生命攸关，请大家帮助我们理解和学习全基因组测序 - 未名空间MITBBS历史存档

国际科技财经博客移民网络热点娱乐民生时事公众号

Redian新闻

>未名空间

>Biology - 生物学

生命攸关，请大家帮助我们理解和学习全基因组测序

生命攸关，请大家帮助我们理解和学习全基因组测序# Biology - 生物学

D*s2014-01-13 08:01

1 楼

【以下文字转载自 USANews 讨论区】
发信人: flyingpie (pie), 信区: USANews
标题: 奥巴马成学霸了：发了3篇顶级期刊论文 LOL
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 12 12:23:46 2017, 美东)
哈佛法學院高材生奧巴馬的總統生涯即將結束，臨近“畢業季”，他在短短半年時間內
，連續在三大頂級國際學術期刊發表了關於能源、司法和醫療改革的論文，引起廣泛關
注。
奧巴馬連發三篇論文
2017年1月9日，美國總統奧巴馬以《清潔能源發展趨勢不可逆轉》（“The
irreversible momentum of clean energy”）為題在《科學》雜誌（Science）發表論
文，展望清潔能源發展。
2017年1月5日，世界著名法學學術期刊《哈佛法律評論》第130卷第3期發表了奧巴馬署
名文章《國家總統在推動刑事司法改革中的作用》（“The President’s Role in
Advancing Criminal Justice Reform”），這是曆史上美國在任總統第一次發表法學
學術論文。在這篇文章中，奧巴馬表示，他的整個職業生涯都在持續關注刑事司法改革
問題，在文中回顧了他在8年任期內的刑事司法改革努力。
2016年7月11日，奧巴馬在頂級醫學期刊《美國醫學會雜誌》（JAMA）上撰寫了一篇題
為《美國醫療改革當前進展及其下一步》（“United States Health Care Reform:
Progress to Date and Next Steps”的文章（Special Communication）），回顧了自
上任以來在醫改方麵所取得的“成就”。
能源政策關係著氣候變化，司法改革代表改善人權，而醫保政策象征著關心社會弱勢群
體和促進社會公平，奧巴馬在這三個領域發表專題論文，利用學術的力量宣示政績，強
化民主黨在氣候變化、人權以及社會公平方麵的政策立場。
據微信公眾號“知社學術圈”（ID: zhishexueshuquan）11日報道，在任的各國國家元
首發表學術論文本來就很少見，而半年內連發三篇論文而且反響不俗，更是難得，但是
奧巴馬做到了。奧巴馬在9日發表的論文中強調，發展清潔能源已經是全球趨勢，和發
展經濟並不矛盾，不但能延緩全球氣候變化，而且能給美國帶來經濟效益，世界主要經
濟體、美國能源行業和私營企業已紛紛加入其中。

f*p2014-01-13 08:01

2 楼

现在是博后，当时签合同的时候，OPT已经用了2个月，系里说只能给合同到opt过期的时候，也就是10个月。博后老板是想留我3年的，所以到时候续合同不成问题。只是现在要申请h1b，不知道有影响吗？如何写自己的年薪？谢谢大家

w*s2014-01-13 08:01

3 楼

谢谢。他的测序在这个地方做的，
https://www.bcm.edu/research/medical-genetics-labs/index.cfm?PMID=21319
我们家宝宝6个多月被医生诊断为晚期肝硬化，必须换肝。从PICU回家后改为食用高MCT
奶粉在家等待换肝期间，身体状况不断改善，目前不需要立即换肝。根据我们观察，
感觉宝宝身体积累长链脂肪酸到一定程度就开始伤害他的肝。可是医生不这么认为，认
为我们观察到的只是偶然巧合，可我们认为三次了不算巧合：
第一次在PICU，食用长链脂肪酸非常高的奶粉病情急剧恶化。
第二次回家换奶粉后，病情改善完全出乎医生预期。
第三次最近食用鸡蛋半个多月，结果去年住院前的症状重现。
在我们尽力争取下做了全基因组测序，可是没有任何有用的结果。就报告来看，孩子应
该一切健康。我们怀疑的NICCD基因报告里没有显示任何不正常。
可是有的文章说这个基因的genotype和phenotype没有确定联系。而ncbi那里似乎东西
也挺全的，没有道理不报告出来。我们是在baylor medical center做的。目前还没有
要到原始数据，而根据他们的说法是不给患者家属原始数据的. bmc显示这个基因的一
种翻译是和某些病联系，而另外一种翻译根本就不考虑medical影响。。而这种病基本
就是亚洲人得，所以我们很confusing。
当然他还可能是别的病，一种和长链脂肪酸代谢有关的病。我先写这些，看了大家帮
助后我会再改改。。隔行如隔山，不懂得太多了。
如果其他什么版面合适，请帮忙转发。谢谢。
--------------
不清楚的问题：
1 全基因测序是不是有很多遗传病其实也测不出来，是不是和数据库有关？
2 尤其是东方人的数据库，是不是中国和日本比较全面。
3 就算已经publish出来的结果，没有被美国医疗机构认证，是不是还是不在他们的数
据库里面？
4 宝宝的病非常像严重的NICCD，可是他不挑食似乎不是这个病。再看LCAD，很象，也
不完全。问题是这两种病在全基因测序里面都没有报告，按道理说LCAD至少白人得的不
少吧。
5 还有没有是其他可能的病呢？我们刚开始怀疑LCAD,然后怀疑NICCD，现在有些又回来
考虑LCAD了，实在不知道其他的病了。
6 新生儿出生时的screening都是正常的，所以肯定不是很常见的病。如果吃milk-
based或soy-based奶粉他都回逐渐造成肝的伤害，跟吃鸡蛋差不多，而且都得差不多吃
一个多月才显出来（鸡蛋可能快点），感觉就是慢性中毒。
7 能不能给我们推荐一些研究机构，我们非常愿意把他的基因检测数据给他们做研究。
8 诊断：超声波， x-ray, ct，主要在胸腹， new-born screening, surgical
pathology (biopsy), WES (whole exome sequencing), gene-chip(?), blood (many
kinds of panels), urine, 我们相信非常全面了。。可是就是没有一个确切的。。
9 baylor medical center 的Whole Genome Laboratory (WGL)怎么样？

