exon and intron# Biology - 生物学D*r2013-04-15 07:041 楼实验室要买一台Mac Pro处理数据,主要是next generation sequencing 数据。看了一下APPLE的网站,cpu,memory,storage可以选不同的配置。见附图。想请板上的大侠们推荐一下,怎么配置性价比高些。谢谢!
m*n2013-04-15 07:043 楼考虑性价比为什么要mac呢?【在 D*******r 的大作中提到】: 实验室要买一台Mac Pro处理数据,主要是next generation sequencing 数据。: 看了一下APPLE的网站,cpu,memory,storage可以选不同的配置。见附图。: 想请板上的大侠们推荐一下,怎么配置性价比高些。: 谢谢!
e*m2013-04-15 07:046 楼做下一代测序为什么要用mac pro?一般的工作站不是很好么。。。【在 D*******r 的大作中提到】: 实验室要买一台Mac Pro处理数据,主要是next generation sequencing 数据。: 看了一下APPLE的网站,cpu,memory,storage可以选不同的配置。见附图。: 想请板上的大侠们推荐一下,怎么配置性价比高些。: 谢谢!
t*t2013-04-15 07:047 楼买MacPro还要啥性价比?【在 D*******r 的大作中提到】: 实验室要买一台Mac Pro处理数据,主要是next generation sequencing 数据。: 看了一下APPLE的网站,cpu,memory,storage可以选不同的配置。见附图。: 想请板上的大侠们推荐一下,怎么配置性价比高些。: 谢谢!
n*r2013-04-15 07:048 楼可能老板是果粉我去出差时候遇到过一个单位,几百台电脑都是MAC但是都当成thin client用,运行citrix连到服务器,在窗口里运行window应用软件只能说领导不缺钱啊
n*72013-04-15 07:049 楼处理NGS要毛显卡啊core要多,内存硬盘要大钱不多的话要mac pro不是行为艺术吗【在 f*******2 的大作中提到】: 还是升级显卡,内存太贵了,选32GB, 等内存便宜了再升级。
D*r2013-04-15 07:0410 楼谢谢你的回复1.老板现在用的事mac pro,他觉得好2.我们也想考虑其它的server,但实验室没人懂电脑的...想想就觉得很麻烦...【在 m******n 的大作中提到】: 考虑性价比为什么要mac呢?
D*r2013-04-15 07:0411 楼谢谢你的建议。我们主要做数据处理,所以感觉显卡可能不是太重要。我们在前期处理时,用的事desktop,i5处理器,8g内存,感觉很费力。所以想弄大内存【在 f*******2 的大作中提到】: 还是升级显卡,内存太贵了,选32GB, 等内存便宜了再升级。
D*r2013-04-15 07:0412 楼谢谢你的建议。我知道大部分实验室做NGS都是自己有服务器,或者用学校的supercomputer.我曾经试过用desktop去做alignment(bowtie2),基本上不行。但我们实验室比较穷,也不懂怎么建立服务器,所以想着最简单就是弄个mac pro(也算个服务器吧?)【在 e**********m 的大作中提到】: 做下一代测序为什么要用mac pro?一般的工作站不是很好么。。。
D*r2013-04-15 07:0414 楼谢谢你的建议,和我感觉一样。就是core要多,内存要大。难道硬盘也要很大吗?我是想弄个256g的硬盘,处理好的数据转移到移动硬盘存起来,应该要便宜一些,不知道可行?【在 n******7 的大作中提到】: 处理NGS要毛显卡啊: core要多,内存硬盘要大: 钱不多的话要mac pro不是行为艺术吗
d*a2013-04-15 07:0416 楼Mac Pro支持一个处理器和两个GPU。如果能用上GPU,Mac Pro非常不错。如果用不上GPU,那就不合适了。现在越来越多的应用是可以用GPU了。【在 D*******r 的大作中提到】: 谢谢你的建议。: 我知道大部分实验室做NGS都是自己有服务器,或者用学校的supercomputer.: 我曾经试过用desktop去做alignment(bowtie2),基本上不行。: 但我们实验室比较穷,也不懂怎么建立服务器,所以想着最简单就是弄个mac pro(也算: 个服务器吧?)
