r*q
2 楼
本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
说 Galaxy.
先谢过各位的关注和留言！
的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
说 Galaxy.
先谢过各位的关注和留言！
b*d
3 楼
不是有个那个什么舒美丝被，就在Rowland Heights.
【在 d*******7 的大作中提到】
: RT
【在 d*******7 的大作中提到】
: RT
f*h
4 楼
我觉得现有的tool挺好用，但我用Linux
run
【在 r*****q 的大作中提到】
: 本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
: 的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
: 于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
: 想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
: 希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
: 譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
: 说 Galaxy.
: 先谢过各位的关注和留言！
run
【在 r*****q 的大作中提到】
: 本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
: 的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
: 于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
: 想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
: 希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
: 譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
: 说 Galaxy.
: 先谢过各位的关注和留言！
l*y
5 楼
舒美丝被
在valley上面，比较靠近san gabriel blvd
【在 d*******7 的大作中提到】
: RT
在valley上面，比较靠近san gabriel blvd
【在 d*******7 的大作中提到】
: RT
r*q
6 楼
能说一下 你用的是什么tool吗？
【在 f*****h 的大作中提到】
: 我觉得现有的tool挺好用，但我用Linux
:
: run
【在 f*****h 的大作中提到】
: 我觉得现有的tool挺好用，但我用Linux
:
: run
d*7
7 楼
谢谢两位
f*h
8 楼
bowtie, Artemis, cufflinks.
【在 r*****q 的大作中提到】
: 能说一下 你用的是什么tool吗？
【在 r*****q 的大作中提到】
: 能说一下 你用的是什么tool吗？
S*a
9 楼
哇，每年一到夏天的年经帖了算是。
我再Mark一下>.<
我再Mark一下>.<
M*P
10 楼
查查 clc workbench
run
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
【在 r*****q 的大作中提到】
: 本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
: 的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
: 于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
: 想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
: 希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
: 譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
: 说 Galaxy.
: 先谢过各位的关注和留言！
run
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
【在 r*****q 的大作中提到】
: 本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
: 的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
: 于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
: 想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
: 希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
: 譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
: 说 Galaxy.
: 先谢过各位的关注和留言！
s*s
11 楼
舒美或泰元
f*h
12 楼
呵呵，这个致命了。
【在 M*P 的大作中提到】
: 查查 clc workbench
:
: run
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
【在 M*P 的大作中提到】
: 查查 clc workbench
:
: run
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
k*a
13 楼
请问你设想的tool的优势是什么？做RNA-seq的哪一方面？DE, novel transcript?
更重要的一个问题，Tuxedo suite可以拿来赚钱用么？我对这个也好奇
更重要的一个问题，Tuxedo suite可以拿来赚钱用么？我对这个也好奇
r*q
14 楼
汗 以前没有听说过 就知道 Partek 还有 Bina Technology, Galaxy
这个 clc workbench 看了一下。 有下面的疑问
首先 clc 的alinger 是自己develop的 这个被research community 所承认吗 有没
有和 tophat bowtie 的结果的比较 如果不被承认的话 应该用这个分析出来的结果很
难被publish吧。
这个clc 声称说是 a user friendly tool 可以在window上用
但看了公司网页上的具体product介绍 他们的alinger还是command-line的 或者就是
client-server的结构的 不是真正的desktop application 不知道有人真的用过没有
提供一下信息
【在 M*P 的大作中提到】
: 查查 clc workbench
:
: run
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
这个 clc workbench 看了一下。 有下面的疑问
首先 clc 的alinger 是自己develop的 这个被research community 所承认吗 有没
有和 tophat bowtie 的结果的比较 如果不被承认的话 应该用这个分析出来的结果很
难被publish吧。
这个clc 声称说是 a user friendly tool 可以在window上用
但看了公司网页上的具体product介绍 他们的alinger还是command-line的 或者就是
client-server的结构的 不是真正的desktop application 不知道有人真的用过没有
提供一下信息
【在 M*P 的大作中提到】
: 查查 clc workbench
:
: run
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
r*q
15 楼
设想的优势就是不用学任何programming，完全不用写 command-line code 就跟用
window desktop application 一样 鼠标点就行 就可以完成RNA的perprocessing分析
。 提供在windows 上run的solution。 使用业界标准的 processing tool
赞先只做 RNA-seq的 per-processing 包括 QA mapping 到output count data.
Tuxedo suite 用的时候也不是直接就能用啊。 你要学学怎么用。 再把相应的gtf 和
fa 啥的都找好。 然后你有multiple sample的时候 code 也得小改一下。当然 做完一
次之后 估计就不会再动了
请问您是专门做bioinformatics的吗？这个tool的target user 可能是lab里面的
postdoc 懂一点bioinformatics 但又需要开始分析这样的data
【在 k***a 的大作中提到】
: 请问你设想的tool的优势是什么？做RNA-seq的哪一方面？DE, novel transcript?
