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关于RNA intron, Exon的2个困惑

关于RNA intron, Exon的2个困惑# Biology - 生物学

c*i2014-02-25 08:02

1 楼

【以下文字转载自 Food 讨论区】
发信人: choi (choi), 信区: Food
标题: Neo-Shanghaiese restaurant in LA
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Mar 14 21:50:21 2010, 美东)
Linda Burum, The Find: A garden of neo-Shanghai delights;
Yu Garden brings a lighter, but still authentic, style to a complex cuisine.
And vegetarians can rejoice. Los Angeles Times, Mar. 11, 2010.
http://www.latimes.com/features/food/la-fo-find-20100311,0,3147822.story
Note: dive (n): "a shabby and disreputable establishment (as a bar or
nightclub)" www.m-w.com

v*e2014-02-25 08:02

2 楼

http://www.youtube.com/watch?v=rdIWKytq_q4&feature=player_embed

W*n2014-02-25 08:02

3 楼

1）细胞先转录出带内含子的mRNA, 请问提取RNA后，反转录成cDNA，这个cDNA里面
有没有未成熟的mRNA(intron 没有来得及剪贴掉)反转录出来的？也就是说，反转录DNA
（cDNA）里面，可能含有intron吗？
2）做一个同源基因的克隆，该基因有三个外显子，在第一个被初步annotated的外
显子上游，可以找到另外2个位点编码Met，可以使蛋白往N末端延伸10个或20个aa。我
假定它是从往上延伸20aa的位点开始翻译，然后设计引物，在cDNA中扩增该基因。结果
显示扩增出来的序列就是3个外显子序列和那上游20aa对应的序列，没有任何内含子。
这是否说明该基因就是从往上游延伸20aa的地方起始翻译的呢？

ay2014-02-25 08:02

4 楼

没人顶阿，推牛逼了

【在 v******e 的大作中提到】

: http://www.youtube.com/watch?v=rdIWKytq_q4&feature=player_embed

m*u2014-02-25 08:02

5 楼

LZ上过大学吗？是学生物的吗？

f*l2014-02-25 08:02

6 楼

顶顶顶，我都笑出眼泪了 ;)

【在 v******e 的大作中提到】

: http://www.youtube.com/watch?v=rdIWKytq_q4&feature=player_embed

g*52014-02-25 08:02

7 楼

1), yes.
2), no.

DNA

【在 W*********n 的大作中提到】

: 1）细胞先转录出带内含子的mRNA, 请问提取RNA后，反转录成cDNA，这个cDNA里面
: 有没有未成熟的mRNA(intron 没有来得及剪贴掉)反转录出来的？也就是说，反转录DNA
: （cDNA）里面，可能含有intron吗？
: 2）做一个同源基因的克隆，该基因有三个外显子，在第一个被初步annotated的外
: 显子上游，可以找到另外2个位点编码Met，可以使蛋白往N末端延伸10个或20个aa。我
: 假定它是从往上延伸20aa的位点开始翻译，然后设计引物，在cDNA中扩增该基因。结果
: 显示扩增出来的序列就是3个外显子序列和那上游20aa对应的序列，没有任何内含子。
: 这是否说明该基因就是从往上游延伸20aa的地方起始翻译的呢？

