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如何检测一个基因的genome copy number
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如何检测一个基因的genome copy number# Biology - 生物学
c*n
1 楼
韩国人店那种铝锅表面做黑色大理石花纹处理的， 也是nonstick， 似乎比美式不粘锅
耐用， 很便宜
我原来买了个ceramic nonstick 超贵， 不好使
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g*d
2 楼
如果在洛杉矶停留一晚的话，在哪个区域比较好？晚上可以出来逛逛，也比较安全。
以前在电视上看过洛杉矶市中心的一条街，一到晚上就变成无家可归者的露营地，比较
害怕一出酒店的门就掉这些人堆里了。
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f*g
3 楼
在一个数据库里，发现一个基因在某种疾病病人的基因组里面copy number减少。
我手头有几个病人的样品，想检测一下这个基因的copy number。
请问大家如何检测。
我的想法，设计引物 for this gene，PCR (DNA from patients vs control)，跑胶，
看目的条带的强弱。
这个方法可行吗?
请大家指点, thank you
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c*n
4 楼
同问，问下titan锅有什么特点呢？

【在 c******n 的大作中提到】
: 韩国人店那种铝锅表面做黑色大理石花纹处理的， 也是nonstick， 似乎比美式不粘锅
: 耐用， 很便宜
: 我原来买了个ceramic nonstick 超贵， 不好使
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c*n
5 楼
hilton plaza...valley 上，旁边全都是餐馆。
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h*n
6 楼
realtime PCR

【在 f******g 的大作中提到】
: 在一个数据库里，发现一个基因在某种疾病病人的基因组里面copy number减少。
: 我手头有几个病人的样品，想检测一下这个基因的copy number。
: 请问大家如何检测。
: 我的想法，设计引物 for this gene，PCR (DNA from patients vs control)，跑胶，
: 看目的条带的强弱。
: 这个方法可行吗?
: 请大家指点, thank you
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c*u
8 楼
oldtown Pasadena.

【在 g*********d 的大作中提到】
: 如果在洛杉矶停留一晚的话，在哪个区域比较好？晚上可以出来逛逛，也比较安全。
: 以前在电视上看过洛杉矶市中心的一条街，一到晚上就变成无家可归者的露营地，比较
: 害怕一出酒店的门就掉这些人堆里了。
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t*u
9 楼
realtime PCR
you can order primers from ABI for both reference and target genes
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w*e
10 楼
montery park, alhambra, san gabriel 这些华人比较集中的城市还可以，而且有很多
小型的旅馆，比较便宜。
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f*g
11 楼
thank you

【在 t***u 的大作中提到】
: realtime PCR
: you can order primers from ABI for both reference and target genes
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f*g
12 楼
thank you

【在 h********n 的大作中提到】
: realtime PCR
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f*g
13 楼
thank you

【在 h********n 的大作中提到】
: realtime PCR
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h*o
14 楼
不是pcr的专家
不过我记得如果你只要相对定量可以用上面说的方法
如果要绝对定量要有一个含有你target gene的质粒， 来一起跑realtime PCR， 这样
可以定量你的copy number

【在 f******g 的大作中提到】
: 在一个数据库里，发现一个基因在某种疾病病人的基因组里面copy number减少。
: 我手头有几个病人的样品，想检测一下这个基因的copy number。
: 请问大家如何检测。
: 我的想法，设计引物 for this gene，PCR (DNA from patients vs control)，跑胶，
: 看目的条带的强弱。
: 这个方法可行吗?
: 请大家指点, thank you
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h*n
15 楼
plasmid and genomic DNA may have different PCR efficiency.

【在 h*******o 的大作中提到】
: 不是pcr的专家
: 不过我记得如果你只要相对定量可以用上面说的方法
: 如果要绝对定量要有一个含有你target gene的质粒， 来一起跑realtime PCR， 这样
: 可以定量你的copy number
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h*o
16 楼
PCR efficiency 貌似是可以用不同浓度梯度算出来然后做adjustment的吧

【在 h********n 的大作中提到】
: plasmid and genomic DNA may have different PCR efficiency.
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s*y
17 楼
你说这个和楼上说的是两回事
质粒DNA和genome DNA的结构和复杂程度不一样，扩增效率差老鼻子了
你用浓度梯度很难做到你所谓adjustment，浓度梯度调节顶多也就是同类型的模板

【在 h*******o 的大作中提到】
: PCR efficiency 貌似是可以用不同浓度梯度算出来然后做adjustment的吧
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f*g
18 楼
谢谢各位了，我就用最简单的方法，直接从ABI买引物测，反正老板不差钱
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l*1
19 楼
Bayesian RNA-Seq
If you want to know real in vivo truth..