: 更重要的一个问题，Tuxedo suite可以拿来赚钱用么？我对这个也好奇
window desktop application 一样 鼠标点就行 就可以完成RNA的perprocessing分析
。 提供在windows 上run的solution。 使用业界标准的 processing tool
赞先只做 RNA-seq的 per-processing 包括 QA mapping 到output count data.
Tuxedo suite 用的时候也不是直接就能用啊。 你要学学怎么用。 再把相应的gtf 和
fa 啥的都找好。 然后你有multiple sample的时候 code 也得小改一下。当然 做完一
次之后 估计就不会再动了
请问您是专门做bioinformatics的吗？这个tool的target user 可能是lab里面的
postdoc 懂一点bioinformatics 但又需要开始分析这样的data
【在 k***a 的大作中提到】
: 请问你设想的tool的优势是什么？做RNA-seq的哪一方面？DE, novel transcript?
: 更重要的一个问题，Tuxedo suite可以拿来赚钱用么？我对这个也好奇
W*o
16 楼
提供services 还是卖产品？老板们贼精，宁可雇个part time technician 也不会买外
面的service
run
【在 r*****q 的大作中提到】
: 本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
: 的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
: 于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
: 想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
: 希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
: 譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
: 说 Galaxy.
: 先谢过各位的关注和留言！
面的service
run
【在 r*****q 的大作中提到】
: 本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
: 的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
: 于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
: 想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
: 希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
: 譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
: 说 Galaxy.
: 先谢过各位的关注和留言！
h*l
17 楼
http://www.basepair.io/
is this something similar?
is this something similar?
k*a
18 楼
如果只是pre processing那感觉不够，大多数人找表达差异吧。
是的，我之前的问题是，tuxedo suite是academic software，lab里research可以免费
用，你拿来做商业用途，这个可以么，是要付钱的还是免费就可以拿来用？
我是做bioinfo的。我觉得以后会做这些的人会越来越多的，那些不会做的，很有可能
找隔壁lab会做的一起合作了。。要做这个得赶快啊。
和
【在 r*****q 的大作中提到】
: 设想的优势就是不用学任何programming，完全不用写 command-line code 就跟用
: window desktop application 一样 鼠标点就行 就可以完成RNA的perprocessing分析
: 。 提供在windows 上run的solution。 使用业界标准的 processing tool
: 赞先只做 RNA-seq的 per-processing 包括 QA mapping 到output count data.
: Tuxedo suite 用的时候也不是直接就能用啊。 你要学学怎么用。 再把相应的gtf 和
: fa 啥的都找好。 然后你有multiple sample的时候 code 也得小改一下。当然 做完一
: 次之后 估计就不会再动了
: 请问您是专门做bioinformatics的吗？这个tool的target user 可能是lab里面的
: postdoc 懂一点bioinformatics 但又需要开始分析这样的data
是的，我之前的问题是，tuxedo suite是academic software，lab里research可以免费
用，你拿来做商业用途，这个可以么，是要付钱的还是免费就可以拿来用？
我是做bioinfo的。我觉得以后会做这些的人会越来越多的，那些不会做的，很有可能
找隔壁lab会做的一起合作了。。要做这个得赶快啊。
和
【在 r*****q 的大作中提到】
: 设想的优势就是不用学任何programming，完全不用写 command-line code 就跟用
: window desktop application 一样 鼠标点就行 就可以完成RNA的perprocessing分析
: 。 提供在windows 上run的solution。 使用业界标准的 processing tool
: 赞先只做 RNA-seq的 per-processing 包括 QA mapping 到output count data.
: Tuxedo suite 用的时候也不是直接就能用啊。 你要学学怎么用。 再把相应的gtf 和
: fa 啥的都找好。 然后你有multiple sample的时候 code 也得小改一下。当然 做完一
: 次之后 估计就不会再动了
: 请问您是专门做bioinformatics的吗？这个tool的target user 可能是lab里面的
: postdoc 懂一点bioinformatics 但又需要开始分析这样的data
d*e
19 楼
坦率的说，现在才开始考虑这个问题，已经太晚了。
preprocession已经流程化了，光靠这个不可能有利润。
run
【在 r*****q 的大作中提到】
: 本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
: 的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
: 于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
: 想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
: 希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
: 譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
: 说 Galaxy.
: 先谢过各位的关注和留言！
preprocession已经流程化了，光靠这个不可能有利润。
run
【在 r*****q 的大作中提到】
: 本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
: 的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
: 于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
: 想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
: 希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
: 譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
: 说 Galaxy.
: 先谢过各位的关注和留言！
x*m
20 楼
你自己写aligner？不是的话，你的软件用bowtie，bwa？
你觉得写bowtie，bwa的人会让你这么干么，如果你拿来赚钱？
你觉得写bowtie，bwa的人会让你这么干么，如果你拿来赚钱？
s*s
21 楼
市场有，不大。
数据少的让人帮忙就行了，多的还要投资计算机。还不如买service。
现在service有的很便宜了。再说rnaseq这种没有技术含量，肿瘤也就算了，
普通的定量有些方法也就分分钟的事情，我看有人搞个free的server都可能。
run
【在 r*****q 的大作中提到】
: 本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
: 的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
: 于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
: 想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
: 希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
: 譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
: 说 Galaxy.
