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请问有多少lncRNA是没有PolyA尾巴的?
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i*i
2
最近老板要做RNA-Seq看lncRNA的表达。
Illumina的Kit要做PolyA的selection。
但是有人说有些lncRNA是没有polyA尾巴的,所以我问问版上的大侠,大概有多少
lncRNA是没有polyA尾巴的。
是不是用Ribo-zero 处理sample做library更合适一些?
谢谢
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i*y
3
Some working definitions of lincRNA include polyadenylation
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j*p
4
大部分(>90%)lncRNA有polyA. Ribo-zero 数据远不如polyA selected数据来得平滑.
just a trade off, up 2 you
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p*b
5
MALAT1好像就没有尾巴, 3‘有个triple helix 结构,
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r*8
6
MALAT1应该有polyA tail, 否则TruSeq应该无法检测到

【在 p******b 的大作中提到】
: MALAT1好像就没有尾巴, 3‘有个triple helix 结构,
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b*y
7
Work from Phil Sharp lab showed that MALAT1 is not polyAdenylated. As
pointed out by polycomb, it has a triple helix. One or two strands of the
triple helix is polyA like, which is encoded in the gene.
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r*8
8
有道理, 刚刚看了下Sharp的paper, 对照了RNAseq data, 比较吻合

【在 b******y 的大作中提到】
: Work from Phil Sharp lab showed that MALAT1 is not polyAdenylated. As
: pointed out by polycomb, it has a triple helix. One or two strands of the
: triple helix is polyA like, which is encoded in the gene.

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