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羊穿microarray 发现8号染色体多了一点点怎么办? (转载)
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羊穿microarray 发现8号染色体多了一点点怎么办? (转载)# Biology - 生物学
d*1
1
【 以下文字转载自 Boston 讨论区 】
发信人: santa2009 (santa), 信区: Boston
标 题: 羊穿microarray 发现8号染色体多了一点点怎么办?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 10 19:34:30 2014, 美东)
高龄产妇, 二胎,等明年生产时已经39了.先做了maternity T21 plus正常。觉得不放
心,在18周时做了一个羊穿,自己掏腰包加选了microarray (这个查得更细,不加选
这个就是普通的羊穿)。 普通的羊穿结果没问题,但是microarray 发现了8号染色体
上多了一小块(8p23.1), 大小大约0.73Mb。
下面是报告的原文, 觉得写的有点模糊:
No diagnostic copy number were observed, however, one variant of uncertain
significance was identified: a heterozygous copy number gain of 0.73 Mb on
8p23.1 (10,875, 772-11,603,171): MIR598,XKR6,MTMR9,SLC35G5,TDH,C8orf12,
FAM167A,BLK,LINC00208, GATA4 (partial).
This region has not been reported to show copy number variation in the
phenotypically population. This copy number gain includes a number of genes
and partially overlaps the GATA4 gene(OMIM600576). Individuals with larger (
1-4Mb) duplications of this region on 8p23..1, that involves GATA4 and a
number of additional nearby genes, have been reported in association with
variable clinical features, including: developmental delays, learning
difficulties, congential heart defects, minor facial dysmorphisms, and
behavioral issues.Additionally, heterozygous mutations and deletions
involving GATA4 are associated with atrial septal defect type 2 and type 4 (
OIMM 607941 and 614430) as well as ventricular septal defect type 1(614429);
however, the association of partial or complete duplications of GATA4 with
an abnormal phenotype have not been consistent. If it were to act as a
mutation, this individual would be anticipated to be at risk for a
cardiovascular phenotype. Based on the available evidence, this duplication
is best classified as a variant of uncertain significance Clinical
correlation and parental studies may provide additional information
regarding this
significance of this variation.
Genetic counselor 给约了这个医院一个比较老的医生, 好像是侧重于搞genetics 的
OB。他说这样的case 还没有见过, 好像他的意思是现在他也不知道有什么后果。 他
只说一般来说, 多一小块(microduplication)比少一小块(microdeletion)要好一
点, 不明白这个有什么道理。他说做羊穿的实验室例举了文献上的几例8p23.1的,
但是都比我们这个大, 和我们的有点不一样。他说他认为小于1Mb的多余和缺少都是比
较小的, 多余或缺少的
越小,危害的程度越小。他说他再查查文献, 看有没有类似的报道, 另外和当地一个
比较知名的儿童医院联系一下,看看他们有没有见过这样的。
做20周大B超时,都事先通知了B超师这个结果。大B超没发现什么问题。B超的医生是个
high risk OB, 也是做羊穿的那个, 他没说什么具体意见。 他只说你要不做
microarray这个问题根本就发现不了。 (约做羊穿时, genetic counselor 就告诉我
们一般来说如果抽血B超一切正常的, 就为了放心做羊穿的很少有人选microarray,
说选做microarray 的一般都是验血或B超怀疑有问题的)。给LP和LG都抽
了血做microarray测染色体, 结果还没下来。 给约了fetal echo 测心脏。感觉这个
医生的意思是如果正常的父母有一方的microarray发现有同样的染色体问题, 他觉得
即使小孩携带这个,出现不正常的可能性就非常小。 他说等到这两个结果下来再谈。
现在担心的是如果父母的microarray结果都正常,fetal echo 也正常, 那该怎么办?
8号上多一小块染色体对小孩以后的智力,身体健康,成长和发育有什么影响?请懂基
因和遗传的来指导指导。
要找专门搞基因和遗传的医生咨询吗?(问过要不要约一个当地的儿童医院的专家,
他说不需要,他来和他们联系, 也许他觉得他自己也挺专家的吧).
大家有这方面的好医生推荐吗?
多谢了。
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l*e
2
1) 医生的建议很有道理,如果正常的父母有一方的microarray发现有同样的染色体问
题,即使小孩携带这个,出现不正常的可能性就非常小。
2) 这么大的区域,而且是duplication, 真的很难说会怎么样。如果一定要猜的话,
心脏方面问题的可能性比较大。因为GATA4。其他的基因在OMIM还没有什么记录。参
考这个链接:
http://omim.org/geneMap/8?start=45&limit=10&highlight=52
3) 这个突变未必是germline的,也有可能是体细胞突变。假如这样的话,危害有可能
小很多。
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D*a
3
按报告里的说法,医学报道的问题都是多的片段比这个大的,你的不是报道的那么大。
我建议是去找找那个说多个1-4MB的片段会有一些问题的paper,看看到底是多大的问题
,然后多1MB的是不是比多4MB的问题轻很多,还是表现差不多。或者还可以联系一下作
者问问他们是不是曾经找到一些小于1MB的人,不过因为看不出什么不正常没有报道价
值而被他们舍弃了。另外,就算没有发现他们有这种样本,整体来说因为大家都是没看
出来不正常就不去看医生,也许可以默认小于1就没大有关系的可能性比较大。
还有就是问问医生能不能看出来插入的这一小段有没有可能影响到GATA gene(
interrupt the GATA gene or affect the function of GATA gene),如果没影响的
话讲“Additionally, heterozygous mutations and deletions...”就不用管了
不过这个东西没人会给你说百分之百怎么怎么样的。只能是根据文献来推测,也许如何
如何。
祝福~
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M*P
4
看着像CNV call出来的假阳性。这种array的东西未必是真的。

