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如何消除大规模qpcr的batch effect
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如何消除大规模qpcr的batch effect# Biology - 生物学
f*n
1 楼
比如一个384孔板，一个sample至少要6个孔（3 replicates for target gene and 3
for gapdh control）
这样最多能同时做64个样本
但如果超过64个样本怎么办呢？那就只能分两批做，可是这样会有batch effect，就是
每一“锅”的qpcr都是不太一样的，两“锅”data直接拼到一起比较，是不是有问题？
有没有啥好办法remove batch effect呢
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a*r
2 楼
我用一种方法需要两个house keeping gene，先求geomean，再跟 target gene 算。这
样降低一点housekeeping gene bias， 理论上减少一些你说的。
当然也有人减少replicate 一口气来两张板的也有
总的来说384对眼睛不好
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j*n
3 楼
这么多样品
上rna-seq得了

【在 f*****n 的大作中提到】
: 比如一个384孔板，一个sample至少要6个孔（3 replicates for target gene and 3
: for gapdh control）
: 这样最多能同时做64个样本
: 但如果超过64个样本怎么办呢？那就只能分两批做，可是这样会有batch effect，就是
: 每一“锅”的qpcr都是不太一样的，两“锅”data直接拼到一起比较，是不是有问题？
: 有没有啥好办法remove batch effect呢
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S*e
4 楼
有一种枪叫做分装枪，充电的，2个复孔误差很小，当然这个只是增加速度，手不菜一
般误差都没有那么夸张。
每一锅其实误差不应该很大，PCR机器比人的手稳定太多了。当然你比较的时候要那该
基因内参的百分比来做比较。
还有一个，误差大一般就是表达量超出范围了，不可靠。

【在 f*****n 的大作中提到】
: 比如一个384孔板，一个sample至少要6个孔（3 replicates for target gene and 3
: for gapdh control）
: 这样最多能同时做64个样本
: 但如果超过64个样本怎么办呢？那就只能分两批做，可是这样会有batch effect，就是
: 每一“锅”的qpcr都是不太一样的，两“锅”data直接拼到一起比较，是不是有问题？
: 有没有啥好办法remove batch effect呢
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x*e
5 楼
batch effect没想象的那么大吧？如果真的和hcy的batch effect那么大，这实验没法
做或者多优化多练习吧。

【在 f*****n 的大作中提到】
: 比如一个384孔板，一个sample至少要6个孔（3 replicates for target gene and 3
: for gapdh control）
: 这样最多能同时做64个样本
: 但如果超过64个样本怎么办呢？那就只能分两批做，可是这样会有batch effect，就是
: 每一“锅”的qpcr都是不太一样的，两“锅”data直接拼到一起比较，是不是有问题？
: 有没有啥好办法remove batch effect呢
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a*r
6 楼
384 孔板 感觉做多了真的会瞎眼。error 也比较大，第一个loading 可能和最后一个
差几个小时。
384 只能筛一筛，重复的话还得选择96

【在 x*****e 的大作中提到】
: batch effect没想象的那么大吧？如果真的和hcy的batch effect那么大，这实验没法
: 做或者多优化多练习吧。
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l*i
7 楼
一个小时内加完的话，基本没差异。我一个上午3个小时，能加两块满板（包括准备mix
），跑下来，一个板子内的replicate之间差异在0.1-0.3 个 CT值，两个板子之间也基
本不超过0.5个CT值（除了表达量极低的）。

【在 a******r 的大作中提到】
: 384 孔板 感觉做多了真的会瞎眼。error 也比较大，第一个loading 可能和最后一个
: 差几个小时。
: 384 只能筛一筛，重复的话还得选择96
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a*r
8 楼
384 个孔，每个孔最起码得加mix 跟样品，就是768 下，平均5秒一下。这还不算拿样
品点抢头的时间
你这速度也是绝了

mix

【在 l*******i 的大作中提到】
: 一个小时内加完的话，基本没差异。我一个上午3个小时，能加两块满板（包括准备mix
: ），跑下来，一个板子内的replicate之间差异在0.1-0.3 个 CT值，两个板子之间也基
: 本不超过0.5个CT值（除了表达量极低的）。
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S*e
9 楼
你这也够慢的，我有很多小trick，至今没出过问题，速度绝对超群，而且不累

【在 a******r 的大作中提到】
: 384 个孔，每个孔最起码得加mix 跟样品，就是768 下，平均5秒一下。这还不算拿样
: 品点抢头的时间
: 你这速度也是绝了
:
: mix
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S*e
10 楼
不会有什么差别，做出来的结果要可信，那别人重复的话那就是不一样的机器不一样的
引物不一样的样品。batch要是有区别，那别人肯定重复不出来。

【在 x*****e 的大作中提到】
: batch effect没想象的那么大吧？如果真的和hcy的batch effect那么大，这实验没法
: 做或者多优化多练习吧。
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y*6
11 楼
Fluidigm Biomark
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Z*5
12 楼
以前用过exiqon的miRNA qPCR array， 两块板，700多个孔，数据质量实在不咋地。算
一下价格，真不如直接上RNA-seq
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x*e
13 楼
对,一个实验自己做都不能控制好batch effect,指望别人能做好就更难了.不过Kary
Mullis好像是个例外,公司给配了个手稳的助手才搞定PCR, 希望hcy也是个例外.

【在 S**********e 的大作中提到】
: 不会有什么差别，做出来的结果要可信，那别人重复的话那就是不一样的机器不一样的
: 引物不一样的样品。batch要是有区别，那别人肯定重复不出来。
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