: 先谢过各位的关注和留言！
数据少的让人帮忙就行了，多的还要投资计算机。还不如买service。
现在service有的很便宜了。再说rnaseq这种没有技术含量，肿瘤也就算了，
普通的定量有些方法也就分分钟的事情，我看有人搞个free的server都可能。
run
【在 r*****q 的大作中提到】
: 本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
: 的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
: 于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
: 想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
: 希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
: 譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
: 说 Galaxy.
: 先谢过各位的关注和留言！
f*9
22 楼
你想做产品的话也得摸清市场，尤其是商业软件和好用的免费软件。
CLC的这个有试用版免费下载，有两点很吸引人：1）软件不大，可以在一般的笔记本或
台式机上跑，对硬件要求低，速度也很快；2）可以在Windows下用。相比于测序费用，
商业软件的费用可以接受，也就一两个月的工钱。
话说商业软件的publication，我不觉得这是个问题。IPA软件发表过很多文章吗？它用
的某些算法甚至过于简单，但这并不妨碍很多科研机构用他家软件来发文章。
是
【在 r*****q 的大作中提到】
: 汗 以前没有听说过 就知道 Partek 还有 Bina Technology, Galaxy
: 这个 clc workbench 看了一下。 有下面的疑问
: 首先 clc 的alinger 是自己develop的 这个被research community 所承认吗 有没
: 有和 tophat bowtie 的结果的比较 如果不被承认的话 应该用这个分析出来的结果很
: 难被publish吧。
: 这个clc 声称说是 a user friendly tool 可以在window上用
: 但看了公司网页上的具体product介绍 他们的alinger还是command-line的 或者就是
: client-server的结构的 不是真正的desktop application 不知道有人真的用过没有
: 提供一下信息
CLC的这个有试用版免费下载，有两点很吸引人：1）软件不大，可以在一般的笔记本或
台式机上跑，对硬件要求低，速度也很快；2）可以在Windows下用。相比于测序费用，
商业软件的费用可以接受，也就一两个月的工钱。
话说商业软件的publication，我不觉得这是个问题。IPA软件发表过很多文章吗？它用
的某些算法甚至过于简单，但这并不妨碍很多科研机构用他家软件来发文章。
是
【在 r*****q 的大作中提到】
: 汗 以前没有听说过 就知道 Partek 还有 Bina Technology, Galaxy
: 这个 clc workbench 看了一下。 有下面的疑问
: 首先 clc 的alinger 是自己develop的 这个被research community 所承认吗 有没
: 有和 tophat bowtie 的结果的比较 如果不被承认的话 应该用这个分析出来的结果很
: 难被publish吧。
: 这个clc 声称说是 a user friendly tool 可以在window上用
: 但看了公司网页上的具体product介绍 他们的alinger还是command-line的 或者就是
: client-server的结构的 不是真正的desktop application 不知道有人真的用过没有
: 提供一下信息
r*q
23 楼
卖product 看到很多卖services的 觉得overprice了。 准备卖得便宜点 准备给小lab
用的 大lab的话就自己有专职的bioinformatician 了
你觉得 如果就500~1000刀左右 老板们愿意花吗？
【在 W***o 的大作中提到】
: 提供services 还是卖产品？老板们贼精，宁可雇个part time technician 也不会买外
: 面的service
:
: run
用的 大lab的话就自己有专职的bioinformatician 了
你觉得 如果就500~1000刀左右 老板们愿意花吗？
【在 W***o 的大作中提到】
: 提供services 还是卖产品？老板们贼精，宁可雇个part time technician 也不会买外
: 面的service
:
: run
r*q
24 楼
Yes, 但这个是 cloud based product 我只想做 local desktop application
【在 h***l 的大作中提到】
: http://www.basepair.io/
: is this something similar?
【在 h***l 的大作中提到】
: http://www.basepair.io/
: is this something similar?
