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请教一下cancer subtype的问题
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请教一下cancer subtype的问题# Biology - 生物学
b*d
1
The National Institutes of Health’s (NIH's) budget would get a modest 3.2%
raise, to $35.2 billion, in a draft spending bill released by a House of
Representatives committee today. To the relief of U.S. research universities
, the measure would also explicitly block a proposal by the Trump
administration to slash by two-thirds the payments that NIH disburses to
cover the overhead costs of the research it funds. Furthermore, the bill
ignores a Trump plan to abolish NIH’s widely lauded global health center.
Although the $1.1 billion increase is only about half of the raises Congress
has given the agency the past 2 years, the Trump administration had
proposed cutting NIH’s budget by $7.5 billion, a drop of 22% from this year
’s level. The White House had argued that this could be accomplished
without much impact on number of grants or research overall by slashing how
much NIH compensates universities for “indirect costs,” the administrative
and facilities costs associated with the direct costs of a project, from 28
% of its overall extramural research spending to a flat rate of 10% of a
total individual grant.
The plan deeply worried universities and research institutions, which now
individually negotiate indirect rates for their institutions with the
government. They argued that even at current levels, these payments don’t
come close to covering the full cost of utilities, ethics review boards,
animal care facilities, administrative staff, hazardous waste disposal, high
-speed computers, and other services needed to support NIH-funded research
projects. Universities warned that any cuts could force many institutions to
curtail NIH research on their campuses.
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f*5
2
PhD,opt快到期了,还在跟一老师瞎混,延期又出麻烦,学校好像只是Federal
contract with the FAR E-Verify clause,学校的hr说没有enroll e-verify,他们还
好意思在墙上贴一张大大的post: "We are e-verify!!!"震惊啊!!有懂的同学能不
能帮我解释一下这俩有啥不同?
现在跟的老师跟其他能做extension的学校有合作,实在不行,不知道能不能搬到其他
学校去做extension?
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h*d
3
两猫已经来家一个多月了,后妈我还没有带他们去vet报道
shelter的foster family说去vet那里检查过,没有虫,耳满,领养的文件上写着,FIV
/FLV negative及日期,rabies及日期, 还有两个贴上去的小标签,不知道是不是
vaccination有关。
上个星期五我自己给它们喝了打roundworm的药水
现在还要不要去Vet检查身体?ld说不用,我纠结中,也不知道怎么找好vet,手头有一
张一家不错的hospital $75刀certificate,但是那家医院太远了,要开30分钟,还不
算trafic,担心两猫在路上会怕。
家附近5分钟有一家小clinic,但是住了这么久都没发现,实在是很小,也不知道医生
怎么样。
请问去vet都检查些啥?疫苗除了rabies还要打什么么?
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n*7
4
比如breast cancer
有Luminal A/B, HER2, Basal-like几种subtype
最近有点想不明白的是,subtype是标记在每个patient sample的
而一个patient的cancer tissue是heterogeneous的
这是不是说,即使一个patient体内癌症细胞的差异再大,也全部属于一个subtype?
或者说,subtype就是最开始的第一个癌细胞的特性决定了的?
另一个可能的情况是,这种molecular subtype的定义本身就是反应的一个群体的特性
。如果这样的话,随着cancer cell population的变化,是不是在individual 层面上
的subtype也会变化?比如一个病人本来是HER2,也就是说癌组织中HER2类的癌细胞是
dominate的。 经过治疗之后,HER2细胞死差不多了,结果Basal-like的癌细胞
dominate了,病人变成了Basal-like的breast cancer。这有没有可能?
请不吝赐教,如果给些reference就再好不过了
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b*d
5
两党议员誓死保卫nih.议员们也怕死。
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f*u
6
看你领工资的公司是哪个,EIN是什么,然后去DHS查这个EIN的公司有没有E-verify。

【在 f**********5 的大作中提到】
: PhD,opt快到期了,还在跟一老师瞎混,延期又出麻烦,学校好像只是Federal
: contract with the FAR E-Verify clause,学校的hr说没有enroll e-verify,他们还
: 好意思在墙上贴一张大大的post: "We are e-verify!!!"震惊啊!!有懂的同学能不
: 能帮我解释一下这俩有啥不同?
: 现在跟的老师跟其他能做extension的学校有合作,实在不行,不知道能不能搬到其他
: 学校去做extension?

