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SNP 分析请教# Biology - 生物学
q*i
1
Amex Blue Cash preferred 6% Cashback+$150bonus超市专用信用卡
http://amex.co/11uqKHD
不仅有welcome $150 bonus, 最重要的在于能享用6% cash back at supermarkets, 3
% cash back at gas stations and department stores。在超市花销比较大的,赶紧
下手吧。
• Earn $150 cash back after spending $1,000 in eligible purchases
in the first 3 months of Cardmembership
• The first $6,000 of purchases at U.S. stand-alone supermarkets in
a calendar year qualifies for 6% cash back; 1% thereafter.
• NO spend minimum, NO enrollment, and NO rotating rewards
categories
• 0% intro APR on purchases for 12 months, flexibility to pay over
time
这个有$75年费,如果考虑没有年费的有下面这个
Blue Cash Everyday from American Express 3% Cashback+$100bonus超市专用信用卡
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这个有$100bonus的开户奖励,还有在超市3% cash back at supermarkets, 2% cash
back at gas stations and department stores。
• Get 3% cash back at U.S. stand-alone supermarkets, 2% cash back
on gasoline at U.S. stand-alone gas stations and select major department
stores; 1% cash back on other purchases.
• The first $6,000 of purchases at U.S. stand-alone supermarkets in
a calendar year qualifies for 3% cash back; 1% thereafter.
• No annual fee
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z*n
2
今天发生的事…童鞋买了一盒字母饼干(里面有字母和数字形状的饼干)。我随手抓起
一个,发现是一个“2”于是说了句:这个不能吃,会越吃越2的。一童鞋听完,抓起一
个“2”的饼干塞进嘴里,含含糊糊地说:没事,吃啥治啥……
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m*n
3
新手, 刚刚做SNP ,试验做完了, 一个基因我做了13 个primers (13 个SNP位点),
共有400 个样本, 有对照组和疾病组。该怎样分析这些数据呢? 一头雾水,不知
从和下手。 请高手指点!
谢谢!!!
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d*0
4
很easy啊,你把正常与对照做genotype与allele的对比就行了啊
看你的13个SNP中,哪个是致病SNP啊
不过你对照与病例组加起来才400例,可信度上就要差些了
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m*n
5
非常感谢您的指点! 用什么软件做啊? 我老板让我用haploview 的软件分析, 我不
知道该如何分析。
能否再具体指点下?
再次感谢!!!

【在 d********0 的大作中提到】
: 很easy啊,你把正常与对照做genotype与allele的对比就行了啊
: 看你的13个SNP中,哪个是致病SNP啊
: 不过你对照与病例组加起来才400例,可信度上就要差些了

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d*0
6
用haploview目的就是做个LD analysis,得出D'与r2的两个值,这个软件很小,你可以
用自己的数据,也可以联网用网络数据库的数据,不过说实话我原来用xp电脑,联网算
很慢,这些东东你自己上网学学吧
就关键是你比较一下对照与病人组的SNP,查出哪几个SNP与疾病有关联,这样OK了
多读文献,别人帮你只能在大面上帮一帮

【在 m*n 的大作中提到】
: 非常感谢您的指点! 用什么软件做啊? 我老板让我用haploview 的软件分析, 我不
: 知道该如何分析。
: 能否再具体指点下?
: 再次感谢!!!

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m*n
7
非常感谢您的建议!

【在 d********0 的大作中提到】
: 用haploview目的就是做个LD analysis,得出D'与r2的两个值,这个软件很小,你可以
: 用自己的数据,也可以联网用网络数据库的数据,不过说实话我原来用xp电脑,联网算
: 很慢,这些东东你自己上网学学吧
: 就关键是你比较一下对照与病人组的SNP,查出哪几个SNP与疾病有关联,这样OK了
: 多读文献,别人帮你只能在大面上帮一帮

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u*1
8
Sanger sequencing的话得到的都是.ab1的文件吧
其实我一直有个问题,如何把.ab1 file转化成fasta/fastq格式然后可以按照NGS的
方法来做?
如果只找比如罕见突变,我自己用的program叫novoSNP,觉得还不错
如果要看LD啥的,估计就是那个broad的haploview吧,我自己也没做过,不确定

),

【在 m*n 的大作中提到】
: 新手, 刚刚做SNP ,试验做完了, 一个基因我做了13 个primers (13 个SNP位点),
: 共有400 个样本, 有对照组和疾病组。该怎样分析这些数据呢? 一头雾水,不知
: 从和下手。 请高手指点!
: 谢谢!!!

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m*n
9
非常感谢!!!

【在 u*********1 的大作中提到】
: Sanger sequencing的话得到的都是.ab1的文件吧
: 其实我一直有个问题,如何把.ab1 file转化成fasta/fastq格式然后可以按照NGS的
: 方法来做?
: 如果只找比如罕见突变,我自己用的program叫novoSNP,觉得还不错
: 如果要看LD啥的,估计就是那个broad的haploview吧,我自己也没做过,不确定
:
: ),

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