求教：3'端的多态性（突变）如何调控基因表达 - 未名空间MITBBS历史存档

求教：3'端的多态性（突变）如何调控基因表达# Biology - 生物学

q*n2013-04-05 07:04

1 楼

牛排用现磨的海盐，黑胡椒撒匀，蒜蓉，烤到自己喜爱的成色。
salad 叶子，黄色甜椒，goal cheese, 红洋葱，现磨海盐，黑胡椒，就这样吧。
简单吧～
三文鱼是到很简单的菜，尤其烤的。
鱼自身用海盐跟现磨黑胡椒摸匀，然后抹上酱汁，烤箱425华氏，25分钟左右，但每家
的烤箱各异，要检查熟透。
酱汁：蒜蓉，姜末，basil末，balsamic vinegar, 橄榄油，Parmesan cheese,调匀。

j*42013-04-05 07:04

2 楼

我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism，但离那个基因的3’端有几十
kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系（有些突变会高度上调这个基因的
mRNA和蛋白水平）。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
子之类的，这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
构受到突变的影响？或者是epigenetics的变化引起的？我没有genomic和epigenetic的
背景，诚心向大虾们求教～不胜感激～～～

R*s2013-04-05 07:04

3 楼

赞，简单又清爽...

b*r2013-04-05 07:04

4 楼

3‘也可以有enhancer啊，这种例子多了

i*92013-04-05 07:04

5 楼

真漂亮啊。想吃掉三文鱼。

l*12013-04-05 07:04

6 楼

C elegans RNA-binding proteins (RBPs) POS-1 and GLD-1 both proteins
recognize the glp-1 3' untranslated region (UTR) through adjacent,
overlapping binding sites and that POS-1 binding excludes GLD-1 binding.
PMID 23034181
by Farley BM et al.
POS-1 and GLD-1 repress glp-1 translation through a conserved binding-site
cluster. (2012).
Mol Biol Cell. 23: 4473-83.
web link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23034181

【在 j*****4 的大作中提到】

: 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism，但离那个基因的3’端有几十
: kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系（有些突变会高度上调这个基因的
: mRNA和蛋白水平）。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
: 子之类的，这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
: polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
: 构受到突变的影响？或者是epigenetics的变化引起的？我没有genomic和epigenetic的
: 背景，诚心向大虾们求教～不胜感激～～～

t*g2013-04-05 07:04

7 楼

秋水不开饭店太可惜了。

b*r2013-04-05 07:04

8 楼

你这是UTR,LZ的都基因下游几十K了
那我也举个不一定恰当的例子吧，比如IGF2下游若干Kb的CpG island （IC1）就影响
IGF2的表达

【在 l**********1 的大作中提到】

: C elegans RNA-binding proteins (RBPs) POS-1 and GLD-1 both proteins
: recognize the glp-1 3' untranslated region (UTR) through adjacent,
: overlapping binding sites and that POS-1 binding excludes GLD-1 binding.
: PMID 23034181
: by Farley BM et al.
: POS-1 and GLD-1 repress glp-1 translation through a conserved binding-site
: cluster. (2012).
: Mol Biol Cell. 23: 4473-83.
: web link:
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23034181

l*12013-04-05 07:04

9 楼

how about COL4A1 ?
PMID 22253229
Assadian S et al.
p53 inhibits angiogenesis by inducing the production of Arresten. (2012).
Cancer Res. 72: 1270-9.
cited
p53 directly activated transcription of the COL4A1 gene by binding to an
enhancer region 26 kbp downstream of its 3' end
PubMed link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22253229

【在 b****r 的大作中提到】

: 你这是UTR,LZ的都基因下游几十K了
: 那我也举个不一定恰当的例子吧，比如IGF2下游若干Kb的CpG island （IC1）就影响
: IGF2的表达

g*r2013-04-05 07:04

10 楼

I think you should look into microRNA-based regulation.

M*P2013-04-05 07:04

11 楼

去查查high c之类的数据库八，应该是染色体结构相关。

【在 j*****4 的大作中提到】

: 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism，但离那个基因的3’端有几十
: kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系（有些突变会高度上调这个基因的
: mRNA和蛋白水平）。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
: 子之类的，这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
: polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
: 构受到突变的影响？或者是epigenetics的变化引起的？我没有genomic和epigenetic的
: 背景，诚心向大虾们求教～不胜感激～～～

s*s2013-04-05 07:04

12 楼

我觉得你考虑这些东西之前，先去看看你这个cell的genome browser这个位置有没有表
达，比如你这个基因，其他基因，ncRNA等等。当然，你说的这些都有可能

【在 j*****4 的大作中提到】

: 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism，但离那个基因的3’端有几十
: kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系（有些突变会高度上调这个基因的
: mRNA和蛋白水平）。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
: 子之类的，这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
: polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
: 构受到突变的影响？或者是epigenetics的变化引起的？我没有genomic和epigenetic的
: 背景，诚心向大虾们求教～不胜感激～～～

s*y2013-04-05 07:04

13 楼

也有可能是间接关系啊。比方说那个区域其实影响的是另外一个蛋白（或者RNA)，然后
通过那个蛋白(or RNA)来影响你感兴趣的基因。

【在 j*****4 的大作中提到】

: 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism，但离那个基因的3’端有几十
: kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系（有些突变会高度上调这个基因的
: mRNA和蛋白水平）。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
: 子之类的，这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
: polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
: 构受到突变的影响？或者是epigenetics的变化引起的？我没有genomic和epigenetic的
: 背景，诚心向大虾们求教～不胜感激～～～

D*g2013-04-05 07:04

14 楼

Here is another possibility.
Controlling long-range genomic interactions at a native locus by targeted
tethering of a looping factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22682246

【在 j*****4 的大作中提到】

: 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism，但离那个基因的3’端有几十
: kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系（有些突变会高度上调这个基因的
: mRNA和蛋白水平）。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
: 子之类的，这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
: polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
: 构受到突变的影响？或者是epigenetics的变化引起的？我没有genomic和epigenetic的
: 背景，诚心向大虾们求教～不胜感激～～～

j*42013-04-05 07:04

15 楼

这就是有意思的地方，这个多态性在另一个基因的5‘端，可对那个基因的表达却没什
么影响，那个基因也不是转录因子什么的。可能还是与RNA或染色体结构有关。

【在 s******y 的大作中提到】

: 也有可能是间接关系啊。比方说那个区域其实影响的是另外一个蛋白（或者RNA)，然后
: 通过那个蛋白(or RNA)来影响你感兴趣的基因。

j*42013-04-05 07:04

16 楼

这个有点像，谢谢大虾提供的宝贵文献。

【在 l**********1 的大作中提到】

: how about COL4A1 ?
: PMID 22253229
: Assadian S et al.
: p53 inhibits angiogenesis by inducing the production of Arresten. (2012).
: Cancer Res. 72: 1270-9.
: cited
: p53 directly activated transcription of the COL4A1 gene by binding to an
: enhancer region 26 kbp downstream of its 3' end
: PubMed link:
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22253229

j*42013-04-05 07:04

17 楼

有道理，我先去查查看，多谢！！

【在 s******s 的大作中提到】

: 我觉得你考虑这些东西之前，先去看看你这个cell的genome browser这个位置有没有表
: 达，比如你这个基因，其他基因，ncRNA等等。当然，你说的这些都有可能

l*12013-04-05 07:04

18 楼

De rien
btw, just little shrimp not king lobster

【在 j*****4 的大作中提到】

:
: 有道理，我先去查查看，多谢！！