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I*e
7
I definitely would.

FIV

【在 h**********d 的大作中提到】
: 两猫已经来家一个多月了,后妈我还没有带他们去vet报道
: shelter的foster family说去vet那里检查过,没有虫,耳满,领养的文件上写着,FIV
: /FLV negative及日期,rabies及日期, 还有两个贴上去的小标签,不知道是不是
: vaccination有关。
: 上个星期五我自己给它们喝了打roundworm的药水
: 现在还要不要去Vet检查身体?ld说不用,我纠结中,也不知道怎么找好vet,手头有一
: 张一家不错的hospital $75刀certificate,但是那家医院太远了,要开30分钟,还不
: 算trafic,担心两猫在路上会怕。
: 家附近5分钟有一家小clinic,但是住了这么久都没发现,实在是很小,也不知道医生
: 怎么样。

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A*a
8
Heterogeneity 是肯定有的,不过histology 和molecular/Gene 分型是两码事
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s*y
9
NIH budget 是比较罕见的有两党共识支持的地方,而且因为很多grant 是五年的,所
以Trump 一开口就要砍20%是没有实际操作意义的,因为这样就意味着在后面一两年几
乎不能发新的grant 了,就等于政府出手把自己国家的大部分实验室给直接灭掉了。
但是增加那么多(3.2%!!!)也是挺出乎意料的,我猜congress,senate,和总统还是要讨
价还价一轮? 最后版本就是不砍,或者小幅度增长。

【在 b*****d 的大作中提到】
: 两党议员誓死保卫nih.议员们也怕死。
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h*d
10
去干什么呢,上周五很急的打了电话没医院当天有空,结果自己喂了驱虫药,现在又找
不到理由去了

【在 I********e 的大作中提到】
: I definitely would.
:
: FIV

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n*7
11
谢谢
我就是想问有没有把两方面放一起的研究?
比如一个subtype的病人化疗后,变成另一个subtype?
或者说,各种subtype的病人是不是各种基因型的cell type都有,只是比率不同,最终
表现成各式的phenotype?还是相反,每种subtype具体到cell层面,都有一些unique
基因型的cell?
我外行,麻烦指点一下

【在 A***a 的大作中提到】
: Heterogeneity 是肯定有的,不过histology 和molecular/Gene 分型是两码事
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b*d
12
怎么花钱,花多少钱是国会说了算。特别是在最高院判总统 line to line veto违宪后
,总统话语权更小了。每年国防部都要买很多永远不用的设备,就是这个原因。

【在 s******y 的大作中提到】
: NIH budget 是比较罕见的有两党共识支持的地方,而且因为很多grant 是五年的,所
: 以Trump 一开口就要砍20%是没有实际操作意义的,因为这样就意味着在后面一两年几
: 乎不能发新的grant 了,就等于政府出手把自己国家的大部分实验室给直接灭掉了。
: 但是增加那么多(3.2%!!!)也是挺出乎意料的,我猜congress,senate,和总统还是要讨
: 价还价一轮? 最后版本就是不砍,或者小幅度增长。

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s*t
13
成年猫还是小猫啊?
小猫的vaccination要分几次打的。
成年猫每年打一针distemper boost. Rabies 不同地方规定不一样,有的要每年打,有
的不用。
你要是没啥养猫经验,建议找个近点的兽医去做个体检。
新猫除了常规体检还可以验一下大便,看看有没有虫。
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A*w
14
某种genotype不一定导致某种gene expression pattern,更不一定导致某种phenotype
。反之亦不然,比如你说的breast cancer,同样是ER negative,gene expression
pattern也有可能很不一样,可参见这篇文章。
http://www.nature.com/nature/journal/v406/n6797/full/406747a0.h
所以本身临床中所说的一种subtype的乳腺癌就不是很严谨的说法,一个subtype下癌细
胞肯定仍然是heterogeneous.也许化疗后复发的最大的原因就是你说的吧,药物控制了
一种癌细胞,但另外一种又滋生了。同请高手指教。

【在 n******7 的大作中提到】
: 谢谢
: 我就是想问有没有把两方面放一起的研究?
: 比如一个subtype的病人化疗后,变成另一个subtype?
: 或者说,各种subtype的病人是不是各种基因型的cell type都有,只是比率不同,最终
: 表现成各式的phenotype?还是相反,每种subtype具体到cell层面,都有一些unique
: 基因型的cell?
: 我外行,麻烦指点一下