I*y2014-01-13 08:01

4 楼

方麵……

【在 D**s 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 USANews 讨论区】
: 发信人: flyingpie (pie), 信区: USANews
: 标题: 奥巴马成学霸了：发了3篇顶级期刊论文 LOL
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 12 12:23:46 2017, 美东)
: 哈佛法學院高材生奧巴馬的總統生涯即將結束，臨近“畢業季”，他在短短半年時間內
: ，連續在三大頂級國際學術期刊發表了關於能源、司法和醫療改革的論文，引起廣泛關
: 注。
: 奧巴馬連發三篇論文
: 2017年1月9日，美國總統奧巴馬以《清潔能源發展趨勢不可逆轉》（“The
: irreversible momentum of clean energy”）為題在《科學》雜誌（Science）發表論

a*x2014-01-13 08:01

5 楼

ask your boss to write a new letter with a new date on it..

的时候，也就是10个月。博后老板是想留我3年的，所以到时候续合同不成问题。只是
现在要申请h1b，不知道有影响吗？如何写自己的年薪？谢谢大家

【在 f******p 的大作中提到】

: 现在是博后，当时签合同的时候，OPT已经用了2个月，系里说只能给合同到opt过期的时候，也就是10个月。博后老板是想留我3年的，所以到时候续合同不成问题。只是现在要申请h1b，不知道有影响吗？如何写自己的年薪？谢谢大家

D*s2014-01-13 08:01

6 楼

bless！
只是描述的语风很像本版那个机器人
比如，
更换为代谢病人奶粉在家等待期间不断改善
这句话我愣是没看明白
难道动用了google translate?

【在 w*****s 的大作中提到】

: 谢谢。他的测序在这个地方做的，
: https://www.bcm.edu/research/medical-genetics-labs/index.cfm?PMID=21319
: 我们家宝宝6个多月被医生诊断为晚期肝硬化，必须换肝。从PICU回家后改为食用高MCT
: 奶粉在家等待换肝期间，身体状况不断改善，目前不需要立即换肝。根据我们观察，
: 感觉宝宝身体积累长链脂肪酸到一定程度就开始伤害他的肝。可是医生不这么认为，认
: 为我们观察到的只是偶然巧合，可我们认为三次了不算巧合：
: 第一次在PICU，食用长链脂肪酸非常高的奶粉病情急剧恶化。
: 第二次回家换奶粉后，病情改善完全出乎医生预期。
: 第三次最近食用鸡蛋半个多月，结果去年住院前的症状重现。
: 在我们尽力争取下做了全基因组测序，可是没有任何有用的结果。就报告来看，孩子应

d*a2014-01-13 08:01

7 楼

写的不错。奥巴马在U Chicago做过adjunct faculty吧，写写学术文章没有问题。不过
，不知道有没有匿名评审，呵呵。

T*u2014-01-13 08:01

8 楼

不是医生，只能提些建议。最好还是多咨询医生。
1. 保护孩子首先。
2. 从你描述的症状来看。应该是不能代谢长链脂肪酸, 没法beta-oxidation
LCHAD=Long-chain 3-hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase deficiency
VLCAD=Very long-chain acyl-coenzyme A dehydrogenase deficiency
最后导致长链脂肪酸堆积，导致肝损伤，直至肝硬化。
3.避免长链脂肪酸。这类的疾病用Carnitine or MCT (medium chain triglycerides)
oil supplement.跳过长链脂肪酸代谢那一步(请尊医嘱)
4.我想应该是long chain FA氧化通路上的基因的mutation导致的。
Arnold W. Strauss, MD
是做这方面研究的。你可以试着跟他联系，也许他会感兴趣，可能会帮你检测这些
mutation.
http://www.cincinnatichildrens.org/research/divisions/d/dhc/the
Description of Research
Dr. Strauss’ laboratory focuses on energy generation by mitochondria
through fatty acid oxidation (FAO). Highly oxidative tissues such as liver,
heart, skeletal muscle, gut, and kidney rely upon FAO for energy.
Intermediary metabolism of fatty acids in the liver is the major source of
short chain fatty acids (“ketone bodies”) that are important fuels in the
brain. The fetal-maternal metabolic transition is a switch from glucose to
fatty acids as the major energy source. Dr. Strauss has cloned and
characterized mouse and human genes encoding five enzymes of the FAO pathway
-medium chain acyl-CoA dehydrogenase (MCAD), very long chain acyl-CoA
dehydrogenase (VLCAD), the two genes of the trifunctional protein (TFP)
subunits, and medium and short chain 3-hydroxy-acyl-CoA dehydrogenase (SCHAD
). Dr. Strauss is investigating the molecular genetics of infants and
children with mutations in these genes causing hypoketotic hypoglycemia and
acute liver failure. Additionally, Dr. Strauss is defining the relationship
between fetal FAO defects and the development of severe liver diseases
during pregnancy, including acute fatty liver of pregnancy and the HELLP
syndrome.
5.这里有些Foudation是你可以去寻求帮助的。如FOD (Fatty Oxidation Disorders)
Family Support Group。
http://children.webmd.com/very-long-chain-acyl-coa-dehydrogenas
Wish you best luck and bless your kid.
参考文献：
http://en.wikipedia.org/wiki/Inborn_error_of_lipid_metabolism
http://www.fodsupport.org/lchad.htm
http://emedicine.medscape.com/article/945857-overview
http://en.wikipedia.org/wiki/Fatty-acid_metabolism_disorder
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6816/

