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生物的同学如何增强计算背景。?
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生物的同学如何增强计算背景。?# Biology - 生物学
e*o
1
首先声明,本人至今没做过与生物信息相关的Project ,多数是自己摸索。我写这个是
因为我觉得我的经历可能对一些人有帮助。对象是没有计算背景的同学。我自己也在摸
索,希望大家一起努力,找到一个合适的路线。
入门,先学一门编程语言。科学的发展离不开计算机了。计算机是人类发明的最好的工
具,但是这个工具没有智能到听人的自然语言的口令就能完成任务的程度。 所以,作
为使用者,要学习一种编程语言与计算机交流。语言有很多种,但是没多大区别。这个
是第一步。最好的入门语言是什么呢?很多人推荐Python。我虽然学的是Perl,但我推
荐Python。 纠结请着自行Google.
学编程的过程中,你会接触操作系统,网络,数据库,编译原理,这些都是计算机
科学的主干。如果你仅作工具使用,了解点皮毛,足够了。
进阶,统计,国内的本科生基本都学了概率论与数理统计,线性代数,高数。如果你学
的都很好,基本够了。一般学校有个针对研究生的统计入门,我们学校是 experiment
design。再加上Multivariate analysis(多元统计分析)就更好了。有些学校没有开
Data Mining,Machine Learning,这些与Multivariate analysis 有很多内容是重叠
的,Multivariate analysis 更基础些。你上一个,另外的自己看就行了。最好能在自
己的试验用到这些(有人说,我的实验用不到。你自己创造条件用啊,然后就可以名正
言顺的选课,老师没有不同意的理由)。边用边学,这个最快。
统计也是没有计算机玩不转,在学习统计的过程中,可以学习R了。你已经了解了一门
编程语言,R半个小时内上手不是问题。至于熟练,慢慢来就好了。至于什么优化,分
析之类的,有统计的PhD 在,也有数学的PhD在。有精力当然可以学。多多益善,参考
生物转计算http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31733299.html
你可以学点算法,有用,但是不太大(对生物的人来说)。CS 的人是靠这个吃饭的,
算法牛的去Google,Facebook,参看Job Hunting版。但是,即使是码农自己写新算法
的也是寥寥无几。多数用用别人写好的算法,甚至是程序,其实多数CS干的也是没啥技
术含量的活:)。算法了解一下就够了,遇到问题,知道用哪个算法就好。
有了一门General的编程语言,加上统计语言R,再加上生物知识,混口饭吃不是太大问
题。
入门课程
==================================
Python
Udacity: http://goo.gl/82Rmv
MIT: http://goo.gl/cizaB
==================================
R不适合作为第一门编程语言,所以,个人建议有了编程经验再学。
R
Coursera http://goo.gl/JU4Bm
==================================
Machine Learning:
Coursera
这个课,很多人批,说只讲怎么用,原理讲的太少。
个人觉得先用上再说,原理慢慢琢磨。
https://www.coursera.org/course/ml
CMU:
http://www.cs.cmu.edu/~tom/10701_sp11/lectures.shtml
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N*n
2
网上的课程比很多学校的老师讲的好,大家好好利用。
不过,如果这样下去,很多学校的老师混饭吃会难度增加。

【在 e*******o 的大作中提到】
: 首先声明,本人至今没做过与生物信息相关的Project ,多数是自己摸索。我写这个是
: 因为我觉得我的经历可能对一些人有帮助。对象是没有计算背景的同学。我自己也在摸
: 索,希望大家一起努力,找到一个合适的路线。
: 入门,先学一门编程语言。科学的发展离不开计算机了。计算机是人类发明的最好的工
: 具,但是这个工具没有智能到听人的自然语言的口令就能完成任务的程度。 所以,作
: 为使用者,要学习一种编程语言与计算机交流。语言有很多种,但是没多大区别。这个
: 是第一步。最好的入门语言是什么呢?很多人推荐Python。我虽然学的是Perl,但我推
: 荐Python。 纠结请着自行Google.
: 学编程的过程中,你会接触操作系统,网络,数据库,编译原理,这些都是计算机
: 科学的主干。如果你仅作工具使用,了解点皮毛,足够了。

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D*g
3
Thanks.
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w*x
4
我大一时候学了C语言,后来又学了C++/Java/C#/Python,
感觉一门学明白后再学其他的很轻车熟路。
不过感觉理解编程一些比较高级的方面比如多线程神马的学过操作系统之类的基础课会
比较有帮助。学点离散数学,图论有助于理解图算法,图模型。
如果不是要做很大的程序或者对性能要求不高只要写出逻辑正确的程序,我觉得重点还
是放到研究统计上吧。
多元统计是基础。如果要研究新算法大概优化,数值会很有用。因为很多时候就是列出
需要优化的方程,推导一下然后用数值算法解之。。。(各种machine learning,
computer vision的东西都是这个模式)
但我觉得如果只是用的话稍懂一二就行了。
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s*r
5
每门功课都是什么学习模式呢?网上听课,自己找习题来做?

【在 e*******o 的大作中提到】
: 首先声明,本人至今没做过与生物信息相关的Project ,多数是自己摸索。我写这个是
: 因为我觉得我的经历可能对一些人有帮助。对象是没有计算背景的同学。我自己也在摸
: 索,希望大家一起努力,找到一个合适的路线。
: 入门,先学一门编程语言。科学的发展离不开计算机了。计算机是人类发明的最好的工
: 具,但是这个工具没有智能到听人的自然语言的口令就能完成任务的程度。 所以,作
: 为使用者,要学习一种编程语言与计算机交流。语言有很多种,但是没多大区别。这个
: 是第一步。最好的入门语言是什么呢?很多人推荐Python。我虽然学的是Perl,但我推
: 荐Python。 纠结请着自行Google.
: 学编程的过程中,你会接触操作系统,网络,数据库,编译原理,这些都是计算机
: 科学的主干。如果你仅作工具使用,了解点皮毛,足够了。

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l*s
6
Bioinformatics核心语言是Perl,比Python有用。这些年我用过很多语言,但最离不开
的还是Perl.
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a*n
7

bioinformatics用的perl和python都非常简单,用哪个不都一样么?相对而言,python
在应用方面更广,更不用提它的可读性了

【在 l***s 的大作中提到】
: Bioinformatics核心语言是Perl,比Python有用。这些年我用过很多语言,但最离不开
: 的还是Perl.

