s*0
2 楼
EB2, EB3 2013年10月会大水，立马交485！
移民改革好多议案，远胜于stem那个单一的议案。
最差的结局也是，大家立马交了485，老中排期缩至1年，烙印缩至1年。
非法移民要交手续费，大约1万美子，等上半年到一年，拿卡。
移民改革好多议案，远胜于stem那个单一的议案。
最差的结局也是，大家立马交了485，老中排期缩至1年，烙印缩至1年。
非法移民要交手续费，大约1万美子，等上半年到一年，拿卡。
S*e
3 楼
As in title. Coupon is from movers guide. Thanks!
z*o
4 楼
大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
起作用的？
还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
希望各位能人帮我分析下这些问题。谢谢呀！
knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
起作用的？
还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
希望各位能人帮我分析下这些问题。谢谢呀！
n*1
5 楼
impossible. why should they care you who can not vote within at least 5
years.
years.
K*4
6 楼
你的knockdown的效率指的是什么
一个特定的marker gene 的表达？
感觉如果敲掉个基因，芯片和RNAseq总会出来结果的吧
【在 z********o 的大作中提到】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
: knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
: 果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
: 么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
: 是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
: 起作用的？
: 还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
: 100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
: ～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
: bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
一个特定的marker gene 的表达？
感觉如果敲掉个基因，芯片和RNAseq总会出来结果的吧
【在 z********o 的大作中提到】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
: knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
: 果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
: 么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
: 是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
: 起作用的？
: 还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
: 100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
: ～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
: bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
s*0
7 楼
政治本身就没有逻辑！纯属操蛋！
i*l
8 楼
firstly,
time point of your mRNA knockdown
=/=
time point of your protein clearance
1.5,
i saw good KD on WB with ~70% on qPCR before, probably due to different
sensitivity of WB and QPCR
2.
is normalizing control gene the same in different methods?
【在 z********o 的大作中提到】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
: knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
: 果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
: 么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
: 是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
: 起作用的？
: 还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
: 100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
: ～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
: bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
time point of your mRNA knockdown
=/=
time point of your protein clearance
1.5,
i saw good KD on WB with ~70% on qPCR before, probably due to different
sensitivity of WB and QPCR
2.
is normalizing control gene the same in different methods?
【在 z********o 的大作中提到】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
: knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
: 果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
: 么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
: 是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
: 起作用的？
: 还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
: 100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
: ～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
: bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
l*7
9 楼
要我说还能什么10月啊，趁乱在总统的忽悠感召下，三月就全进门发卡吧，都在门外冻
了那么多年了。
了那么多年了。
l*y
10 楼
什么样品啊，in vivo还是cell culture
估kd效率不会很精确，73%和50%区别不大
另外看到phenotype了？【 在 zhoumaomao (周毛毛) 的大作中提到: 】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
估kd效率不会很精确，73%和50%区别不大
另外看到phenotype了？【 在 zhoumaomao (周毛毛) 的大作中提到: 】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
s*0
11 楼
行政程序还是要走的，又不是老毛。
H*e
12 楼
Whenever I review manuscript with knockdown. I have two requirements:
1. By multiple sequences.
2. By western-blot. Even you can detect it by array or PCR, I still ask you
to do it because I feel I am being fooled. Many knockdown in my hand is
partial blocking translation + partial inducing degradation.
For certain cases, I ask for stable lines not oligos. For these reasons, I
had rejected quite few manuscripts from China. They like to show knockdown
using oligos and like to show knockdown effect by PCR. One rebuttal with an
efficiency of 100%. I asked editor to make his decision.
My point is to do western-blot.
1. By multiple sequences.
2. By western-blot. Even you can detect it by array or PCR, I still ask you
to do it because I feel I am being fooled. Many knockdown in my hand is
partial blocking translation + partial inducing degradation.
For certain cases, I ask for stable lines not oligos. For these reasons, I
had rejected quite few manuscripts from China. They like to show knockdown
using oligos and like to show knockdown effect by PCR. One rebuttal with an
efficiency of 100%. I asked editor to make his decision.
My point is to do western-blot.
c*t
13 楼
谁知道当年里根时代是咋放水的？？？
c*e
14 楼
你的蛋白在核内吗？
RNAseq目前虽然有很多方法，但定量不太准确。
In addition to mapping rate, incompletely spliced
transcripts, partially degraded RNA in your total RNA that will complicated
your analysis. You should trust your RT-PCR.
