x*6
2 楼
nature biotech找来几十个生物技术各个方向前沿的科学家给大家画饼。感觉没有一个
靠谱: http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n3/full/nbt.3502.html
医学相关的red biotech基本上还是daunting,crispr/cas9感觉有点雷声大,雨点小。
因为基因修饰结果的不可预测性,除非是只要有一小部分目标细胞获得正确修改就可以
了,不然这个技术也是很有局限的。
里面很多砖家提到了大数据的作用,问题是生物的大数据除了在遗传病咨询的时候,提
供一些的病的概率,还有什么用?我不是做大数据的,还请行家来解读一下。
工业相关的white biotech应该是受益于迅猛发展的合成生物学最多的。但是第一个商
业化的例子:用酵母生产青蒿素前体,生产线也因为成本太高已经停产一段时间了。
生物技术的工业化未来在哪里?小弟在此作一个引子,请业内人士来和大家分享!
靠谱: http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n3/full/nbt.3502.html
医学相关的red biotech基本上还是daunting,crispr/cas9感觉有点雷声大,雨点小。
因为基因修饰结果的不可预测性,除非是只要有一小部分目标细胞获得正确修改就可以
了,不然这个技术也是很有局限的。
里面很多砖家提到了大数据的作用,问题是生物的大数据除了在遗传病咨询的时候,提
供一些的病的概率,还有什么用?我不是做大数据的,还请行家来解读一下。
工业相关的white biotech应该是受益于迅猛发展的合成生物学最多的。但是第一个商
业化的例子:用酵母生产青蒿素前体,生产线也因为成本太高已经停产一段时间了。
生物技术的工业化未来在哪里?小弟在此作一个引子,请业内人士来和大家分享!
j*e
3 楼
Dominos' pizza delivery can copy this.
g*0
4 楼
相信你自己的感觉就好。
z*h
6 楼
Apply enzyme engineering and synthetic enzymatic systems for
biomanufacturing, especially for white biotechnology. Making first money (
profit) within several years, creating millions of jobs within 20 years.
biomanufacturing, especially for white biotechnology. Making first money (
profit) within several years, creating millions of jobs within 20 years.
c*r
10 楼
我觉得microbiome可以持续一段时间的热度
测序会在各个领域得到更深入的应用
个人比较喜欢这两个领域,仅供参考。
测序会在各个领域得到更深入的应用
个人比较喜欢这两个领域,仅供参考。
h*4
12 楼
技术太难的难普及,各种疾病的gene检测试剂盒,技术门槛低,但是是精准治疗的前提
,看好混战
,看好混战
j*n
14 楼
看好合成生物学
青蒿素作为目前最成功的例子 主要问题是产品价格太低 主要卖到非洲的 能有几个钱
貌似现在很多大实验室再搞taxol 这个或者重要前体要是成了 市场/命运完全不一样
目前用合成生物学产能源或者大宗化学品 感觉不靠谱 不看好
青蒿素作为目前最成功的例子 主要问题是产品价格太低 主要卖到非洲的 能有几个钱
貌似现在很多大实验室再搞taxol 这个或者重要前体要是成了 市场/命运完全不一样
目前用合成生物学产能源或者大宗化学品 感觉不靠谱 不看好
a*d
15 楼
Monoclonal antibody therapy
a*d
19 楼
http://www.bptc.com/sites/default/files/articles/ecker-2015-the
【在 x****6 的大作中提到】
: 可否稍微展开?
【在 x****6 的大作中提到】
: 可否稍微展开?
z*h
20 楼
taxol is a dead end and product, too. Its overall market size of rare
materials is only 2,000,000,000 RMB per year. It is not as important as
thought. A lot of things have market size of far bigger.
Market size will decide what product is important.
Antibody humanization is one of the most important directions.
materials is only 2,000,000,000 RMB per year. It is not as important as
thought. A lot of things have market size of far bigger.
Market size will decide what product is important.
Antibody humanization is one of the most important directions.
z*h
21 楼
The major stream of 合成生物学产能源或者大宗化学品 go to wrong directions,
Jay Keasling is a cheater or moron. Picking up right products are the key to
success. 99% of academic research activities are non-sense at all.
Jay Keasling is a cheater or moron. Picking up right products are the key to
success. 99% of academic research activities are non-sense at all.
x*6
22 楼
谢谢分享干货!
【在 a****d 的大作中提到】
: http://www.bptc.com/sites/default/files/articles/ecker-2015-the
【在 a****d 的大作中提到】
: http://www.bptc.com/sites/default/files/articles/ecker-2015-the
x*6
23 楼
我站在学术圈里看,也觉得大部分研究没用,事实上,绝大部分的文章也就是一发表就
沉入浩瀚的文献大海,没有下游的动静了。但我也说不出个所以然,为什么会出现学术
界和工业界几乎完全脱轨这种荒谬的现象。我自己研究的感受是:找不到工业界想要什
么,实际应用的瓶颈是什么:网上和公共数据库自然是找不到;跟工业界的人聊,他们
也不会告诉你。
您认为原因是什么?
to
【在 z*h 的大作中提到】
: The major stream of 合成生物学产能源或者大宗化学品 go to wrong directions,
: Jay Keasling is a cheater or moron. Picking up right products are the key to
: success. 99% of academic research activities are non-sense at all.