MCT

【在 w*****s 的大作中提到】

D*s2014-01-13 08:01

9 楼

半年内在这三个领域差别这么大的top期刊发这种唯一作者的paper，即使UChicago的绝
大多数full professor也做不到吧……
[在 digua (姚之FAN) 的大作中提到：]
:写的不错。奥巴马在U Chicago做过adjunct faculty吧，写写学术文章没有问题。不
过，不知道有没有匿名评审，呵呵。

w*s2014-01-13 08:01

10 楼

太谢谢了。

)

【在 T****u 的大作中提到】

: 不是医生，只能提些建议。最好还是多咨询医生。
: 1. 保护孩子首先。
: 2. 从你描述的症状来看。应该是不能代谢长链脂肪酸, 没法beta-oxidation
: LCHAD=Long-chain 3-hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase deficiency
: VLCAD=Very long-chain acyl-coenzyme A dehydrogenase deficiency
: 最后导致长链脂肪酸堆积，导致肝损伤，直至肝硬化。
: 3.避免长链脂肪酸。这类的疾病用Carnitine or MCT (medium chain triglycerides)
: oil supplement.跳过长链脂肪酸代谢那一步(请尊医嘱)
: 4.我想应该是long chain FA氧化通路上的基因的mutation导致的。
: Arnold W. Strauss, MD

j*r2014-01-13 08:01

11 楼

It is too bad that even with these top publications, he could not get tenure
and his term will not be renewed.

i*f2014-01-13 08:01

12 楼

同不是医生
如果你想了解和Long-chain fatty acids代谢相关的基因，可以试试OMIM http://www.omim.org/
http://www.omim.org/search?index=entry&search=%22Long-chain+fat
有47条记录。
家族里面，其他人有类似的症状么?还有可以考虑同时测测父母的序列。

D*s2014-01-13 08:01

13 楼

Remember, he has a Nobel prize...
[在 jooster (jooster) 的大作中提到：]
:It is too bad that even with these top publications, he could not get
tenure and his term will not be renewed.

w*a2014-01-13 08:01

14 楼

23andme的SNP chip上的100万个位点，不知道有没有你要看的基因，
他们好像提供raw data。

MCT

【在 w*****s 的大作中提到】

: 太谢谢了。
:
: )

m*72014-01-13 08:01

15 楼

沃考，三大不同方向的顶尖期刊啊，而且是single author。本版四大名捕李虎云胖全
都给跪了～～～～

【在 D**s 的大作中提到】

: Remember, he has a Nobel prize...
: [在 jooster (jooster) 的大作中提到：]
: :It is too bad that even with these top publications, he could not get
: tenure and his term will not be renewed.

e*i2014-01-13 08:01

16 楼

搞遗传的，没有人来回答问题吗？这才是真的让你们觉得自己meaningful的案例啊
真正需要帮忙的时候都哑炮了？

b*d2014-01-13 08:01

17 楼

不是他写的吧。

【在 d***a 的大作中提到】

: 写的不错。奥巴马在U Chicago做过adjunct faculty吧，写写学术文章没有问题。不过
: ，不知道有没有匿名评审，呵呵。

b*r2014-01-13 08:01

18 楼

你提供的信息恐怕是很不足的或者有不太准确的地方
如果是普通长链脂肪酸代谢问题，几乎是最常见的先天代谢性疾病，首先州里的
newborn screening就能抓到，然后基本上做个acylcarnitine profile加个urine
organic acid就能确诊，接下来基因诊断也是非常普通的检查，可以作为最终确诊金标
准，根本不应该有什么还要和医生讨论来讨论去的，也基本上不会需要用exome
sequencing解决。有没有做肝活检？结果如何?
现在听起来情况已经很严重，不知道你现在看的是哪个临床医生，你如果觉得情况确实
可疑，建议找个好的代谢方面的医生看看，给你做exome的BCM就有几个非常牛的代谢科
医生我可以引荐一下

s*e2014-01-13 08:01

19 楼

我觉得他的science文章的abstract写的很好，可以作为scientific writing的一个例
子。

e*i2014-01-13 08:01

20 楼

搞遗传的，没有人来回答问题吗？这才是真的让你们觉得自己meaningful的案例啊
真正需要帮忙的时候都哑炮了？

s*g2014-01-13 08:01

21 楼

人家都有诺贝尔奖了，还需要CNS么？
真是想象皇帝用金锄头啊

x*e2014-01-13 08:01

22 楼

我记得lz 之前在芝加哥还是哪个版发过帖。他说话是挺混乱的。宝宝很坚强,bless

【在 D***s 的大作中提到】

: bless！
: 只是描述的语风很像本版那个机器人
: 比如，
: 更换为代谢病人奶粉在家等待期间不断改善
: 这句话我愣是没看明白
: 难道动用了google translate?

