Redian新闻
>
谁能讲讲de novo assembly?
avatar
谁能讲讲de novo assembly?# Biology - 生物学
w*l
1
1. SapphireSM Preferred Card –狂送$500现金或价值$625机票
http://goo.gl/jycFB
限时大特惠,Chase提供超高开卡50K points bonus,可以直接兑换$500支票或价值$
625机票,足以兑换两张美国国内往返,首年无年费。赶快申请,落袋为安!
Earn 50,000 bonus points after you spend $3,000 in the first 3 months- that'
s worth $625 toward airfare or hotel accommodations!
http://goo.gl/jycFB
2. creditreport提供免费查询信用分数,三大信用记录公司之一Experian的分数,记
得在free trial结束前取消。信用卡申请前先查询一下自己分数,提高申请通过率。
http://goo.gl/xRORF
进去后,点击图片上面的click here to get started,填完信息后要跳出,Get All 3
Reports& All 3 Scores 和No, Thanks...要选后面这个,3个公司信用分数那个要钱
的,这个要注意。To cancel, please contact Customer Care at 1-877-297-7790
http://goo.gl/xRORF
信用分数知多少? 信用分数的前世与今生 (来历篇)
信用分数知多少?五大部分组成,注意要点帮助提升信用(组成篇)
信用分数知多少?知道你会得到多高的信贷利率吗? (作用篇)
信用分数知多少? 如何提升我们的信用(维护篇)
更多信息请查看
http://bankbonus.blog.163.com/
avatar
I*h
2
细菌基因组测完发现与reference菌株的基因组有97%可以map上
剩下~120 kb map不上,
现在要决定是不是要做de novo assembly,测序的原始的数据都有了,这个de novo
assembly 是不是不用重测而只是重新做另一种生物信息学分析而已?要2000刀这么多
avatar
x*d
3

如果你用Tophat做的mapping,输出文件有unmapped reads。把这些unmapped reads用
Trinity做de novo assembly,看看是什么菌株。因为你的基因组有97%都能map,所以
你测的不太可能是一种新的物种。

【在 I*****h 的大作中提到】
: 细菌基因组测完发现与reference菌株的基因组有97%可以map上
: 剩下~120 kb map不上,
: 现在要决定是不是要做de novo assembly,测序的原始的数据都有了,这个de novo
: assembly 是不是不用重测而只是重新做另一种生物信息学分析而已?要2000刀这么多
: 啊

avatar
t*z
4
2000刀?你paper给我挂个名,我分分钟免费帮你搞定。

【在 I*****h 的大作中提到】
: 细菌基因组测完发现与reference菌株的基因组有97%可以map上
: 剩下~120 kb map不上,
: 现在要决定是不是要做de novo assembly,测序的原始的数据都有了,这个de novo
: assembly 是不是不用重测而只是重新做另一种生物信息学分析而已?要2000刀这么多
: 啊

avatar
I*h
5
不是新的物种,但是有新的功能for sure

【在 x*****d 的大作中提到】
:
: 如果你用Tophat做的mapping,输出文件有unmapped reads。把这些unmapped reads用
: Trinity做de novo assembly,看看是什么菌株。因为你的基因组有97%都能map,所以
: 你测的不太可能是一种新的物种。

avatar
j*n
6
是不是之前做的single end sequencing 毕竟有reference genome
现在要做de novo assembly 要重新做paired sequencing?

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 1.0.3

【在 t*****z 的大作中提到】
: 2000刀?你paper给我挂个名,我分分钟免费帮你搞定。
avatar
t*z
7
不需要的。single end不过短一点,效果差一点,但还是可以用的。

[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

【在 j****n 的大作中提到】
: 是不是之前做的single end sequencing 毕竟有reference genome
: 现在要做de novo assembly 要重新做paired sequencing?
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 1.0.3

avatar
d*i
8
人家测的是基因组,你tophat和Trinity是转录组的那一套

【在 x*****d 的大作中提到】
:
: 如果你用Tophat做的mapping,输出文件有unmapped reads。把这些unmapped reads用
: Trinity做de novo assembly,看看是什么菌株。因为你的基因组有97%都能map,所以
: 你测的不太可能是一种新的物种。

avatar
s*5
9
同问。请问各位行家,umanpped.bam文件能直接用trinity做分析吗?trinity是不是必
须linux环境运行?谢谢。
avatar
x*d
10

你得先用bam2fastq之类的软件把bam转成fastq,然后才能导入trinity。

【在 s*****5 的大作中提到】
: 同问。请问各位行家,umanpped.bam文件能直接用trinity做分析吗?trinity是不是必
: 须linux环境运行?谢谢。

相关阅读
logo
联系我们隐私协议©2024 redian.news
Redian新闻
Redian.news刊载任何文章,不代表同意其说法或描述,仅为提供更多信息,也不构成任何建议。文章信息的合法性及真实性由其作者负责,与Redian.news及其运营公司无关。欢迎投稿,如发现稿件侵权,或作者不愿在本网发表文章,请版权拥有者通知本网处理。