家们至少在支原体这种单细胞生物上取得了部分的成功。他们构建
: 的模型能够根据支原体的基因型来推断表型。看到这个封面，是不是觉得生物也被数学
: 化了？
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2812%2900776-3
: A Whole-Cell Computational Model Predicts Phenotype from Genotype

l*12012-07-21 07:07

10 楼

only used ODE (Ordinary differential equation) as Simulation Algorithm
Simulation Algorithm
The whole-cell model is simulated using an algorithm comparable to those
used to numerically integrate ODEs. First, the cell variables are
initialized.
Second, the temporal evolution of the cell state is calculated on a 1 s
timescale
by repeatedly allocating the cell variables among the processes, executing
each of the cellular process submodels, and updating the values of the cell
variables. Finally, the simulation terminates when either the cell divides
or
the time reaches a predefined maximum value. See Data S1 for further
discussion.
next they might try PDE as Simulation Algorithm
one paper:
Konukoglu E. et al. (2010)
Personalization of Reaction-Diffusion Tumor Growth Models
in MR images: Application to Brain Gliomas Characterization and Radiotherapy
Planning
from web link:
//www-sop.inria.fr/asclepios/biblio/Author/KONUKOGLU-E.html
full text PDF link:
//www-sop.inria.fr/asclepios/Publications/Ender.Konukoglu/nih-cvit-chapter.
pdf
more ralative PDE MR Medical Imaging simulation papers:
//team.inria.fr/asclepios/publications/

【在 s******y 的大作中提到】

: 听起来是个很大的statement 啊。
: 这种文章我肯定看不懂就不勉强自己了，有没有懂行的人去仔细看看？