D*s2014-01-13 08:01

23 楼

他的演讲稿写得更好，打动了多少人投票给他…
[在 sulforaphane (sulforaphane) 的大作中提到：]
:我觉得他的science文章的abstract写的很好，可以作为scientific writing的一个例
:子。

D*a2014-01-13 08:01

24 楼

这么严重的应该不是23andme测的那些SNP，或者别的公司测的那些大规模测序估算糖尿
病风险之类的，再找那些公司测也没有用。很可能是突变或者隐性遗传的。隐性遗传的
例子见http://matt.might.net/articles/my-sons-killer/ 一个类似的例子，他们四岁多才确诊（找到基因），突变的我在网上遇到过一个国内的（聊过几句），是有症状之后两年多确诊，这么“快”可能是因为这个基因导致的遗传病是很清楚的，可能确认什么罕见病折腾了一阵子。这边的很多罕见病的病人自述也有不少是半年多一年多才确诊的，而且貌似不知道病就没法测基因，上面那个例子是exom测序，因为不知道什么病，没办法挑基因去测，估计大部分罕见病人不是这么弄的。楼主也没说清楚到底是一般测序还是全基因组测序还是SNP还是芯片还是什么的。楼主虽然说全基因组测序但是貌似只测了几个跟代谢有关的基因，这不叫全基因组测序，--不是挑刺，因为很多人可能会理解错了。也许联系一下罕见病的机构会有帮助，bless！

d*a2014-01-13 08:01

25 楼

他确实能说能写。要是以后还想做发考题，完全没有问题。

【在 D**s 的大作中提到】

: 他的演讲稿写得更好，打动了多少人投票给他…
: [在 sulforaphane (sulforaphane) 的大作中提到：]
: :我觉得他的science文章的abstract写的很好，可以作为scientific writing的一个例
: :子。

w*a2014-01-13 08:01

26 楼

那应该就是测全部Exome序列了。
如果这个测出来没发现问题，就说明基因的编码区没问题，
搞不好是重要的调控序列出现了突变。应该就是很rare的case了。
话说回来，既然你们发现饮食调整会有作用，就先坚持下去。
医生都是follow protocol的，但是对于罕见病，他们也不见得有什么靠谱的建议。

【在 w*****s 的大作中提到】

: 太谢谢了。
:
: )

m*a2014-01-13 08:01

27 楼

有个职位叫做　White House speechwriter。。。
Obama’s Ghost
http://www.bostonmagazine.com/2009/12/obama-s-ghost/3/

【在 D**s 的大作中提到】

w*s2014-01-13 08:01

28 楼

请问依据这两张图的信息，是不是他应该不是NICCD.
还是他有可能还是，只不过数据不全或他的变异比较新。
那个红点点不舒服？影响最后的报告吗？还是有些病就给漏掉了。。

【在 D*a 的大作中提到】

: 这么严重的应该不是23andme测的那些SNP，或者别的公司测的那些大规模测序估算糖尿
: 病风险之类的，再找那些公司测也没有用。很可能是突变或者隐性遗传的。隐性遗传的
: 例子见http://matt.might.net/articles/my-sons-killer/ 一个类似的例子，他们四岁多才确诊（找到基因），突变的我在网上遇到过一个国内的（聊过几句），是有症状之后两年多确诊，这么“快”可能是因为这个基因导致的遗传病是很清楚的，可能确认什么罕见病折腾了一阵子。这边的很多罕见病的病人自述也有不少是半年多一年多才确诊的，而且貌似不知道病就没法测基因，上面那个例子是exom测序，因为不知道什么病，没办法挑基因去测，估计大部分罕见病人不是这么弄的。楼主也没说清楚到底是一般测序还是全基因组测序还是SNP还是芯片还是什么的。楼主虽然说全基因组测序但是貌似只测了几个跟代谢有关的基因，这不叫全基因组测序，--不是挑刺，因为很多人可能会理解错了。也许联系一下罕见病的机构会有帮助，bless！

c*e2014-01-13 08:01

29 楼

为下台后混学术界提供了基础。有利用现在职务的嫌疑。

m*y2014-01-13 08:01

30 楼

不是医生但是在相关领域。
首先bless 孩子。
你可以也联系下TGEN(translational genomic institute)https://www.tgen.org/,他
们有不少成功的case，还成立了rare child disease center
还有看你的描述，觉得是mutation的几率比较大，这样的话推荐 exome sequencing 而
不是whole genome sequencing。。
Exome sequencing 的read depth 比较大，对mutation的测定比较准确，如果真是这么
小的孩子有问题，确实很有可能是某个显性突变导致某个重要蛋白工作或者工作不
efficient，进而影响某个pathway。。

w*s2014-01-13 08:01

31 楼

我们当初想当然认为whole exome sequencing肯定是最好的，听你说里面细节还是很
多。
能给我们推荐一下读物，还有哪里好？
大家熟悉genedx这个公司吗？我们下一步准备自费用这个公司的665 Hyperammonemia,
urea cycle and ... (total 41 genes, 含slc25a13)。每个测试都是好几千，我们也
不可能测试更多，不知道这个是不是比wes好些。

【在 m*********y 的大作中提到】

: 不是医生但是在相关领域。
: 首先bless 孩子。
: 你可以也联系下TGEN(translational genomic institute)https://www.tgen.org/,他
: 们有不少成功的case，还成立了rare child disease center
: 还有看你的描述，觉得是mutation的几率比较大，这样的话推荐 exome sequencing 而
: 不是whole genome sequencing。。
: Exome sequencing 的read depth 比较大，对mutation的测定比较准确，如果真是这么
: 小的孩子有问题，确实很有可能是某个显性突变导致某个重要蛋白工作或者工作不
: efficient，进而影响某个pathway。。

l*e2014-01-13 08:01

32 楼

你这个本来就是whole exome,不是whole genome

,

【在 w*****s 的大作中提到】

: 我们当初想当然认为whole exome sequencing肯定是最好的，听你说里面细节还是很
: 多。
: 能给我们推荐一下读物，还有哪里好？
: 大家熟悉genedx这个公司吗？我们下一步准备自费用这个公司的665 Hyperammonemia,
: urea cycle and ... (total 41 genes, 含slc25a13)。每个测试都是好几千，我们也
: 不可能测试更多，不知道这个是不是比wes好些。

