IP-MS. 质谱到底干什么的。怎么做?# Biology - 生物学h*i2012-11-29 08:111 楼本来认为没什么问题的,但给学校的HR写信,他们说we do not normally use the H-1B to sponsor staff positions这个normally是什么意思,有协商的可能性么?自己办有可能么?
t*l2012-11-29 08:112 楼现在看paper,发现MS那么火。学生物的,不太懂MS。这个技术到底容不容易,好操作吗?是不是想做一个,就做一个,就好像做western 一样,做个试试,看看出不出结果那种。IP出来的那么多partner, MS是怎么分析出来的这些蛋白成分的。有多真?MS能自己监督自己做吗?还是必须找人做。
o*42012-11-29 08:114 楼都是找MS core facility做的吧,自己做的很少见,也没必要吧【在 t**l 的大作中提到】: 现在看paper,发现MS那么火。学生物的,不太懂MS。这个技术到底容不容易,好操作吗: ?是不是想做一个,就做一个,就好像做western 一样,做个试试,看看出不出结果那: 种。: IP出来的那么多partner, MS是怎么分析出来的这些蛋白成分的。有多真?MS能自己监: 督自己做吗?还是必须找人做。
m*p2012-11-29 08:115 楼一般高校或附属机构staff的职位也只能h1b,要愿意办的话,你的未来工作部门要出面sponsor出paper work出钱,具体学校的international office操作又不是research associate之类研究性的可以J【在 h*******i 的大作中提到】: 本来认为没什么问题的,但给学校的HR写信,他们说we do not normally use the H-: 1B to sponsor staff positions: 这个normally是什么意思,有协商的可能性么?自己办有可能么?
j*n2012-11-29 08:116 楼简单的说质谱是用来检测是哪个蛋白的。因为蛋白质胰酶裂解后会产生特定的片段,在辅助电离后可被生物质谱鉴定,我们称为肽指纹图谱,简单的说就是特异的几组肽段分子量,然后通过相关数据库搜索可以得知是哪个蛋白。对质谱鉴定技术来说是非常好可靠的,但是对你结果是否可靠则很难说,IP的条件,会不会受到污染等直接决定了蛋白来源的可靠性。具体到IP-MS是否好做,那要根据很多因素判断:蛋白结合强弱、质谱精度等等。通常你能考染看到的条带鉴定起来都没问题,看不到的MS估计也没辙。至于MS能否自己监督,任何仪器都多多少少离不开人的操作,机器自动化程度只是决定效率而已。通常没有质谱的实验室也不会自己去搭建,一般学校都有相关core可以做【在 t**l 的大作中提到】: 现在看paper,发现MS那么火。学生物的,不太懂MS。这个技术到底容不容易,好操作吗: ?是不是想做一个,就做一个,就好像做western 一样,做个试试,看看出不出结果那: 种。: IP出来的那么多partner, MS是怎么分析出来的这些蛋白成分的。有多真?MS能自己监: 督自己做吗?还是必须找人做。
o*42012-11-29 08:118 楼Silac能不能提高质谱检测蛋白的灵敏度呢?【在 j******n 的大作中提到】: : 简单的说质谱是用来检测是哪个蛋白的。因为蛋白质胰酶裂解后会产生特定的片段,在: 辅助电离后可被生物质谱鉴定,我们称为肽指纹图谱,简单的说就是特异的几组肽段分: 子量,然后通过相关数: 据库搜索可以得知是哪个蛋白。: 对质谱鉴定技术来说是非常好可靠的,但是对你结果是否可靠则很难说,IP的条件,会: 不会受到污染等直接决定了蛋白来源的可靠性。: 具体到IP-MS是否好做,那要根据很多因素判断:蛋白结合强弱、质谱精度等等。通常: 你能考染看到的条带鉴定起来都没问题,看不到的MS估计也没辙。: 至于MS能否自己监督,任何仪器都多多少少离不开人的操作,机器自动化程度只是决定
j*n2012-11-29 08:119 楼silac, icat, DIGE都是些质谱之前的内标技术 一般只是为了实验更加有效率、可靠质谱精度还得看质谱本身 有些质谱可能可以用于飞克级蛋白检测 有些可能纳克【在 o**4 的大作中提到】: Silac能不能提高质谱检测蛋白的灵敏度呢?
a*n2012-11-29 08:1111 楼刚好有一个问题,搭车问一下。请问是不是只要有一个质谱峰就能根据分子量预测出来一个肽断,即使这个蛋白本身不存在?我这里的core facility一般都是搜索已知的蛋白质数据库,如果数据库里面没有的话估计就出不来结果了。有没有一种程序,根据精确的质谱数据模拟出来相应的肽断?【在 j******n 的大作中提到】: : silac, icat, DIGE都是些质谱之前的内标技术 一般只是为了实验更加有效率、可靠: 质谱精度还得看质谱本身 有些质谱可能可以用于飞克级蛋白检测 有些可能纳克
j*n2012-11-29 08:1113 楼肽特征指纹图谱(一级质谱)根据质核比只能推测出氨基酸的组成,不能推测出具体位置信息这就是为啥肽特征指纹图谱检索必须有足够的肽段信息,然后通过互相交叉组合才能确定出蛋白来如果是串联质谱、二级质谱, 比如TOF/TOF可以确定出具体肽段的具体序列来但是因为蛋白质的肽段可以有好多好多段,彼此还有交叉重叠,有的肽段还不能被水解到足够小而电离,所以用串联质谱来测序太耗时耗力了,而且几乎不能做序列到全覆盖【在 a*****n 的大作中提到】: 刚好有一个问题,搭车问一下。: 请问是不是只要有一个质谱峰就能根据分子量预测出来一个肽断,即使这个蛋白本身不: 存在?我这里的core facility一般都是搜索已知的蛋白质数据库,如果数据库里面没: 有的话估计就出不来结果了。: 有没有一种程序,根据精确的质谱数据模拟出来相应的肽断?
j*n2012-11-29 08:1114 楼Pierce有direct IP试剂盒,让抗体先和Protein A(G)共价结合后再做IP 即省抗体又避免elution里面的抗体干扰【在 y****y 的大作中提到】: 我也搭车问一下一般都怎么固定抗体?: 还是不固定直接用酸性tris溶出来?
b*u2012-11-29 08:1116 楼最好固定一下,不然洗脱的抗体干扰 MS很多cross linking 的试剂和protocol最好自己优化一下 loading and block 条件.【在 y****y 的大作中提到】: 我也搭车问一下一般都怎么固定抗体?: 还是不固定直接用酸性tris溶出来?
b*g2012-11-29 08:1117 楼这叫 De Novo Peptide Sequencing,有一些 software 可以做,但是还不是很efficient,因为sequence coverage不可能是100%,而且需要的计算能力比较高【在 a*****n 的大作中提到】: 刚好有一个问题,搭车问一下。: 请问是不是只要有一个质谱峰就能根据分子量预测出来一个肽断,即使这个蛋白本身不: 存在?我这里的core facility一般都是搜索已知的蛋白质数据库,如果数据库里面没: 有的话估计就出不来结果了。: 有没有一种程序,根据精确的质谱数据模拟出来相应的肽断?