D*r2013-04-15 07:0417 楼谢谢你的回复。怎么才算用上GPU了?难道不是cpu不够了,自动用GPU吗?不好意思,我电脑基本上就是白痴。。。【在 d***a 的大作中提到】: Mac Pro支持一个处理器和两个GPU。如果能用上GPU,Mac Pro非常不错。如果用不上: GPU,那就不合适了。现在越来越多的应用是可以用GPU了。
d*a2013-04-15 07:0419 楼这个要应用程序支持GPU加速。比如说Photoshop CS6,用GPU加速可以有几倍或更高的提速,就适合Mac Pro这样单CPU双GPU的设计。如果是你们自己写程序,那要用OpenCL或CUDA编程来使用GPU。【在 D*******r 的大作中提到】: 谢谢你的回复。: 怎么才算用上GPU了?难道不是cpu不够了,自动用GPU吗?: 不好意思,我电脑基本上就是白痴。。。
n*72013-04-15 07:0420 楼你不是做NGS吗?你看看文件都多大我们这边做meta genome的,几十T都轻松占满【在 D*******r 的大作中提到】: 谢谢你的建议,和我感觉一样。: 就是core要多,内存要大。: 难道硬盘也要很大吗?: 我是想弄个256g的硬盘,处理好的数据转移到移动硬盘存起来,应该要便宜一些,不知: 道可行?
n*72013-04-15 07:0421 楼那还是别折腾mac pro了,老老实实PC+linux我同事几个月前配你这类似的,HP workstation, 6 core + 32GB + 2TB HDD,不到2K因为我们是当destkop用的,所以其实内存应该在加点,要是你们跑jobreads alignment是高度可并行的,所以core多点好,现在似乎6-core的价格还在性价比线性范围内。上双CPU价格就上去了你们要只处理自己的数据,比如RNA-SEQ,Exome sequencing,其实不用太fancy的机器,我想你们比较穷的话,自己的data也不多这些个bioinfo工具linux下面跑没有任何问题。大部分应该osx下面也能跑,不过难说某些有问题。你们干活的机器,实在没有必要上mac. 装个debian,什么bowtie2,samtools直接在库里面,一行命令安装好。不然我琢磨你这背景安装就要折腾半天【在 D*******r 的大作中提到】: 谢谢你的建议。: 我知道大部分实验室做NGS都是自己有服务器,或者用学校的supercomputer.: 我曾经试过用desktop去做alignment(bowtie2),基本上不行。: 但我们实验室比较穷,也不懂怎么建立服务器,所以想着最简单就是弄个mac pro(也算: 个服务器吧?)
d*a2013-04-15 07:0422 楼MacPro运行Linux没问题吧? 没必要在OS X下搞大型开发。OS X下运行Photoshop倒是很不错。可以搞双启动,把OS X也留着。...【在 n******7 的大作中提到】: 那还是别折腾mac pro了,老老实实PC+linux: 我同事几个月前配你这类似的,HP workstation, 6 core + 32GB + 2TB HDD,不到2K: 因为我们是当destkop用的,所以其实内存应该在加点,要是你们跑job: reads alignment是高度可并行的,所以core多点好,现在似乎6-core的价格还在性价: 比线性范围内。上双CPU价格就上去了: 你们要只处理自己的数据,比如RNA-SEQ,Exome sequencing,其实不用太fancy的机器,: 我想你们比较穷的话,自己的data也不多: 这些个bioinfo工具linux下面跑没有任何问题。大部分应该osx下面也能跑,不过难说: 某些有问题。: 你们干活的机器,实在没有必要上mac. 装个debian,什么bowtie2,samtools直接在库
x*42013-04-15 07:0423 楼纳税人的钱就是这样浪费掉。★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6【在 D*******r 的大作中提到】: 实验室要买一台Mac Pro处理数据,主要是next generation sequencing 数据。: 看了一下APPLE的网站,cpu,memory,storage可以选不同的配置。见附图。: 想请板上的大侠们推荐一下,怎么配置性价比高些。: 谢谢!
n*72013-04-15 07:0424 楼OSX也不用,买Mac不是更亏了另外不知道bootcamp对安装linux支持如何反正那个SSA mba装linux写了一堆步骤,看着就蛋疼,LZ没必要跟自己过不去【在 d***a 的大作中提到】: MacPro运行Linux没问题吧? 没必要在OS X下搞大型开发。: OS X下运行Photoshop倒是很不错。可以搞双启动,把OS X也留着。: : ...
