RNA-seq样品量少，做扩增靠谱吗？ - 未名空间MITBBS历史存档

RNA-seq样品量少，做扩增靠谱吗？

RNA-seq样品量少，做扩增靠谱吗？# Biology - 生物学

w*d2015-08-12 07:08

1 楼

RD 03/09/2011
这马上都三个月了

c*72015-08-12 07:08

2 楼

哦也

b*s2015-08-12 07:08

3 楼

带荧光的细胞，估计最多只能拿到几百个。在国内做RNA-seq，国内小公司要求扩增一
下。
对结果影响大吗？
谢谢！

r*e2015-08-12 07:08

4 楼

冲进太空了!

【在 c*******7 的大作中提到】

: 哦也

O*a2015-08-12 07:08

5 楼

不就是 SMARTer Kit吗？
能用来测单细胞到一千个细胞。你的情况是测几百个细胞，应该没问题吧。
RNA seq要测至少6个生物学重复。

【在 b******s 的大作中提到】

: 带荧光的细胞，估计最多只能拿到几百个。在国内做RNA-seq，国内小公司要求扩增一
: 下。
: 对结果影响大吗？
: 谢谢！

b*s2015-08-12 07:08

6 楼

实际中，大家都是每个样6个生物学重复？
这样做起来好贵啊。

【在 O**********a 的大作中提到】

: 不就是 SMARTer Kit吗？
: 能用来测单细胞到一千个细胞。你的情况是测几百个细胞，应该没问题吧。
: RNA seq要测至少6个生物学重复。

G*n2015-08-12 07:08

7 楼

6 个sample是统计上结合coverage之后比较好的情况，虽然大家大多数目前还是1个或
者3个……

【在 b******s 的大作中提到】

: 实际中，大家都是每个样6个生物学重复？
: 这样做起来好贵啊。

k*a2015-08-12 07:08

8 楼

哪里说RNA-seq 要测至少6个生物学重复? reference please

【在 O**********a 的大作中提到】

: 不就是 SMARTer Kit吗？
: 能用来测单细胞到一千个细胞。你的情况是测几百个细胞，应该没问题吧。
: RNA seq要测至少6个生物学重复。

x*u2015-08-12 07:08

9 楼

RNA-seq differential expression studies: more sequence or more replication?
Yuwen Liu,1,2 Jie Zhou,1,3 and Kevin P. White1,2,3,*
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3904521/

s*s2015-08-12 07:08

10 楼

竟然三个作者都认识，汗！
结论是，多replicate比deeper更cost effective,

【在 x***u 的大作中提到】

: RNA-seq differential expression studies: more sequence or more replication?
: Yuwen Liu,1,2 Jie Zhou,1,3 and Kevin P. White1,2,3,*
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3904521/