【在 z********o 的大作中提到】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
: knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
: 果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
: 么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
: 是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
: 起作用的？
: 还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
: 100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
: ～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
: bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
G*h
15 楼
O8 will let EB2 in before February 9th to celebrate the Spring Festival.
A great dream.
【在 s****0 的大作中提到】
: EB2, EB3 2013年10月会大水，立马交485！
: 移民改革好多议案，远胜于stem那个单一的议案。
: 最差的结局也是，大家立马交了485，老中排期缩至1年，烙印缩至1年。
: 非法移民要交手续费，大约1万美子，等上半年到一年，拿卡。
A great dream.
【在 s****0 的大作中提到】
: EB2, EB3 2013年10月会大水，立马交485！
: 移民改革好多议案，远胜于stem那个单一的议案。
: 最差的结局也是，大家立马交了485，老中排期缩至1年，烙印缩至1年。
: 非法移民要交手续费，大约1万美子，等上半年到一年，拿卡。
z*o
16 楼
knockdown的效率是从qPCR看mRNA的表达量。
我这个gene研究的不多，在我这类细胞里面也不晓得有什么具体功能，所以假设是
marker gene。knockdown后做microarray和RNAseq确实没什么结果。
【在 K**4 的大作中提到】
: 你的knockdown的效率指的是什么
: 一个特定的marker gene 的表达？
: 感觉如果敲掉个基因，芯片和RNAseq总会出来结果的吧
b*d
17 楼
里根搞得是大赦.直接把非法合法了.
【在 c********t 的大作中提到】
: 谁知道当年里根时代是咋放水的？？？
【在 c********t 的大作中提到】
: 谁知道当年里根时代是咋放水的？？？
z*o
18 楼
time point很重要。我最开始做microarray是用的诱导shRNA表达knockdown后48h的细
胞做的。只找出了10个左右的gene有2-fold change，都是零散的，这样的结果是没法
做GO term的。后来看了下protein的变化，在诱导shRNA表达后第四天，蛋白几乎被
clear了。所以有拿这个时间点的样品去做RNAseq，结果还是不行。
【在 i***l 的大作中提到】
: firstly,
: time point of your mRNA knockdown
: =/=
: time point of your protein clearance
: 1.5,
: i saw good KD on WB with ~70% on qPCR before, probably due to different
: sensitivity of WB and QPCR
: 2.
: is normalizing control gene the same in different methods?
胞做的。只找出了10个左右的gene有2-fold change，都是零散的，这样的结果是没法
做GO term的。后来看了下protein的变化，在诱导shRNA表达后第四天，蛋白几乎被
clear了。所以有拿这个时间点的样品去做RNAseq，结果还是不行。
【在 i***l 的大作中提到】
: firstly,
: time point of your mRNA knockdown
: =/=
: time point of your protein clearance
: 1.5,
: i saw good KD on WB with ~70% on qPCR before, probably due to different
: sensitivity of WB and QPCR
: 2.
: is normalizing control gene the same in different methods?
j*n
19 楼
据说奥吧驴刚和墨西哥总统谈判，额外再从墨西哥弄进来2千万人！
【在 b*****d 的大作中提到】
: 里根搞得是大赦.直接把非法合法了.
【在 b*****d 的大作中提到】
: 里根搞得是大赦.直接把非法合法了.
z*o
20 楼
cell culture
我也不知道kd的效率怎么回事，我qPCR和WT做的kd的效率都很高的，但是上了
microarray和RNAseq kd效率就只有～50%。我觉得我一步步做的很小心仔细了（我有点
完美主义似的强迫症），但是microarray和RNAseq结果就是没什么变化。我个人都怀疑
这个课题的方向是不是存在问题，但是老板和实验室的人现在都揪着这个kd的效率，说
microarray和RNAseq测的效率只有～50%，这个效率不足以引起变化，所以我的RNAseq
和microarray的结果很flat。
【在 l***y 的大作中提到】
: 什么样品啊，in vivo还是cell culture
: 估kd效率不会很精确，73%和50%区别不大
: 另外看到phenotype了？【 在 zhoumaomao (周毛毛) 的大作中提到: 】
: : 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
我也不知道kd的效率怎么回事，我qPCR和WT做的kd的效率都很高的，但是上了
microarray和RNAseq kd效率就只有～50%。我觉得我一步步做的很小心仔细了（我有点
完美主义似的强迫症），但是microarray和RNAseq结果就是没什么变化。我个人都怀疑
这个课题的方向是不是存在问题，但是老板和实验室的人现在都揪着这个kd的效率，说
microarray和RNAseq测的效率只有～50%，这个效率不足以引起变化，所以我的RNAseq
和microarray的结果很flat。
【在 l***y 的大作中提到】
: 什么样品啊，in vivo还是cell culture
: 估kd效率不会很精确，73%和50%区别不大
: 另外看到phenotype了？【 在 zhoumaomao (周毛毛) 的大作中提到: 】
: : 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
a*x
21 楼
你这是真名暴露贴
【在 s****0 的大作中提到】
: 政治本身就没有逻辑！纯属操蛋！
【在 s****0 的大作中提到】
: 政治本身就没有逻辑！纯属操蛋！
z*o
22 楼
我的细胞是stable cell lines。先用WT确定了KD后，才决定去测microarray和RNAseq
的。
you
I
knockdown
an
【在 H*****e 的大作中提到】
: Whenever I review manuscript with knockdown. I have two requirements:
: 1. By multiple sequences.
