问个密码子优化的问题？谢谢！ - 未名空间MITBBS历史存档

问个密码子优化的问题？谢谢！# Biology - 生物学

x*32013-04-28 07:04

1 楼

请教offer选择∶
Top 80 faculty
工资高
系里人不和
学校大部份人是associate，就是说拿了tenure就不做research了
college town∶据说适合养娃，单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）
Top 20 postdoc
很有名气的学校
大城市
这个postdoc是每年renew的
我怕不被renew，请问H1签证如果后来没有工作了，有和OPT相对应的缓冲签证么
谢谢！

y*12013-04-28 07:04

2 楼

Sandisk ultra 64gb micro sd.
上面的文件删除后手机重启又回来了。
电脑删也一样。有没有人知道怎么办。谢谢

M*u2013-04-28 07:04

3 楼

大家认为密码子优化到底对基因的高水平表达到底有多大帮助？到底有没有帮助？
盲目地把所有的密码子一味地都用软件替换成高频率使用的非稀有密码子一定是正确的
做法吗？
实际上发现在很多高量表达的基因中也发现存在很多稀有密码子
做定向进化的时候也经常发现表达提高的突变子反而引入了一些稀有密码子
各位有何高见？
谢谢！

h*02013-04-28 07:04

4 楼

临时工就是临时工，在哪都一样。

【在 x**********3 的大作中提到】

: 请教offer选择∶
: Top 80 faculty
: 工资高
: 系里人不和
: 学校大部份人是associate，就是说拿了tenure就不做research了
: college town∶据说适合养娃，单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）
: Top 20 postdoc
: 很有名气的学校
: 大城市
: 这个postdoc是每年renew的

R*R2013-04-28 07:04

5 楼

这个好啊，连数据恢复软件都省了。

H*i2013-04-28 07:04

6 楼

稀有密码子有时候会帮助折叠吧

s*g2013-04-28 07:04

7 楼

那还是postdoc吧，faculty系里人居然不和

g*t2013-04-28 07:04

8 楼

这个牛，别人都是自动丢失，这个是删不掉

s*s2013-04-28 07:04

9 楼

传说中，只要不是太夸张的codon, 其实对蛋白表达影响不大

【在 M***u 的大作中提到】

: 大家认为密码子优化到底对基因的高水平表达到底有多大帮助？到底有没有帮助？
: 盲目地把所有的密码子一味地都用软件替换成高频率使用的非稀有密码子一定是正确的
: 做法吗？
: 实际上发现在很多高量表达的基因中也发现存在很多稀有密码子
: 做定向进化的时候也经常发现表达提高的突变子反而引入了一些稀有密码子
: 各位有何高见？
: 谢谢！

f*e2013-04-28 07:04

10 楼

超过五个人的系很少人和的，只不过有时候是暗流涌动 you are not in the loop而已

【在 s******g 的大作中提到】

: 那还是postdoc吧，faculty系里人居然不和

R*R2013-04-28 07:04

11 楼

看看你的卡是不是设置了自动写保护。

i*g2013-04-28 07:04

12 楼

搞不清楚，有时就1 倍的差异。对多数情况，是很可以不在乎的。
stratagene公司提供的个例，倒是有 0或1的区别，这个时候不能不用了

d*h2013-04-28 07:04

13 楼

800比2你纠结一下还差不多

【在 x**********3 的大作中提到】

: 请教offer选择∶
: Top 80 faculty
: 工资高
: 系里人不和
: 学校大部份人是associate，就是说拿了tenure就不做research了
: college town∶据说适合养娃，单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）
: Top 20 postdoc
: 很有名气的学校
: 大城市
: 这个postdoc是每年renew的

p*r2013-04-28 07:04

14 楼

我有一个一样的卡,同样的问题.用在我的note 1上.
现在只好自己留着,也不好去退或换.