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e*o
8

这个我知道一些,因为Bioinformatics开始的时候,Perl远比Python流行。导师用Perl
,学生也只好用Perl。所以,Bioinformatics领域至今用Perl的多。但是Python相比于
Perl,较为简单,规范,适合作为教学语言。MIT以及Udacity 都是用Python来教计算
机入门。即使在Bioinformatics领域,越来越多人的用Python也是事实。
Perl,Python差别不是太大,语言之争也没多大意思。会一个,另一个也很快就能上手。

【在 l***s 的大作中提到】
: Bioinformatics核心语言是Perl,比Python有用。这些年我用过很多语言,但最离不开
: 的还是Perl.

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e*o
9

谢谢补充。

【在 w***x 的大作中提到】
: 我大一时候学了C语言,后来又学了C++/Java/C#/Python,
: 感觉一门学明白后再学其他的很轻车熟路。
: 不过感觉理解编程一些比较高级的方面比如多线程神马的学过操作系统之类的基础课会
: 比较有帮助。学点离散数学,图论有助于理解图算法,图模型。
: 如果不是要做很大的程序或者对性能要求不高只要写出逻辑正确的程序,我觉得重点还
: 是放到研究统计上吧。
: 多元统计是基础。如果要研究新算法大概优化,数值会很有用。因为很多时候就是列出
: 需要优化的方程,推导一下然后用数值算法解之。。。(各种machine learning,
: computer vision的东西都是这个模式)
: 但我觉得如果只是用的话稍懂一二就行了。

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e*o
10

选课,网上听课,找习题做。
对于我这样的人,前两者差不多。最后一个效率低,我毅力不行。如果毅力好,借助网
络。应该都差不多。

【在 s******r 的大作中提到】
: 每门功课都是什么学习模式呢?网上听课,自己找习题来做?
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e*o
11

前辈有兴趣讲讲您的经历?或者给后来者一些建议?

【在 l***s 的大作中提到】
: Bioinformatics核心语言是Perl,比Python有用。这些年我用过很多语言,但最离不开
: 的还是Perl.

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d*7
12
谢谢分享

【在 e*******o 的大作中提到】
: 首先声明,本人至今没做过与生物信息相关的Project ,多数是自己摸索。我写这个是
: 因为我觉得我的经历可能对一些人有帮助。对象是没有计算背景的同学。我自己也在摸
: 索,希望大家一起努力,找到一个合适的路线。
: 入门,先学一门编程语言。科学的发展离不开计算机了。计算机是人类发明的最好的工
: 具,但是这个工具没有智能到听人的自然语言的口令就能完成任务的程度。 所以,作
: 为使用者,要学习一种编程语言与计算机交流。语言有很多种,但是没多大区别。这个
: 是第一步。最好的入门语言是什么呢?很多人推荐Python。我虽然学的是Perl,但我推
: 荐Python。 纠结请着自行Google.
: 学编程的过程中,你会接触操作系统,网络,数据库,编译原理,这些都是计算机
: 科学的主干。如果你仅作工具使用,了解点皮毛,足够了。

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d*z
13
从零开始基本自学编程的人飘过。。。兴趣加毅力,没有捷径可走。。。
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n*7
14
请zkss,真不知道什么是离不开perl的

【在 l***s 的大作中提到】
: Bioinformatics核心语言是Perl,比Python有用。这些年我用过很多语言,但最离不开
: 的还是Perl.

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e*o
15

过来人谈谈经验?

【在 d****z 的大作中提到】
: 从零开始基本自学编程的人飘过。。。兴趣加毅力,没有捷径可走。。。
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e*o
16

呵呵,不要争这个语言问题了。
我倒可以给你一个例子:运行Perl程序,离不开Perl。

【在 n******7 的大作中提到】
: 请zkss,真不知道什么是离不开perl的
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s*r
17
介绍介绍经验,尤其你这个自学的经历,对很多人都会很有启发。

【在 d****z 的大作中提到】
: 从零开始基本自学编程的人飘过。。。兴趣加毅力,没有捷径可走。。。
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e*o
18

我不知道到为什么很多牛人都是飘过。回帖中就有PI,看帖的牛人估计更多。

【在 s******r 的大作中提到】
: 介绍介绍经验,尤其你这个自学的经历,对很多人都会很有启发。
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n*7
19
我就是好奇一下,可能有什么perl的包特别适合某种分析?
用什么主要看自己的爱好了,我是开始学的Perl,后来换的Python,觉得整个世界清静
了...
BioPerl 跟 BioPython 我用到的部分都差不多,很多时候还是喜欢自己实现
另外,这两年做点system biology分析,用NetworkX这个包很好很强大,不知道Perl有
没有
类似的

【在 e*******o 的大作中提到】
:
: 我不知道到为什么很多牛人都是飘过。回帖中就有PI,看帖的牛人估计更多。

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e*o
20

我知道的东西,都写出来了。我正在申请Bioinformatics的PhD,实际上没用过BioXXX。
我看了那个NetworkX,不错,说不定哪天就用上了,谢谢。

【在 n******7 的大作中提到】
: 我就是好奇一下,可能有什么perl的包特别适合某种分析?
: 用什么主要看自己的爱好了,我是开始学的Perl,后来换的Python,觉得整个世界清静
: 了...
: BioPerl 跟 BioPython 我用到的部分都差不多,很多时候还是喜欢自己实现
: 另外,这两年做点system biology分析,用NetworkX这个包很好很强大,不知道Perl有
: 没有
: 类似的

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s*e
21
这个没有任何值得讨论的地方,显然python啊,我当年写了无数的perl,
到现在还要老老实实从头学习python.
我也算当过几年码工的,还没见那个公司正经用perl的,偶尔一两个engineer写个perl
脚本,往往会被臭骂一顿,因为每人愿意看和维护。
争论语言谁牛没有意义,现在python很流行,perl已经过气了。
我朋友在一个金融公司,他们最近专门找了两个人,把原来的perl脚本翻译成python.