T*u2014-01-13 08:01

33 楼

你贴的skydrive的我看不到。

MCT

【在 w*****s 的大作中提到】

T*u2014-01-13 08:01

34 楼

那个红点是什么？SLC25A13的序列测出来了吗？
症状也符合NICCD。

蜃椴庑颍--不是挑刺，因为很多人可能会理解错了。也许联系一下罕见病的机
构会有帮助，bless！

【在 w*****s 的大作中提到】

: 请问依据这两张图的信息，是不是他应该不是NICCD.
: 还是他有可能还是，只不过数据不全或他的变异比较新。
: 那个红点点不舒服？影响最后的报告吗？还是有些病就给漏掉了。。

w*s2014-01-13 08:01

35 楼

对不起，等天亮了我看看怎么回事。
现在还在哄宝宝睡觉。

【在 T****u 的大作中提到】

: 你贴的skydrive的我看不到。
:
: MCT

w*s2014-01-13 08:01

36 楼

不知道我给你的是哪个连接，以前的应该不工作了，这是最近的：
病例
http://sdrv.ms/KPxmyH
怀疑的病症
http://sdrv.ms/1drH7yT
请有经验的给看看，我们最需要的是一个新的病名或这方面医生的联系信息。
如果连接有问题，请通知我一下。
谢谢

【在 T****u 的大作中提到】

: 你贴的skydrive的我看不到。
:
: MCT

m*y2014-01-13 08:01

37 楼

哦，不好意思没有看到data 那个确实已经是exome的data了
如果可以trust data的话，那么如果确定排除相关通路的point mutation 和indel
想详尽的话可以测RNA-seq 看看有没有可能的fusion
还可以做下whole genome，看有没有translocation 和 copy number的variants。
当然如果都做可能花费会高一点，但是我给你提到了TGEN，他们是non-profit的，可
能一个tech不到2000吧，反正应该肯定比商业的要便宜很多。

a*r2014-01-13 08:01

38 楼

先bless孩子。
对代谢病不了解，单从genomics角度看，
WES 应该是检查不到genome rearrangement，
特别是非编码的调控序列的relocation可能会造成下游gene的异常表达。
这种情况下应该检查pathway相关的基因的表达量吧，qRT-PCR？

【在 w***a 的大作中提到】

: 那应该就是测全部Exome序列了。
: 如果这个测出来没发现问题，就说明基因的编码区没问题，
: 搞不好是重要的调控序列出现了突变。应该就是很rare的case了。
: 话说回来，既然你们发现饮食调整会有作用，就先坚持下去。
: 医生都是follow protocol的，但是对于罕见病，他们也不见得有什么靠谱的建议。

a*r2014-01-13 08:01

39 楼

如果不考虑费用和后期data analysis，能上RNA-seq自然是最好。
至于WGS，按20X coverage， paired-end，差不多要600M reads，大约是4个lane（
HiSeq），大概要在10k~15k刀。还不算后期的数据处理。 TGEN 2000不到的一个tech
，这个也太便宜了吧

【在 m*********y 的大作中提到】

: 哦，不好意思没有看到data 那个确实已经是exome的data了
: 如果可以trust data的话，那么如果确定排除相关通路的point mutation 和indel
: 想详尽的话可以测RNA-seq 看看有没有可能的fusion
: 还可以做下whole genome，看有没有translocation 和 copy number的variants。
: 当然如果都做可能花费会高一点，但是我给你提到了TGEN，他们是non-profit的，可
: 能一个tech不到2000吧，反正应该肯定比商业的要便宜很多。

g*02014-01-13 08:01

40 楼

UT southwestern Hobbs and Horton are experts in genetic liver diseases.
Write them about your son. Let me know if you need more info.
Blessings

MCT

【在 w*****s 的大作中提到】

l*i2014-01-13 08:01

41 楼

Bless宝宝！
请问楼主做的是exome-seq吧？宝宝父母也都测了吗？近亲有遗传史吗？如果没有，父
母均正常的话，很有可能应该就是de novo mutation了。de novo mutation在新生儿中
的发生率非常低，而且80%以上位于exon。
如果exome-seq没有发现de novo mutation,那说明mutation可能位于gene调控区，甚至
intron，上GWS或许可以发现某些异常，但是代价比较高昂。
我想说的是，像这样的基因缺陷病（姑且这么说吧，宝宝不一定是），最后即使找到了
defect的gene，对治疗可能也没你所期望的帮助。因此，我觉得，楼主现在首先要做的
是应该明确诊断，对症治疗是关键，首先把宝宝的病情控制住了，尽量减轻疾病带来的
伤害。

MCT

【在 w*****s 的大作中提到】

i*f2014-01-13 08:01

42 楼

那个红点没关系。
HGMD是一个人类突变的数据库。对于基因SLC25A13，这个数据库用的是NM_014251这个
结构。
NM_014251和NM_001160210非常的相似,NM_001160210只是比NM_014251多一个氨基酸 (
chr7:95814324-95814326).