【在 f******g 的大作中提到】
: 在一个数据库里，发现一个基因在某种疾病病人的基因组里面copy number减少。
: 我手头有几个病人的样品，想检测一下这个基因的copy number。
: 请问大家如何检测。
: 我的想法，设计引物 for this gene，PCR (DNA from patients vs control)，跑胶，
: 看目的条带的强弱。
: 这个方法可行吗?
: 请大家指点, thank you
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f*g
20 楼
谢谢你，能给推荐一篇文章看看嘛。或者简单介绍一下，如果你愿意的话。

【在 l**********1 的大作中提到】
: Bayesian RNA-Seq
: If you want to know real in vivo truth..
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K*R
22 楼

I concur

【在 l**********1 的大作中提到】
: Bayesian RNA-Seq
: If you want to know real in vivo truth..
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l*1
24 楼
De rien.

【在 K**R 的大作中提到】
:
: I concur
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l*1
25 楼
You are welcome..

【在 f******g 的大作中提到】
: 谢谢你
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f*g
26 楼
另外一个问题，基因在基因组上copy number下降就表示它的表达量降低吗
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f*g
28 楼
谢谢你。
我最近比较闲，没事就去各个数据库里转转。想些点子，为自己独立后的课题做准备。
我说说我的这个idea，请你看看。
第一，我发现基因A在人类某种组织（姑且说组织B）癌症中copy number下降 （45%，
总共测了800个病人）。
第二，基因A的直接敲除小鼠是胚胎致死的。其中组织B异常。
我的想法，
第一，验证基因A 的copy number在组织B癌症中是否下降，蛋白是否下降。
第二，做个条件敲除小鼠，然后与组织B特异的cre杂交，iducible的cre，然后研究基
因A的deletion是否能够导致组织B癌症。
第三，如果能导致组织B癌症，就中奖了。然后在人组织B癌症中过表达基因A，看是否
能够抑制cancer的proliferation(通过体外培养和体内异体移植实验).如果能，看看能
否找到基因A的激动剂agonist，此agonist能否抑制组织B癌症的进程。
请评价下我的这个点子如何。
相关的点子还有几个，都是为了独立后准备的，有机会多多请教。

【在 l**********1 的大作中提到】
: Pls go to,
: http://www.ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31682591/
: 32th floor to check one Nature 2011 paper..
: or
: http://www.ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31469289/
: 6th floor
: or
: http://www.weiming.info/zhuti/Biology/31662623/
: 19th floor
avatar
l*1
29 楼
Pitfall: a,KO offtarget
b, tissue inducible CRISPR-Cas9 now is still on the voyage,
Pls check,
i)
http://ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31525123/
ii)
http://www.ndm.ox.ac.uk/doctoral-projects/project/targeting-dna
iii)
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31806903_0_1.html
null floor
or
http://allfunnews.blogspot.co.uk/2013/11/blog-post_1153.html?m=

，

【在 f******g 的大作中提到】
: 谢谢你。
: 我最近比较闲，没事就去各个数据库里转转。想些点子，为自己独立后的课题做准备。
: 我说说我的这个idea，请你看看。
: 第一，我发现基因A在人类某种组织（姑且说组织B）癌症中copy number下降 （45%，
: 总共测了800个病人）。
: 第二，基因A的直接敲除小鼠是胚胎致死的。其中组织B异常。
: 我的想法，
: 第一，验证基因A 的copy number在组织B癌症中是否下降，蛋白是否下降。
: 第二，做个条件敲除小鼠，然后与组织B特异的cre杂交，iducible的cre，然后研究基
: 因A的deletion是否能够导致组织B癌症。
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