想快速入门NGS sequence analysis, 怎样开始比较科学？# Biology - 生物学
X*u
1 楼
打算把multi-vitamin捣碎，夹在猫食里面给偶家的猫猫吃。。。不知道这样行不行。
。
。
v*a
2 楼
现在的实验，动辄就是测序
RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq
自己做的，别人做的
都可以拿来分析，获得自己所需要的信息
请问一直在wet lab的民工，如何快速get dry lab技能，从而一手拿着移液器，一手拿
着键盘谋生？
谢谢
RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq
自己做的，别人做的
都可以拿来分析，获得自己所需要的信息
请问一直在wet lab的民工，如何快速get dry lab技能，从而一手拿着移液器，一手拿
着键盘谋生？
谢谢
X*u
3 楼
up
g*o
4 楼
网上课程。
【在 v********a 的大作中提到】
: 现在的实验，动辄就是测序
: RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq
: 自己做的，别人做的
: 都可以拿来分析，获得自己所需要的信息
: 请问一直在wet lab的民工，如何快速get dry lab技能，从而一手拿着移液器，一手拿
: 着键盘谋生？
: 谢谢
【在 v********a 的大作中提到】
: 现在的实验，动辄就是测序
: RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq
: 自己做的，别人做的
: 都可以拿来分析，获得自己所需要的信息
: 请问一直在wet lab的民工，如何快速get dry lab技能，从而一手拿着移液器，一手拿
: 着键盘谋生？
: 谢谢
m*h
5 楼
no
【在 X*****u 的大作中提到】
: 打算把multi-vitamin捣碎，夹在猫食里面给偶家的猫猫吃。。。不知道这样行不行。
: 。
【在 X*****u 的大作中提到】
: 打算把multi-vitamin捣碎，夹在猫食里面给偶家的猫猫吃。。。不知道这样行不行。
: 。
g*j
6 楼
直接上载到galaxy 按文章建议的流程 选合适工具
【在 v********a 的大作中提到】
: 现在的实验，动辄就是测序
: RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq
: 自己做的，别人做的
: 都可以拿来分析，获得自己所需要的信息
: 请问一直在wet lab的民工，如何快速get dry lab技能，从而一手拿着移液器，一手拿
: 着键盘谋生？
: 谢谢
【在 v********a 的大作中提到】
: 现在的实验，动辄就是测序
: RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq
: 自己做的，别人做的
: 都可以拿来分析，获得自己所需要的信息
: 请问一直在wet lab的民工，如何快速get dry lab技能，从而一手拿着移液器，一手拿
: 着键盘谋生？
: 谢谢
N*t
7 楼
给他吃猫吃的vitamins吧
j*u
8 楼
想要快速入门什么都是不科学的。
从encode guideline开始读一遍搞清楚自己在干嘛和想要回答什么问题最重要。
很多人做课题都跟着技术盲目的走，从来不知道自己做的东西重要问题是什么，该用什
么系统来回答。
别人做的Seq其实重要问题做的人早就捞完了，如果你没有informatic上的优势是不会
得到有用信息的，顶多跟屁虫。
RNA-Seq/ChIP-Seq/Clip-Seq虽然都是Seq但是要解决的问题完全不一样，分析思路也很
不一样，这么泛泛地问也得不到什么有用的信息
从encode guideline开始读一遍搞清楚自己在干嘛和想要回答什么问题最重要。
很多人做课题都跟着技术盲目的走，从来不知道自己做的东西重要问题是什么，该用什
么系统来回答。
别人做的Seq其实重要问题做的人早就捞完了，如果你没有informatic上的优势是不会
得到有用信息的，顶多跟屁虫。
RNA-Seq/ChIP-Seq/Clip-Seq虽然都是Seq但是要解决的问题完全不一样，分析思路也很
不一样，这么泛泛地问也得不到什么有用的信息
X*u
9 楼
哦。。。谢谢。。。。刚刚养猫没多久。。。
g*u
10 楼
如果自己有数据，有激情，想入门并不难。由实用引发的兴趣是最好的老师。有很多文
章都有标准的pipeline，你上一遍，看看和别人的结果一样不，然后慢慢积累经验。
章都有标准的pipeline，你上一遍，看看和别人的结果一样不，然后慢慢积累经验。
z*e
11 楼
别乱给猫吃东西。
e*6
12 楼
我也是，不过我不太明白各种数据之间的深层次含义
【在 v********a 的大作中提到】
: 现在的实验，动辄就是测序
: RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq
: 自己做的，别人做的
: 都可以拿来分析，获得自己所需要的信息
: 请问一直在wet lab的民工，如何快速get dry lab技能，从而一手拿着移液器，一手拿
: 着键盘谋生？
: 谢谢
【在 v********a 的大作中提到】
: 现在的实验，动辄就是测序
: RNA-seq/CHIP-seq/CLIP-seq
: 自己做的，别人做的