沉入浩瀚的文献大海,没有下游的动静了。但我也说不出个所以然,为什么会出现学术
界和工业界几乎完全脱轨这种荒谬的现象。我自己研究的感受是:找不到工业界想要什
么,实际应用的瓶颈是什么:网上和公共数据库自然是找不到;跟工业界的人聊,他们
也不会告诉你。
您认为原因是什么?
to
【在 z*h 的大作中提到】
: The major stream of 合成生物学产能源或者大宗化学品 go to wrong directions,
: Jay Keasling is a cheater or moron. Picking up right products are the key to
: success. 99% of academic research activities are non-sense at all.
c*r
24 楼
我说一个方向,说的不好,欢迎大家讨论。
我也觉得很多工业界的有价值的东西在学术界是看不到的。比如说现在学术界很少有实
验研究微生物发酵酿造。但在工业界微生物发酵在制药、食品、生产某些原材料等方面
都是至关重要,某些特殊的菌种和发酵工艺都是保密级别的,不可能在公共数据库和文
章里找到的。
现在随着测序、合成生物学、CRISPR等技术的发展,越来越多的微生物资源被测序,所
以就有希望能改良现有菌种和开发新的菌种。如果能把这些技术应用到发酵上,哪怕能
提高生产效率1个百分点或者减少损失的频率,都意味着巨大的利润空间。当年对
CRISPR的发现做出很大贡献的就有欧洲的一个生产酸奶的公司,他们利用对噬菌体有免
疫的菌种来抵御噬菌体对细菌的伤害避免酸奶变坏。
说到酸奶,不知道大家有没有吃过Chobani Greek Yogurt。这是美国销量第一的Greek
Yogurt,这个公司每年销售额有1 billion以上,43岁的owner兼CEO就靠做酸奶身价有
将近2 billion。当然他的成功更多是商业上的成功,但是好的发酵菌株和工艺也是必
不可少的。
再举个例子,八九年前本科时候,国内我们微生物遗传实验室和一些企业合作解决一些
食品发酵生产中的问题,主要是因为菌株污染对生产危害太大。那时候的方案往往有两
个:1.继续采用原有的菌种种子培养,但是发酵几代之后有退化,产量和质量都不稳定
。2.采用单一的纯的优势菌种或者几种优势菌种的培养物来发酵,这样的结果比较好控
制不容易有污染,但是发酵产物的风味单一,没有以前的好。其实风味越好的食物,原
始菌种种类越多,产物里的各种代谢物也越丰富。前段时间还看到新闻说通过测序研究
了老窖产好酒就是因为微生物种类丰富。不过我们那时候二代测序还没有太多应用,很
多微生物又没办法培养,做实验只能靠经验和运气,很多时候分离鉴定没什么结果。和
企业合作的好几个月,最后无果而终。
现在有了二代三代测序和很多分子生物学技术,以前没办法解决的很多重要的微生物发
酵问题肯定会多了很多解决思路,发掘有效的发酵菌株、鉴别污染菌株或者噬菌体、对
污染菌株的防治、对噬菌体免疫、改良改造发酵菌株。。。如果能应用到发酵生产上,
比如老干妈什么的,再添加一些时髦的概念,增加益生菌、促进肠道微生物健康、改善
免疫系统什么的,肯定会有前途/钱途的。
生物的出路和应用其实很广的,但是有个很大的问题,这些方向没有蜂拥而去的制药、
biotech看起来那么高大上,有几个生物PhD会看得上这个方向?有几个生物PhD愿意去
发酵豆豉酿酸奶? ^_^
我也觉得很多工业界的有价值的东西在学术界是看不到的。比如说现在学术界很少有实
验研究微生物发酵酿造。但在工业界微生物发酵在制药、食品、生产某些原材料等方面
都是至关重要,某些特殊的菌种和发酵工艺都是保密级别的,不可能在公共数据库和文
章里找到的。
现在随着测序、合成生物学、CRISPR等技术的发展,越来越多的微生物资源被测序,所
以就有希望能改良现有菌种和开发新的菌种。如果能把这些技术应用到发酵上,哪怕能
提高生产效率1个百分点或者减少损失的频率,都意味着巨大的利润空间。当年对
CRISPR的发现做出很大贡献的就有欧洲的一个生产酸奶的公司,他们利用对噬菌体有免
疫的菌种来抵御噬菌体对细菌的伤害避免酸奶变坏。
说到酸奶,不知道大家有没有吃过Chobani Greek Yogurt。这是美国销量第一的Greek
Yogurt,这个公司每年销售额有1 billion以上,43岁的owner兼CEO就靠做酸奶身价有
将近2 billion。当然他的成功更多是商业上的成功,但是好的发酵菌株和工艺也是必
不可少的。
再举个例子,八九年前本科时候,国内我们微生物遗传实验室和一些企业合作解决一些
食品发酵生产中的问题,主要是因为菌株污染对生产危害太大。那时候的方案往往有两
个:1.继续采用原有的菌种种子培养,但是发酵几代之后有退化,产量和质量都不稳定
。2.采用单一的纯的优势菌种或者几种优势菌种的培养物来发酵,这样的结果比较好控
制不容易有污染,但是发酵产物的风味单一,没有以前的好。其实风味越好的食物,原
始菌种种类越多,产物里的各种代谢物也越丰富。前段时间还看到新闻说通过测序研究
了老窖产好酒就是因为微生物种类丰富。不过我们那时候二代测序还没有太多应用,很
多微生物又没办法培养,做实验只能靠经验和运气,很多时候分离鉴定没什么结果。和
企业合作的好几个月,最后无果而终。
现在有了二代三代测序和很多分子生物学技术,以前没办法解决的很多重要的微生物发
酵问题肯定会多了很多解决思路,发掘有效的发酵菌株、鉴别污染菌株或者噬菌体、对
污染菌株的防治、对噬菌体免疫、改良改造发酵菌株。。。如果能应用到发酵生产上,
比如老干妈什么的,再添加一些时髦的概念,增加益生菌、促进肠道微生物健康、改善
免疫系统什么的,肯定会有前途/钱途的。
生物的出路和应用其实很广的,但是有个很大的问题,这些方向没有蜂拥而去的制药、
biotech看起来那么高大上,有几个生物PhD会看得上这个方向?有几个生物PhD愿意去
发酵豆豉酿酸奶? ^_^