【在 d******1 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Boston 讨论区 】
: 发信人: santa2009 (santa), 信区: Boston
: 标 题: 羊穿microarray 发现8号染色体多了一点点怎么办?
: 发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 10 19:34:30 2014, 美东)
: 高龄产妇, 二胎,等明年生产时已经39了.先做了maternity T21 plus正常。觉得不放
: 心,在18周时做了一个羊穿,自己掏腰包加选了microarray (这个查得更细,不加选
: 这个就是普通的羊穿)。 普通的羊穿结果没问题,但是microarray 发现了8号染色体
: 上多了一小块(8p23.1), 大小大约0.73Mb。
: 下面是报告的原文, 觉得写的有点模糊:
: No diagnostic copy number were observed, however, one variant of uncertain

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H*N
5
如果父母一方有此片段插入,则基本不用担心。否则除非有文献报导,结果很难预测。
楼上说的体细胞突变的可能性非常小。
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s*9
6
GATA4和心脏有很大的联系吗? 如果fetal echo没测出心脏有问题,是不是就表明
GATA4有问题的可能性小呀?
什么是germile 突变, 什么是体细胞突变?
正常的人群中也有可能哪个染色体上多一块或少一块吗?

【在 l********e 的大作中提到】
: 1) 医生的建议很有道理,如果正常的父母有一方的microarray发现有同样的染色体问
: 题,即使小孩携带这个,出现不正常的可能性就非常小。
: 2) 这么大的区域,而且是duplication, 真的很难说会怎么样。如果一定要猜的话,
: 心脏方面问题的可能性比较大。因为GATA4。其他的基因在OMIM还没有什么记录。参
: 考这个链接:
: http://omim.org/geneMap/8?start=45&limit=10&highlight=52
: 3) 这个突变未必是germline的,也有可能是体细胞突变。假如这样的话,危害有可能
: 小很多。

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s*9
7
CNV Call 出来的假阳性是什么意思?假阳性的原因是什么? 不是说羊穿非常准确吗?