r*q
25 楼
RNA-seq process完了之后 出来 count data 基本就和 gene expression 一样的 很
多原来做microarray的 统计方法 可以直接用。 找 differently expressed gene/
feature selection 的话 这个很容易。 我原来就是做downstream analysis的 所以不
担心这方面。很多功能都能加进去 还有visualization的东西。 关键是前面的 data
要process 好 然后就是 annotation 要好才行 要不然 做出来的analysis result 都
是没用的。
我设想的是 给那些 没有顾专门的bioinfo的人的lab 用的。 一般有钱请专门的
bioinfo的人的lab 我觉得都是很有钱的大lab了 难道我想当然了？
合作的话 是可能 但一般合作的话 效率都不高 很慢 天天meet 而且找到合适的
partner 也不容易吧 如果可以有个不贵的product 然后自己动动鼠标就能用 你觉得
大家会perfer自己做吗？
呵呵 现在是晚了点 估计找钱很难了 但如果产品定位准确的话 估计还有机会吧。所
以想好好做做市场调差
我觉得NGS就和microarray一样 现在还不是大众普及 但再过5年 估计就是顺便一个lab
都用。不只是做cancer/human 的lab 其他方向的lab 也会用。 然后便宜 简单 结果
可靠 好用的产品还是有市场的吧。
多谢回复 希望得到更多的帮助和意见啊
【在 k***a 的大作中提到】
: 如果只是pre processing那感觉不够，大多数人找表达差异吧。
: 是的，我之前的问题是，tuxedo suite是academic software，lab里research可以免费
: 用，你拿来做商业用途，这个可以么，是要付钱的还是免费就可以拿来用？
: 我是做bioinfo的。我觉得以后会做这些的人会越来越多的，那些不会做的，很有可能
: 找隔壁lab会做的一起合作了。。要做这个得赶快啊。
:
: 和
多原来做microarray的 统计方法 可以直接用。 找 differently expressed gene/
feature selection 的话 这个很容易。 我原来就是做downstream analysis的 所以不
担心这方面。很多功能都能加进去 还有visualization的东西。 关键是前面的 data
要process 好 然后就是 annotation 要好才行 要不然 做出来的analysis result 都
是没用的。
我设想的是 给那些 没有顾专门的bioinfo的人的lab 用的。 一般有钱请专门的
bioinfo的人的lab 我觉得都是很有钱的大lab了 难道我想当然了？
合作的话 是可能 但一般合作的话 效率都不高 很慢 天天meet 而且找到合适的
partner 也不容易吧 如果可以有个不贵的product 然后自己动动鼠标就能用 你觉得
大家会perfer自己做吗？
呵呵 现在是晚了点 估计找钱很难了 但如果产品定位准确的话 估计还有机会吧。所
以想好好做做市场调差
我觉得NGS就和microarray一样 现在还不是大众普及 但再过5年 估计就是顺便一个lab
都用。不只是做cancer/human 的lab 其他方向的lab 也会用。 然后便宜 简单 结果
可靠 好用的产品还是有市场的吧。
多谢回复 希望得到更多的帮助和意见啊
【在 k***a 的大作中提到】
: 如果只是pre processing那感觉不够，大多数人找表达差异吧。
: 是的，我之前的问题是，tuxedo suite是academic software，lab里research可以免费
: 用，你拿来做商业用途，这个可以么，是要付钱的还是免费就可以拿来用？
: 我是做bioinfo的。我觉得以后会做这些的人会越来越多的，那些不会做的，很有可能
: 找隔壁lab会做的一起合作了。。要做这个得赶快啊。
:
: 和
r*q
26 楼
preprocession已经流程化了 但现有的感觉都不是 consumer级别的产品（我之前不知
道clc workbench。 这个是 欧洲的产品 在美国没怎么看到过广告啊。） 用起来需要
一些skill。 我是想做是比较简单的 那些老医生们也会用的。 当然 大的MD 手下都
有无数postdoc。 我想target小一点的lab
另一个方面 流程化了 才好 commercialize. 大家比的就是其他方面的差异了 核心的
技术是一样的。 但我觉得要做出一个在research界 能被公认的流程 这个还是很难的
没这个能力 而且 research本身就是要不断求新的。
【在 d*******e 的大作中提到】
: 坦率的说，现在才开始考虑这个问题，已经太晚了。
: preprocession已经流程化了，光靠这个不可能有利润。
:
: run
道clc workbench。 这个是 欧洲的产品 在美国没怎么看到过广告啊。） 用起来需要
一些skill。 我是想做是比较简单的 那些老医生们也会用的。 当然 大的MD 手下都
有无数postdoc。 我想target小一点的lab
另一个方面 流程化了 才好 commercialize. 大家比的就是其他方面的差异了 核心的
技术是一样的。 但我觉得要做出一个在research界 能被公认的流程 这个还是很难的
没这个能力 而且 research本身就是要不断求新的。
【在 d*******e 的大作中提到】
: 坦率的说，现在才开始考虑这个问题，已经太晚了。
: preprocession已经流程化了，光靠这个不可能有利润。
:
: run
r*q
27 楼
汗 很多人已经在这么干了。
【在 x******m 的大作中提到】
: 你自己写aligner？不是的话，你的软件用bowtie，bwa？
: 你觉得写bowtie，bwa的人会让你这么干么，如果你拿来赚钱？
【在 x******m 的大作中提到】
: 你自己写aligner？不是的话，你的软件用bowtie，bwa？
: 你觉得写bowtie，bwa的人会让你这么干么，如果你拿来赚钱？
r*q
28 楼
数据少的让人帮忙就行了 我没有考虑到这个问题 因为觉得找人应该没有那么容易找
到合适 懂行的人吧？ 希望大家再和大家求证一下
service的话 上次开会 去看报价 好像是 300~500 一个sample吧。 lab都可以承受？
“再说rnaseq这种没有技术含量，肿瘤也就算了，
这个没理解 是什么意思？
“我看有人搞个free的server都可能。"
The Galaxy project of Penn State U 就是free的 software和 server 但你真的实际
去用的话 非常痛苦。 upload 数据慢 然后就是漫长的等待 不知道啥时候轮到自己的
data 被 process
到合适 懂行的人吧？ 希望大家再和大家求证一下
service的话 上次开会 去看报价 好像是 300~500 一个sample吧。 lab都可以承受？
“再说rnaseq这种没有技术含量，肿瘤也就算了，
这个没理解 是什么意思？
“我看有人搞个free的server都可能。"
The Galaxy project of Penn State U 就是free的 software和 server 但你真的实际
去用的话 非常痛苦。 upload 数据慢 然后就是漫长的等待 不知道啥时候轮到自己的
data 被 process
r*q
29 楼
这个确实是我的失误 不过还好 现在在这里知道了clc
PS 请问 您是base在美国吗？ 在这边的bioinformatic 相关的conference里好像没怎
么看到过这个clc 公司来做推广。 不过软件确实做的不错。 而且在google scholar里
面search了一下 也确实有很多的citations. 这里没什么人用Partek or Bina啥的?