【在 y****1 的大作中提到】

: Sandisk ultra 64gb micro sd.
: 上面的文件删除后手机重启又回来了。
: 电脑删也一样。有没有人知道怎么办。谢谢

q*72013-04-28 07:04

15 楼

记得文献说有时候变一两个关键的稀有密码子，可以增加上百倍的表达。因为稀有（相
对要表达的细胞来说的），所以在要表达的细胞中其响应的tRNA就很少。这是导致低表
达的原因。这玩意，宁愿信其有，不愿信其无。你不看，所有做表达的都考虑这个吗？
BL21DE3 pLys不是卖的很火吗。从另一个角度overcome稀有密码子，就是在不改变稀有
密码子的前提下，通过提高其响应的tRNA pool而增加表达。

d*h2013-04-28 07:04

16 楼

哈哈哈说出了我的心声呢

【在 d*******h 的大作中提到】

: 800比2你纠结一下还差不多

y*12013-04-28 07:04

17 楼

我给sandisk 打电话了，他们给免费换一个新的

【在 p******r 的大作中提到】

: 我有一个一样的卡,同样的问题.用在我的note 1上.
: 现在只好自己留着,也不好去退或换.

q*72013-04-28 07:04

18 楼

记得文献说有时候变一两个关键的稀有密码子，可以增加上百倍的表达。因为稀有（相
对要表达的细胞来说的），所以在要表达的细胞中其响应的tRNA就很少。这是导致低表
达的原因。这玩意，宁愿信其有，不愿信其无。你不看，所有做表达的都考虑这个吗？
BL21DE3 pLys不是卖的很火吗。从另一个角度overcome稀有密码子，就是在不改变稀有
密码子的前提下，通过提高其响应的tRNA pool而增加表达。

c*e2013-04-28 07:04

19 楼

赶紧去FACULTY 别犯傻

【在 x**********3 的大作中提到】

: 请教offer选择∶
: Top 80 faculty
: 工资高
: 系里人不和
: 学校大部份人是associate，就是说拿了tenure就不做research了
: college town∶据说适合养娃，单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）
: Top 20 postdoc
: 很有名气的学校
: 大城市
: 这个postdoc是每年renew的

E*e2013-04-28 07:04

20 楼

一般这都是文件系统垮了
东西都复制出来
格式化一遍
再复制回去
就好了

【在 y****1 的大作中提到】

: 我给sandisk 打电话了，他们给免费换一个新的

x*22013-04-28 07:04

21 楼

我们实验室做过一些密码子优化
保守的说，至少能提高2-3倍表达量
但是你如果想要产量提高10倍或者以上，就要看运气了

T*s2013-04-28 07:04

22 楼

当然是博后了
科研这么大的乐趣可不能丢

【在 x**********3 的大作中提到】

: 请教offer选择∶
: Top 80 faculty
: 工资高
: 系里人不和
: 学校大部份人是associate，就是说拿了tenure就不做research了
: college town∶据说适合养娃，单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）
: Top 20 postdoc
: 很有名气的学校
: 大城市
: 这个postdoc是每年renew的

y*12013-04-28 07:04

23 楼

无法格式化，这么简单解决我就不用再这问问题了。

【在 E***e 的大作中提到】

: 一般这都是文件系统垮了
: 东西都复制出来
: 格式化一遍
: 再复制回去
: 就好了

l*n2013-04-28 07:04

24 楼

稀有的有几个影响不大，太多就不行了。我有个protein有9个CCC，在普通DE3不表达，
用codon plus就表达了。

【在 M***u 的大作中提到】

: 大家认为密码子优化到底对基因的高水平表达到底有多大帮助？到底有没有帮助？
: 盲目地把所有的密码子一味地都用软件替换成高频率使用的非稀有密码子一定是正确的
: 做法吗？
: 实际上发现在很多高量表达的基因中也发现存在很多稀有密码子
: 做定向进化的时候也经常发现表达提高的突变子反而引入了一些稀有密码子
: 各位有何高见？
: 谢谢！

z*c2013-04-28 07:04

25 楼

80和20有啥纠结的
我100+和top 10都无脑选前者AP

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 11

【在 x**********3 的大作中提到】

: 请教offer选择∶
: Top 80 faculty
: 工资高
: 系里人不和
: 学校大部份人是associate，就是说拿了tenure就不做research了
: college town∶据说适合养娃，单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）
: Top 20 postdoc
: 很有名气的学校
: 大城市
: 这个postdoc是每年renew的