: 都可以拿来分析，获得自己所需要的信息
: 请问一直在wet lab的民工，如何快速get dry lab技能，从而一手拿着移液器，一手拿
: 着键盘谋生？
: 谢谢
X*u
13 楼
我发现猫咪不一定非吃猫食。昨天
把酱油拌饭给它吃它都吃！
别乱给猫吃东西。
★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs 6.88 - iPhone Lite
【在 z*****e 的大作中提到】
: 别乱给猫吃东西。
把酱油拌饭给它吃它都吃！
别乱给猫吃东西。
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【在 z*****e 的大作中提到】
: 别乱给猫吃东西。
d*9
14 楼
我也想知道
P*A
15 楼
酱油里面那么多盐，对猫就是毒药
【在 X*****u 的大作中提到】
: 我发现猫咪不一定非吃猫食。昨天
: 把酱油拌饭给它吃它都吃！
:
: 别乱给猫吃东西。
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【在 X*****u 的大作中提到】
: 我发现猫咪不一定非吃猫食。昨天
: 把酱油拌饭给它吃它都吃！
:
: 别乱给猫吃东西。
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h*u
16 楼
我就是从wet lab自学做dry lab的。现在是一半实验，一半分析，分析自己的实验结果
，再做实验验证。
学ngs isanalysis不难，如果只是想要单纯的做alignment，peak calling这种，有很
多软件available。只需要会一点简单的linux scripting，比如change directory，就
可以了。看别人的pipeline是个好办法。记得john rinn有一篇nature protocol，讲怎
么做rna seq analysis，可以读读看。
如果想更灵活的分析数据，需要掌握一门programming语言。r，python，perl都可以。
本人一开始喜欢r，简单容易上手。现在越来越粉python。这个学起来也有很多途径。
我个人喜欢直接读manual。一边读，一边敲敲键盘，很快就能掌握基本的syntax了。当
然要真正的掌握，只有一个方法：use it！给自己一些简单的task，比如category
chipseq peak，画画boxplot，一开始很慢，各种debug，慢慢熟练了就都会做了。
，再做实验验证。
学ngs isanalysis不难，如果只是想要单纯的做alignment，peak calling这种，有很
多软件available。只需要会一点简单的linux scripting，比如change directory，就
可以了。看别人的pipeline是个好办法。记得john rinn有一篇nature protocol，讲怎
么做rna seq analysis，可以读读看。
如果想更灵活的分析数据，需要掌握一门programming语言。r，python，perl都可以。
本人一开始喜欢r，简单容易上手。现在越来越粉python。这个学起来也有很多途径。
我个人喜欢直接读manual。一边读，一边敲敲键盘，很快就能掌握基本的syntax了。当
然要真正的掌握，只有一个方法：use it！给自己一些简单的task，比如category
chipseq peak，画画boxplot，一开始很慢，各种debug，慢慢熟练了就都会做了。
N*t
17 楼
。。。。我说你都养猫的人了，稍微research一下猫该吃什么不该吃什么，不难吧
y*1
18 楼
首先最基本的就是需要学会使用linux和R，没有这两个工具，想做啥都没戏。Perl和
python也很必要但是可以选学，有R其实也够用了。
其次就是可以找一些最近发表的分析NGS数据的文章，个人觉得PNAS上的文章分析难度
比较适宜，按照文章的思路下载原始数据，尽量重复文章的分析过程，熟悉整个流程。
之后就是对常用的分析软件熟悉应用，这个最简单，其实alignment，counting，peak
calling什么的都非常好做，根据自己项目改改参数即可。即使像是DESeq2之类的
bioconductor pacakge，读读manual，基础差也能做出来。
最后上个台阶就是后续的数据分析，就是拿到了上百个基因或者peak，需要分析功能。
简单的就是利用现有的网站工具，例如DAVID，GREAT什么的。这个没有统计或者编程基
础或者高人指点，很难做深，就慢慢积累经验吧。
python也很必要但是可以选学，有R其实也够用了。
其次就是可以找一些最近发表的分析NGS数据的文章，个人觉得PNAS上的文章分析难度
比较适宜，按照文章的思路下载原始数据，尽量重复文章的分析过程，熟悉整个流程。
之后就是对常用的分析软件熟悉应用，这个最简单，其实alignment，counting，peak
calling什么的都非常好做，根据自己项目改改参数即可。即使像是DESeq2之类的
bioconductor pacakge，读读manual，基础差也能做出来。
最后上个台阶就是后续的数据分析，就是拿到了上百个基因或者peak，需要分析功能。
简单的就是利用现有的网站工具，例如DAVID，GREAT什么的。这个没有统计或者编程基
础或者高人指点，很难做深，就慢慢积累经验吧。
p*f
19 楼
酱油 ---> NO
米饭 ---> NO
酱油拌饭 ---> big NO NO.