【在 e*******o 的大作中提到】
: 首先声明,本人至今没做过与生物信息相关的Project ,多数是自己摸索。我写这个是
: 因为我觉得我的经历可能对一些人有帮助。对象是没有计算背景的同学。我自己也在摸
: 索,希望大家一起努力,找到一个合适的路线。
: 入门,先学一门编程语言。科学的发展离不开计算机了。计算机是人类发明的最好的工
: 具,但是这个工具没有智能到听人的自然语言的口令就能完成任务的程度。 所以,作
: 为使用者,要学习一种编程语言与计算机交流。语言有很多种,但是没多大区别。这个
: 是第一步。最好的入门语言是什么呢?很多人推荐Python。我虽然学的是Perl,但我推
: 荐Python。 纠结请着自行Google.
: 学编程的过程中,你会接触操作系统,网络,数据库,编译原理,这些都是计算机
: 科学的主干。如果你仅作工具使用,了解点皮毛,足够了。

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s*e
22
混口饭吃,找个一般工作的就是兴趣和毅力。
其实编程这个东西,还是要天分的,一个牛B的程序员,能顶一千个普通的程序员。
见过太多牛人,很多还很年轻,靠兴趣和毅力我两百年都赶不上。

【在 d****z 的大作中提到】
: 从零开始基本自学编程的人飘过。。。兴趣加毅力,没有捷径可走。。。
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C*8
23
虽然完全看不懂你们说什么,但感觉很厉害的样子。
顺便问一句,这个帖子实际上感觉还是涉及纯wet guy怎么转出去的,那么不是江湖流
言bioinformatics 远没有 biostatistics 好找工作吗?还是现在不是这样了?
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l*1
24
if excluded Bio only informatics/cs PhD or Statistics PhD
then will get ICT jobs within almost fields in States more easiler then
those Computional Biologists.

【在 C******8 的大作中提到】
: 虽然完全看不懂你们说什么,但感觉很厉害的样子。
: 顺便问一句,这个帖子实际上感觉还是涉及纯wet guy怎么转出去的,那么不是江湖流
: 言bioinformatics 远没有 biostatistics 好找工作吗?还是现在不是这样了?

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k*1
25
建议以Python为主。
这个语言应用更广,尤其是在图像处理上面。

【在 l***s 的大作中提到】
: Bioinformatics核心语言是Perl,比Python有用。这些年我用过很多语言,但最离不开
: 的还是Perl.

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e*o
26
没有什么Magic的地方,稍加留意,很快就明白了。
纯Wet guy...要想好做几轮千老。
哪个都比纯生物的好找。

【在 C******8 的大作中提到】
: 虽然完全看不懂你们说什么,但感觉很厉害的样子。
: 顺便问一句,这个帖子实际上感觉还是涉及纯wet guy怎么转出去的,那么不是江湖流
: 言bioinformatics 远没有 biostatistics 好找工作吗?还是现在不是这样了?

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w*x
27
图像处理C/Matlab还是主流吧。

【在 k*****1 的大作中提到】
: 建议以Python为主。
: 这个语言应用更广,尤其是在图像处理上面。

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a*n
28
正想问,会matlab还需要专门学python么?

【在 w***x 的大作中提到】
: 图像处理C/Matlab还是主流吧。
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f*e
29
numpy + matplotlib + networkX + 几个 sequence mapping 软件 (+ RPy +
mySQL) 基本横扫大部分的日常工作。连 matlab 都可以忽略了。从 Python 里边呼叫
R 可以让你的人生清净很多 ,用 Python 做 preprocessing 比用那些不三不四的语
言舒服多了。

【在 n******7 的大作中提到】
: 我就是好奇一下,可能有什么perl的包特别适合某种分析?
: 用什么主要看自己的爱好了,我是开始学的Perl,后来换的Python,觉得整个世界清静
: 了...
: BioPerl 跟 BioPython 我用到的部分都差不多,很多时候还是喜欢自己实现
: 另外,这两年做点system biology分析,用NetworkX这个包很好很强大,不知道Perl有
: 没有
: 类似的

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f*e
30
估计他要维护很多 legacy code base

【在 n******7 的大作中提到】
: 请zkss,真不知道什么是离不开perl的
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f*e
31
转行程序员的一没时间,二没脸出来讲。大家不都是因为是撸色才去当程序员的吗?就
算你去了 FLG 赚了 200K,还是撸色。因为你没达成你原来的目标,而别人达成了。撸
色。

【在 e*******o 的大作中提到】
: 没有什么Magic的地方,稍加留意,很快就明白了。
: 纯Wet guy...要想好做几轮千老。
: 哪个都比纯生物的好找。

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N*n
32
大家一般都用什么python编译工具,python shell 好像不是很好用。

【在 f**********e 的大作中提到】
: numpy + matplotlib + networkX + 几个 sequence mapping 软件 (+ RPy +
: mySQL) 基本横扫大部分的日常工作。连 matlab 都可以忽略了。从 Python 里边呼叫
: R 可以让你的人生清净很多 ,用 Python 做 preprocessing 比用那些不三不四的语
: 言舒服多了。

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k*1
33
我觉得对于生物上的图像处理应用,Matlab应该够了。但是如果要做更复杂的图像处理
,需要调用C/C++的核心,Python是个很好的选择。我对图像处理也算是外行,但是有
一个朋友是在专门在图像处理的公司里面工作,最近深有感触的说,早知道Python这么
好,当初就选择用Python而不是C++做博士论文了。
我个人的看法是:如果Matlab能满足需要的话,也许你不需要专门去学习Python;但是
如果你需要作更复杂的图像处理任务的时候,Python也许会是一个简单而强大的选择--
这是另外一个专业人士的建议