D*r2013-04-15 07:0425 楼谢谢你的科普!【在 d***a 的大作中提到】: 这个要应用程序支持GPU加速。比如说Photoshop CS6,用GPU加速可以有几倍或更高的: 提速,就适合Mac Pro这样单CPU双GPU的设计。: 如果是你们自己写程序,那要用OpenCL或CUDA编程来使用GPU。
D*r2013-04-15 07:0426 楼嗯,如果做whole genome sequencing估计得要很大的存储空间。我们现在主要是RNA-seq,所以感觉还好。【在 n******7 的大作中提到】: 你不是做NGS吗?你看看文件都多大: 我们这边做meta genome的,几十T都轻松占满
D*r2013-04-15 07:0427 楼谢谢你的信息,真的很有帮助!不知道你能否给我你同事这款电脑的详细型号?不到2k的性价比真的不错,我可以让我老板考虑考虑,实在是挺穷的。。。你觉得32gRAM够了么?另外,debian 和 ubuntu你觉得装哪个好些?【在 n******7 的大作中提到】: 那还是别折腾mac pro了,老老实实PC+linux: 我同事几个月前配你这类似的,HP workstation, 6 core + 32GB + 2TB HDD,不到2K: 因为我们是当destkop用的,所以其实内存应该在加点,要是你们跑job: reads alignment是高度可并行的,所以core多点好,现在似乎6-core的价格还在性价: 比线性范围内。上双CPU价格就上去了: 你们要只处理自己的数据,比如RNA-SEQ,Exome sequencing,其实不用太fancy的机器,: 我想你们比较穷的话,自己的data也不多: 这些个bioinfo工具linux下面跑没有任何问题。大部分应该osx下面也能跑,不过难说: 某些有问题。: 你们干活的机器,实在没有必要上mac. 装个debian,什么bowtie2,samtools直接在库
a*c2013-04-15 07:0429 楼ngs用mac???同样的价钱配出的mac比pc慢不少【在 D*******r 的大作中提到】: 实验室要买一台Mac Pro处理数据,主要是next generation sequencing 数据。: 看了一下APPLE的网站,cpu,memory,storage可以选不同的配置。见附图。: 想请板上的大侠们推荐一下,怎么配置性价比高些。: 谢谢!
a*k2013-04-15 07:0430 楼我见过做Bioinfor的,用Mac Pro(以前的型号)的比例那是相当的高如果你要用的话,差不多内存、硬盘、CPU最好都加到顶(硬盘千万不要小,要不很多分析你根本没办法做,CPU可以妥协一点,内存必须到顶)Mac其实性价比应该不错,主要是升级配置加的钱比较合理比如新Mac Pro所有加到顶也不到$9000(教育价格),HP和Dell的工作站吊丝配置都很便宜,不过随便升级一些配置花的钱海了去了比如经典的Z820,只要不到$2000起,但是如果升级到Mac同样的配置12Core CPU要加$4200,64G内存要加$2000, 1T的SSD要$1600(最差的SSD,比Mac的差)两块W7000的显卡(比Mac的D700=W9000差)要加$1700最后要$12000不过新Mac Pro不太推荐,主要是CPU和内存的扩展性太差,和Z820差的不是一点半点后者CPU可以加到两块,内存可以加到512G,不过价格也就上去了,要$60000多(光内存就要$40000多)
n*72013-04-15 07:0431 楼看了一下,机器是去年6月买的Z420,2.2KE501650 6core, 32G 内存,2TB HDD内存肯定越大越好,预算允许的话ubuntu debian没大区别,不当桌面用 debian挺好【在 D*******r 的大作中提到】: 谢谢你的信息,真的很有帮助!: 不知道你能否给我你同事这款电脑的详细型号?不到2k的性价比真的不错,我可以让我: 老板考虑考虑,实在是挺穷的。。。: 你觉得32gRAM够了么?: 另外,debian 和 ubuntu你觉得装哪个好些?