s*n2013-04-28 07:04

26 楼

pLysS和稀有密码子无关

【在 q***7 的大作中提到】

: 记得文献说有时候变一两个关键的稀有密码子，可以增加上百倍的表达。因为稀有（相
: 对要表达的细胞来说的），所以在要表达的细胞中其响应的tRNA就很少。这是导致低表
: 达的原因。这玩意，宁愿信其有，不愿信其无。你不看，所有做表达的都考虑这个吗？
: BL21DE3 pLys不是卖的很火吗。从另一个角度overcome稀有密码子，就是在不改变稀有
: 密码子的前提下，通过提高其响应的tRNA pool而增加表达。

s*s2013-04-28 07:04

27 楼

肯定选faculty

【在 x**********3 的大作中提到】

: 请教offer选择∶
: Top 80 faculty
: 工资高
: 系里人不和
: 学校大部份人是associate，就是说拿了tenure就不做research了
: college town∶据说适合养娃，单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）
: Top 20 postdoc
: 很有名气的学校
: 大城市
: 这个postdoc是每年renew的

s*n2013-04-28 07:04

28 楼

密码子优化肯定会或多或少提高蛋白表达量，但是否是soluble则得分情况。我就遇到
过优化后反而降低soluble expression的。主要是密码子优化后蛋白表达的速度太快，
导致某些蛋白不能及时正确折叠，反而降低产量（soluble）。

M*o2013-04-28 07:04

29 楼

Just think how many top 2 postocs can't even land a faculty position, even
if they wanted to.

【在 x**********3 的大作中提到】

: 请教offer选择∶
: Top 80 faculty
: 工资高
: 系里人不和
: 学校大部份人是associate，就是说拿了tenure就不做research了
: college town∶据说适合养娃，单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）
: Top 20 postdoc
: 很有名气的学校
: 大城市
: 这个postdoc是每年renew的

q*72013-04-28 07:04

30 楼

Sorry, should be codon plus.

【在 s********n 的大作中提到】

: pLysS和稀有密码子无关

c*82013-04-28 07:04

31 楼

我Top2, both phd and postdoc, chose top 200+.
when u have a family to feed, u look at the world in a wholly different way:
)

x*22013-04-28 07:04

32 楼

这种情况我倒没有遇到过，但是如果共表达chaperone是不是有可能改善？

【在 s********n 的大作中提到】

: 密码子优化肯定会或多或少提高蛋白表达量，但是否是soluble则得分情况。我就遇到
: 过优化后反而降低soluble expression的。主要是密码子优化后蛋白表达的速度太快，
: 导致某些蛋白不能及时正确折叠，反而降低产量（soluble）。

s*x2013-04-28 07:04

33 楼

postdoc吧，你这种问题都问的出来。。。

s*n2013-04-28 07:04

34 楼

有可能，也可以试试降低表达温度和inducer浓度

【在 x**2 的大作中提到】

: 这种情况我倒没有遇到过，但是如果共表达chaperone是不是有可能改善？

w*n2013-04-28 07:04

35 楼

两个都不好
海归，做人上人！

【在 x**********3 的大作中提到】

: 请教offer选择∶
: Top 80 faculty
: 工资高
: 系里人不和
: 学校大部份人是associate，就是说拿了tenure就不做research了
: college town∶据说适合养娃，单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）
: Top 20 postdoc
: 很有名气的学校
: 大城市
: 这个postdoc是每年renew的

l*12013-04-28 07:04

36 楼

E.Coli. or normal Cytoplasmic cells 可以试试降低表达温度 for expanding
target protein folding time
but Archaea Cells or Mitochondria cells might need to increase temperature
that can contribute to expand folding time.
Just think about before 2.6 Billion Ys ago low oxygen and without Ozone
layer the Archaea or Cyanobacteria living where (almost ocean or yellow
stone spring bottom) and there average temperature is how many degree?
more pls refer PMID 22754756
CRISPR/Cas systems in archaea: What array spacers can teach us about
parasitism and gene exchange in the 3rd domain of life
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22754756