我的impression是 做rna-seq 都是用 bowtie tophat 啥的 到处都在宣传 感觉是公认
的。 variant call的话 就是gatk 使用商业的aligner的话 我以前的感觉是不被大众
所接受。这点可能是我自己的错误观点
IPA确实是一个非常好的例子 算法的话 做统计分析的人都不看不起 但是我自己觉得
IPA厉害的地方就是 他们的database up to date的annotation 这个很重要 没有这个
做出来的analysis都没用。所以大家也都在用IPA。 而且大部分的好的annotaoin 和
pathway的 database 现在都商业化了。 我觉得可能是因为要雇人去maintain up to
date的information
【在 f*******9 的大作中提到】
: 你想做产品的话也得摸清市场，尤其是商业软件和好用的免费软件。
: CLC的这个有试用版免费下载，有两点很吸引人：1）软件不大，可以在一般的笔记本或
: 台式机上跑，对硬件要求低，速度也很快；2）可以在Windows下用。相比于测序费用，
: 商业软件的费用可以接受，也就一两个月的工钱。
: 话说商业软件的publication，我不觉得这是个问题。IPA软件发表过很多文章吗？它用
: 的某些算法甚至过于简单，但这并不妨碍很多科研机构用他家软件来发文章。
:
: 是
PS 请问 您是base在美国吗？ 在这边的bioinformatic 相关的conference里好像没怎
么看到过这个clc 公司来做推广。 不过软件确实做的不错。 而且在google scholar里
面search了一下 也确实有很多的citations. 这里没什么人用Partek or Bina啥的?
我的impression是 做rna-seq 都是用 bowtie tophat 啥的 到处都在宣传 感觉是公认
的。 variant call的话 就是gatk 使用商业的aligner的话 我以前的感觉是不被大众
所接受。这点可能是我自己的错误观点
IPA确实是一个非常好的例子 算法的话 做统计分析的人都不看不起 但是我自己觉得
IPA厉害的地方就是 他们的database up to date的annotation 这个很重要 没有这个
做出来的analysis都没用。所以大家也都在用IPA。 而且大部分的好的annotaoin 和
pathway的 database 现在都商业化了。 我觉得可能是因为要雇人去maintain up to
date的information
【在 f*******9 的大作中提到】
: 你想做产品的话也得摸清市场，尤其是商业软件和好用的免费软件。
: CLC的这个有试用版免费下载，有两点很吸引人：1）软件不大，可以在一般的笔记本或
: 台式机上跑，对硬件要求低，速度也很快；2）可以在Windows下用。相比于测序费用，
: 商业软件的费用可以接受，也就一两个月的工钱。
: 话说商业软件的publication，我不觉得这是个问题。IPA软件发表过很多文章吗？它用
: 的某些算法甚至过于简单，但这并不妨碍很多科研机构用他家软件来发文章。
:
: 是
n*g
30 楼
我们生物实验室要的是最后的图，你弄个半成品不行。你的软件要从序列——》Figure
1. 包括error bar. 我就买。500刀.
【在 r*****q 的大作中提到】
: RNA-seq process完了之后 出来 count data 基本就和 gene expression 一样的 很
: 多原来做microarray的 统计方法 可以直接用。 找 differently expressed gene/
: feature selection 的话 这个很容易。 我原来就是做downstream analysis的 所以不
: 担心这方面。很多功能都能加进去 还有visualization的东西。 关键是前面的 data
: 要process 好 然后就是 annotation 要好才行 要不然 做出来的analysis result 都
: 是没用的。
: 我设想的是 给那些 没有顾专门的bioinfo的人的lab 用的。 一般有钱请专门的
: bioinfo的人的lab 我觉得都是很有钱的大lab了 难道我想当然了？
: 合作的话 是可能 但一般合作的话 效率都不高 很慢 天天meet 而且找到合适的
: partner 也不容易吧 如果可以有个不贵的product 然后自己动动鼠标就能用 你觉得
1. 包括error bar. 我就买。500刀.
