sanger sequencing来测allele frequency是否靠谱？# Biology - 生物学
y*e
1 楼
想找个research intern但是现在感觉自己还没有准备好面试，想3月中旬开始集中投简
历。
请问大家这样会不会太晚了？
大家一般都啥时候投啊？
给点建议吧~谢谢~~
历。
请问大家这样会不会太晚了？
大家一般都啥时候投啊？
给点建议吧~谢谢~~
s*y
2 楼
account一年inactive就会过期了，没有hyatt信用卡，除了住店怎么延期啊？花钱买点
貌似不划算吧，恳请大牛指点，谢谢！
貌似不划算吧，恳请大牛指点，谢谢！
r*e
3 楼
其实是个很基本的问题。
我们一般都用pcr－sanger sequencing来测比如有没有突变，只是看有或者没有
我现在需要知道这个位点的突变的相对精确的allele frequency，比如20% vs 50%的区别
那么我直接sanger sequencing，ab1文件的两种颜色的peak height的差别是否能真实
反映allele frequency的差别呢？
我们一般都用pcr－sanger sequencing来测比如有没有突变，只是看有或者没有
我现在需要知道这个位点的突变的相对精确的allele frequency，比如20% vs 50%的区别
那么我直接sanger sequencing，ab1文件的两种颜色的peak height的差别是否能真实
反映allele frequency的差别呢？
y*e
4 楼
顶~
大家给点建议把~
会不会晚了~
谢谢！
【在 y****e 的大作中提到】
: 想找个research intern但是现在感觉自己还没有准备好面试，想3月中旬开始集中投简
: 历。
: 请问大家这样会不会太晚了？
: 大家一般都啥时候投啊？
: 给点建议吧~谢谢~~
大家给点建议把~
会不会晚了~
谢谢！
【在 y****e 的大作中提到】
: 想找个research intern但是现在感觉自己还没有准备好面试，想3月中旬开始集中投简
: 历。
: 请问大家这样会不会太晚了？
: 大家一般都啥时候投啊？
: 给点建议吧~谢谢~~
f*i
5 楼
transfer points from sapphire preferred card
【在 s*********y 的大作中提到】
: account一年inactive就会过期了，没有hyatt信用卡，除了住店怎么延期啊？花钱买点
: 貌似不划算吧，恳请大牛指点，谢谢！
【在 s*********y 的大作中提到】
: account一年inactive就会过期了，没有hyatt信用卡，除了住店怎么延期啊？花钱买点
: 貌似不划算吧，恳请大牛指点，谢谢！
r*e
6 楼
For example look at the picture below, T vs C, if I see such peak height
ratio
difference, can I claim there's a change for allele frequency?
区别
【在 r**********e 的大作中提到】
: 其实是个很基本的问题。
: 我们一般都用pcr－sanger sequencing来测比如有没有突变，只是看有或者没有
: 我现在需要知道这个位点的突变的相对精确的allele frequency，比如20% vs 50%的区别
: 那么我直接sanger sequencing，ab1文件的两种颜色的peak height的差别是否能真实
: 反映allele frequency的差别呢？
ratio
difference, can I claim there's a change for allele frequency?
区别
【在 r**********e 的大作中提到】
: 其实是个很基本的问题。
: 我们一般都用pcr－sanger sequencing来测比如有没有突变，只是看有或者没有
: 我现在需要知道这个位点的突变的相对精确的allele frequency，比如20% vs 50%的区别
: 那么我直接sanger sequencing，ab1文件的两种颜色的peak height的差别是否能真实
: 反映allele frequency的差别呢？
s*y
7 楼
原来蓝宝石能转Hyatt 太好了
谢谢，包子奉上！
【在 f********i 的大作中提到】
: transfer points from sapphire preferred card
谢谢，包子奉上！
【在 f********i 的大作中提到】
: transfer points from sapphire preferred card
p*l
8 楼
no
s*c
9 楼
好像不止一年，我前年住了一次，拿了5000多点，结果前几天查，居然还active
r*e
10 楼
zhan kai shuoshuo?