【在 M*P 的大作中提到】
: 看着像CNV call出来的假阳性。这种array的东西未必是真的。
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W*T
8
那些专家们是不会给你一个yes or no的说法,他们只会说个概率,这样他们就免责了

假阳性就是说你让他们再做一遍,很可能就看不见了。望了这件事吧。
我看你有这钱做这做那,还不如用来买点好吃好喝的,天天高高兴兴的,这样对孩子最
好。
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m*T
9
如果只是microarray结果,不一定非常准确(要看用的平台和方法以及最后分析的手段
)另外他们有没有其它的手段来validate这个发现。我粗略查了查我们的数据库,此位
点的duplication和遗传疾病相关的有下面这么几篇,你如果有时间可以读一读。另外
,似乎所有的研究都处于experimental或early studiy in human,所以临床上的意义
不是特别大。我自己没有读这些paper,所以不知道文章里的研究是不是非常match你的
情况。希望能对你有所帮助。
Warburton, D.; Ronemus, M.; Kline, J.; Wigler, M.; Jobanputra, V.; Levy, D.;
Anyane-Yeboa, K.; Chung, W.; Awad, D.
CNVs contributing to the cause of congenital heart defects may include not
only those containing candidate genes but regions more commonly associated
with autism and other disorders
62nd Annu Meet Am Soc Hum Genet (ASHG) (November 6-10, San Francisco) 2012,
Abst 1600T

Simioni, M.; Araujo, T.K.; Vieira, T.P.; Maurer-Morelli, C.V.; Lopes-Cendes,
I.; Gil-da-Silva-Lopes, V.L.
Copy number variation analysis by high resolution SNP array in cleft lip and
palate
43rd Eur Hum Genet Conf (May 28-31, Amsterdam) 2011, Abst P09.068
Wat, M.J.; Shchelochkov, O.A.; Holder, A.M.; et al. 1 Record(s) Retrieved
Am J Med Genet Part A
Chromosome 8p23.1 deletions as a cause of complex congenital heart defects
and diaphragmatic hernia
Am J Med Genet Part A 2009, 149A(8): 1661

Zhao, W.; Niu, G.N.; Shen, B.T.; et al. Am J Med Genet Part A
High-resolution analysis of copy number variants in adults with simple-to-
moderate congenital heart disease
Am J Med Genet Part A 2013, 161(12): 3087

Sajan, S.A.; Fernandez, L.; Nieh, S.E.; et al.
Both rare and de novo copy number variants are prevalent in agenesis of the
corpus callosum but not in cerebellar hypoplasia or polymicrogyria
PLoS Genet 2013, 9(10): e1003823
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M*P
10
羊穿精确到定位一些显微镜能看到的东西,分辨率其实很低,但是能精确的看出一些大
毛病。
microarray能看到显微镜看不到的东西,但是现在的统计工具还是比较难完全相信。只
看到一个显著的区间,没有replicate,这个结果有多可信,很难讲清。换句话说,完
全正常的人没准偶尔也能看见一个区间有CNV。另外这种区间的变化,医学上还没解释
,很可能很多人都有这种变化。

【在 s*******9 的大作中提到】
: CNV Call 出来的假阳性是什么意思?假阳性的原因是什么? 不是说羊穿非常准确吗?
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d*e
11
现在的知识还回答不了你的问题。如果其他检验结果都正常,只有这一项例外的话,你
可以忽略这个检验结果,或者注意观察现行的其他指标。microarray用于临床检验的时
间并不久,只能说对应其他指标一起看,很难说就凭这一个能得出确定的结论。
你现在应该relax下来,这才是对你和baby的最好选择。祝福!

【在 d******1 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Boston 讨论区 】
: 发信人: santa2009 (santa), 信区: Boston
: 标 题: 羊穿microarray 发现8号染色体多了一点点怎么办?
: 发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 10 19:34:30 2014, 美东)
: 高龄产妇, 二胎,等明年生产时已经39了.先做了maternity T21 plus正常。觉得不放
: 心,在18周时做了一个羊穿,自己掏腰包加选了microarray (这个查得更细,不加选
: 这个就是普通的羊穿)。 普通的羊穿结果没问题,但是microarray 发现了8号染色体
: 上多了一小块(8p23.1), 大小大约0.73Mb。
: 下面是报告的原文, 觉得写的有点模糊:
: No diagnostic copy number were observed, however, one variant of uncertain

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m*c
12
你吃饱了撑的,都正常了还去查什么 microwarray? 人的基因组约3千个Mb,每个人去
这么折腾一下都得弄出个什么多一块少—块什么的,那还都不活了!
个体新产生的重复片段是不常见的,多半来自你夫妻中的—个,查查你们自己先吧。当
然这个片段影响智力也未可知,基于对你染色体正常还非要查microwarry的行为而得到
的推论。

【在 d*******e 的大作中提到】
: 现在的知识还回答不了你的问题。如果其他检验结果都正常,只有这一项例外的话,你
: 可以忽略这个检验结果,或者注意观察现行的其他指标。microarray用于临床检验的时
: 间并不久,只能说对应其他指标一起看,很难说就凭这一个能得出确定的结论。
: 你现在应该relax下来,这才是对你和baby的最好选择。祝福!