【在 r*****q 的大作中提到】
: RNA-seq process完了之后 出来 count data 基本就和 gene expression 一样的 很
: 多原来做microarray的 统计方法 可以直接用。 找 differently expressed gene/
: feature selection 的话 这个很容易。 我原来就是做downstream analysis的 所以不
: 担心这方面。很多功能都能加进去 还有visualization的东西。 关键是前面的 data
: 要process 好 然后就是 annotation 要好才行 要不然 做出来的analysis result 都
: 是没用的。
: 我设想的是 给那些 没有顾专门的bioinfo的人的lab 用的。 一般有钱请专门的
: bioinfo的人的lab 我觉得都是很有钱的大lab了 难道我想当然了？
: 合作的话 是可能 但一般合作的话 效率都不高 很慢 天天meet 而且找到合适的
: partner 也不容易吧 如果可以有个不贵的product 然后自己动动鼠标就能用 你觉得
x*m
31 楼
你确定那些人做的软件是商业用途？学术界免费的当然可以。
【在 r*****q 的大作中提到】
: 汗 很多人已经在这么干了。
【在 r*****q 的大作中提到】
: 汗 很多人已经在这么干了。
r*q
32 楼
这个要搞清楚 我可不想犯法
tophat 使用的是 Artistic license from opensource.org 可以modified and
redistributed without restriction, such as a Distributor Fee.
http://opensource.org/licenses/Artistic-2.0
【在 x******m 的大作中提到】
: 你确定那些人做的软件是商业用途？学术界免费的当然可以。
tophat 使用的是 Artistic license from opensource.org 可以modified and
redistributed without restriction, such as a Distributor Fee.
http://opensource.org/licenses/Artistic-2.0
【在 x******m 的大作中提到】
: 你确定那些人做的软件是商业用途？学术界免费的当然可以。
r*q
33 楼
多谢提醒。
我不是明白最后的图是指的某一个analysis result的图？还是只是泛指结果。
Figure
【在 n******g 的大作中提到】
: 我们生物实验室要的是最后的图，你弄个半成品不行。你的软件要从序列——》Figure
: 1. 包括error bar. 我就买。500刀.
我不是明白最后的图是指的某一个analysis result的图？还是只是泛指结果。
Figure
【在 n******g 的大作中提到】
: 我们生物实验室要的是最后的图，你弄个半成品不行。你的软件要从序列——》Figure
: 1. 包括error bar. 我就买。500刀.
x*m
34 楼
你话没看全啊。
后半截provided that you do not Distribute the Modified Version。
反正我们公司规定，用别人的东西，哪怕是很小一段有特殊用途的code，必须要告诉经
理，经理要咨询律师，哪怕是从git pull下来的。
【在 r*****q 的大作中提到】
: 这个要搞清楚 我可不想犯法
: tophat 使用的是 Artistic license from opensource.org 可以modified and
: redistributed without restriction, such as a Distributor Fee.
: http://opensource.org/licenses/Artistic-2.0
后半截provided that you do not Distribute the Modified Version。
反正我们公司规定，用别人的东西，哪怕是很小一段有特殊用途的code，必须要告诉经
理，经理要咨询律师，哪怕是从git pull下来的。
【在 r*****q 的大作中提到】
: 这个要搞清楚 我可不想犯法
: tophat 使用的是 Artistic license from opensource.org 可以modified and
: redistributed without restriction, such as a Distributor Fee.
: http://opensource.org/licenses/Artistic-2.0
M*P
35 楼
十月份时候见steven salzberg，他说他的下一版tophat和cufflinks已经审完稿了，貌
似有的reviewer不是很满意，但是方法是好的，速度和精度都有提高，估计现在就快能
发表了。
你这个靠tophat/cufflinks的东西很快就要过期了。
【在 r*****q 的大作中提到】
: 汗 很多人已经在这么干了。
似有的reviewer不是很满意，但是方法是好的，速度和精度都有提高，估计现在就快能
发表了。
你这个靠tophat/cufflinks的东西很快就要过期了。
【在 r*****q 的大作中提到】
: 汗 很多人已经在这么干了。
d*e
36 楼
市场肯定是有，但是要赚钱很难。
如果小实验室没有专门的人做分析，那么在一开始的时候肯定会有合作对象，否则
project根本不会开始。那么你需要的并不只是技术本身，而是强有力的network，和让
别人愿意找你合作或者付费的原因。你要考虑
1 你是不是主流分析程序的原作者
2 你是不是来自业内老大实验室，或者有强有力的文章背景，让别人信服
如果都没有，那你需要非常好的公关能力说服对方用你的产品，同时你的产品要非常易
用。
一个人很难在这所有的方面都是专家。
的
【在 r*****q 的大作中提到】
: preprocession已经流程化了 但现有的感觉都不是 consumer级别的产品（我之前不知
: 道clc workbench。 这个是 欧洲的产品 在美国没怎么看到过广告啊。） 用起来需要
: 一些skill。 我是想做是比较简单的 那些老医生们也会用的。 当然 大的MD 手下都
: 有无数postdoc。 我想target小一点的lab
