g*3
2 楼
在做针对TF的IP时，大多数方法没有排除那些细胞核内游离的（未和DNA结合的TF）TF
，与DNA结合的TF可能比游离的TF更有意义，有没有什么protocol可以特定的
immunoprecipitate与DNA结合的TF.
谢谢各位~
，与DNA结合的TF可能比游离的TF更有意义，有没有什么protocol可以特定的
immunoprecipitate与DNA结合的TF.
谢谢各位~
h*2
3 楼
野草和菜混在一起，一棵一棵用手拔真累啊。
h*n
4 楼
你说的是CHIP?
p*y
5 楼
要吃蒜薹的话需要秋天种大蒜，如果你是春天种的话就吃不到了。
把菜菜种密一些野草就会少很多。
把菜菜种密一些野草就会少很多。
u*d
6 楼
我猜想你的意思是说一个TF的complex可能在DNA上才最终完成装配。不管怎样，之前大
家做IP都是用WCE或者NE，那么调查TF在chromatin上的相互作用蛋白至少是方法上有创
新的，而且原理上我认为也是很有意义的。
如果你的TF和DNA结合弱，那么最好cross-link一下，提取细胞核，破核膜（可以简单
超声或者过注射器针头），得到chromatin沉淀，这样里面残留的游离TF就很少了，然
后用MNase或者超声得到单个nucleosome或者很短的chromatin片段，然后IP。
这个方法的问题也是很大的，就是chromatin上面蛋白太多，要设置好的对照，确保找
到的相互作用蛋白是特异地由你的TF决定才出现在那里，而不是chromatin上的常规蛋
白。找到的candidate也很难进一步做相互作用的验证，in vitro chromatin assembly
这些实验没有一定的积累难以完成。
TF
【在 g*********3 的大作中提到】
: 在做针对TF的IP时，大多数方法没有排除那些细胞核内游离的（未和DNA结合的TF）TF
: ，与DNA结合的TF可能比游离的TF更有意义，有没有什么protocol可以特定的
: immunoprecipitate与DNA结合的TF.
: 谢谢各位~
家做IP都是用WCE或者NE，那么调查TF在chromatin上的相互作用蛋白至少是方法上有创
新的，而且原理上我认为也是很有意义的。
如果你的TF和DNA结合弱，那么最好cross-link一下，提取细胞核，破核膜（可以简单
超声或者过注射器针头），得到chromatin沉淀，这样里面残留的游离TF就很少了，然
后用MNase或者超声得到单个nucleosome或者很短的chromatin片段，然后IP。
这个方法的问题也是很大的，就是chromatin上面蛋白太多，要设置好的对照，确保找
到的相互作用蛋白是特异地由你的TF决定才出现在那里，而不是chromatin上的常规蛋
白。找到的candidate也很难进一步做相互作用的验证，in vitro chromatin assembly
这些实验没有一定的积累难以完成。
TF
【在 g*********3 的大作中提到】
: 在做针对TF的IP时，大多数方法没有排除那些细胞核内游离的（未和DNA结合的TF）TF
: ，与DNA结合的TF可能比游离的TF更有意义，有没有什么protocol可以特定的
: immunoprecipitate与DNA结合的TF.
: 谢谢各位~
h*2
7 楼
谢谢指点，真是种菜高手啊。
【在 p******y 的大作中提到】
: 要吃蒜薹的话需要秋天种大蒜，如果你是春天种的话就吃不到了。
: 把菜菜种密一些野草就会少很多。
【在 p******y 的大作中提到】
: 要吃蒜薹的话需要秋天种大蒜，如果你是春天种的话就吃不到了。
: 把菜菜种密一些野草就会少很多。
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