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m*c
13
哪位干CNV的能不能查查正常人群的数据,1000 genome 啥的,有没有这一区间的
duplication?如果有,那就基本说明沒事

【在 m******c 的大作中提到】
: 你吃饱了撑的,都正常了还去查什么 microwarray? 人的基因组约3千个Mb,每个人去
: 这么折腾一下都得弄出个什么多一块少—块什么的,那还都不活了!
: 个体新产生的重复片段是不常见的,多半来自你夫妻中的—个,查查你们自己先吧。当
: 然这个片段影响智力也未可知,基于对你染色体正常还非要查microwarry的行为而得到
: 的推论。

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s*n
14
如果还有剩下的样品再做个whole genome sequencing就测底放心了
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v*g
15
同学,请你理解一下为人父母的感受。目前NIPT的各个技术有局限性,特别是对检测
microdeletion/duplication的灵敏性和准确性比较低。像楼主这种情况做羊水的array
检测的人有很多,但确实De novo microdeletion发生的概率非常低。楼主和老公尽快
去做一下array再说。现在不用多想。

【在 m******c 的大作中提到】
: 你吃饱了撑的,都正常了还去查什么 microwarray? 人的基因组约3千个Mb,每个人去
: 这么折腾一下都得弄出个什么多一块少—块什么的,那还都不活了!
: 个体新产生的重复片段是不常见的,多半来自你夫妻中的—个,查查你们自己先吧。当
: 然这个片段影响智力也未可知,基于对你染色体正常还非要查microwarry的行为而得到
: 的推论。

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v*g
16
This day will come sooner than what you think.

【在 s********n 的大作中提到】
: 如果还有剩下的样品再做个whole genome sequencing就测底放心了
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s*n
17
俺是建议,不是调侃,OK?

【在 v********g 的大作中提到】
: This day will come sooner than what you think.
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s*g
18
我也这么认为

【在 M*P 的大作中提到】
: 看着像CNV call出来的假阳性。这种array的东西未必是真的。
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s*g
19
正解

【在 d*******e 的大作中提到】
: 现在的知识还回答不了你的问题。如果其他检验结果都正常,只有这一项例外的话,你
: 可以忽略这个检验结果,或者注意观察现行的其他指标。microarray用于临床检验的时
: 间并不久,只能说对应其他指标一起看,很难说就凭这一个能得出确定的结论。
: 你现在应该relax下来,这才是对你和baby的最好选择。祝福!

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s*g
20
人的染色体不都成双成对么(除了性染色体),那么有一个正常显性的染色体没准就把
那小点多的染色体功能掩盖了。。。
要是我就不要太担心。反正养个完全正常的小孩子出来,也会因为发烧,病毒感染等智
残的。。。或淘气闯祸,甚至车祸致残的呢。。。。那就不生了?
microwarray 技术还不成熟,自己拿自己当了回小白鼠。。。
只要其他结果正常,这小白鼠的事就不用多想了。什么都是命。
那些雄性染色体双体(也就是性染色体3体)出生的人多了。。。那还是多了一条整个
的染色体阿。不很多也正常生活么?就是什么都正常的,不也出来又自闭症,多动症的
孩子么?
连兔唇的孩子做好手术也没事。。。小时候看见六指的孩子也没见人家怎么地。
所以我认为搂住孩子比起我说的这些孩子例子(凭直觉),以及所谓的广大正常孩子,
相比,就是一个正常孩子!
如果有疑虑,就找医生说得再查查。查不出什么,也不用担心。
你现在要做好高龄孕辰高血压或高血糖的准备。。。而这个美国都有一套程序保证,只
要认真做就行了。
宽心,开心最重要。而且二胎,生得时候应该比第一个产程快