: 另一个方面 流程化了 才好 commercialize. 大家比的就是其他方面的差异了 核心的
: 技术是一样的。 但我觉得要做出一个在research界 能被公认的流程 这个还是很难的
: 没这个能力 而且 research本身就是要不断求新的。
如果小实验室没有专门的人做分析，那么在一开始的时候肯定会有合作对象，否则
project根本不会开始。那么你需要的并不只是技术本身，而是强有力的network，和让
别人愿意找你合作或者付费的原因。你要考虑
1 你是不是主流分析程序的原作者
2 你是不是来自业内老大实验室，或者有强有力的文章背景，让别人信服
如果都没有，那你需要非常好的公关能力说服对方用你的产品，同时你的产品要非常易
用。
一个人很难在这所有的方面都是专家。
的
【在 r*****q 的大作中提到】
: preprocession已经流程化了 但现有的感觉都不是 consumer级别的产品（我之前不知
: 道clc workbench。 这个是 欧洲的产品 在美国没怎么看到过广告啊。） 用起来需要
: 一些skill。 我是想做是比较简单的 那些老医生们也会用的。 当然 大的MD 手下都
: 有无数postdoc。 我想target小一点的lab
: 另一个方面 流程化了 才好 commercialize. 大家比的就是其他方面的差异了 核心的
: 技术是一样的。 但我觉得要做出一个在research界 能被公认的流程 这个还是很难的
: 没这个能力 而且 research本身就是要不断求新的。
r*q
37 楼
我看是permission for redistribution那里面的 您说的那段是 Permission for Use
and Modification Without Distribution里面的
下面是我看的原文
Permissions for Redistribution of the Standard Version
(2) You may Distribute verbatim copies of the Source form of the Standard
Version of this Package in any medium without restriction, either gratis or
for a Distributor Fee, provided that you duplicate all of the original
copyright notices and associated disclaimers. At your discretion, such
verbatim copies may or may not include a Compiled form of the Package.
不过我还是直接发email 过去问问吧 就算是要fee的话 我估计那么多公司再用 要不
就是这些公司都在违法 要不就是 tophat提供 distribution license 可以去直接和他
们商量 搞个按照销售量 提成的license 如果能卖得多 也分给他们多点了吧
PS： 您在很大的公司工作。 小公司的话估计没有resource去take care 这些事情吧
【在 x******m 的大作中提到】
: 你话没看全啊。
: 后半截provided that you do not Distribute the Modified Version。
: 反正我们公司规定，用别人的东西，哪怕是很小一段有特殊用途的code，必须要告诉经
: 理，经理要咨询律师，哪怕是从git pull下来的。
and Modification Without Distribution里面的
下面是我看的原文
Permissions for Redistribution of the Standard Version
(2) You may Distribute verbatim copies of the Source form of the Standard
Version of this Package in any medium without restriction, either gratis or
for a Distributor Fee, provided that you duplicate all of the original
copyright notices and associated disclaimers. At your discretion, such
verbatim copies may or may not include a Compiled form of the Package.
不过我还是直接发email 过去问问吧 就算是要fee的话 我估计那么多公司再用 要不
就是这些公司都在违法 要不就是 tophat提供 distribution license 可以去直接和他
们商量 搞个按照销售量 提成的license 如果能卖得多 也分给他们多点了吧
PS： 您在很大的公司工作。 小公司的话估计没有resource去take care 这些事情吧
【在 x******m 的大作中提到】
: 你话没看全啊。
: 后半截provided that you do not Distribute the Modified Version。
: 反正我们公司规定，用别人的东西，哪怕是很小一段有特殊用途的code，必须要告诉经
: 理，经理要咨询律师，哪怕是从git pull下来的。
r*q
38 楼
额 这个有了新的tophat 出来 我当然也会update 我的软件吧。 难道我不能用新的
tophat？
【在 M*P 的大作中提到】
: 十月份时候见steven salzberg，他说他的下一版tophat和cufflinks已经审完稿了，貌
: 似有的reviewer不是很满意，但是方法是好的，速度和精度都有提高，估计现在就快能
: 发表了。
: 你这个靠tophat/cufflinks的东西很快就要过期了。
tophat？
【在 M*P 的大作中提到】
: 十月份时候见steven salzberg，他说他的下一版tophat和cufflinks已经审完稿了，貌
: 似有的reviewer不是很满意，但是方法是好的，速度和精度都有提高，估计现在就快能
: 发表了。
: 你这个靠tophat/cufflinks的东西很快就要过期了。
r*q
39 楼
多谢分享 您的意见
2的话 我可能沾点边。1肯定不是 而且我的也是想base on 那些优秀的open source