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h*d
15
谢谢,记下了,是6-7个月的猫
除了Rabies还有什么疫苗要打?
我准备打电话问问最近的那个医院,要是没多少钱我也不想跑那么远去那个大医院了

【在 s*******t 的大作中提到】
: 成年猫还是小猫啊?
: 小猫的vaccination要分几次打的。
: 成年猫每年打一针distemper boost. Rabies 不同地方规定不一样,有的要每年打,有
: 的不用。
: 你要是没啥养猫经验,建议找个近点的兽医去做个体检。
: 新猫除了常规体检还可以验一下大便,看看有没有虫。

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n*7
16
谢谢你的input,就是这个reference有些old了
感觉这些年因为技术的进步,很多理论变化很大
我现在想分清楚的inter-和intra- individual的heterogeneous一些根本的不同
我感觉一般我们说的clinical意义的subtype是主要反应了inter-individual的
heterogeneous,用几种代表性的指标,划分几个大类
而每个大类的patients,因为自己各自的情况,体内cancer population的情况也是很
不一样的,而且是动态的。我最想知道的就是这个动态的范围,会不会达到让一个个体
从一个subtype,转化成另个一个subtype?

phenotype

【在 A*********w 的大作中提到】
: 某种genotype不一定导致某种gene expression pattern,更不一定导致某种phenotype
: 。反之亦不然,比如你说的breast cancer,同样是ER negative,gene expression
: pattern也有可能很不一样,可参见这篇文章。
: http://www.nature.com/nature/journal/v406/n6797/full/406747a0.h
: 所以本身临床中所说的一种subtype的乳腺癌就不是很严谨的说法,一个subtype下癌细
: 胞肯定仍然是heterogeneous.也许化疗后复发的最大的原因就是你说的吧,药物控制了
: 一种癌细胞,但另外一种又滋生了。同请高手指教。

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g*x
17
标签上写什么?先确定是不是打了一些疫苗了。
vet的检查很简单的,就是摸摸看看听听,称个体重,要验便便验血的话,应该要额外的
钱。如果FVRCP没打,要打三针的, 这个必需。FELV如果严格indoor也可以不大,
rabbies看州的规定,可打可不打。当然vet都会建议你打。每一针16-20$.
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h*n
18
肿瘤的分类, 以往都是按组织学分类的, 比如 lung adenocarcinoma, small cell
carcinoma, squamous cell carcinoma都是肺癌的subtype. 在肺癌里, 我还没听说过
有subtype上混合的, 但确实有undifferentiated lung cancer, 细胞分化程度低, 不
好分类.
如果从molecular subtype上分类, 比如有些肺癌病人有kras mutation, 有些有EGFR
mutation, 等等, 如果你要问会不会互相转变, 这个很难证明, 因为肿瘤切下来的时候
是啥样的就啥样, 但不同基因的变化是积累性的. 通常的假设是至少两个genetic
change. 所以有可能肿瘤早期只有一个mutation, 后来mutation多起来了.
另外, 很多实体瘤都是clonal tumor, 就是说一个肿瘤大都是由一个癌细胞分裂生长而
来的. 所以, 同一个病人身上的某个肿瘤里面的已有的genetic change不会变回正常的
, 而随着肿瘤的进展/复发, 有可能有新的mutation. 由吸烟引起的一些肺癌是
diffusive, 不好说是不是clonal, 但由于癌变的因素比较单一(烟里的致癌物), 所以
同一个病人的肺癌的不同部分, 通常表现出相同的molecular profile.
上面是我的个人看法, 我对肺癌比较熟, 所以用肺癌举例. 不知道我说清楚没有. 欢
迎批评.
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c*e
19
6-7个月了要去打一年份的疫苗了
我建议你去一次
如果你领养的时候才4个月,疫苗已经失效了

【在 h**********d 的大作中提到】
: 谢谢,记下了,是6-7个月的猫
: 除了Rabies还有什么疫苗要打?
: 我准备打电话问问最近的那个医院,要是没多少钱我也不想跑那么远去那个大医院了

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h*d
21
好的,记下了,约了周一去
体检52刀,忘了问包不包括验便便(另一家说是验的)
就去把FVRCP打了

【在 g****x 的大作中提到】
: 标签上写什么?先确定是不是打了一些疫苗了。
: vet的检查很简单的,就是摸摸看看听听,称个体重,要验便便验血的话,应该要额外的
: 钱。如果FVRCP没打,要打三针的, 这个必需。FELV如果严格indoor也可以不大,
: rabbies看州的规定,可打可不打。当然vet都会建议你打。每一针16-20$.