【在 a***n 的大作中提到】
: 正想问,会matlab还需要专门学python么?
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s*e
34
纯wet guy问下,有没有你特别喜欢的文章,讲wet guy研究了很久搞不清楚,生物计算
一出,就把问题阐释清楚了的?
至今为止,我最讨厌的文章都是有些计算文章,比如说我最反感的人:Ben Simons
http://www.stemcells.cam.ac.uk/research/principal-investigators
不过我很想学习下Python,非常感谢你提供的资源。

【在 e*******o 的大作中提到】
: 首先声明,本人至今没做过与生物信息相关的Project ,多数是自己摸索。我写这个是
: 因为我觉得我的经历可能对一些人有帮助。对象是没有计算背景的同学。我自己也在摸
: 索,希望大家一起努力,找到一个合适的路线。
: 入门,先学一门编程语言。科学的发展离不开计算机了。计算机是人类发明的最好的工
: 具,但是这个工具没有智能到听人的自然语言的口令就能完成任务的程度。 所以,作
: 为使用者,要学习一种编程语言与计算机交流。语言有很多种,但是没多大区别。这个
: 是第一步。最好的入门语言是什么呢?很多人推荐Python。我虽然学的是Perl,但我推
: 荐Python。 纠结请着自行Google.
: 学编程的过程中,你会接触操作系统,网络,数据库,编译原理,这些都是计算机
: 科学的主干。如果你仅作工具使用,了解点皮毛,足够了。

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z*t
35
为啥反感ben simons?
他和 H. Clevers搞得东西是不太好懂

【在 s*******e 的大作中提到】
: 纯wet guy问下,有没有你特别喜欢的文章,讲wet guy研究了很久搞不清楚,生物计算
: 一出,就把问题阐释清楚了的?
: 至今为止,我最讨厌的文章都是有些计算文章,比如说我最反感的人:Ben Simons
: http://www.stemcells.cam.ac.uk/research/principal-investigators
: 不过我很想学习下Python,非常感谢你提供的资源。

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e*o
36

这个只是我转专业做的准备工作,我正在申请PhD,还没入门。

【在 s*******e 的大作中提到】
: 纯wet guy问下,有没有你特别喜欢的文章,讲wet guy研究了很久搞不清楚,生物计算
: 一出,就把问题阐释清楚了的?
: 至今为止,我最讨厌的文章都是有些计算文章,比如说我最反感的人:Ben Simons
: http://www.stemcells.cam.ac.uk/research/principal-investigators
: 不过我很想学习下Python,非常感谢你提供的资源。

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n*7
37
你说IDE?
正经干活用eclipse + PyDev
随便用用IEP非常方便

【在 N******n 的大作中提到】
: 大家一般都用什么python编译工具,python shell 好像不是很好用。
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d*1
38
Yeah! david baker
本来就是一堆无意义的序列,一算就成3D。当然我什么都不懂,听报告觉得挺cool的!

【在 s*******e 的大作中提到】
: 纯wet guy问下,有没有你特别喜欢的文章,讲wet guy研究了很久搞不清楚,生物计算
: 一出,就把问题阐释清楚了的?
: 至今为止,我最讨厌的文章都是有些计算文章,比如说我最反感的人:Ben Simons
: http://www.stemcells.cam.ac.uk/research/principal-investigators
: 不过我很想学习下Python,非常感谢你提供的资源。

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s*e
39
有些文章,你觉得data不solid,鄙视它就算了。
可是我当初找博后的时候,读了Ben simons的文章,激动的不行,觉得这才是做表皮干
细胞的好方法,那些wet guy搞什么搞,搞了半天不如人家Simons的一篇文章讲的明白
。于是申请了现在的实验室。
等我来了现在实验室,上手一做才发现,根本不是那么回事啊,后悔来不及了....
Simons的问题是,把生物问题简单化了。比如他在果蝇ISC的文章,Delta staining在
06年刚出来的时候大家都用来作为stem cell的maker,但是后来人们发现Dl在肠道受损
伤的情况下就不特异在stem cell表达了。而他在12年的文章还用Dl作为stem cell的
maker。为什么?就是因为如果你用其他方法一块鉴定stem cell的数目,就不符合他的
Neutral drift的模型了。
还有,就我看过的他的文章,他们做mosaic analysis,不考虑cell migration,也不考
虑clone fusion (这点很复杂,比如他说我10000个cell里面只诱导一个clone, 那么
clone merging的情形就可能性小到忽略不计了,可实际情况呢?他们做凝聚态物理的人
想过没有为什么会有clone被诱导出来? 哦,是因为存在有丝分裂的细胞。那为什么会
有有丝分裂的细胞出现呢?这是我一年来一直在做的问题,但是对Simons来说,已经假
定这些细胞的出现是stochastic了)。
所以这些披着数理统计的文章特别祸害人,比如祸害了当时年轻的我。

【在 z*t 的大作中提到】
: 为啥反感ben simons?
: 他和 H. Clevers搞得东西是不太好懂

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e*o
40

学习!

【在 s*******e 的大作中提到】
: 有些文章,你觉得data不solid,鄙视它就算了。
: 可是我当初找博后的时候,读了Ben simons的文章,激动的不行,觉得这才是做表皮干
: 细胞的好方法,那些wet guy搞什么搞,搞了半天不如人家Simons的一篇文章讲的明白
: 。于是申请了现在的实验室。
: 等我来了现在实验室,上手一做才发现,根本不是那么回事啊,后悔来不及了....
: Simons的问题是,把生物问题简单化了。比如他在果蝇ISC的文章,Delta staining在
: 06年刚出来的时候大家都用来作为stem cell的maker,但是后来人们发现Dl在肠道受损
: 伤的情况下就不特异在stem cell表达了。而他在12年的文章还用Dl作为stem cell的
: maker。为什么?就是因为如果你用其他方法一块鉴定stem cell的数目,就不符合他的
: Neutral drift的模型了。