s*r
25 楼
菌株改良有人做的,我以前也跟着做过一点,问题是你不知道怎么改良,就算把菌株序
列都测出来了也不一定有多大帮助,在学校可以瞎折腾,折腾出来的东西也不一定是业
界需要的一般也发不了什么好paper。
而且改菌株这种事情对企业来说是伤筋动骨的,原有的菌株用着只要不出大问题,一般
企业都不会想着升级啥的,即便要做也是内部几个人搞或者找认识的教授,圈子很窄。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 我说一个方向,说的不好,欢迎大家讨论。
: 我也觉得很多工业界的有价值的东西在学术界是看不到的。比如说现在学术界很少有实
: 验研究微生物发酵酿造。但在工业界微生物发酵在制药、食品、生产某些原材料等方面
: 都是至关重要,某些特殊的菌种和发酵工艺都是保密级别的,不可能在公共数据库和文
: 章里找到的。
: 现在随着测序、合成生物学、CRISPR等技术的发展,越来越多的微生物资源被测序,所
: 以就有希望能改良现有菌种和开发新的菌种。如果能把这些技术应用到发酵上,哪怕能
: 提高生产效率1个百分点或者减少损失的频率,都意味着巨大的利润空间。当年对
: CRISPR的发现做出很大贡献的就有欧洲的一个生产酸奶的公司,他们利用对噬菌体有免
: 疫的菌种来抵御噬菌体对细菌的伤害避免酸奶变坏。
列都测出来了也不一定有多大帮助,在学校可以瞎折腾,折腾出来的东西也不一定是业
界需要的一般也发不了什么好paper。
而且改菌株这种事情对企业来说是伤筋动骨的,原有的菌株用着只要不出大问题,一般
企业都不会想着升级啥的,即便要做也是内部几个人搞或者找认识的教授,圈子很窄。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 我说一个方向,说的不好,欢迎大家讨论。
: 我也觉得很多工业界的有价值的东西在学术界是看不到的。比如说现在学术界很少有实
: 验研究微生物发酵酿造。但在工业界微生物发酵在制药、食品、生产某些原材料等方面
: 都是至关重要,某些特殊的菌种和发酵工艺都是保密级别的,不可能在公共数据库和文
: 章里找到的。
: 现在随着测序、合成生物学、CRISPR等技术的发展,越来越多的微生物资源被测序,所
: 以就有希望能改良现有菌种和开发新的菌种。如果能把这些技术应用到发酵上,哪怕能
: 提高生产效率1个百分点或者减少损失的频率,都意味着巨大的利润空间。当年对
: CRISPR的发现做出很大贡献的就有欧洲的一个生产酸奶的公司,他们利用对噬菌体有免
: 疫的菌种来抵御噬菌体对细菌的伤害避免酸奶变坏。
x*6
26 楼
谢谢,分享。我觉得你说得很对。我想补充一下,发酵是有一个专门的领域在研究的,
叫代谢通路,一般在化工系下面。不过在实验室里,主要关注的尺度是几个到几十个基
因组成的代谢通路,现在也结合大规模测序,在从食物、环境中采样的菌落中寻找合成
次级代谢产物的基因簇,并在模式微生物中异源表达以期生产化学产品。
去年科学杂志全球十大进展之首就是这样一个课题:在酵母中表达23个基因来生产吗啡
前体,不过生产浓度要提高十万倍才能实现经济价值。
有几个组开始研究由多个菌种组成的菌落了,跟你描述的更加接近,过两年应该会出有
意思的结果。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 我说一个方向,说的不好,欢迎大家讨论。
: 我也觉得很多工业界的有价值的东西在学术界是看不到的。比如说现在学术界很少有实
: 验研究微生物发酵酿造。但在工业界微生物发酵在制药、食品、生产某些原材料等方面
: 都是至关重要,某些特殊的菌种和发酵工艺都是保密级别的,不可能在公共数据库和文
: 章里找到的。
: 现在随着测序、合成生物学、CRISPR等技术的发展,越来越多的微生物资源被测序,所
: 以就有希望能改良现有菌种和开发新的菌种。如果能把这些技术应用到发酵上,哪怕能
: 提高生产效率1个百分点或者减少损失的频率,都意味着巨大的利润空间。当年对
: CRISPR的发现做出很大贡献的就有欧洲的一个生产酸奶的公司,他们利用对噬菌体有免
: 疫的菌种来抵御噬菌体对细菌的伤害避免酸奶变坏。
叫代谢通路,一般在化工系下面。不过在实验室里,主要关注的尺度是几个到几十个基
因组成的代谢通路,现在也结合大规模测序,在从食物、环境中采样的菌落中寻找合成
次级代谢产物的基因簇,并在模式微生物中异源表达以期生产化学产品。
去年科学杂志全球十大进展之首就是这样一个课题:在酵母中表达23个基因来生产吗啡
前体,不过生产浓度要提高十万倍才能实现经济价值。
有几个组开始研究由多个菌种组成的菌落了,跟你描述的更加接近,过两年应该会出有
意思的结果。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 我说一个方向,说的不好,欢迎大家讨论。
: 我也觉得很多工业界的有价值的东西在学术界是看不到的。比如说现在学术界很少有实
: 验研究微生物发酵酿造。但在工业界微生物发酵在制药、食品、生产某些原材料等方面
: 都是至关重要,某些特殊的菌种和发酵工艺都是保密级别的,不可能在公共数据库和文
: 章里找到的。
: 现在随着测序、合成生物学、CRISPR等技术的发展,越来越多的微生物资源被测序,所
: 以就有希望能改良现有菌种和开发新的菌种。如果能把这些技术应用到发酵上,哪怕能
: 提高生产效率1个百分点或者减少损失的频率,都意味着巨大的利润空间。当年对
: CRISPR的发现做出很大贡献的就有欧洲的一个生产酸奶的公司,他们利用对噬菌体有免
: 疫的菌种来抵御噬菌体对细菌的伤害避免酸奶变坏。
c*r
27 楼
我不了解这个行业内部的真实情况和企业的想法,不过我猜也是,绝大多数中小企业都
不会愿意去折腾的。有能力做的大多都是有实力的大企业或是竞争很激烈的行业吧。就
像制药公司,不开发新药还有活头吗?