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a*a
22
吸烟病人的突变比较多,会不会一开始就是好几个colony来的?

【在 h********n 的大作中提到】
: 肿瘤的分类, 以往都是按组织学分类的, 比如 lung adenocarcinoma, small cell
: carcinoma, squamous cell carcinoma都是肺癌的subtype. 在肺癌里, 我还没听说过
: 有subtype上混合的, 但确实有undifferentiated lung cancer, 细胞分化程度低, 不
: 好分类.
: 如果从molecular subtype上分类, 比如有些肺癌病人有kras mutation, 有些有EGFR
: mutation, 等等, 如果你要问会不会互相转变, 这个很难证明, 因为肿瘤切下来的时候
: 是啥样的就啥样, 但不同基因的变化是积累性的. 通常的假设是至少两个genetic
: change. 所以有可能肿瘤早期只有一个mutation, 后来mutation多起来了.
: 另外, 很多实体瘤都是clonal tumor, 就是说一个肿瘤大都是由一个癌细胞分裂生长而
: 来的. 所以, 同一个病人身上的某个肿瘤里面的已有的genetic change不会变回正常的

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h*d
23
rabies不是一年才失效吗,养的时候大概6个月

【在 c*******e 的大作中提到】
: 6-7个月了要去打一年份的疫苗了
: 我建议你去一次
: 如果你领养的时候才4个月,疫苗已经失效了

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c*8
24
有篇哈佛的science文章,讲到一例小细胞肺癌经过治疗后,复发成大细胞肺癌,再次
治疗后,又复发,发展成为小细胞肺癌。
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C*s
25
Where are you at?
You can try look up in yelp.com for a good vet in your area
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h*n
26
有可能, 具体的可以查查TCGA,如果一些吸烟引起的肺癌里面, 同时有好些重要的
mutation 或者是oncogene激活, 有可能, 但我想不出一个简单的办法可以从实验上回
答这个问题.

【在 a*******a 的大作中提到】
: 吸烟病人的突变比较多,会不会一开始就是好几个colony来的?
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y*n
27
看置顶文章里你附近的id,问问推荐的兽医和医院

FIV

【在 h**********d 的大作中提到】
: 两猫已经来家一个多月了,后妈我还没有带他们去vet报道
: shelter的foster family说去vet那里检查过,没有虫,耳满,领养的文件上写着,FIV
: /FLV negative及日期,rabies及日期, 还有两个贴上去的小标签,不知道是不是
: vaccination有关。
: 上个星期五我自己给它们喝了打roundworm的药水
: 现在还要不要去Vet检查身体?ld说不用,我纠结中,也不知道怎么找好vet,手头有一
: 张一家不错的hospital $75刀certificate,但是那家医院太远了,要开30分钟,还不
: 算trafic,担心两猫在路上会怕。
: 家附近5分钟有一家小clinic,但是住了这么久都没发现,实在是很小,也不知道医生
: 怎么样。

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a*a
28
single cell sequence做进化树应该能回答吧。
不过现在的coverage还太低

【在 h********n 的大作中提到】
: 有可能, 具体的可以查查TCGA,如果一些吸烟引起的肺癌里面, 同时有好些重要的
: mutation 或者是oncogene激活, 有可能, 但我想不出一个简单的办法可以从实验上回
: 答这个问题.