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z*t
41
是不是上皮干细胞没有很合适的研究手段
我当时看他和clevers的Lgr5 neutral drift文章感觉好cool
但是后来发现好多Paper用不同marker都argue他们的结论,认为asymmetric是主流。
不过clevers后来说你们用的不是authentic stem cell marker...
Simons应该去祸害血液干细胞,发育的lineage清楚多了

【在 s*******e 的大作中提到】
: 有些文章,你觉得data不solid,鄙视它就算了。
: 可是我当初找博后的时候,读了Ben simons的文章,激动的不行,觉得这才是做表皮干
: 细胞的好方法,那些wet guy搞什么搞,搞了半天不如人家Simons的一篇文章讲的明白
: 。于是申请了现在的实验室。
: 等我来了现在实验室,上手一做才发现,根本不是那么回事啊,后悔来不及了....
: Simons的问题是,把生物问题简单化了。比如他在果蝇ISC的文章,Delta staining在
: 06年刚出来的时候大家都用来作为stem cell的maker,但是后来人们发现Dl在肠道受损
: 伤的情况下就不特异在stem cell表达了。而他在12年的文章还用Dl作为stem cell的
: maker。为什么?就是因为如果你用其他方法一块鉴定stem cell的数目,就不符合他的
: Neutral drift的模型了。

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c*s
42
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z*t
43
现在纠结的问题是选课不是老板不同意而是老鼠不同意:p

【在 e*******o 的大作中提到】
: 首先声明,本人至今没做过与生物信息相关的Project ,多数是自己摸索。我写这个是
: 因为我觉得我的经历可能对一些人有帮助。对象是没有计算背景的同学。我自己也在摸
: 索,希望大家一起努力,找到一个合适的路线。
: 入门,先学一门编程语言。科学的发展离不开计算机了。计算机是人类发明的最好的工
: 具,但是这个工具没有智能到听人的自然语言的口令就能完成任务的程度。 所以,作
: 为使用者,要学习一种编程语言与计算机交流。语言有很多种,但是没多大区别。这个
: 是第一步。最好的入门语言是什么呢?很多人推荐Python。我虽然学的是Perl,但我推
: 荐Python。 纠结请着自行Google.
: 学编程的过程中,你会接触操作系统,网络,数据库,编译原理,这些都是计算机
: 科学的主干。如果你仅作工具使用,了解点皮毛,足够了。

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l*1
44
赌博用的蒙特卡罗 Hidden Markov chian 法 都用上了的 上皮干细胞 development
simulation wet Bio PD 还是算了吧
统计或理论物理学PD 的话 内行

【在 z*t 的大作中提到】
: 是不是上皮干细胞没有很合适的研究手段
: 我当时看他和clevers的Lgr5 neutral drift文章感觉好cool
: 但是后来发现好多Paper用不同marker都argue他们的结论,认为asymmetric是主流。
: 不过clevers后来说你们用的不是authentic stem cell marker...
: Simons应该去祸害血液干细胞,发育的lineage清楚多了

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z*t
45
活到老学到老,人总得学习进步,我想这也是lz开贴的目的:)

【在 l**********1 的大作中提到】
: 赌博用的蒙特卡罗 Hidden Markov chian 法 都用上了的 上皮干细胞 development
: simulation wet Bio PD 还是算了吧
: 统计或理论物理学PD 的话 内行

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e*o
46

If you think you can not, you will never.
If you believe in yourself, you may succeed.

【在 l**********1 的大作中提到】
: 赌博用的蒙特卡罗 Hidden Markov chian 法 都用上了的 上皮干细胞 development
: simulation wet Bio PD 还是算了吧
: 统计或理论物理学PD 的话 内行

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e*o
49

那个是畏惧心理。
CS的人这点克服的比较好。我把源码看懂了,你就吓唬不了我。

【在 l**********1 的大作中提到】
: 你们是要 sunnyday那样的wet Bio PIs 读第二屁着地 Bio统计或理论Bio物理学位哈
: http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31735509.html
: 3rd floor

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f*a
50
好贴!
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c*e
51
mark一下,
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f*a
52
谢谢好文!
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b*r
53
"R不适合作为第一门编程语言"
楼主可以愿意展开解释一下?在下以前自学过一点C++,通过国家二级,能用SAS做一些
简单的数据库分析,logistic regression计算,拿着人家写的程序改改,现在想自学
点R,也是为了整整基因组数据库,NGS data之类的,不知道能不能直接上R了,还是需
要像你说的,学个Python,那个工程就有点大了,只怕没那么多时间了
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e*o
54
你这种情况,只要保持开放的心态,上哪个语言都没有问题。你不需要精通之后再用,
又没有人来面试你。
因为你不是靠写代码吃饭,边学就好了。其实Python 比 R 容易的多。我知道的几个搞
生信的是两者都会的。最主要的是保持开放的心态,少则几个小时,多则一星期,写出
来能够解决问题的代码不是问题。

【在 b****r 的大作中提到】
: "R不适合作为第一门编程语言"
: 楼主可以愿意展开解释一下?在下以前自学过一点C++,通过国家二级,能用SAS做一些
: 简单的数据库分析,logistic regression计算,拿着人家写的程序改改,现在想自学
: 点R,也是为了整整基因组数据库,NGS data之类的,不知道能不能直接上R了,还是需
: 要像你说的,学个Python,那个工程就有点大了,只怕没那么多时间了

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S*e
55
1. 文本处理,
Perl或者Python任一就行,C++或者JAVA也可以。这个不在于谁好谁坏,而在于目的。
如果只是想入门,不想玩得太深。即,你编的代码大多数都不到200行,那其实PERL最
好。因为方便易懂。
我入行的时候,一个老哥告诉我说语言本身不重要,入门的时候关键要看你周围会哪种
语言的人多。这样只要在他们的帮助下学会任一,需要的时候再去琢磨别的就很容易。
我现在回头看,挺同意这个观点。
2. linux,
其实核心就是几个命令行,并且安装一些主流软件。弄台电脑,找个熟手带带,跑几遍
就入门了。
3. R
这个也不难。很多人觉得R很难,其实瓶颈在于对统计学的理解,而不是在于对R代码的
理解。
前几天,老板让我带一个Ph.D学生学R。 这个学生问我的第一个问题是“T-test是什么
?”。
如果是这种情况其实不应该先学R。应该先去学统计学的基础和原理,学会统计学假设
和实验设计这些思想,然后再去学R。
4. 其他
MySQL,这个东西还是要推荐一下。其实这个有点像EXCEL。主要是用来查询和筛选。命
令行简单易学,上手快。
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s*g
56
语言和编程是最好学的...但是还有...你一定赶不上CS或数学科班出身的人的功底.

