其实楼主的问题我以前问过,当时没有什么讨论。再跟进一点想法:
高通量蛋白分析可以分in vivo(proteins in natural environment)和in vitro方法
。in vitro主要是protein array和Y2H,in vivo当然是MS。不用多说,各有明显优缺
点。
NGS的优点在于它是separation independent & single-molecule based。其他的
single-molecule技术都不能做high-throughput,原因是受限于limited fluorophores
。同理,蛋白分析能够也做到SM sensitivity和separation independent,将是true
breakthrough。
MS的优势很明显,但是sensitivity, throughput和cost-effectiveness都有瓶颈的。
所以in vivo基本无法做到single-molecule proteomics。但是对于in vitro,如果
protein被DNA barcoded(比如ribosome display),就可以嫁接到已有的NGS平台做
single-molecule proteomics。
就像1000刀human genome一样,未来也可能几百刀就能做de novo proteome analysis
,比如1)identify components in signaling pathways,2)biosynthetic pathways
for important compounds, or 3)large-scale analysis of human antigen-antibody
interactions...