: 2. By western-blot. Even you can detect it by array or PCR, I still ask you
: to do it because I feel I am being fooled. Many knockdown in my hand is
: partial blocking translation + partial inducing degradation.
: For certain cases, I ask for stable lines not oligos. For these reasons, I
: had rejected quite few manuscripts from China. They like to show knockdown
: using oligos and like to show knockdown effect by PCR. One rebuttal with an
: efficiency of 100%. I asked editor to make his decision.
: My point is to do western-blot.
的。
you
I
knockdown
an
【在 H*****e 的大作中提到】
: Whenever I review manuscript with knockdown. I have two requirements:
: 1. By multiple sequences.
: 2. By western-blot. Even you can detect it by array or PCR, I still ask you
: to do it because I feel I am being fooled. Many knockdown in my hand is
: partial blocking translation + partial inducing degradation.
: For certain cases, I ask for stable lines not oligos. For these reasons, I
: had rejected quite few manuscripts from China. They like to show knockdown
: using oligos and like to show knockdown effect by PCR. One rebuttal with an
: efficiency of 100%. I asked editor to make his decision.
: My point is to do western-blot.
z*o
23 楼
我的蛋白在胞质和核内都用，可以在两者之间shuttle。
RNAseq分析我真不懂，至于您说的这些问题我也不知道存不存在。我把totalRNA送
到测序的部门，他们帮我纯化,去除了ribosome RNA，在做了library。每一步他们都用
bioanalyzer测了，结果看起来都不错。
complicated
【在 c********e 的大作中提到】
:
: 你的蛋白在核内吗？
: RNAseq目前虽然有很多方法，但定量不太准确。
: In addition to mapping rate, incompletely spliced
: transcripts, partially degraded RNA in your total RNA that will complicated
: your analysis. You should trust your RT-PCR.
RNAseq分析我真不懂，至于您说的这些问题我也不知道存不存在。我把totalRNA送
到测序的部门，他们帮我纯化,去除了ribosome RNA，在做了library。每一步他们都用
bioanalyzer测了，结果看起来都不错。
complicated
【在 c********e 的大作中提到】
:
: 你的蛋白在核内吗？
: RNAseq目前虽然有很多方法，但定量不太准确。
: In addition to mapping rate, incompletely spliced
: transcripts, partially degraded RNA in your total RNA that will complicated
: your analysis. You should trust your RT-PCR.
v*a
24 楼
的确如此
you
I
knockdown
an
【在 H*****e 的大作中提到】
: Whenever I review manuscript with knockdown. I have two requirements:
: 1. By multiple sequences.
: 2. By western-blot. Even you can detect it by array or PCR, I still ask you
: to do it because I feel I am being fooled. Many knockdown in my hand is
: partial blocking translation + partial inducing degradation.
: For certain cases, I ask for stable lines not oligos. For these reasons, I
: had rejected quite few manuscripts from China. They like to show knockdown
: using oligos and like to show knockdown effect by PCR. One rebuttal with an
: efficiency of 100%. I asked editor to make his decision.
: My point is to do western-blot.
you
I
knockdown
an
【在 H*****e 的大作中提到】
: Whenever I review manuscript with knockdown. I have two requirements:
: 1. By multiple sequences.
: 2. By western-blot. Even you can detect it by array or PCR, I still ask you
: to do it because I feel I am being fooled. Many knockdown in my hand is
: partial blocking translation + partial inducing degradation.
: For certain cases, I ask for stable lines not oligos. For these reasons, I
: had rejected quite few manuscripts from China. They like to show knockdown
: using oligos and like to show knockdown effect by PCR. One rebuttal with an
: efficiency of 100%. I asked editor to make his decision.