【在 e*******o 的大作中提到】
: 首先声明,本人至今没做过与生物信息相关的Project ,多数是自己摸索。我写这个是
: 因为我觉得我的经历可能对一些人有帮助。对象是没有计算背景的同学。我自己也在摸
: 索,希望大家一起努力,找到一个合适的路线。
: 入门,先学一门编程语言。科学的发展离不开计算机了。计算机是人类发明的最好的工
: 具,但是这个工具没有智能到听人的自然语言的口令就能完成任务的程度。 所以,作
: 为使用者,要学习一种编程语言与计算机交流。语言有很多种,但是没多大区别。这个
: 是第一步。最好的入门语言是什么呢?很多人推荐Python。我虽然学的是Perl,但我推
: 荐Python。 纠结请着自行Google.
: 学编程的过程中,你会接触操作系统,网络,数据库,编译原理,这些都是计算机
: 科学的主干。如果你仅作工具使用,了解点皮毛,足够了。

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l*c
57
楼上说的是事实,但也是禁锢自己思想,给自己预设障碍的典型思维。把“但是”以后
的部分去掉吧,不然好累啊。
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l*c
58
楼主是个热心人,谢谢!
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p*t
59
学过c++的上手python非常快,基本不需要什么时间
python适合用来fast prototyping的,c++和java写起来太慢。我们都是先用python写
,需要最后optimization才用c++或者java。

【在 b****r 的大作中提到】
: "R不适合作为第一门编程语言"
: 楼主可以愿意展开解释一下?在下以前自学过一点C++,通过国家二级,能用SAS做一些
: 简单的数据库分析,logistic regression计算,拿着人家写的程序改改,现在想自学
: 点R,也是为了整整基因组数据库,NGS data之类的,不知道能不能直接上R了,还是需
: 要像你说的,学个Python,那个工程就有点大了,只怕没那么多时间了

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d*y
60
记得在CS版上见到大家都推荐学c++或者java,而不建议学Python,请问为什么呢
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e*o
61
CS版上的多是算法码工,算是最专业的程序员,可能看不上脚本语言。实际上,他们也
用。
对于新手,脚本语言Python, Perl之类的易学易用。实际上,从来不用C++,java的程
序员也是成千上万。

【在 d***y 的大作中提到】
: 记得在CS版上见到大家都推荐学c++或者java,而不建议学Python,请问为什么呢
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d*y
62
那楼主你的意思是基于生物的基础上再多学点算法,而不是彻底转码工,对吧?

【在 e*******o 的大作中提到】
: CS版上的多是算法码工,算是最专业的程序员,可能看不上脚本语言。实际上,他们也
: 用。
: 对于新手,脚本语言Python, Perl之类的易学易用。实际上,从来不用C++,java的程
: 序员也是成千上万。

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e*o
63
这个看兴趣以及时机。这个是我去年发这个帖子时候的想法,但是因为我申请生信的
PhD未果,所以就彻底转程序员了。
他们说学C++,Java 这类的有他们的道理,因为他们面试多是这些东西。牵涉指针的题
,基本上是限定到了C,C++。工作如果要用到脚本语言,他们能很快能学会。
对于非科班的,先学个脚本语言,就能解决很多问题,如果再有兴趣或者需要,可以学
C,C++ 之类的。如果会了一门脚本语言,再学C,C++也会容易很多。

【在 d***y 的大作中提到】
: 那楼主你的意思是基于生物的基础上再多学点算法,而不是彻底转码工,对吧?
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d*y
64
兴趣不如生存现实,呵呵

【在 e*******o 的大作中提到】
: 这个看兴趣以及时机。这个是我去年发这个帖子时候的想法,但是因为我申请生信的
: PhD未果,所以就彻底转程序员了。
: 他们说学C++,Java 这类的有他们的道理,因为他们面试多是这些东西。牵涉指针的题
: ,基本上是限定到了C,C++。工作如果要用到脚本语言,他们能很快能学会。
: 对于非科班的,先学个脚本语言,就能解决很多问题,如果再有兴趣或者需要,可以学
: C,C++ 之类的。如果会了一门脚本语言,再学C,C++也会容易很多。

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e*o
65
读书人一声长叹。

【在 d***y 的大作中提到】
: 兴趣不如生存现实,呵呵
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h*3
66
python都不算上一个正规的编程语言,仅仅是个script一样。不过还是比r和matlab要
强大得多。你见过什么软件是python开发的。
之前有个语言性能的比较,python比java慢上上百倍。java仅仅比C慢上1.5倍。至于
perl,r,ruby,matlab之类的,更加惨目忍度。而且python到现在得bug都还很多.

【在 d***y 的大作中提到】
: 记得在CS版上见到大家都推荐学c++或者java,而不建议学Python,请问为什么呢
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e*o
67
你用过 dropbox,Bittorrent?
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_Python_software
有个笑话,同一个任务,你用C写,1个小时,运行0.001s。我用Python写,10分钟,运
行5分钟。谁快?(大意)

【在 h********3 的大作中提到】
: python都不算上一个正规的编程语言,仅仅是个script一样。不过还是比r和matlab要
: 强大得多。你见过什么软件是python开发的。
: 之前有个语言性能的比较,python比java慢上上百倍。java仅仅比C慢上1.5倍。至于
: perl,r,ruby,matlab之类的,更加惨目忍度。而且python到现在得bug都还很多.