蜃椴庑颍�--不是挑刺，因为很多人可能会理解错了。也许联系一下罕见
病的机构会有帮助，bless！

【在 w*****s 的大作中提到】

D*a2014-01-13 08:01

43 楼

不好意思，我也不是做基因组测序的，楼上的bmwcar说可以帮你引荐一下，他是做类似
方面的，你去跟他私信联系看看，应该比较有帮助。
如果你已经测过了，如果想再找社会上的盈利公司测序，首先他们是不是有诊断资质，
例如23andme被FDA禁就是因为宣传他们的测序结果跟医疗相关，其他很多出报告的也是
这种情况，打擦边球，给的都是正常人里面的高低区别，不是病理的情况的测序。其次
千万要弄清楚他们测的到底是什么，先想想这个报告为什么不行，再想应该测什么，再
去找相应公司/医院/大学。你最新的帖子还是把这个结果叫全基因组测序，可见还是没
怎么弄明白。我这么说可能你觉得要求太高了，我也知道这些东西很让人混淆，尤其是
你现在要照顾宝宝就占很多精力，再从头学这些完全陌生的东西更是很大的压力了，但
是你是你的宝宝最能依靠的人，还是坚持啃一点相关的内容，尽量把这些东西搞清楚，
如果你认识一些做生物方面的人，最好是让他找一两个小时，给你当面解释一下，包括
exome，楼上说的调控序列的突变，这些东西都是什么，以后跟医生交流还是更有利一
些。楼上lingzhuzi说得也有道理，一般的罕见病，包括确诊了的那些，知道了病因也
很难针对治疗，如果现在你已经发现能够稳定的饮食，那么尽量坚持，但是也要提防可
能是暂时的减缓，密切注意一下会不会有反复的迹象。对不起，帮不了太多，再次
bless宝宝。

【在 w*****s 的大作中提到】

: 对不起，等天亮了我看看怎么回事。
: 现在还在哄宝宝睡觉。

y*i2014-01-13 08:01

44 楼

bless。可怜天下父母心。

MCT

【在 w*****s 的大作中提到】

F*p2014-01-13 08:01

45 楼

先查家谱看看有没有亲属有这种病症；
再到23&me上把父母和孩子测一边，也就$200/person;
拿着这些数据找专家咨询。

s*l2014-01-13 08:01

46 楼

帮不了什么，虽然我是做测序相关的，只能祝福一下。
感慨一下：
我们每个人做的都只是一个方面的一个点，但是从测序开始到病因确诊到最后的治疗，
中间太多太复杂。生物医学还有太多的需要发展。保守估计至少还要10年，才能看到测
序在医疗诊断上大规模的应用。

i*f2014-01-13 08:01

47 楼

这个$200的应该只是array.如果做Exome Sequencing成本都不够. 不过23&me本来也是
在烧钱

【在 F******p 的大作中提到】

: 先查家谱看看有没有亲属有这种病症；
: 再到23&me上把父母和孩子测一边，也就$200/person;
: 拿着这些数据找专家咨询。

T*G2014-01-13 08:01

48 楼

你还是和bmwcar多联系一下吧，象他说的如果是已经知道的肝代谢病，一般稍微有经验
的专业医生都会让你做一些正规routine的检测，为人父母很明白天下父母心，可是说
句negative的话，你就是做Whole Genome Sequencing如果lucky找到de novo mutation
的话，如果不是常规的疾病基因，医院也没有stardard care 去改善症状呵。这里大部
分人是做research的，建议从research角度讲都不错，可是不一定能帮到你宝宝。在美
国看疑难杂症最重要的是找到这方面的牛医生，经验和水平对勘这种病很重要。还是和
bmwcar联系一下，BCM是diagnosis field 的老大和标杆了，如果他能给你一些有用的
信息，应该挺有帮助的。希望你宝宝快快好起来。

MCT

【在 w*****s 的大作中提到】

l*i2014-01-13 08:01

49 楼

Contact jay horton at utsouthwestern. He is md and run a lab for liver
genetic metabolism research.

m*c2014-01-13 08:01

50 楼

BCM exome测序对Mendelian疾病的检出率只有25%。small indel，tandem repeat 都
call不好。并且抓exome的时候会丢掉一部分，所以覆盖不全。建议：
1）TCH的检测实验室可以做lipid panel，只抓lipid相关的exome，抓不到的会sanger
测序补上。你可以去试试。
2）做high coverage 的 whole genome sequencing，父母孩子一起做，call de novo
mutation，但这是一个科研问题了。并且可能要做细致的de novo assembly，耗时长，
没有成熟的pipeline。我们在做这方面的研究，但遗憾的是还不能立刻用。
祝福孩子！

MCT
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8

【在 w*****s 的大作中提到】

b*r2014-01-13 08:01

51 楼

性命攸关的事情，如果不是很有把握，建议还是少发言吧，患者家人病急乱投医，可能
会因此绕弯路走错路，另外，一些不准确的信息病人家属记住后如果先入为主，可能对
医生们将来的处理带来不少麻烦，最终不利于患者治疗
楼主小孩的情况我还没有仔细分析，但是基本可以肯定是代谢性疾病，代谢性疾病除了
X 连锁的一小部分，基本上都是隐性遗传，一般都是双亲各给予一个杂合突变造成，很
少由de novo mutation 引起。此外，治疗方面，遗传病确实有不少没有什么对症治疗
的方案，但是代谢性疾病里有大量的例外，打个比方，每个州那几十个newborn
screening包括的遗传病，大部分都是代谢性疾病，之所以花大价钱对每个患儿进行代
谢病的早期诊断，就是因为代谢性疾病通过饮食，药物等治疗，很多可以获得极好的效
果，比如苯丙酮尿症，枫尿病，治疗后患者能够获得和正常人类似的生活质量。楼主的
小孩目前状况还可以，也许一旦找到病因，能够通过简单的办法取得很好的效果。说句
题外话，这也是为什么我们做临床遗传学的需要花很大的精力进行科研和探索，因为新
的科研成果可能马上就能转化成实实在在的临床疗效。