: My point is to do western-blot.
l*y
25 楼
首先，microarray 本身就是 high-throughput 方法中定量不是很靠谱的一种 -- 当然
了，别的更不靠谱，所以应当以 qPCR 为准；
其次，RNA-seq 的定量更是笑话 -- 人家不是干这个的好不好？RNA-seq 的泛滥和试图
取代 microarray 是当前的一大流弊啊。
再次，“kd 某个基因”这个表述本身就误导。大家往往关心的是 kd 的 protein/
proteins。所以，除非想强调被 kd 的是个 non-coding RNA，或者强调 mRNA 的某种
功能，否则，应当以 WB 为准。
最后，看 kd 是否在 mRNA degradation 上起了作用，应当测对应的 mRNA 的降解速率
，而不是其表达水平。这一点对于研究 kd 失败的原因很重要。
【在 z********o 的大作中提到】
: 我的蛋白在胞质和核内都用，可以在两者之间shuttle。
: RNAseq分析我真不懂，至于您说的这些问题我也不知道存不存在。我把totalRNA送
: 到测序的部门，他们帮我纯化,去除了ribosome RNA，在做了library。每一步他们都用
: bioanalyzer测了，结果看起来都不错。
:
: complicated
了，别的更不靠谱，所以应当以 qPCR 为准；
其次，RNA-seq 的定量更是笑话 -- 人家不是干这个的好不好？RNA-seq 的泛滥和试图
取代 microarray 是当前的一大流弊啊。
再次，“kd 某个基因”这个表述本身就误导。大家往往关心的是 kd 的 protein/
proteins。所以，除非想强调被 kd 的是个 non-coding RNA，或者强调 mRNA 的某种
功能，否则，应当以 WB 为准。
最后，看 kd 是否在 mRNA degradation 上起了作用，应当测对应的 mRNA 的降解速率
，而不是其表达水平。这一点对于研究 kd 失败的原因很重要。
【在 z********o 的大作中提到】
: 我的蛋白在胞质和核内都用，可以在两者之间shuttle。
: RNAseq分析我真不懂，至于您说的这些问题我也不知道存不存在。我把totalRNA送
: 到测序的部门，他们帮我纯化,去除了ribosome RNA，在做了library。每一步他们都用
: bioanalyzer测了，结果看起来都不错。
:
: complicated
c*e
26 楼
如果你自己不会bioinformatics,现在不要碰RNAseq.
【在 z********o 的大作中提到】
: 我的蛋白在胞质和核内都用，可以在两者之间shuttle。
: RNAseq分析我真不懂，至于您说的这些问题我也不知道存不存在。我把totalRNA送
: 到测序的部门，他们帮我纯化,去除了ribosome RNA，在做了library。每一步他们都用
: bioanalyzer测了，结果看起来都不错。
:
: complicated
z*o
27 楼
正如楼上一位仁兄所说，好像现在人人都要做一做各种seq。
老板很老，没钱，但是心很大，要我做我也不能反抗。每次测只能做两个重复，也
不能采集多个时间点。韩国学生总是说P-value太高，要多重复什么的。但是我感觉跟
老板也无法沟通，例如P-value跟他说半天他也不明白这个高了跟结果的可行信之间的
关系。我个人比较包子，说两句就被他接着无休止地自顾自说。只好回来自个郁闷。
接下来还要ChIP-seq。这个还没找到人给分析的。老板叫我自己学，狂汗！要是实
验室有人教还能学会点皮毛。也没人教，还不知道到时怎么办呢！
谢谢ciphergene！
【在 c********e 的大作中提到】
:
: 如果你自己不会bioinformatics,现在不要碰RNAseq.
老板很老，没钱，但是心很大，要我做我也不能反抗。每次测只能做两个重复，也
不能采集多个时间点。韩国学生总是说P-value太高，要多重复什么的。但是我感觉跟
老板也无法沟通，例如P-value跟他说半天他也不明白这个高了跟结果的可行信之间的
关系。我个人比较包子，说两句就被他接着无休止地自顾自说。只好回来自个郁闷。
接下来还要ChIP-seq。这个还没找到人给分析的。老板叫我自己学，狂汗！要是实
验室有人教还能学会点皮毛。也没人教，还不知道到时怎么办呢！
谢谢ciphergene！
【在 c********e 的大作中提到】
:
: 如果你自己不会bioinformatics,现在不要碰RNAseq.