application再次开发 做出更加实用的产品。
不过不知道有没有可能在这里发展点 connection 大家帮忙在周围推销一下。分点提
成啥的。
【在 d*******e 的大作中提到】
: 市场肯定是有，但是要赚钱很难。
: 如果小实验室没有专门的人做分析，那么在一开始的时候肯定会有合作对象，否则
: project根本不会开始。那么你需要的并不只是技术本身，而是强有力的network，和让
: 别人愿意找你合作或者付费的原因。你要考虑
: 1 你是不是主流分析程序的原作者
: 2 你是不是来自业内老大实验室，或者有强有力的文章背景，让别人信服
: 如果都没有，那你需要非常好的公关能力说服对方用你的产品，同时你的产品要非常易
: 用。
: 一个人很难在这所有的方面都是专家。
:
2的话 我可能沾点边。1肯定不是 而且我的也是想base on 那些优秀的open source
application再次开发 做出更加实用的产品。
不过不知道有没有可能在这里发展点 connection 大家帮忙在周围推销一下。分点提
成啥的。
【在 d*******e 的大作中提到】
: 市场肯定是有，但是要赚钱很难。
: 如果小实验室没有专门的人做分析，那么在一开始的时候肯定会有合作对象，否则
: project根本不会开始。那么你需要的并不只是技术本身，而是强有力的network，和让
: 别人愿意找你合作或者付费的原因。你要考虑
: 1 你是不是主流分析程序的原作者
: 2 你是不是来自业内老大实验室，或者有强有力的文章背景，让别人信服
: 如果都没有，那你需要非常好的公关能力说服对方用你的产品，同时你的产品要非常易
: 用。
: 一个人很难在这所有的方面都是专家。
:
s*s
40 楼
那个分分钟就是前面有人说的count方法，比如sailfish, 一分钟10M reads，
你要不是癌症细胞的话，这个足够了。
Galaxy确实不错, 不过估计没钱扩大规模。这更像一个tool，而不是service。
你说，如果有一个非商业的service，上传速度在10MB/s以上，免费存储，有
几万个CPU core，所有data上传自动按照国际顶级专家组同意的pipeline进行
最基本的calling，包括表达，突变等。这玩意出来你还有戏么？
【在 r*****q 的大作中提到】
: 数据少的让人帮忙就行了 我没有考虑到这个问题 因为觉得找人应该没有那么容易找
: 到合适 懂行的人吧？ 希望大家再和大家求证一下
: service的话 上次开会 去看报价 好像是 300~500 一个sample吧。 lab都可以承受？
: “再说rnaseq这种没有技术含量，肿瘤也就算了，
: 这个没理解 是什么意思？
: “我看有人搞个free的server都可能。"
: The Galaxy project of Penn State U 就是free的 software和 server 但你真的实际
: 去用的话 非常痛苦。 upload 数据慢 然后就是漫长的等待 不知道啥时候轮到自己的
: data 被 process
你要不是癌症细胞的话，这个足够了。
Galaxy确实不错, 不过估计没钱扩大规模。这更像一个tool，而不是service。
你说，如果有一个非商业的service，上传速度在10MB/s以上，免费存储，有
几万个CPU core，所有data上传自动按照国际顶级专家组同意的pipeline进行
最基本的calling，包括表达，突变等。这玩意出来你还有戏么？
【在 r*****q 的大作中提到】
: 数据少的让人帮忙就行了 我没有考虑到这个问题 因为觉得找人应该没有那么容易找
: 到合适 懂行的人吧？ 希望大家再和大家求证一下
: service的话 上次开会 去看报价 好像是 300~500 一个sample吧。 lab都可以承受？
: “再说rnaseq这种没有技术含量，肿瘤也就算了，
: 这个没理解 是什么意思？
: “我看有人搞个free的server都可能。"
: The Galaxy project of Penn State U 就是free的 software和 server 但你真的实际
: 去用的话 非常痛苦。 upload 数据慢 然后就是漫长的等待 不知道啥时候轮到自己的
: data 被 process
c*e
41 楼
run
我还是觉得你做数据库靠谱一些。你那个产品server版我过去比较workflows的都叫人
做过了。
你要卖钱至少要做的比goldenhelix好吧。你比CLC可能有价格优势，如果你写个更好的
genome
browsers? what architecture?
【在 r*****q 的大作中提到】
: 本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
: 的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
: 于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
: 想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
: 希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
: 譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
: 说 Galaxy.
: 先谢过各位的关注和留言！
c*e
42 楼
run
随便找个人做个Tuxedo suite GUI, 按button找到文件就好了。
【在 r*****q 的大作中提到】
: 本人想创业 做个RNA-seq preprocessing tool 提供一整套在 local machine 上run
: 的solution. 使用的是标准的Tuxedo suite。 面向没有太多的编程基础的用户 但又由
: 于工作需要 需要做bioinformatics analysis.
: 想调查一下有多少人感兴趣 看看市场是不是真的存在。
: 希望大家能够帮忙. 分享一下你们现在在做 RNA-seq分析时所遇到的最大的问题。
: 譬如,不熟悉Linux 环境？对RNA-seq analysis 不了解？ 现有的tool 太难用？ 比如
: 说 Galaxy.
: 先谢过各位的关注和留言！
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