【在 l*******i 的大作中提到】

: Bless宝宝！
: 请问楼主做的是exome-seq吧？宝宝父母也都测了吗？近亲有遗传史吗？如果没有，父
: 母均正常的话，很有可能应该就是de novo mutation了。de novo mutation在新生儿中
: 的发生率非常低，而且80%以上位于exon。
: 如果exome-seq没有发现de novo mutation,那说明mutation可能位于gene调控区，甚至
: intron，上GWS或许可以发现某些异常，但是代价比较高昂。
: 我想说的是，像这样的基因缺陷病（姑且这么说吧，宝宝不一定是），最后即使找到了
: defect的gene，对治疗可能也没你所期望的帮助。因此，我觉得，楼主现在首先要做的
: 是应该明确诊断，对症治疗是关键，首先把宝宝的病情控制住了，尽量减轻疾病带来的
: 伤害。

b*r2014-01-13 08:01

52 楼

23&me现在只能做非健康的东西。就是以前，它也根本不能做这些罕见的东西

【在 F******p 的大作中提到】

: 先查家谱看看有没有亲属有这种病症；
: 再到23&me上把父母和孩子测一边，也就$200/person;
: 拿着这些数据找专家咨询。

w*a2014-01-13 08:01

53 楼

23andme现在给SNP的raw data，
FDA不让他们做关于健康的预测，但是你自己可以分析啊。
BRCA1/2突变检测，国内charge几千人刀呢，还只有北京的几个医院做。
我前几个月送过唾液sample，出来的结果其实挺靠谱的。
预测的我的排名前两位的高风险慢性疾病，我父母分别有轻度症状。

【在 b****r 的大作中提到】

: 23&me现在只能做非健康的东西。就是以前，它也根本不能做这些罕见的东西

l*i2014-01-13 08:01

54 楼

你说的意思就是我要表达的。
我本身是儿科医生出身，现在在做单基因遗传病的基因治疗研究。因此，这种（疑似）
遗传疾病的背景知识还算是了解的。
上面的回帖里多是从科研的角度给患儿父母建议，出发点是好的，但是很可能好心办坏
事。孩子太小，如果控制不好的话，疾病进展很快的。我在临床上见过不少，上午看着
还跟正常状态一样，到了下午就直接送PICU了。
楼主现在最紧急的事情，不应该是找致病基因，而是明确诊断，同时要做好对症治疗。
现在楼主需要的是有经验的临床医生，而不是bench边的科研人员。
孩子除了肝脏问题外，还有其他症状没？口腔异味，尿液异味，皮肤颜色，应激状态，
等等，这些比较明显的症状，父母、也只有父母才有机会注意到的，把自己觉得跟平常
不一样的情况全部详细记录下来，找专业的医生咨询，这样医生才能有的放矢，快速、
准确地安排一些针对性强的诊断性检查。
最后，提醒孩子父母：现在通过饮食暂时能控制住病情，但千万不要大意了，还是得密
切观察患儿。

【在 b****r 的大作中提到】

: 性命攸关的事情，如果不是很有把握，建议还是少发言吧，患者家人病急乱投医，可能
: 会因此绕弯路走错路，另外，一些不准确的信息病人家属记住后如果先入为主，可能对
: 医生们将来的处理带来不少麻烦，最终不利于患者治疗
: 楼主小孩的情况我还没有仔细分析，但是基本可以肯定是代谢性疾病，代谢性疾病除了
: X 连锁的一小部分，基本上都是隐性遗传，一般都是双亲各给予一个杂合突变造成，很
: 少由de novo mutation 引起。此外，治疗方面，遗传病确实有不少没有什么对症治疗
: 的方案，但是代谢性疾病里有大量的例外，打个比方，每个州那几十个newborn
: screening包括的遗传病，大部分都是代谢性疾病，之所以花大价钱对每个患儿进行代
: 谢病的早期诊断，就是因为代谢性疾病通过饮食，药物等治疗，很多可以获得极好的效
: 果，比如苯丙酮尿症，枫尿病，治疗后患者能够获得和正常人类似的生活质量。楼主的

D*a2014-01-13 08:01

55 楼

23&me就是搞搞什么高血压比别人高两倍，多发性硬化比别人低50%之类的东西，不是这
种临床诊断。他受FDA警告就是因为宣称他的东西有临床benefit。他最准的应该是找
ancestor，别的么...那些paper出来经得住经不住检验还不好说，你做个SNP测序跟那
些东西比，能准哪儿去。本来家族病史就是最准的高风险因子，你搞了个SNP，confirm
了而已，没有任何新信息。
别的机构也是一样，可别去烧钱了。
还有人把自己送了三家机构测了，测出来的互相都不一样。
而且你本身是亚裔，到底西方的数据库有百分之几是能用的都未可知。
另外brca那个美国最高法院的判决出来以后，应该是大家都随便测就好了，费用马上就
会下来了。那个是大量paper和临床证据支撑的，而且是突变，23&me用的SNP有几个进
了临床的。