z*o
28 楼
我觉得您分析地好赞！
谢谢您呀！
【在 l***y 的大作中提到】
: 首先，microarray 本身就是 high-throughput 方法中定量不是很靠谱的一种 -- 当然
: 了，别的更不靠谱，所以应当以 qPCR 为准；
: 其次，RNA-seq 的定量更是笑话 -- 人家不是干这个的好不好？RNA-seq 的泛滥和试图
: 取代 microarray 是当前的一大流弊啊。
: 再次，“kd 某个基因”这个表述本身就误导。大家往往关心的是 kd 的 protein/
: proteins。所以，除非想强调被 kd 的是个 non-coding RNA，或者强调 mRNA 的某种
: 功能，否则，应当以 WB 为准。
: 最后，看 kd 是否在 mRNA degradation 上起了作用，应当测对应的 mRNA 的降解速率
: ，而不是其表达水平。这一点对于研究 kd 失败的原因很重要。
谢谢您呀！
【在 l***y 的大作中提到】
: 首先，microarray 本身就是 high-throughput 方法中定量不是很靠谱的一种 -- 当然
: 了，别的更不靠谱，所以应当以 qPCR 为准；
: 其次，RNA-seq 的定量更是笑话 -- 人家不是干这个的好不好？RNA-seq 的泛滥和试图
: 取代 microarray 是当前的一大流弊啊。
: 再次，“kd 某个基因”这个表述本身就误导。大家往往关心的是 kd 的 protein/
: proteins。所以，除非想强调被 kd 的是个 non-coding RNA，或者强调 mRNA 的某种
: 功能，否则，应当以 WB 为准。
: 最后，看 kd 是否在 mRNA degradation 上起了作用，应当测对应的 mRNA 的降解速率
: ，而不是其表达水平。这一点对于研究 kd 失败的原因很重要。
z*t
29 楼
Can you explain why RNA-Seq is not for quantification of transcripts?
FPKM is not considered as a way of quantification of transcripts? I'm a
little confused:)
【在 l***y 的大作中提到】
: 首先，microarray 本身就是 high-throughput 方法中定量不是很靠谱的一种 -- 当然
: 了，别的更不靠谱，所以应当以 qPCR 为准；
: 其次，RNA-seq 的定量更是笑话 -- 人家不是干这个的好不好？RNA-seq 的泛滥和试图
: 取代 microarray 是当前的一大流弊啊。
: 再次，“kd 某个基因”这个表述本身就误导。大家往往关心的是 kd 的 protein/
: proteins。所以，除非想强调被 kd 的是个 non-coding RNA，或者强调 mRNA 的某种
: 功能，否则，应当以 WB 为准。
: 最后，看 kd 是否在 mRNA degradation 上起了作用，应当测对应的 mRNA 的降解速率
: ，而不是其表达水平。这一点对于研究 kd 失败的原因很重要。
FPKM is not considered as a way of quantification of transcripts? I'm a
little confused:)
【在 l***y 的大作中提到】
: 首先，microarray 本身就是 high-throughput 方法中定量不是很靠谱的一种 -- 当然
: 了，别的更不靠谱，所以应当以 qPCR 为准；
: 其次，RNA-seq 的定量更是笑话 -- 人家不是干这个的好不好？RNA-seq 的泛滥和试图
: 取代 microarray 是当前的一大流弊啊。
: 再次，“kd 某个基因”这个表述本身就误导。大家往往关心的是 kd 的 protein/
: proteins。所以，除非想强调被 kd 的是个 non-coding RNA，或者强调 mRNA 的某种
: 功能，否则，应当以 WB 为准。
: 最后，看 kd 是否在 mRNA degradation 上起了作用，应当测对应的 mRNA 的降解速率
: ，而不是其表达水平。这一点对于研究 kd 失败的原因很重要。
相关阅读
BAC library control for chromosome conformation capture求2篇文章生物博后年薪6万， 每天工作6小时某医疗行业外企招聘 researcher-上海未完的路——一个美国生物博士后的故事别吵了，你就说说吴宏实验室给博士后多少钱吧蛋白质组学方向国内工作机会—浙江理工大学，浙江杭州Postdoc/research associate position in Neuroscience-electrCover page有没有熟悉体外诊断试剂盒的朋友？ (转载)请教：dual imaging contrast (转载)生物版的老中都不团结啊生物研究没堕落,以毒攻毒造福人类又一例大家好 都别骂了 我都被你们搞晕了有做凝血，血小板功能方面的朋友吗？生物索男们，我来点正能量吧求文献全文Christine E. Seidman谨慎小范围招募兼职合伙人！以后再也不会有这样的机会了！张锋最近一期的Nat biotch aav质粒addgene找不到？