如果企业大多不愿意折腾,我看到的反而是更多的发展空间、更大的市场和更小的竞争
压力。至于能不能做出来、怎么改良,那就是体现水平和积累,加上一些运气的事情了
。很多事情,在做出来之前,也没有多少人会预计出来啊。
【在 s******r 的大作中提到】
: 菌株改良有人做的,我以前也跟着做过一点,问题是你不知道怎么改良,就算把菌株序
: 列都测出来了也不一定有多大帮助,在学校可以瞎折腾,折腾出来的东西也不一定是业
: 界需要的一般也发不了什么好paper。
: 而且改菌株这种事情对企业来说是伤筋动骨的,原有的菌株用着只要不出大问题,一般
: 企业都不会想着升级啥的,即便要做也是内部几个人搞或者找认识的教授,圈子很窄。
不会愿意去折腾的。有能力做的大多都是有实力的大企业或是竞争很激烈的行业吧。就
像制药公司,不开发新药还有活头吗?
如果企业大多不愿意折腾,我看到的反而是更多的发展空间、更大的市场和更小的竞争
压力。至于能不能做出来、怎么改良,那就是体现水平和积累,加上一些运气的事情了
。很多事情,在做出来之前,也没有多少人会预计出来啊。
【在 s******r 的大作中提到】
: 菌株改良有人做的,我以前也跟着做过一点,问题是你不知道怎么改良,就算把菌株序
: 列都测出来了也不一定有多大帮助,在学校可以瞎折腾,折腾出来的东西也不一定是业
: 界需要的一般也发不了什么好paper。
: 而且改菌株这种事情对企业来说是伤筋动骨的,原有的菌株用着只要不出大问题,一般
: 企业都不会想着升级啥的,即便要做也是内部几个人搞或者找认识的教授,圈子很窄。
c*r
28 楼
很久没有关注微生物代谢了,谢谢你的分享!原来这个和楼上提到的用酵母表达青蒿素
都是一类的突破,又学习到了很多!
不过我的想法和酵母表达青蒿素、吗啡前体还有点不太一样。这一类的项目是表达酵母
本身不具备的外源产物,让酵母做一些它原本不做的事情。好处是一旦成功,前景和市
场巨大。但是缺点是这些东西都是外源的,每一个中间物是否适合这个细胞环境、是否
对细胞有影响、有没有更好的系统,就像你说的,可能需要很多工作才能(也许不能)
达到实现经济价值。但是肯定是很有前景的。另外瞎扯几句,有没有人试过把这些表达
吗啡前体和青蒿素的基因试着在其它微生物里表达筛选一下,也许有其它更好的微生物
来作为表达宿主。
我的想法是,把各种用于发酵的菌株,我们不让它们做别的事情,就让它们能更好更有
效率地做它们擅长的事情。以前有很多突变育种什么的,筛选出很多高产菌株,但是没
有测序技术,也不知道是哪里突变了。现在完全可以研究是什么代谢通路改变了让产物
效率更高?是哪些代谢通路让某些食物的风味更独特?进一步让这些菌种发挥它们的特
长,从而也会丰富我们对微生物资源、微生物代谢的认识。
微生物是个宝,里边好东西太多了。
【在 x****6 的大作中提到】
: 谢谢,分享。我觉得你说得很对。我想补充一下,发酵是有一个专门的领域在研究的,
: 叫代谢通路,一般在化工系下面。不过在实验室里,主要关注的尺度是几个到几十个基
: 因组成的代谢通路,现在也结合大规模测序,在从食物、环境中采样的菌落中寻找合成
: 次级代谢产物的基因簇,并在模式微生物中异源表达以期生产化学产品。
: 去年科学杂志全球十大进展之首就是这样一个课题:在酵母中表达23个基因来生产吗啡
: 前体,不过生产浓度要提高十万倍才能实现经济价值。
: 有几个组开始研究由多个菌种组成的菌落了,跟你描述的更加接近,过两年应该会出有
: 意思的结果。
都是一类的突破,又学习到了很多!