N*32014-02-25 08:02

8 楼

这种节目为了节目效果会剪掉反应过来的人，就像新闻联播一样~~

【在 v******e 的大作中提到】

: http://www.youtube.com/watch?v=rdIWKytq_q4&feature=player_embed

W*n2014-02-25 08:02

9 楼

谢谢。那么若已知基因组序列，在知道翻译起始位点大致位置，并有两三个Met时，怎
样准确确定从哪一个Met开始翻译？

【在 g*********5 的大作中提到】

: 1), yes.
: 2), no.
:
: DNA

M*n2014-02-25 08:02

10 楼

拿掉了套子，当然lighter和thinner了，faster难道是因为装的软件少？

W*n2014-02-25 08:02

11 楼

您可以回答，也可以因为简单不屑于回答。居高临下的打击别人，就没有意思了吧。

【在 m******u 的大作中提到】

: LZ上过大学吗？是学生物的吗？

i*l2014-02-25 08:02

12 楼

不能预测
正常时候也有两个位置上都有Met 相差23AA，两个蛋白都被正常翻译的情况。

【在 W*********n 的大作中提到】

: 谢谢。那么若已知基因组序列，在知道翻译起始位点大致位置，并有两三个Met时，怎
: 样准确确定从哪一个Met开始翻译？

T*u2014-02-25 08:02

13 楼

http://baike.bbioo.com/doc-view-685.htm
Kozak序列
当然有时候就是会有从mRNA不同位置起始翻译的。

【在 W*********n 的大作中提到】

: 谢谢。那么若已知基因组序列，在知道翻译起始位点大致位置，并有两三个Met时，怎
: 样准确确定从哪一个Met开始翻译？

M*P2014-02-25 08:02

14 楼

那个就是扯蛋的，数据太少时代随便凑出来的结果。现在随便写个程序就知道根本就没
有几个基因有kozak序列。

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8

【在 T****u 的大作中提到】

: http://baike.bbioo.com/doc-view-685.htm
: Kozak序列
: 当然有时候就是会有从mRNA不同位置起始翻译的。

l*y2014-02-25 08:02

15 楼

那你就随便写个程序run一下呗，能发篇不错的paper【在 MHP (马后炮) 的大作中提
到: 】

T*u2014-02-25 08:02

16 楼

同求

【在 l***y 的大作中提到】

: 那你就随便写个程序run一下呗，能发篇不错的paper【在 MHP (马后炮) 的大作中提
: 到: 】

M*P2014-02-25 08:02

17 楼

http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjour
Over 30 years ago Kozak suggested that a specific context (i.e. the
nucleotides before and after a codon) surrounding the initiating ATG codon
is required for its recognition by the pre-initiation complex; asserting
that this context should appear only in the vicinity of the initiating (
START) ATG codon of the ORF [10]. Nevertheless, several deviations from the
aforementioned scanning model have been reported based on small scale
experiments. For example, there are reported cases of leaky scanning where
AUG codons with sub-optimal contexts are skipped and translation initiates
at a downstream AUG [14], and there are cases of translation via internal
ribosome entry site (IRES) and additional non-canonical mechanisms [15]–[17
], but these have been reported to be relatively rare. In addition, though
there is a relatively low number of ATG codons in the 5′UTR as expected by
the scanning model [18], it was shown that there are many cases with non-
optimal ATG context scores for the main ATG codon, and cases of ATG codons
at the 5′UTR with relatively optimal context scores [19], [20], suggesting
that the scanning model is an over-simplification of the reality

【在 T****u 的大作中提到】

: 同求

d*i2014-02-25 08:02

18 楼

印象中kozak序列不是翻译的必须序列，而是增强翻译的序列。没有kozak，仍然翻译，
但是水平不高，有了之后，更强。

j*x2014-02-25 08:02

19 楼

这是在讲笑话吧，或者压根没搞明白什么是kazak consensus

【在 M*P 的大作中提到】

: 那个就是扯蛋的，数据太少时代随便凑出来的结果。现在随便写个程序就知道根本就没
: 有几个基因有kozak序列。
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8

T*u2014-02-25 08:02

20 楼

呵呵。。

the

【在 M*P 的大作中提到】

: http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjour
: Over 30 years ago Kozak suggested that a specific context (i.e. the
: nucleotides before and after a codon) surrounding the initiating ATG codon
: is required for its recognition by the pre-initiation complex; asserting
: that this context should appear only in the vicinity of the initiating (
: START) ATG codon of the ORF [10]. Nevertheless, several deviations from the
: aforementioned scanning model have been reported based on small scale
: experiments. For example, there are reported cases of leaky scanning where
: AUG codons with sub-optimal contexts are skipped and translation initiates
: at a downstream AUG [14], and there are cases of translation via internal