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c*e
29
是综合那个,不是rabies

【在 h**********d 的大作中提到】
: rabies不是一年才失效吗,养的时候大概6个月
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n*7
30
谢谢,很有用!
就是第三个打不开,不知道是不是在家里没有阅读权限的问题
我当年免疫没有好好学,所以现在一直没搞懂这些细胞表面分子跟基因型的关联
还有个疑问就是我最近看的很多clinical的杂志,影响因子都不高
应该是普遍现象吧,不说明结果不可信?
(NEJM JAMA Lancet当然牛)

【在 G*****o 的大作中提到】
: 这些文章对你或许有帮助。
: http://www.wjso.com/content/9/1/131
: http://www.gffcc.org/journal/docs/issue15/pp%2019-24%20Al-Awadi
: http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12094-012-0827-x

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n*7
31
我不清楚这样的组织学分类,跟molecular level的pattern有什么关联
因为异质性,肿瘤组织的细胞可能有不同的driver 突变
我最近听了一些talk,就是讲因为化疗药物的选择压力,本来dominant的mutation会被
抑制,但是原本不popular的mutation会冒出来。比如针对KRAS突变的抑制药把这类
cancer cell杀掉之后,EGFR突变的cell会取代之成为主要的cell 类型。 我不清楚这
种改变会不会导致组织学分类的变化。
这个问题的意义,我觉得是因为现在很多预后之类的分析都是基于组织学分类的,我想
知道cell population的变化是只会影响到药物治疗,还是同时会影响subtype,进而影
响预后。从楼上提供的link来看,subtype分类似乎不是那么稳定的

【在 h********n 的大作中提到】
: 肿瘤的分类, 以往都是按组织学分类的, 比如 lung adenocarcinoma, small cell
: carcinoma, squamous cell carcinoma都是肺癌的subtype. 在肺癌里, 我还没听说过
: 有subtype上混合的, 但确实有undifferentiated lung cancer, 细胞分化程度低, 不
: 好分类.
: 如果从molecular subtype上分类, 比如有些肺癌病人有kras mutation, 有些有EGFR
: mutation, 等等, 如果你要问会不会互相转变, 这个很难证明, 因为肿瘤切下来的时候
: 是啥样的就啥样, 但不同基因的变化是积累性的. 通常的假设是至少两个genetic
: change. 所以有可能肿瘤早期只有一个mutation, 后来mutation多起来了.
: 另外, 很多实体瘤都是clonal tumor, 就是说一个肿瘤大都是由一个癌细胞分裂生长而
: 来的. 所以, 同一个病人身上的某个肿瘤里面的已有的genetic change不会变回正常的

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n*7
32
做target sequencing应该可以吧
我记得今年AACR上好像听过一些这样的研究
明天上班check一下

【在 a*******a 的大作中提到】
: single cell sequence做进化树应该能回答吧。
: 不过现在的coverage还太低

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a*a
33
11年的进展, 大概只有15%的coverage
后来没有follow up了。。
http://www.nature.com/nature/journal/v472/n7341/abs/nature09807

【在 n******7 的大作中提到】
: 做target sequencing应该可以吧
: 我记得今年AACR上好像听过一些这样的研究
: 明天上班check一下

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h*n
34
组织学分类比较简洁明了, 缺点是基于细胞/组织形态。
如果你说把切下来的肿瘤, 按照各个cell population genetic or biomarker
profile分类, 我个人觉得当然好, 但目前来看成本比较高。
我个人看法, 组织学分类跟molecular profile有大的关联, 比如EGFR mutation基本
上就是adenocarcinoma and BAC, 在其它subtype的肺癌里面基本没有。
要说组织学分类会不会因为治疗而改变,一般比较少, 但不是绝对的。 但复发的肿瘤
通常恶性程度更高, 有可能是有些新的mutant clones长出来了。
根据molecular profile来研究预后, 这个有很多研究, 但通常是在同一个组织学分
类下面。 但我个人觉得, 绝大多数病人不能从研究组织学分类上的subtype互相转化
收益。

【在 n******7 的大作中提到】
: 我不清楚这样的组织学分类,跟molecular level的pattern有什么关联
: 因为异质性,肿瘤组织的细胞可能有不同的driver 突变
: 我最近听了一些talk,就是讲因为化疗药物的选择压力,本来dominant的mutation会被
: 抑制,但是原本不popular的mutation会冒出来。比如针对KRAS突变的抑制药把这类
: cancer cell杀掉之后,EGFR突变的cell会取代之成为主要的cell 类型。 我不清楚这
: 种改变会不会导致组织学分类的变化。
: 这个问题的意义,我觉得是因为现在很多预后之类的分析都是基于组织学分类的,我想
: 知道cell population的变化是只会影响到药物治疗,还是同时会影响subtype,进而影
: 响预后。从楼上提供的link来看,subtype分类似乎不是那么稳定的

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