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如何通过Enhancer序列找转录因子？

如何通过Enhancer序列找转录因子？# Biology - 生物学

y*n2015-10-29 07:10

1 楼

【以下文字转载自 NextGeneration 讨论区】
发信人: yitan (长发飘飘), 信区: NextGeneration
标题: 请推荐kids学英语软件
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 7 14:57:09 2012, 美东)
小儿在上K,想找好的少儿学英语的软件（网上能下载的）帮他快速提高单词量和阅读能
力。谢谢推荐。

T*e2015-10-29 07:10

2 楼

首先，这是个问题。
其次，我列举几种我知道的方法，并稍微评价优缺点。
最后，希望大家补充其它方法。目的是集思广益。
1.找到调控序列（Regulatory elements）
这个可以做promoter bashing，一段一段去掉调控序列中的某一部分。根据剩余部分是
否仍然有表达或者对某个刺激有反应，这样可以推测出Enhancer中哪一段序列是必须的
。这个运气好的话，应该能找出一小段必要的序列。我看有人能找到大概500bp就可以
了，有人能缩小到100bp，还有牛人能缩小到20bp。好吧，那基本离最后的调节序列的
大小不远了。
Pros：思路相对简单，结果相对清楚
Cons：如果调控序列有几个，并且分布不集中，又或者有几个不同的转录因子参与，于
是乎有不同的调控序列且分布分散，那么，很难有干净容易解释的结果。
2.做reporter盲筛
有了Enhancer当然很容易做reporter，从早年的CAT到现在随处可见的luciferase或者
GFP之类的，reporter用的相当普遍。有了reporter想要找转录因子，最简单的就是挨
个试了。过表达或者KD都行。
Pros：reporter构建容易，但筛选转录因子是个双刃剑，如果只是筛常见的那么几个信
号通路，或者你心里已经有数就那么几个TF的话，那么试起来很方便。
Cons：如果是盲筛，全基因组找的话，那是一项系统的浩大的工程，实在不知道要筛到
猴年马月（马上就是猴年了）
3.Yeast one-hybrid钓
这个是酵母帮你筛，enhancer下游有个抗性基因，为酵母生存所必须。于是有个
library表达各式各样的转录因子，如果有转录因子能跟你的enhancer结合，转录因子
本身在构建library时还和转录激活domain融合，那么转录因子和enhancer结合之后必
然激活抗性基因的表达。酵母存活。于是你可以从存活的酵母中提取DNA，测序反推是
哪个转录因子。
Pros：筛选的过程比reporter盲晒轻松多了。
Cons：据说假阳性很高。而且不知道enhancer太大的话是不是不好。也不知道enhancer
里面到底包含了几个调控序列。看推荐，说是一个序列也行，最好是三个重复的序列。
但是我怎么知道Enhancer里面有几个重复序列呢？
4.Bioinformatics预测
现在平台很多，输入序列就可以预测。如果有几个不同的序列，且认为调控序列一致，
那么分析成功的可能性高很多。
问题是一般也不会有好几个Enhancer在手。分析得到的一堆预测位点，还得一个一个试
。而且未知的调节序列，如果只有一个copy的话，不知道能不能分析出来。
以上就是我所知道的一些基本方法，不知道大家是否更有经验，能指出我这里的错误，
或者给予补充。不甚感谢！

r*f2015-10-29 07:10

3 楼

图书馆海了去的书

【在 y***n 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 NextGeneration 讨论区】
: 发信人: yitan (长发飘飘), 信区: NextGeneration
: 标题: 请推荐kids学英语软件
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 7 14:57:09 2012, 美东)
: 小儿在上K,想找好的少儿学英语的软件（网上能下载的）帮他快速提高单词量和阅读能
: 力。谢谢推荐。

k*a2015-10-29 07:10

4 楼

赞学术贴！生物版应该多发些这样的帖子
对于1的话，现在很多人都是通过ChIP-seq, DNase-seq来找了吧，这个也许算是4了。
传统的promoter bashing还是太费时费力了。 promoter bashing不是和reporter一起
搞的么？
Yeast one-hybrid做的人还多么？感觉没什么人在做啊

k*e2015-10-29 07:10

5 楼

同意楼上

T*e2015-10-29 07:10

6 楼

谢谢你的回复！
我知道可以用Chip-seq或者Chip-chip来找。我不大确定怎么用RNA-seq来找。但这有个
方向的问题。如果已经有某个转录因子的chip-seq数据，那么也许可以。但还必须确定
组织特异性和时间是否吻合。但是如果是从enhancer找结合蛋白，难道大海捞针去看所
有chip-seq的数据吗？也许也可以。如果最终发现的是一个已知的转录因子的话。

y*n2015-10-29 07:10

7 楼

我们也在用这个方法。
只是想还有没有什莫好软件可用作辅助手段。

【在 r*f 的大作中提到】

: 图书馆海了去的书

k*a2015-10-29 07:10

8 楼

那就做motif prediction吧。。也只能找到可能直接和DNA关联的转录因子，那些共关
联的就找不到了。哎，生物太复杂

【在 T*****e 的大作中提到】

: 谢谢你的回复！
: 我知道可以用Chip-seq或者Chip-chip来找。我不大确定怎么用RNA-seq来找。但这有个
: 方向的问题。如果已经有某个转录因子的chip-seq数据，那么也许可以。但还必须确定
: 组织特异性和时间是否吻合。但是如果是从enhancer找结合蛋白，难道大海捞针去看所
: 有chip-seq的数据吗？也许也可以。如果最终发现的是一个已知的转录因子的话。