不过我的想法和酵母表达青蒿素、吗啡前体还有点不太一样。这一类的项目是表达酵母
本身不具备的外源产物,让酵母做一些它原本不做的事情。好处是一旦成功,前景和市
场巨大。但是缺点是这些东西都是外源的,每一个中间物是否适合这个细胞环境、是否
对细胞有影响、有没有更好的系统,就像你说的,可能需要很多工作才能(也许不能)
达到实现经济价值。但是肯定是很有前景的。另外瞎扯几句,有没有人试过把这些表达
吗啡前体和青蒿素的基因试着在其它微生物里表达筛选一下,也许有其它更好的微生物
来作为表达宿主。
我的想法是,把各种用于发酵的菌株,我们不让它们做别的事情,就让它们能更好更有
效率地做它们擅长的事情。以前有很多突变育种什么的,筛选出很多高产菌株,但是没
有测序技术,也不知道是哪里突变了。现在完全可以研究是什么代谢通路改变了让产物
效率更高?是哪些代谢通路让某些食物的风味更独特?进一步让这些菌种发挥它们的特
长,从而也会丰富我们对微生物资源、微生物代谢的认识。
微生物是个宝,里边好东西太多了。
【在 x****6 的大作中提到】
: 谢谢,分享。我觉得你说得很对。我想补充一下,发酵是有一个专门的领域在研究的,
: 叫代谢通路,一般在化工系下面。不过在实验室里,主要关注的尺度是几个到几十个基
: 因组成的代谢通路,现在也结合大规模测序,在从食物、环境中采样的菌落中寻找合成
: 次级代谢产物的基因簇,并在模式微生物中异源表达以期生产化学产品。
: 去年科学杂志全球十大进展之首就是这样一个课题:在酵母中表达23个基因来生产吗啡
: 前体,不过生产浓度要提高十万倍才能实现经济价值。
: 有几个组开始研究由多个菌种组成的菌落了,跟你描述的更加接近,过两年应该会出有
: 意思的结果。
x*6
29 楼
用模式生物的好处是基因改造很容易,特别是要调度23个基因来生产一样东西。另外细
胞本身的毒性,副产物研究透彻,对于下游(特别是食品、药物)的安全至关重要。
所以绝大多数的生物药、包括单克隆抗体是模式生物生产的。
你关注的非模式生物生产其天然产物,这个在食品加工等发酵的工业界是主流,开发过
程叫作“菌种开发”,一般也就是大规模系统性的尝试各种条件、筛选突变子以期获得
想要的。但是工业界的人一般也不会告诉你他们具体是怎么弄的,属于商业秘密。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 很久没有关注微生物代谢了,谢谢你的分享!原来这个和楼上提到的用酵母表达青蒿素
: 都是一类的突破,又学习到了很多!
: 不过我的想法和酵母表达青蒿素、吗啡前体还有点不太一样。这一类的项目是表达酵母
: 本身不具备的外源产物,让酵母做一些它原本不做的事情。好处是一旦成功,前景和市
: 场巨大。但是缺点是这些东西都是外源的,每一个中间物是否适合这个细胞环境、是否
: 对细胞有影响、有没有更好的系统,就像你说的,可能需要很多工作才能(也许不能)
: 达到实现经济价值。但是肯定是很有前景的。另外瞎扯几句,有没有人试过把这些表达
: 吗啡前体和青蒿素的基因试着在其它微生物里表达筛选一下,也许有其它更好的微生物
: 来作为表达宿主。
: 我的想法是,把各种用于发酵的菌株,我们不让它们做别的事情,就让它们能更好更有
胞本身的毒性,副产物研究透彻,对于下游(特别是食品、药物)的安全至关重要。
所以绝大多数的生物药、包括单克隆抗体是模式生物生产的。
你关注的非模式生物生产其天然产物,这个在食品加工等发酵的工业界是主流,开发过
程叫作“菌种开发”,一般也就是大规模系统性的尝试各种条件、筛选突变子以期获得
想要的。但是工业界的人一般也不会告诉你他们具体是怎么弄的,属于商业秘密。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 很久没有关注微生物代谢了,谢谢你的分享!原来这个和楼上提到的用酵母表达青蒿素
: 都是一类的突破,又学习到了很多!
: 不过我的想法和酵母表达青蒿素、吗啡前体还有点不太一样。这一类的项目是表达酵母
: 本身不具备的外源产物,让酵母做一些它原本不做的事情。好处是一旦成功,前景和市
: 场巨大。但是缺点是这些东西都是外源的,每一个中间物是否适合这个细胞环境、是否
: 对细胞有影响、有没有更好的系统,就像你说的,可能需要很多工作才能(也许不能)
: 达到实现经济价值。但是肯定是很有前景的。另外瞎扯几句,有没有人试过把这些表达
: 吗啡前体和青蒿素的基因试着在其它微生物里表达筛选一下,也许有其它更好的微生物
: 来作为表达宿主。
: 我的想法是,把各种用于发酵的菌株,我们不让它们做别的事情,就让它们能更好更有
c*r
30 楼
对,我觉得“菌种开发”会很有前途,尤其是结合测序、合成生物学、Crispr等技术,
可以更好的研究优势菌种和改良菌种。
关于模式生物,我的看法是,当年因为技术手段、对生物的理解、成本等因素的局限,
很多东西不得不在少数模式生物里做。但是每种模式生物之所以是模式生物,因为有它
足够多的优点,同时也意味着着有足够多的缺点。模式生物能解决部分问题,但是科研
和工业发展到现在这个阶段,已经足够有能力同时也需要开发更多的“非模式生物”了。
就在我现在所在的发育领域,由于测序技术的发展,各种有意思“非模式动物”真的就
是雨后春笋般的涌现出来:海葵nematostella, 栉水母ctenophore, 蜗牛,青鳉鱼,
acoel worm, polychaete worm,nemertean worm,等等等等。每种“非模式生物”都
能解决很多有意思的生物问题。
世界那么大,局限在几种模式生物里就太没意思了。
【在 x****6 的大作中提到】
: 用模式生物的好处是基因改造很容易,特别是要调度23个基因来生产一样东西。另外细
: 胞本身的毒性,副产物研究透彻,对于下游(特别是食品、药物)的安全至关重要。
: 所以绝大多数的生物药、包括单克隆抗体是模式生物生产的。
: 你关注的非模式生物生产其天然产物,这个在食品加工等发酵的工业界是主流,开发过
: 程叫作“菌种开发”,一般也就是大规模系统性的尝试各种条件、筛选突变子以期获得
: 想要的。但是工业界的人一般也不会告诉你他们具体是怎么弄的,属于商业秘密。