【在 m******c 的大作中提到】
: 你吃饱了撑的,都正常了还去查什么 microwarray? 人的基因组约3千个Mb,每个人去
: 这么折腾一下都得弄出个什么多一块少—块什么的,那还都不活了!
: 个体新产生的重复片段是不常见的,多半来自你夫妻中的—个,查查你们自己先吧。当
: 然这个片段影响智力也未可知,基于对你染色体正常还非要查microwarry的行为而得到
: 的推论。

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c*e
21
这种东西谁都说不好,毕竟现在科学研究也只是窥视冰山一角。应该相信自己没问题。
给你举两个例子。我原来来国内做核辐射防护研究,组里一个师兄当时都三十五六了,
他妻子大概三十八九的样子(他妻子比他大三岁)。有一年冬天我们做了很多放射性实
验,师兄夫妇本来打算一辈子做丁克家庭,没有要孩子的打算,所以很多时候师兄也不
怎么注意放射源的问题,有的时候他为了方便直接用手拿比较大的放射源(毫居量级)
,这样的操作是不对的,但是他也没怎么注意;然后春节回家过年的时候他还喝了很多
酒,结果就在春节放假期间他妻子意外怀孕了,当时他也不知道放假后就回北京上班了
。后来他妻子知道后也没打算告诉他,因为她很担心这个孩子,毕竟不是准备好的怀孕
,她也没注意这个孩子,因为知道的稍晚,大龄产妇做人流都不能了,所以照常上班(
也是放射性工作),她甚至想通过累等让孩子自然流产,结果这辈子注定有孩子,孩子
就是很好,结果后来生下下一个非常健康的宝宝,现在都快上小学了吧。从这个例子可
以看出,也许真没必要担心这些概率问题。
另外一个例子是,我们的一个同事当时也在协和医院做了羊水穿刺,做检查。医生说孩
子是个男孩,结果后来生下的是一个女孩,后来孩子的父亲还怀疑是不是报错孩子了。
孩子现在三岁多了,明显长的像爸爸。也真逗。从这个例子可以看出这些检查的精确度
如何。
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s*g
22
是啊,人体是个复杂精确的机器。
健康人体内的癌细胞也有,可是被免疫系统都干掉了。所以我们还是健康人。
妈妈怀孕时心情最重要。

【在 c**e 的大作中提到】
: 这种东西谁都说不好,毕竟现在科学研究也只是窥视冰山一角。应该相信自己没问题。
: 给你举两个例子。我原来来国内做核辐射防护研究,组里一个师兄当时都三十五六了,
: 他妻子大概三十八九的样子(他妻子比他大三岁)。有一年冬天我们做了很多放射性实
: 验,师兄夫妇本来打算一辈子做丁克家庭,没有要孩子的打算,所以很多时候师兄也不
: 怎么注意放射源的问题,有的时候他为了方便直接用手拿比较大的放射源(毫居量级)
: ,这样的操作是不对的,但是他也没怎么注意;然后春节回家过年的时候他还喝了很多
: 酒,结果就在春节放假期间他妻子意外怀孕了,当时他也不知道放假后就回北京上班了
: 。后来他妻子知道后也没打算告诉他,因为她很担心这个孩子,毕竟不是准备好的怀孕
: ,她也没注意这个孩子,因为知道的稍晚,大龄产妇做人流都不能了,所以照常上班(
: 也是放射性工作),她甚至想通过累等让孩子自然流产,结果这辈子注定有孩子,孩子

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m*c
23
过度诊断就是自寻烦恼。除非有强烈的指征,或怀疑,做microarray是弊大于利的。
就像楼主现在这样。

array

【在 v********g 的大作中提到】
: 同学,请你理解一下为人父母的感受。目前NIPT的各个技术有局限性,特别是对检测
: microdeletion/duplication的灵敏性和准确性比较低。像楼主这种情况做羊水的array
: 检测的人有很多,但确实De novo microdeletion发生的概率非常低。楼主和老公尽快
: 去做一下array再说。现在不用多想。