【在 p**********l 的大作中提到】
: no
【在 p**********l 的大作中提到】
: no
t*n
11 楼
说是一年过期，实际操作起来相当松，我账户两年没有活动点数仍然可以用
【在 s*********y 的大作中提到】
: 原来蓝宝石能转Hyatt 太好了
: 谢谢，包子奉上！
【在 s*********y 的大作中提到】
: 原来蓝宝石能转Hyatt 太好了
: 谢谢，包子奉上！
g*o
12 楼
Digital PCR is the way to go. Let me know if you need help.
s*y
13 楼
你如果样品少，可以把PCR产物克隆到T载体（或者任何载体）上，然后挑几十个克隆去
测序。这是可以接受的笨方法，至少，bisulfate sequencing之类的东西一直都是这么
做的
当然，只适合少量样品
测序。这是可以接受的笨方法，至少，bisulfate sequencing之类的东西一直都是这么
做的
当然，只适合少量样品
r*e
14 楼
很感谢。虽然笨但很好
我就是想问下，如果从最简单最快的pcr sanger sequencing看到差别，那么有多少把
握／信心接下来的精确定量会有显著差别呢？
【在 s*********y 的大作中提到】
: 你如果样品少，可以把PCR产物克隆到T载体（或者任何载体）上，然后挑几十个克隆去
: 测序。这是可以接受的笨方法，至少，bisulfate sequencing之类的东西一直都是这么
: 做的
: 当然，只适合少量样品
我就是想问下，如果从最简单最快的pcr sanger sequencing看到差别，那么有多少把
握／信心接下来的精确定量会有显著差别呢？
【在 s*********y 的大作中提到】
: 你如果样品少，可以把PCR产物克隆到T载体（或者任何载体）上，然后挑几十个克隆去
: 测序。这是可以接受的笨方法，至少，bisulfate sequencing之类的东西一直都是这么
: 做的
: 当然，只适合少量样品
l*7
15 楼
你的DNA原始样品来源是什么？
1 纯的， 单一细胞？ （比如：克隆的纯细胞）
2 多样细胞的混合DNA （比如：血液细胞）
区别
【在 r**********e 的大作中提到】
: 其实是个很基本的问题。
: 我们一般都用pcr－sanger sequencing来测比如有没有突变，只是看有或者没有
: 我现在需要知道这个位点的突变的相对精确的allele frequency，比如20% vs 50%的区别
: 那么我直接sanger sequencing，ab1文件的两种颜色的peak height的差别是否能真实
: 反映allele frequency的差别呢？
1 纯的， 单一细胞？ （比如：克隆的纯细胞）
2 多样细胞的混合DNA （比如：血液细胞）
区别
【在 r**********e 的大作中提到】
: 其实是个很基本的问题。
: 我们一般都用pcr－sanger sequencing来测比如有没有突变，只是看有或者没有
: 我现在需要知道这个位点的突变的相对精确的allele frequency，比如20% vs 50%的区别
: 那么我直接sanger sequencing，ab1文件的两种颜色的peak height的差别是否能真实
: 反映allele frequency的差别呢？
r*e
16 楼
单一细胞
genomic DNA from cell lines
【在 l*****7 的大作中提到】
: 你的DNA原始样品来源是什么？
: 1 纯的， 单一细胞？ （比如：克隆的纯细胞）
: 2 多样细胞的混合DNA （比如：血液细胞）
:
: 区别
genomic DNA from cell lines
【在 l*****7 的大作中提到】
: 你的DNA原始样品来源是什么？
: 1 纯的， 单一细胞？ （比如：克隆的纯细胞）
: 2 多样细胞的混合DNA （比如：血液细胞）
:
: 区别
l*7
17 楼
1 有不少的细胞线是多克隆的。
2 先做digitalPCR比较省工呀。
【在 r**********e 的大作中提到】
: 单一细胞
: genomic DNA from cell lines
2 先做digitalPCR比较省工呀。
【在 r**********e 的大作中提到】
: 单一细胞
: genomic DNA from cell lines
r*e
18 楼
1. Yes many cell lines are multiclonal, that's fine.That's exactly what we
are trying to look at.The percentage of different alleles.
2. Where can I find such service? school core facility?
【在 l*****7 的大作中提到】
: 1 有不少的细胞线是多克隆的。
: 2 先做digitalPCR比较省工呀。
are trying to look at.The percentage of different alleles.
2. Where can I find such service? school core facility?
【在 l*****7 的大作中提到】
: 1 有不少的细胞线是多克隆的。
: 2 先做digitalPCR比较省工呀。
l*7
19 楼
自己作不行吗？
要不就先问问你学校／单位的。
要不就先问问你学校／单位的。
l*y
20 楼
样品少就克隆测序
样品多或者经常要做的找个有miseq的地方跑一下，便宜的很
样品多或者经常要做的找个有miseq的地方跑一下，便宜的很
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