可以更好的研究优势菌种和改良菌种。
关于模式生物,我的看法是,当年因为技术手段、对生物的理解、成本等因素的局限,
很多东西不得不在少数模式生物里做。但是每种模式生物之所以是模式生物,因为有它
足够多的优点,同时也意味着着有足够多的缺点。模式生物能解决部分问题,但是科研
和工业发展到现在这个阶段,已经足够有能力同时也需要开发更多的“非模式生物”了。
就在我现在所在的发育领域,由于测序技术的发展,各种有意思“非模式动物”真的就
是雨后春笋般的涌现出来:海葵nematostella, 栉水母ctenophore, 蜗牛,青鳉鱼,
acoel worm, polychaete worm,nemertean worm,等等等等。每种“非模式生物”都
能解决很多有意思的生物问题。
世界那么大,局限在几种模式生物里就太没意思了。
【在 x****6 的大作中提到】
: 用模式生物的好处是基因改造很容易,特别是要调度23个基因来生产一样东西。另外细
: 胞本身的毒性,副产物研究透彻,对于下游(特别是食品、药物)的安全至关重要。
: 所以绝大多数的生物药、包括单克隆抗体是模式生物生产的。
: 你关注的非模式生物生产其天然产物,这个在食品加工等发酵的工业界是主流,开发过
: 程叫作“菌种开发”,一般也就是大规模系统性的尝试各种条件、筛选突变子以期获得
: 想要的。但是工业界的人一般也不会告诉你他们具体是怎么弄的,属于商业秘密。
c*r
31 楼
“有几个组开始研究由多个菌种组成的菌落了,跟你描述的更加接近,过两年应该会出有
意思的结果。”
这个能介绍一下是哪几个组吗?很想了解一下。^_^
【在 x****6 的大作中提到】
: 谢谢,分享。我觉得你说得很对。我想补充一下,发酵是有一个专门的领域在研究的,
: 叫代谢通路,一般在化工系下面。不过在实验室里,主要关注的尺度是几个到几十个基
: 因组成的代谢通路,现在也结合大规模测序,在从食物、环境中采样的菌落中寻找合成
: 次级代谢产物的基因簇,并在模式微生物中异源表达以期生产化学产品。
: 去年科学杂志全球十大进展之首就是这样一个课题:在酵母中表达23个基因来生产吗啡
: 前体,不过生产浓度要提高十万倍才能实现经济价值。
: 有几个组开始研究由多个菌种组成的菌落了,跟你描述的更加接近,过两年应该会出有
: 意思的结果。
意思的结果。”
这个能介绍一下是哪几个组吗?很想了解一下。^_^
【在 x****6 的大作中提到】
: 谢谢,分享。我觉得你说得很对。我想补充一下,发酵是有一个专门的领域在研究的,
: 叫代谢通路,一般在化工系下面。不过在实验室里,主要关注的尺度是几个到几十个基
: 因组成的代谢通路,现在也结合大规模测序,在从食物、环境中采样的菌落中寻找合成
: 次级代谢产物的基因簇,并在模式微生物中异源表达以期生产化学产品。
: 去年科学杂志全球十大进展之首就是这样一个课题:在酵母中表达23个基因来生产吗啡
: 前体,不过生产浓度要提高十万倍才能实现经济价值。
: 有几个组开始研究由多个菌种组成的菌落了,跟你描述的更加接近,过两年应该会出有
: 意思的结果。
L*s
32 楼
我觉得最不坑也就是说最接近工业界的就是微生物学方向。
一方面 发酵很容易规模化,这个前面的评论也说了
另一方面,合成生物学可以设计生产high value compounds,这个方面可以参考一下
Evolva公司,我听过他们头的讲座,非常promising。他们已经有几十个产品卖出去了
。。。
一方面 发酵很容易规模化,这个前面的评论也说了
另一方面,合成生物学可以设计生产high value compounds,这个方面可以参考一下
Evolva公司,我听过他们头的讲座,非常promising。他们已经有几十个产品卖出去了
。。。
c*r
33 楼
刚看了楼主的另一个帖子,才发现楼主是微生物专业的牛人,我的表现真是班门弄斧。
。。
我觉得工业界很好的。有很多很有“未来”的方向和实际的问题要解决。我这种门外汉
了解有限,只能瞎掰。楼主有这么多相关科研经历,多包装包装,公司肯定都是抢着要
呢。
而且一旦进去了,各种信息接触多了,自然会发现更多更好的机会和方向。
。。
我觉得工业界很好的。有很多很有“未来”的方向和实际的问题要解决。我这种门外汉
了解有限,只能瞎掰。楼主有这么多相关科研经历,多包装包装,公司肯定都是抢着要
呢。
而且一旦进去了,各种信息接触多了,自然会发现更多更好的机会和方向。
x*6
34 楼
我知道有两个组:
一个是研究奶酪的微生物群落:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867414007
另外一个还没出paper,是MIT/哈佛的几个合成生物学家:timothy lu, pamela silver,
chris voigt等人合作的项目,研究合成菌落,目的是在线虫甚至人的肠道内接种菌落
让宿主吃草就能生存:将来天朝和美帝要是干起仗来,说不定就能用上这个技术。
出有
【在 c*********r 的大作中提到】
: “有几个组开始研究由多个菌种组成的菌落了,跟你描述的更加接近,过两年应该会出有
: 意思的结果。”
: 这个能介绍一下是哪几个组吗?很想了解一下。^_^
一个是研究奶酪的微生物群落:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867414007
另外一个还没出paper,是MIT/哈佛的几个合成生物学家:timothy lu, pamela silver,
chris voigt等人合作的项目,研究合成菌落,目的是在线虫甚至人的肠道内接种菌落
让宿主吃草就能生存:将来天朝和美帝要是干起仗来,说不定就能用上这个技术。
出有
【在 c*********r 的大作中提到】
: “有几个组开始研究由多个菌种组成的菌落了,跟你描述的更加接近,过两年应该会出有
: 意思的结果。”
: 这个能介绍一下是哪几个组吗?很想了解一下。^_^
x*6
35 楼
我的观点和你在这里有些不一样,我倾向于认同Jacques Monod的观点
What is true for e coli is true for elephant.