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d*y
68
兴趣能与生存结合到一起固然最好,要不然,读书人也得吃饭,养家,赡养老人……

【在 e*******o 的大作中提到】
: 读书人一声长叹。
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p*2
69
python本来就是Script,你不能当java来用,但python现在用的很多,很多API啥的还是
很方便的。Java是很全面,但如果只是处理点简单的东西,python写起来快太多了。照
着么说有几个算是正规的编程语言呢?当年Pascal是多好的入门语言?可现在还有人学
么?

【在 h********3 的大作中提到】
: python都不算上一个正规的编程语言,仅仅是个script一样。不过还是比r和matlab要
: 强大得多。你见过什么软件是python开发的。
: 之前有个语言性能的比较,python比java慢上上百倍。java仅仅比C慢上1.5倍。至于
: perl,r,ruby,matlab之类的,更加惨目忍度。而且python到现在得bug都还很多.

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w*m
70
youtube

【在 h********3 的大作中提到】
: python都不算上一个正规的编程语言,仅仅是个script一样。不过还是比r和matlab要
: 强大得多。你见过什么软件是python开发的。
: 之前有个语言性能的比较,python比java慢上上百倍。java仅仅比C慢上1.5倍。至于
: perl,r,ruby,matlab之类的,更加惨目忍度。而且python到现在得bug都还很多.

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a*y
71
Python比R灵活,但是R有很多现成的package可以直接用来做分析,python可能也有,
但是如果要处理很多spreadsheet类似的数据,R我觉得可能容易点。
不过,以后要吃饭,我不知道有一点但是不是全能的计算能力,是否marketable?

【在 e*******o 的大作中提到】
: 你这种情况,只要保持开放的心态,上哪个语言都没有问题。你不需要精通之后再用,
: 又没有人来面试你。
: 因为你不是靠写代码吃饭,边学就好了。其实Python 比 R 容易的多。我知道的几个搞
: 生信的是两者都会的。最主要的是保持开放的心态,少则几个小时,多则一星期,写出
: 来能够解决问题的代码不是问题。

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e*o
72

R的厉害之处是,它是统计学家的编程语言。python 你想玩的话,可以看看 pandas,
也有R 中的dataframe。
1 和 N 的差距,比 1 和 0 的差距小的多。

【在 a***y 的大作中提到】
: Python比R灵活,但是R有很多现成的package可以直接用来做分析,python可能也有,
: 但是如果要处理很多spreadsheet类似的数据,R我觉得可能容易点。
: 不过,以后要吃饭,我不知道有一点但是不是全能的计算能力,是否marketable?

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s*s
73
我现在不在做bioinfo, 不过都用过,这样说吧:
别人给你data都整理好了,你要分析,出图,这个就要学R。
不过一般没这个好事儿。实际上,整个bioinfo的过程中,
数据预处理那是占了最大的部分,或者就是怎么产生你要分析的
阿提说的spreadsheet, 这个比后面的真正分析都要费事。python和
perl就是数据预处理用的,两者差不多,现在python在上升期。
其实python是最好学的一种语言了。

【在 a***y 的大作中提到】
: Python比R灵活,但是R有很多现成的package可以直接用来做分析,python可能也有,
: 但是如果要处理很多spreadsheet类似的数据,R我觉得可能容易点。
: 不过,以后要吃饭,我不知道有一点但是不是全能的计算能力,是否marketable?

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s*s
74
这个你要去做码工,肯定要学c/java
你要做data scientist,基本上执行效率无所谓,你编程是否方便才是最重要
的。你先用python啥的编过了好用,再换码工去加工成c,或者找个cloud算就
行了

【在 h********3 的大作中提到】
: python都不算上一个正规的编程语言,仅仅是个script一样。不过还是比r和matlab要
: 强大得多。你见过什么软件是python开发的。
: 之前有个语言性能的比较,python比java慢上上百倍。java仅仅比C慢上1.5倍。至于
: perl,r,ruby,matlab之类的,更加惨目忍度。而且python到现在得bug都还很多.

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a*y
75
你说一个主要做试验的
有一些计算,对找faculty有帮助么?
我怀疑不如试验做的非常好,又有好的计算合作。自己并不一定要会做计算

【在 e*******o 的大作中提到】
:
: R的厉害之处是,它是统计学家的编程语言。python 你想玩的话,可以看看 pandas,
: 也有R 中的dataframe。
: 1 和 N 的差距,比 1 和 0 的差距小的多。

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a*y
76
我是很喜欢python
不过目前就用来做了一些很基本的文本文件处理而已。
因为要做一些statistical的分析
以及有很多普遍接受的package
所以目前用的R比较多。处理表格式的数据熟悉了感觉比python来的顺手

【在 s******s 的大作中提到】
: 这个你要去做码工,肯定要学c/java
: 你要做data scientist,基本上执行效率无所谓,你编程是否方便才是最重要
: 的。你先用python啥的编过了好用,再换码工去加工成c,或者找个cloud算就
: 行了

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e*o
77
具体情况,还得你自己把握。
我只是给你个例子,你看看本版的KeeVan 大牛和斐大牛,应该是生物出身,愁工作么
?担心招不到下家么?估计整天被猎头骚扰的不行。

【在 a***y 的大作中提到】
: 你说一个主要做试验的
: 有一些计算,对找faculty有帮助么?
: 我怀疑不如试验做的非常好,又有好的计算合作。自己并不一定要会做计算

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p*2
78
R的文档做得太差了,自己学起来还挺麻烦的。
公司里用R的还这么多么?SAS/JMP还有各种别的data visualization的工具,也还是有
很多除了R以外的选择的嘛

【在 s******s 的大作中提到】
: 这个你要去做码工,肯定要学c/java
: 你要做data scientist,基本上执行效率无所谓,你编程是否方便才是最重要
: 的。你先用python啥的编过了好用,再换码工去加工成c,或者找个cloud算就
: 行了

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d*y
79
我也想问同样的问题,R的推广主要是因为他是开源的,那我要是现在主要用SAS,还需
要再看看R?