n*72013-04-15 07:0432 楼我们这一层楼做bioinfo的,没有看到用mac pro的,用imac的倒是有以前在另一层楼做bioinfo的地方,也没有一个用mac pro的,倒是一个同事用ibook,等他当了PI,立刻订了一个mac pro你这比较也不合适,官网升级到极端配置当然是杀猪价,要性价比完全可以自己加东西顶)【在 a******k 的大作中提到】: 我见过做Bioinfor的,用Mac Pro(以前的型号)的比例那是相当的高: 如果你要用的话,差不多内存、硬盘、CPU最好都加到顶: (硬盘千万不要小,要不很多分析你根本没办法做,CPU可以妥协一点,内存必须到顶): Mac其实性价比应该不错,主要是升级配置加的钱比较合理: 比如新Mac Pro所有加到顶也不到$9000(教育价格),: HP和Dell的工作站吊丝配置都很便宜,不过随便升级一些配置花的钱海了去了: 比如经典的Z820,只要不到$2000起,但是如果升级到Mac同样的配置: 12Core CPU要加$4200,64G内存要加$2000, 1T的SSD要$1600(最差的SSD,比Mac的差): 两块W7000的显卡(比Mac的D700=W9000差)要加$1700: 最后要$12000
n*72013-04-15 07:0433 楼另外一点就是PC,特别是workstation实际价格都有很大的折扣那个Z420官网价格2.9k,折扣后2.2k,mac的价格基本不可能这个幅度的打折顶)【在 a******k 的大作中提到】: 我见过做Bioinfor的,用Mac Pro(以前的型号)的比例那是相当的高: 如果你要用的话,差不多内存、硬盘、CPU最好都加到顶: (硬盘千万不要小,要不很多分析你根本没办法做,CPU可以妥协一点,内存必须到顶): Mac其实性价比应该不错,主要是升级配置加的钱比较合理: 比如新Mac Pro所有加到顶也不到$9000(教育价格),: HP和Dell的工作站吊丝配置都很便宜,不过随便升级一些配置花的钱海了去了: 比如经典的Z820,只要不到$2000起,但是如果升级到Mac同样的配置: 12Core CPU要加$4200,64G内存要加$2000, 1T的SSD要$1600(最差的SSD,比Mac的差): 两块W7000的显卡(比Mac的D700=W9000差)要加$1700: 最后要$12000
a*a2013-04-15 07:0434 楼amazon ec2加star cluster。【在 n******7 的大作中提到】: 那还是别折腾mac pro了,老老实实PC+linux: 我同事几个月前配你这类似的,HP workstation, 6 core + 32GB + 2TB HDD,不到2K: 因为我们是当destkop用的,所以其实内存应该在加点,要是你们跑job: reads alignment是高度可并行的,所以core多点好,现在似乎6-core的价格还在性价: 比线性范围内。上双CPU价格就上去了: 你们要只处理自己的数据,比如RNA-SEQ,Exome sequencing,其实不用太fancy的机器,: 我想你们比较穷的话,自己的data也不多: 这些个bioinfo工具linux下面跑没有任何问题。大部分应该osx下面也能跑,不过难说: 某些有问题。: 你们干活的机器,实在没有必要上mac. 装个debian,什么bowtie2,samtools直接在库
t*o2013-04-15 07:0435 楼真实吃饱了折腾,买mac pro 做ngs ,还追求性价比? 你还不如问问北京街头的豆汁摊哪个有欧洲中世纪风格了老板实在想要,随机选一个就是了。反正性价比都是垃圾做ngs, 第一重要的是core数目,其次是内存。 用bowtie2, gpu是没指望了想新潮,考虑amazon的服务,想实用,自己找hp dell的服务器,还是那句话,随机选一个,轻松秒杀mac pro【在 D*******r 的大作中提到】: 实验室要买一台Mac Pro处理数据,主要是next generation sequencing 数据。: 看了一下APPLE的网站,cpu,memory,storage可以选不同的配置。见附图。: 想请板上的大侠们推荐一下,怎么配置性价比高些。: 谢谢!