模式生物对透彻了解基本的生命机理很重要,非模式生物达不到这个深度,特别是如果
你要驾驭生命以创造社会价值的话。但是生命又和物理不同,具有pluralism,所以确实
需要研究非模式生物,但是应该从模式生物出发,让那些在模式生物开发的技术和知识
变得更加丰满。
我倒是好奇,能不能简单总结一些,在非模式生物中,我们学到了关于发育的什么样的
新知识?
了。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 对,我觉得“菌种开发”会很有前途,尤其是结合测序、合成生物学、Crispr等技术,
: 可以更好的研究优势菌种和改良菌种。
: 关于模式生物,我的看法是,当年因为技术手段、对生物的理解、成本等因素的局限,
: 很多东西不得不在少数模式生物里做。但是每种模式生物之所以是模式生物,因为有它
: 足够多的优点,同时也意味着着有足够多的缺点。模式生物能解决部分问题,但是科研
: 和工业发展到现在这个阶段,已经足够有能力同时也需要开发更多的“非模式生物”了。
: 就在我现在所在的发育领域,由于测序技术的发展,各种有意思“非模式动物”真的就
: 是雨后春笋般的涌现出来:海葵nematostella, 栉水母ctenophore, 蜗牛,青鳉鱼,
: acoel worm, polychaete worm,nemertean worm,等等等等。每种“非模式生物”都
: 能解决很多有意思的生物问题。
What is true for e coli is true for elephant.
模式生物对透彻了解基本的生命机理很重要,非模式生物达不到这个深度,特别是如果
你要驾驭生命以创造社会价值的话。但是生命又和物理不同,具有pluralism,所以确实
需要研究非模式生物,但是应该从模式生物出发,让那些在模式生物开发的技术和知识
变得更加丰满。
我倒是好奇,能不能简单总结一些,在非模式生物中,我们学到了关于发育的什么样的
新知识?
了。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 对,我觉得“菌种开发”会很有前途,尤其是结合测序、合成生物学、Crispr等技术,
: 可以更好的研究优势菌种和改良菌种。
: 关于模式生物,我的看法是,当年因为技术手段、对生物的理解、成本等因素的局限,
: 很多东西不得不在少数模式生物里做。但是每种模式生物之所以是模式生物,因为有它
: 足够多的优点,同时也意味着着有足够多的缺点。模式生物能解决部分问题,但是科研
: 和工业发展到现在这个阶段,已经足够有能力同时也需要开发更多的“非模式生物”了。
: 就在我现在所在的发育领域,由于测序技术的发展,各种有意思“非模式动物”真的就
: 是雨后春笋般的涌现出来:海葵nematostella, 栉水母ctenophore, 蜗牛,青鳉鱼,
: acoel worm, polychaete worm,nemertean worm,等等等等。每种“非模式生物”都
: 能解决很多有意思的生物问题。
c*r
36 楼
哈哈,还真有人把奶酪微生物测了序啊。最喜欢吃Brie了,每周都要吃一盒放熟了的。
Brie外边毛茸茸的一层,各种霉菌,原来叫做Bloomy rind。
后边这个如果真做出来的话真牛!10年就有nature报道,日本人肠道微生物消化吸收海
带能力就特别强,估计出海时候吃海带就像吃菜一样。。。
silver,
【在 x****6 的大作中提到】
: 我知道有两个组:
: 一个是研究奶酪的微生物群落:
: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867414007
: 另外一个还没出paper,是MIT/哈佛的几个合成生物学家:timothy lu, pamela silver,
: chris voigt等人合作的项目,研究合成菌落,目的是在线虫甚至人的肠道内接种菌落
: 让宿主吃草就能生存:将来天朝和美帝要是干起仗来,说不定就能用上这个技术。
:
: 出有
Brie外边毛茸茸的一层,各种霉菌,原来叫做Bloomy rind。
后边这个如果真做出来的话真牛!10年就有nature报道,日本人肠道微生物消化吸收海
带能力就特别强,估计出海时候吃海带就像吃菜一样。。。
silver,
【在 x****6 的大作中提到】
: 我知道有两个组:
: 一个是研究奶酪的微生物群落:
: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867414007
: 另外一个还没出paper,是MIT/哈佛的几个合成生物学家:timothy lu, pamela silver,
: chris voigt等人合作的项目,研究合成菌落,目的是在线虫甚至人的肠道内接种菌落
: 让宿主吃草就能生存:将来天朝和美帝要是干起仗来,说不定就能用上这个技术。
:
: 出有
c*r
37 楼
在发育领域,通过对非模式生物的学习,一个最大的收获就是,你能知道哪些东西是所
有动物里都是在进化上功能一致的、保守的,而不是某个动物所特有的。比如果蝇是胚
胎发育的一个最经典模型,很多基因都是最早在果蝇胚胎发育的突变中鉴定出来并命名
的。但是果蝇早期胚胎发育是合胞体,主要通过细胞核之间的转录因子扩散作用来进行
基因表达调控,而很少涉及到胞外的信号通路。这和绝大多数其它动物都不一样,其它
动物里保守的Wnt/beta-catenin,在果蝇早期就不是相同的作用。如果只通过研究果蝇
胚胎发育就推断出其它物种的胚胎发育也是这样的,那就要闹笑话了。类似的例子有好
多,尤其是果蝇和线虫,都是highly derived的生物,很多问题其实不适合在这两种动
物里做。当然他们也有很多优势和可以解决的问题。
E coli和大象,他们之间相同的东西是相同的,不同的东西是不同的。
你需要把两个动物都研究了,才能知道哪些是相同的,哪些是不同的。只研究E coli,
你是不可能知道有哪些是同样可以应用到大象上的。
我觉得模式动物和非模式动物都得研究,而且是相辅相成相得益彰的。只局限于模式生
物和找相同,是可以找到很多大一统的unified理论和现象,但是那样往往忽视了好多
各个系统独特的属性。而且很多应用都是来自于这些独特的属性。以前之所以专注模式
生物,很大一个原因是开发非模式生物的成本太高、技术有限。现在有了测序等技术技
术、成本也低了,不断开发出新的研究体系肯定是趋势,以后模式生物和非模式生物的
界限肯定越来越模糊。
一点个人拙见。
【在 x****6 的大作中提到】
: 我的观点和你在这里有些不一样,我倾向于认同Jacques Monod的观点
: What is true for e coli is true for elephant.