对你的猫好一点，别给它吃乱七八糟的东西。
【在 X*****u 的大作中提到】
: 我发现猫咪不一定非吃猫食。昨天
: 把酱油拌饭给它吃它都吃！
:
: 别乱给猫吃东西。
: ★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs 6.88 - iPhone Lite
米饭 ---> NO
酱油拌饭 ---> big NO NO.
对你的猫好一点，别给它吃乱七八糟的东西。
【在 X*****u 的大作中提到】
: 我发现猫咪不一定非吃猫食。昨天
: 把酱油拌饭给它吃它都吃！
:
: 别乱给猫吃东西。
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y*i
20 楼
http://angus.readthedocs.io/en/2016/
入门很简单，但最后的瓶颈是统计知识。 所以还不如转行统计。
入门很简单，但最后的瓶颈是统计知识。 所以还不如转行统计。
f*y
21 楼
那当然了，它又不知道哪些可吃哪些不可吃。能吃的当然都吃了。但是作为主人，你应
该知道哪些东西是对它好的，可以给它吃的，哪些是有害它身体的，不该给它吃的。
【在 X*****u 的大作中提到】
: 我发现猫咪不一定非吃猫食。昨天
: 把酱油拌饭给它吃它都吃！
:
: 别乱给猫吃东西。
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该知道哪些东西是对它好的，可以给它吃的，哪些是有害它身体的，不该给它吃的。
【在 X*****u 的大作中提到】
: 我发现猫咪不一定非吃猫食。昨天
: 把酱油拌饭给它吃它都吃！
:
: 别乱给猫吃东西。
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X*u
22 楼
.....哦。。。被拍醒了。。。
N*t
23 楼
醒了好，奔个猫表诚心吧
n*w
24 楼
少量的米饭应该是可以的吧？看到有的猫罐头说加了米。
N*t
25 楼
猫偶尔吃淀粉问题不大，长期吃会造成肥胖，糖尿病，尿道结石等疾病
所以grain－free的罐头是最好的
盐或者酱油的问题更大一些，因为猫喝水少，肾脏功能弱，吃盐多了会肾脏衰竭
所以grain－free的罐头是最好的
盐或者酱油的问题更大一些，因为猫喝水少，肾脏功能弱，吃盐多了会肾脏衰竭
h*o
26 楼
酱油盐分都是big NO NO
楼主刚养猫不懂有情可原，不过以后还是得科普你自己一下什么该吃什么不能吃。
楼主刚养猫不懂有情可原，不过以后还是得科普你自己一下什么该吃什么不能吃。
K*t
27 楼
木有特殊情况不用补充这些~
【在 X*****u 的大作中提到】
: 打算把multi-vitamin捣碎，夹在猫食里面给偶家的猫猫吃。。。不知道这样行不行。
: 。
【在 X*****u 的大作中提到】
: 打算把multi-vitamin捣碎，夹在猫食里面给偶家的猫猫吃。。。不知道这样行不行。
: 。
l*a
28 楼
小心，有些人可以吃的营养成分猫咪不可以吃的。比如我们作菜用的香料，辣椒，猫咪
要是吃剩饭剩菜的话就会吃进去，长期以往就会失去嗅觉。
要是吃剩饭剩菜的话就会吃进去，长期以往就会失去嗅觉。
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