【在 w***a 的大作中提到】

: 23andme现在给SNP的raw data，
: FDA不让他们做关于健康的预测，但是你自己可以分析啊。
: BRCA1/2突变检测，国内charge几千人刀呢，还只有北京的几个医院做。
: 我前几个月送过唾液sample，出来的结果其实挺靠谱的。
: 预测的我的排名前两位的高风险慢性疾病，我父母分别有轻度症状。

y*k2014-01-13 08:01

56 楼

先bless这位可敬的母亲，你可能没时间看那些书了，我根据我的知识提供一些看法。
1 全基因测序是不是有很多遗传病其实也测不出来，是不是和数据库有关？
基因组测序做的是检测目标对象和参考基因组（reference genome）的变异。目前的
基因组测序主要有全基因组测序（WGS）和全外显组（WES，也就是你做的）测序。外显
组测序只测编码蛋白的部分（最有可能发生导致遗传病的变异部分），覆盖率高，操作
得当的话对应该可以检测大部分目标区域的简单变异（SNP），当然不可能是完全的，
而且作为医学报告，他们一般报告他们把握大的部分而容忍遗漏（high accuracy and
lost sensitivity ）,具体数据前面有个网友提供了一些信息（不过25%太低了吧）。
WES对大的结构变异的检出能力很差。全基因组测序理论上可以可以提供全面的信息
，不过因为覆盖率低平均检出率会低很多，成本也要高很多。所以你可以认为他们给出
的一般是真的，不过遗漏了很多。
目前的情况，如果有肯能，希望他们提供原始的测序数据，可以先对结果做个评估在
考虑下一步的遗传检测。另外代谢方面的检测可以提供另一方面的信息。

2 尤其是东方人的数据库，是不是中国和日本比较全面。
检测出来的遗传差异要和标注数据库比较，任何数据库都是很不全的，列出的都是一些
在人群中的普遍变异。不要只依赖于数据库比对
3 就算已经publish出来的结果，没有被美国医疗机构认证，是不是还是不在他们的数
据库里面？
很有可能他们为避免麻烦就不报告了。
4 宝宝的病非常像严重的NICCD，可是他不挑食似乎不是这个病。再看LCAD，很象，也
不完全。问题是这两种病在全基因测序里面都没有报告，按道理说LCAD至少白人得的不
少吧。
5 还有没有是其他可能的病呢？我们刚开始怀疑LCAD,然后怀疑NICCD，现在有些又回来
考虑LCAD了，实在不知道其他的病了。
6 新生儿出生时的screening都是正常的，所以肯定不是很常见的病。如果吃milk-
based或soy-based奶粉他都回逐渐造成肝的伤害，跟吃鸡蛋差不多，而且都得差不多吃
一个多月才显出来（鸡蛋可能快点），感觉就是慢性中毒。
7 能不能给我们推荐一些研究机构，我们非常愿意把他的基因检测数据给他们做研究。
8 诊断：超声波， x-ray, ct，主要在胸腹， new-born screening, surgical
pathology (biopsy), WES (whole exome sequencing), gene-chip(?), blood (many
kinds of panels), urine, 我们相信非常全面了。。可是就是没有一个确切的。。
9 baylor medical center 的Whole Genome Laboratory (WGL)怎么样？

w*a2014-01-13 08:01

57 楼

问题是人家只有唾液sample，不知道我的家族病史。
仅凭SNP，准确预测了风险。说明他们的这个测试不是那么不堪的。
还有关于酒精和乳糖耐受的预测结果也是准确的。
整个报告就是风险评估，根据可靠程度还区分了不同的category。
人家也没说跟临床有什么直接关系。FDA管的太宽了。
再说只收99刀，非常厚道了。

confirm

【在 D*a 的大作中提到】

: 23&me就是搞搞什么高血压比别人高两倍，多发性硬化比别人低50%之类的东西，不是这
: 种临床诊断。他受FDA警告就是因为宣称他的东西有临床benefit。他最准的应该是找
: ancestor，别的么...那些paper出来经得住经不住检验还不好说，你做个SNP测序跟那
: 些东西比，能准哪儿去。本来家族病史就是最准的高风险因子，你搞了个SNP，confirm
: 了而已，没有任何新信息。
: 别的机构也是一样，可别去烧钱了。
: 还有人把自己送了三家机构测了，测出来的互相都不一样。
: 而且你本身是亚裔，到底西方的数据库有百分之几是能用的都未可知。
: 另外brca那个美国最高法院的判决出来以后，应该是大家都随便测就好了，费用马上就
: 会下来了。那个是大量paper和临床证据支撑的，而且是突变，23&me用的SNP有几个进

b*r2014-01-13 08:01

58 楼

我不想吵架，但是你一开始就连最可能的遗传方式都搞错了，我觉得你应该跟楼主澄清
一下。这毕竟不是普通的科研。
但是从另一个角度，病人已经在seatle children这样相当好的医院长期治疗，常见遗
传病可以说已经可能性很小了，这个时候科研人员可能比临床医生了解更多新的东西，
比如你可能比绝大多数医生了解基因治疗的进展。更好的为患者服务，这不本来就是我
们科研的目的吗

【在 l*******i 的大作中提到】

: 你说的意思就是我要表达的。
: 我本身是儿科医生出身，现在在做单基因遗传病的基因治疗研究。因此，这种（疑似）
: 遗传疾病的背景知识还算是了解的。
: 上面的回帖里多是从科研的角度给患儿父母建议，出发点是好的，但是很可能好心办坏
: 事。孩子太小，如果控制不好的话，疾病进展很快的。我在临床上见过不少，上午看着
: 还跟正常状态一样，到了下午就直接送PICU了。
: 楼主现在最紧急的事情，不应该是找致病基因，而是明确诊断，同时要做好对症治疗。
: 现在楼主需要的是有经验的临床医生，而不是bench边的科研人员。
: 孩子除了肝脏问题外，还有其他症状没？口腔异味，尿液异味，皮肤颜色，应激状态，
: 等等，这些比较明显的症状，父母、也只有父母才有机会注意到的，把自己觉得跟平常