z*32013-04-15 07:0436 楼我自个弄会搞hackintosh【在 x***4 的大作中提到】: 纳税人的钱就是这样浪费掉。: : ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6
D*r2013-04-15 07:0438 楼谢谢你的建议!我也是准备CUP妥协一点,内存加到顶。顶)【在 a******k 的大作中提到】: 我见过做Bioinfor的,用Mac Pro(以前的型号)的比例那是相当的高: 如果你要用的话,差不多内存、硬盘、CPU最好都加到顶: (硬盘千万不要小,要不很多分析你根本没办法做,CPU可以妥协一点,内存必须到顶): Mac其实性价比应该不错,主要是升级配置加的钱比较合理: 比如新Mac Pro所有加到顶也不到$9000(教育价格),: HP和Dell的工作站吊丝配置都很便宜,不过随便升级一些配置花的钱海了去了: 比如经典的Z820,只要不到$2000起,但是如果升级到Mac同样的配置: 12Core CPU要加$4200,64G内存要加$2000, 1T的SSD要$1600(最差的SSD,比Mac的差): 两块W7000的显卡(比Mac的D700=W9000差)要加$1700: 最后要$12000
D*r2013-04-15 07:0439 楼再次感谢!!【在 n******7 的大作中提到】: 看了一下,机器是去年6月买的Z420,2.2K: E501650 6core, 32G 内存,2TB HDD: 内存肯定越大越好,预算允许的话: ubuntu debian没大区别,不当桌面用 debian挺好
x*42013-04-15 07:0440 楼是的。osx 现在是llvm了。★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6【在 g*r 的大作中提到】: 听说mac OSX自家的gcc跟linux下的有些区别。: 如果你要自行编译某些程序,有时会遇到麻烦。
d*u2013-04-15 07:0441 楼mac pro跟人家SERVER比就是玩具,比你贵有什么新鲜的。LZ说实验室经费有限,不会折腾机器,然后要考虑买MAC...really funny【在 d***a 的大作中提到】: 其实对商用来说,Mac的性价比很好啊。俺上一次配一个server,花了七八千元。楼主: 这个配置,在Dell那里恐怕比这个价要高。
d*a2013-04-15 07:0442 楼呵呵,大抽抽眼界有限啊。你说说看Dell的server有什么特殊?【在 d********u 的大作中提到】: mac pro跟人家SERVER比就是玩具,比你贵有什么新鲜的。LZ说实验室经费有限,不会: 折腾机器,然后要考虑买MAC...: really funny
d*b2013-04-15 07:0443 楼差别大了,很多学生物的编程都是三脚猫的功夫,最大的本事也就拿人家的code改改,你要没钱养programmer,linux上的c++ code你改得了吗?估计一个make file都能让你这种的玩上一个月吧?computer在科学研究里是tool,选择tool的最重要的要求是能提高你work的throughput:你有idea到发paper需要多少时间, 好比一辆车,要丫的大多数时间都停在车库里维修的话,你还跑什么运输?改行修车算了。lab选计算机最重要的是,你tmd在这种机器上有本事维护人家的code么?没有就别穿那t-back了,你们学生物的那活儿,穿个t-back只能徒增笑儿。有时候看看版上的一些生物果残,真他妈的神经病,苍蝇一样,一闻到夹不死的骚味就一哄而上。【在 d***a 的大作中提到】: 呵呵,大抽抽眼界有限啊。你说说看Dell的server有什么特殊?
d*a2013-04-15 07:0444 楼大sb也来了,你们两位倒是能凑成一对。:)计算机科班出身的,不管什么拿来先装一个Linux,不是你这么个搞笑的做法。throughput【在 d*b 的大作中提到】: 差别大了,很多学生物的编程都是三脚猫的功夫,最大的本事也就拿人家的code改改,: 你要没钱养programmer,linux上的c++ code你改得了吗?估计一个make file都能让你: 这种的玩上一个月吧?: computer在科学研究里是tool,选择tool的最重要的要求是能提高你work的throughput: :你有idea到发paper需要多少时间, 好比一辆车,要丫的大多数时间都停在车库里维: 修的话,你还跑什么运输?改行修车算了。: lab选计算机最重要的是,你tmd在这种机器上有本事维护人家的code么?没有就别穿那: t-back了,你们学生物的那活儿,穿个t-back只能徒增笑儿。: 有时候看看版上的一些生物果残,真他妈的神经病,苍蝇一样,一闻到夹不死的骚味就: 一哄而上。
d*b2013-04-15 07:0445 楼地瓜同学,该杀老鼠了,上网灌水的事可以再缓,你要再不杀,(女)老板要不happy了【在 d***a 的大作中提到】: 大sb也来了,你们两位倒是能凑成一对。:): 计算机科班出身的,不管什么拿来先装一个Linux,不是你这么个搞笑的做法。: : throughput