【在 p*****2 的大作中提到】
: R的文档做得太差了,自己学起来还挺麻烦的。
: 公司里用R的还这么多么?SAS/JMP还有各种别的data visualization的工具,也还是有
: 很多除了R以外的选择的嘛

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p*2
80
了解一点总没啥坏处吧,但现在养成的坏习惯就是要用的时候才去google下先学现卖 :)

【在 d***y 的大作中提到】
: 我也想问同样的问题,R的推广主要是因为他是开源的,那我要是现在主要用SAS,还需
: 要再看看R?

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B*H
81
整整一年前的帖子,看着挺有用的。
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W*o
82
如果这个程序你只需要跑一次,那么结论很显然。如果需要跑1000次,结论就明显是c
了吧

【在 e*******o 的大作中提到】
: 你用过 dropbox,Bittorrent?
: http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_Python_software
: 有个笑话,同一个任务,你用C写,1个小时,运行0.001s。我用Python写,10分钟,运
: 行5分钟。谁快?(大意)

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ik
83
呵呵,生物这个领域到处都是坑,千小心万小心,最后一走神说不定还会踩上一坨屎

【在 s*******e 的大作中提到】
: 有些文章,你觉得data不solid,鄙视它就算了。
: 可是我当初找博后的时候,读了Ben simons的文章,激动的不行,觉得这才是做表皮干
: 细胞的好方法,那些wet guy搞什么搞,搞了半天不如人家Simons的一篇文章讲的明白
: 。于是申请了现在的实验室。
: 等我来了现在实验室,上手一做才发现,根本不是那么回事啊,后悔来不及了....
: Simons的问题是,把生物问题简单化了。比如他在果蝇ISC的文章,Delta staining在
: 06年刚出来的时候大家都用来作为stem cell的maker,但是后来人们发现Dl在肠道受损
: 伤的情况下就不特异在stem cell表达了。而他在12年的文章还用Dl作为stem cell的
: maker。为什么?就是因为如果你用其他方法一块鉴定stem cell的数目,就不符合他的
: Neutral drift的模型了。

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L*a
84
这个说的很中肯。
需要一个做数据处理的工具,脚本语言perl/python是好选择。
需要一个做统计处理,批量画图的工具,R是好选择。
补充一点,数据处理要scale-up的时候,还需要懂些基本的shell script。

【在 s******s 的大作中提到】
: 这个你要去做码工,肯定要学c/java
: 你要做data scientist,基本上执行效率无所谓,你编程是否方便才是最重要
: 的。你先用python啥的编过了好用,再换码工去加工成c,或者找个cloud算就
: 行了

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e*o
85

c
那是,这也就是C在某些地方不可替代的原因,但是这些地方,搞生物的一般涉及不到


【在 W***o 的大作中提到】
: 如果这个程序你只需要跑一次,那么结论很显然。如果需要跑1000次,结论就明显是c
: 了吧

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e*o
86
时间过得真快。
我始终也没能学习生物信息学,算是没有缘分吧。
我用R结合本专业的学习发了一篇paper,用 Perl 找了个工作。
反观我学了6年的专业,在美国连个投简历的地方都没有。
我一直鼓吹要学编程。至于哪个语言倒不是很重要。

【在 B*H 的大作中提到】
: 整整一年前的帖子,看着挺有用的。
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l*1
87
Well said and done !

【在 e*******o 的大作中提到】
: 时间过得真快。
: 我始终也没能学习生物信息学,算是没有缘分吧。
: 我用R结合本专业的学习发了一篇paper,用 Perl 找了个工作。
: 反观我学了6年的专业,在美国连个投简历的地方都没有。
: 我一直鼓吹要学编程。至于哪个语言倒不是很重要。

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m*f
89
管窥一豹。 你讲的最多叫个data processing language。 SC是个学科,和你讲的
python是2回事
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l*1
90
Biochem的senior 同学 Arieh Warshel 增强了计算蛋白folding背景的工作 拿了炸药
化学奖喽
The Nobel Prize in Chemistry 2013
The Royal Swedish Academy of Sciences has decided to award the Nobel Prize
in Chemistry for 2013 to
Martin Karplus
Université de Strasbourg, France and Harvard University, Cambridge, MA, USA
Michael Levitt
Stanford University School of Medicine, Stanford, CA, USA
Arieh Warshel
University of Southern California, Los Angeles, CA, USA
“for the development of multiscale models for complex chemical systems”
HTTP double dot //www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2013/
press.pdf
http://www.nobelprize.org/
or senior 同学 Arieh Warshel Publications,
No. 26
Computer Simulations of Protein Folding, M. Levitt and A. Warshel,
Nature 253, 694 (1975).
27.
A Reply to News and Views, M. Levitt and A. Warshel,
Nature 254, 388 (1975).
or
No. 373
Converting structural information into an allosteric-energy-based picture
for elongation factor Tu activation by the ribosome, Andrew J. Adamczyk and
Arieh Warshel,
PNAS 108: 9827-9832.
http://laetro.usc.edu/wgroup/publications.html
http://www.mitbbs.com/article_t/Chemistry/31402723.html
avatar
l*1
91
not exactly,
pls refeer NOOP (non-object-oriented programming) Java online lecture
cited:
>Introduction
>Some parts of the computer language JavaScript are difficult for computer
programmers without experience in object-oriented programming (oop). The
present notes are aimed at noop (non-oop) programmers who shiver when they
see the following stand-alone code and its result (in-line comments follow
double slashes):
Object.prototype.a = "hello, world"; //assignment
var o = {}; //empty
object literal
var f = function(){}; //dummy
function
alert(o.a); //prints
alert(f.a); //
prints: hello, world
Function.prototype.a = "goodbye for now"; //assignment
alert(o.a); //prints:
hello, world
alert(f.a); //prints
http://www.theochem.ru.nl/~pwormer/teachmat/JSobjects.html
or
http://www.theochem.ru.nl/~pwormer/teachmat/JSfunctions.html
both were from
http://www.theochem.ru.nl/~pwormer/
original hint was from
http://www.mitbbs.com/article_t1/Chemistry/31402723_0_3.html
53f
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