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请教: 关于siRNA# Biology - 生物学
d*o
1
请教版上的大侠,设计了3条siRNA, KD效率分别为 siRNA#1~70%, siRNA#2~60% 和
siRNA#50%。
请问:
1.)这种情况下,为了进一步提高KD效率, 有没有必要把三个pool到一起?(pool不
是就不好排除off-target或其他non-specific effects了么?)
2.)pool后转染的终浓度跟单个siRNA的终浓度一样么?
3.)如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话,pool到一起会提高KD效率么,还
是SiRNA#1的70%的效率被稀释了?
本人菜鸟,盼班上的牛牛解惑!
不甚感激!
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w*a
2
off target跟浓度很有关系,三条siRNA混一起,
如果终浓度跟单条一样,off target可能是最小的。
当然这个都是case by case,得看具体的sequence。

【在 d******o 的大作中提到】
: 请教版上的大侠,设计了3条siRNA, KD效率分别为 siRNA#1~70%, siRNA#2~60% 和
: siRNA#50%。
: 请问:
: 1.)这种情况下,为了进一步提高KD效率, 有没有必要把三个pool到一起?(pool不
: 是就不好排除off-target或其他non-specific effects了么?)
: 2.)pool后转染的终浓度跟单个siRNA的终浓度一样么?
: 3.)如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话,pool到一起会提高KD效率么,还
: 是SiRNA#1的70%的效率被稀释了?
: 本人菜鸟,盼班上的牛牛解惑!
: 不甚感激!

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d*o
3
多谢回复!
如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话,那pool后的KD效率会不会<70%?
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s*s
4
如果pool的时候饱和了rnai的体系,最大的可能是越pool越差

【在 d******o 的大作中提到】
: 请教版上的大侠,设计了3条siRNA, KD效率分别为 siRNA#1~70%, siRNA#2~60% 和
: siRNA#50%。
: 请问:
: 1.)这种情况下,为了进一步提高KD效率, 有没有必要把三个pool到一起?(pool不
: 是就不好排除off-target或其他non-specific effects了么?)
: 2.)pool后转染的终浓度跟单个siRNA的终浓度一样么?
: 3.)如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话,pool到一起会提高KD效率么,还
: 是SiRNA#1的70%的效率被稀释了?
: 本人菜鸟,盼班上的牛牛解惑!
: 不甚感激!

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w*a
5
完全有可能啊,如果另外两条siRNA太烂了的话。
当然也有出现synergistic effect的可能性。你得试了才知道。
话说回来,一般70% KD就不错了,你干嘛还非得费死劲折腾到80%以上去呢?

【在 d******o 的大作中提到】
: 多谢回复!
: 如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话,那pool后的KD效率会不会<70%?

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s*u
6
不要混合,选一个最好的,
能稳定在70%就不错了。月折腾越浪费时间。
SiRNA不要反复冻融,封装好。

【在 d******o 的大作中提到】
: 请教版上的大侠,设计了3条siRNA, KD效率分别为 siRNA#1~70%, siRNA#2~60% 和
: siRNA#50%。
: 请问:
: 1.)这种情况下,为了进一步提高KD效率, 有没有必要把三个pool到一起?(pool不
: 是就不好排除off-target或其他non-specific effects了么?)
: 2.)pool后转染的终浓度跟单个siRNA的终浓度一样么?
: 3.)如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话,pool到一起会提高KD效率么,还
: 是SiRNA#1的70%的效率被稀释了?
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: 不甚感激!

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w*r
7
看过一片文章,说pool到一起反而不好。
要避免off target还是做rescue吧

【在 d******o 的大作中提到】
: 请教版上的大侠,设计了3条siRNA, KD效率分别为 siRNA#1~70%, siRNA#2~60% 和
: siRNA#50%。
: 请问:
: 1.)这种情况下,为了进一步提高KD效率, 有没有必要把三个pool到一起?(pool不
: 是就不好排除off-target或其他non-specific effects了么?)
: 2.)pool后转染的终浓度跟单个siRNA的终浓度一样么?
: 3.)如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话,pool到一起会提高KD效率么,还
: 是SiRNA#1的70%的效率被稀释了?
: 本人菜鸟,盼班上的牛牛解惑!
: 不甚感激!

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w*r
8
看过一片文章,说pool到一起反而不好。
要避免off target还是做rescue吧

【在 d******o 的大作中提到】
: 请教版上的大侠,设计了3条siRNA, KD效率分别为 siRNA#1~70%, siRNA#2~60% 和
: siRNA#50%。
: 请问:
: 1.)这种情况下,为了进一步提高KD效率, 有没有必要把三个pool到一起?(pool不
: 是就不好排除off-target或其他non-specific effects了么?)
: 2.)pool后转染的终浓度跟单个siRNA的终浓度一样么?
: 3.)如果转染终浓度跟单个siRNA的终浓度一样的话,pool到一起会提高KD效率么,还
: 是SiRNA#1的70%的效率被稀释了?
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C*4
9
能不能做成shRNA再一起转呢
shRNA是不是更好
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