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x*h
24
小片段多余很多,在正常人的比例估计为百分之几,也就是你做学生时班上就该有一个
。其它正常弄microarray纯粹是没事找事。
弄了出来这结果你想干啥?没人能给你个准确答案,你总不至于因此流产吧?因此该干
啥干啥,不要去想它,想了也没用。
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l*y
25
确实,数据出来了根本就不明白什么意思,还不如不做
如果做个whole genome出来肯定能找到一堆突变,还不把人吓死
不管诊断结果如何楼主最后做决定都很不容易,同情

【在 m******c 的大作中提到】
: 过度诊断就是自寻烦恼。除非有强烈的指征,或怀疑,做microarray是弊大于利的。
: 就像楼主现在这样。
:
: array

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K*4
26
扩增总是要比缺失好些,有问题也是蛋白表达增高,未必会有显著的表型,即使有些病
症,比如心脏相关的,也可以通过药物来治疗,抑制蛋白功能要比引入一个蛋白简单多
了。更何况基因扩增缺失是最初染色体重组中的重要一部分,每个人都有,说不定你家
小宝会因为这个变成爱因斯坦样的天才呢。所以安心休息,不要想那么多。

【在 d******1 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Boston 讨论区 】
: 发信人: santa2009 (santa), 信区: Boston
: 标 题: 羊穿microarray 发现8号染色体多了一点点怎么办?
: 发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 10 19:34:30 2014, 美东)
: 高龄产妇, 二胎,等明年生产时已经39了.先做了maternity T21 plus正常。觉得不放
: 心,在18周时做了一个羊穿,自己掏腰包加选了microarray (这个查得更细,不加选
: 这个就是普通的羊穿)。 普通的羊穿结果没问题,但是microarray 发现了8号染色体
: 上多了一小块(8p23.1), 大小大约0.73Mb。
: 下面是报告的原文, 觉得写的有点模糊:
: No diagnostic copy number were observed, however, one variant of uncertain

avatar
w*m
27
羊穿能把男女看错, 这个得多牛啊!

【在 c**e 的大作中提到】
: 这种东西谁都说不好,毕竟现在科学研究也只是窥视冰山一角。应该相信自己没问题。
: 给你举两个例子。我原来来国内做核辐射防护研究,组里一个师兄当时都三十五六了,
: 他妻子大概三十八九的样子(他妻子比他大三岁)。有一年冬天我们做了很多放射性实
: 验,师兄夫妇本来打算一辈子做丁克家庭,没有要孩子的打算,所以很多时候师兄也不
: 怎么注意放射源的问题,有的时候他为了方便直接用手拿比较大的放射源(毫居量级)
: ,这样的操作是不对的,但是他也没怎么注意;然后春节回家过年的时候他还喝了很多
: 酒,结果就在春节放假期间他妻子意外怀孕了,当时他也不知道放假后就回北京上班了
: 。后来他妻子知道后也没打算告诉他,因为她很担心这个孩子,毕竟不是准备好的怀孕
: ,她也没注意这个孩子,因为知道的稍晚,大龄产妇做人流都不能了,所以照常上班(
: 也是放射性工作),她甚至想通过累等让孩子自然流产,结果这辈子注定有孩子,孩子

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s*9
28
什么是蛋白表达增高? 能解释一下吗?

【在 K**4 的大作中提到】
: 扩增总是要比缺失好些,有问题也是蛋白表达增高,未必会有显著的表型,即使有些病
: 症,比如心脏相关的,也可以通过药物来治疗,抑制蛋白功能要比引入一个蛋白简单多
: 了。更何况基因扩增缺失是最初染色体重组中的重要一部分,每个人都有,说不定你家
: 小宝会因为这个变成爱因斯坦样的天才呢。所以安心休息,不要想那么多。

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v*e
29

他说的是多了一小块的话,那么如果里面有基因,那么这些基因因为是多出来的,那么
它们表达出的蛋白就是多出来的,由于原先已经有基因表达这些蛋白了,所以这些多表
达的蛋白就显得是这种蛋白的表达增高了。

【在 s*******9 的大作中提到】
: 什么是蛋白表达增高? 能解释一下吗?
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