g*3
2 楼
在做针对TF的IP时,大多数方法没有排除那些细胞核内游离的(未和DNA结合的TF)TF
,与DNA结合的TF可能比游离的TF更有意义,有没有什么protocol可以特定的
immunoprecipitate与DNA结合的TF.
谢谢各位~
,与DNA结合的TF可能比游离的TF更有意义,有没有什么protocol可以特定的
immunoprecipitate与DNA结合的TF.
谢谢各位~
h*2
3 楼
野草和菜混在一起,一棵一棵用手拔真累啊。
h*n
4 楼
你说的是CHIP?
p*y
5 楼
要吃蒜薹的话需要秋天种大蒜,如果你是春天种的话就吃不到了。
把菜菜种密一些野草就会少很多。
把菜菜种密一些野草就会少很多。
u*d
6 楼
我猜想你的意思是说一个TF的complex可能在DNA上才最终完成装配。不管怎样,之前大
家做IP都是用WCE或者NE,那么调查TF在chromatin上的相互作用蛋白至少是方法上有创
新的,而且原理上我认为也是很有意义的。
如果你的TF和DNA结合弱,那么最好cross-link一下,提取细胞核,破核膜(可以简单
超声或者过注射器针头),得到chromatin沉淀,这样里面残留的游离TF就很少了,然
后用MNase或者超声得到单个nucleosome或者很短的chromatin片段,然后IP。
这个方法的问题也是很大的,就是chromatin上面蛋白太多,要设置好的对照,确保找
到的相互作用蛋白是特异地由你的TF决定才出现在那里,而不是chromatin上的常规蛋
白。找到的candidate也很难进一步做相互作用的验证,in vitro chromatin assembly
这些实验没有一定的积累难以完成。
TF
【在 g*********3 的大作中提到】
: 在做针对TF的IP时,大多数方法没有排除那些细胞核内游离的(未和DNA结合的TF)TF
: ,与DNA结合的TF可能比游离的TF更有意义,有没有什么protocol可以特定的
: immunoprecipitate与DNA结合的TF.
: 谢谢各位~
家做IP都是用WCE或者NE,那么调查TF在chromatin上的相互作用蛋白至少是方法上有创
新的,而且原理上我认为也是很有意义的。
如果你的TF和DNA结合弱,那么最好cross-link一下,提取细胞核,破核膜(可以简单
超声或者过注射器针头),得到chromatin沉淀,这样里面残留的游离TF就很少了,然
后用MNase或者超声得到单个nucleosome或者很短的chromatin片段,然后IP。
这个方法的问题也是很大的,就是chromatin上面蛋白太多,要设置好的对照,确保找
到的相互作用蛋白是特异地由你的TF决定才出现在那里,而不是chromatin上的常规蛋
白。找到的candidate也很难进一步做相互作用的验证,in vitro chromatin assembly
这些实验没有一定的积累难以完成。
TF
【在 g*********3 的大作中提到】
: 在做针对TF的IP时,大多数方法没有排除那些细胞核内游离的(未和DNA结合的TF)TF
: ,与DNA结合的TF可能比游离的TF更有意义,有没有什么protocol可以特定的
: immunoprecipitate与DNA结合的TF.
: 谢谢各位~
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