【在 s********n 的大作中提到】

: 有可能，也可以试试降低表达温度和inducer浓度

n*l2013-04-28 07:04

37 楼

想想每年有多少个Top 2 的postdoc，又有多少个Top 80的Tenure track 职位。

【在 M****o 的大作中提到】

: Just think how many top 2 postocs can't even land a faculty position, even
: if they wanted to.

b*12013-04-28 07:04

38 楼

感觉这位是来挖坑的，大家还努力回帖。

【在 n*******l 的大作中提到】

: 想想每年有多少个Top 2 的postdoc，又有多少个Top 80的Tenure track 职位。

r*92013-04-28 07:04

39 楼

可以转joke版了

s*82013-04-28 07:04

40 楼

Top 80 也得是Colorado, Arizona之类的吧，Harvard 一般posdoc能去都算不错了。

S*J2013-04-28 07:04

41 楼

不是机器人就是坑。

【在 x**********3 的大作中提到】

: 请教offer选择∶
: Top 80 faculty
: 工资高
: 系里人不和
: 学校大部份人是associate，就是说拿了tenure就不做research了
: college town∶据说适合养娃，单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）
: Top 20 postdoc
: 很有名气的学校
: 大城市
: 这个postdoc是每年renew的

z*e2013-04-28 07:04

42 楼

Arizona不是100多名吗？80得是uiuc吧？

【在 s******8 的大作中提到】

: Top 80 也得是Colorado, Arizona之类的吧，Harvard 一般posdoc能去都算不错了。

s*x2013-04-28 07:04

43 楼

楼主还在别处问UMass的情况(US News ranking 75)，估计不是来挖坑的。

【在 s******8 的大作中提到】

: Top 80 也得是Colorado, Arizona之类的吧，Harvard 一般posdoc能去都算不错了。

b*g2013-04-28 07:04

44 楼

Umass不无聊啊离boston这么近

【在 s*********x 的大作中提到】

: 楼主还在别处问UMass的情况(US News ranking 75)，估计不是来挖坑的。

n*j2013-04-28 07:04

45 楼

上学上傻了？这也比？
Top20的postdoc那也就是个postdoc，不就类似个Emory之类的学校吗，有啥优势，再上
市场搞不好连Top200的发考题都找不到了

【在 x**********3 的大作中提到】

: 请教offer选择∶
: Top 80 faculty
: 工资高
: 系里人不和
: 学校大部份人是associate，就是说拿了tenure就不做research了
: college town∶据说适合养娃，单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）
: Top 20 postdoc
: 很有名气的学校
: 大城市
: 这个postdoc是每年renew的

o*02013-04-28 07:04

46 楼

“单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）”
无脑博后，这样单身一辈子可以推脱说穷。免得跟家人解释不清。

【在 x**********3 的大作中提到】

: 请教offer选择∶
: Top 80 faculty
: 工资高
: 系里人不和
: 学校大部份人是associate，就是说拿了tenure就不做research了
: college town∶据说适合养娃，单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）
: Top 20 postdoc
: 很有名气的学校
: 大城市
: 这个postdoc是每年renew的

s*y2013-04-28 07:04

47 楼

等你做完了Top 20 postdoc你都不一定能找到Top 80 的工作了。

【在 x**********3 的大作中提到】

: 请教offer选择∶
: Top 80 faculty
: 工资高
: 系里人不和
: 学校大部份人是associate，就是说拿了tenure就不做research了
: college town∶据说适合养娃，单身会很无聊（谁能给我解释一下这句话）
: Top 20 postdoc
: 很有名气的学校
: 大城市
: 这个postdoc是每年renew的

L*m2013-04-28 07:04

48 楼

有些人就是人怀不轨，心脏好小啊

【在 T*********s 的大作中提到】

: 当然是博后了
: 科研这么大的乐趣可不能丢

x*o2013-04-28 07:04

49 楼

长工和地主的区别