: 模式生物对透彻了解基本的生命机理很重要,非模式生物达不到这个深度,特别是如果
: 你要驾驭生命以创造社会价值的话。但是生命又和物理不同,具有pluralism,所以确实
: 需要研究非模式生物,但是应该从模式生物出发,让那些在模式生物开发的技术和知识
: 变得更加丰满。
: 我倒是好奇,能不能简单总结一些,在非模式生物中,我们学到了关于发育的什么样的
: 新知识?
:
: 了。
有动物里都是在进化上功能一致的、保守的,而不是某个动物所特有的。比如果蝇是胚
胎发育的一个最经典模型,很多基因都是最早在果蝇胚胎发育的突变中鉴定出来并命名
的。但是果蝇早期胚胎发育是合胞体,主要通过细胞核之间的转录因子扩散作用来进行
基因表达调控,而很少涉及到胞外的信号通路。这和绝大多数其它动物都不一样,其它
动物里保守的Wnt/beta-catenin,在果蝇早期就不是相同的作用。如果只通过研究果蝇
胚胎发育就推断出其它物种的胚胎发育也是这样的,那就要闹笑话了。类似的例子有好
多,尤其是果蝇和线虫,都是highly derived的生物,很多问题其实不适合在这两种动
物里做。当然他们也有很多优势和可以解决的问题。
E coli和大象,他们之间相同的东西是相同的,不同的东西是不同的。
你需要把两个动物都研究了,才能知道哪些是相同的,哪些是不同的。只研究E coli,
你是不可能知道有哪些是同样可以应用到大象上的。
我觉得模式动物和非模式动物都得研究,而且是相辅相成相得益彰的。只局限于模式生
物和找相同,是可以找到很多大一统的unified理论和现象,但是那样往往忽视了好多
各个系统独特的属性。而且很多应用都是来自于这些独特的属性。以前之所以专注模式
生物,很大一个原因是开发非模式生物的成本太高、技术有限。现在有了测序等技术技
术、成本也低了,不断开发出新的研究体系肯定是趋势,以后模式生物和非模式生物的
界限肯定越来越模糊。
一点个人拙见。
【在 x****6 的大作中提到】
: 我的观点和你在这里有些不一样,我倾向于认同Jacques Monod的观点
: What is true for e coli is true for elephant.
: 模式生物对透彻了解基本的生命机理很重要,非模式生物达不到这个深度,特别是如果
: 你要驾驭生命以创造社会价值的话。但是生命又和物理不同,具有pluralism,所以确实
: 需要研究非模式生物,但是应该从模式生物出发,让那些在模式生物开发的技术和知识
: 变得更加丰满。
: 我倒是好奇,能不能简单总结一些,在非模式生物中,我们学到了关于发育的什么样的
: 新知识?
:
: 了。
x*6
38 楼
如果胚胎发育受外界信号刺激,那么是如何保证canalisation的不呢?
【在 c*********r 的大作中提到】
: 在发育领域,通过对非模式生物的学习,一个最大的收获就是,你能知道哪些东西是所
: 有动物里都是在进化上功能一致的、保守的,而不是某个动物所特有的。比如果蝇是胚
: 胎发育的一个最经典模型,很多基因都是最早在果蝇胚胎发育的突变中鉴定出来并命名
: 的。但是果蝇早期胚胎发育是合胞体,主要通过细胞核之间的转录因子扩散作用来进行
: 基因表达调控,而很少涉及到胞外的信号通路。这和绝大多数其它动物都不一样,其它
: 动物里保守的Wnt/beta-catenin,在果蝇早期就不是相同的作用。如果只通过研究果蝇
: 胚胎发育就推断出其它物种的胚胎发育也是这样的,那就要闹笑话了。类似的例子有好
: 多,尤其是果蝇和线虫,都是highly derived的生物,很多问题其实不适合在这两种动
: 物里做。当然他们也有很多优势和可以解决的问题。
: E coli和大象,他们之间相同的东西是相同的,不同的东西是不同的。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 在发育领域,通过对非模式生物的学习,一个最大的收获就是,你能知道哪些东西是所
: 有动物里都是在进化上功能一致的、保守的,而不是某个动物所特有的。比如果蝇是胚
: 胎发育的一个最经典模型,很多基因都是最早在果蝇胚胎发育的突变中鉴定出来并命名
: 的。但是果蝇早期胚胎发育是合胞体,主要通过细胞核之间的转录因子扩散作用来进行
: 基因表达调控,而很少涉及到胞外的信号通路。这和绝大多数其它动物都不一样,其它
: 动物里保守的Wnt/beta-catenin,在果蝇早期就不是相同的作用。如果只通过研究果蝇
: 胚胎发育就推断出其它物种的胚胎发育也是这样的,那就要闹笑话了。类似的例子有好
: 多,尤其是果蝇和线虫,都是highly derived的生物,很多问题其实不适合在这两种动
: 物里做。当然他们也有很多优势和可以解决的问题。
: E coli和大象,他们之间相同的东西是相同的,不同的东西是不同的。
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