好几组样品怎样做两两比较的t test# Biology - 生物学
g*n
1 楼
假设我有6组不同的strain要用来比较某个表型，需要两两之间相互比较是否差异显著
，请问excel或者其他软件能不能做批处理的 t test？我现在只能手动的选择两两比较
，太耗时间了。谢谢
，请问excel或者其他软件能不能做批处理的 t test？我现在只能手动的选择两两比较
，太耗时间了。谢谢
k*2
2 楼
用R？写一个for loop就可以了。
但其实6个组，你用excel也不麻烦啊。
只是注意cutoff不再是0.05，要考虑multiple testing correction.
但其实6个组，你用excel也不麻烦啊。
只是注意cutoff不再是0.05，要考虑multiple testing correction.
d*m
3 楼
你这句注意Pvalue 不是 .05估计把楼主脸都气白了，以前的都白做。
【在 k*****2 的大作中提到】
: 用R？写一个for loop就可以了。
: 但其实6个组，你用excel也不麻烦啊。
: 只是注意cutoff不再是0.05，要考虑multiple testing correction.
【在 k*****2 的大作中提到】
: 用R？写一个for loop就可以了。
: 但其实6个组，你用excel也不麻烦啊。
: 只是注意cutoff不再是0.05，要考虑multiple testing correction.
e*o
4 楼
我都惊讶现再生物统计，不教R，难道不交SAS，SPSS？
统计用excel 做，不服不行。
统计用excel 做，不服不行。
D*a
5 楼
听说过anova 和 bonferroni么
S*h
6 楼
还有anova只适用于正态分布的数据。
Y*U
7 楼
基本的统计检验为啥不能用excel？
【在 e*******o 的大作中提到】
: 我都惊讶现再生物统计，不教R，难道不交SAS，SPSS？
: 统计用excel 做，不服不行。
【在 e*******o 的大作中提到】
: 我都惊讶现再生物统计，不教R，难道不交SAS，SPSS？
: 统计用excel 做，不服不行。
g*a
8 楼
为什么要“两两之间相互比较“ 而不用Anova? 学过统计的都不这么做
【在 g*****n 的大作中提到】
: 假设我有6组不同的strain要用来比较某个表型，需要两两之间相互比较是否差异显著
: ，请问excel或者其他软件能不能做批处理的 t test？我现在只能手动的选择两两比较
: ，太耗时间了。谢谢
【在 g*****n 的大作中提到】
: 假设我有6组不同的strain要用来比较某个表型，需要两两之间相互比较是否差异显著
: ，请问excel或者其他软件能不能做批处理的 t test？我现在只能手动的选择两两比较
: ，太耗时间了。谢谢
x*g
9 楼
看目的是什么。如果是看6组样本之间有没有显著区别，的确应该用Anova。但是如果明
确的想看些样本之间的差异，两两比较还是可以的，就是要做一个correction。
【在 g*****a 的大作中提到】
: 为什么要“两两之间相互比较“ 而不用Anova? 学过统计的都不这么做
确的想看些样本之间的差异，两两比较还是可以的，就是要做一个correction。
【在 g*****a 的大作中提到】
: 为什么要“两两之间相互比较“ 而不用Anova? 学过统计的都不这么做
g*n
10 楼
谢谢大家回复，我统计方面是菜鸟，所以想请教一下大家
我的样品是这样的
1） WT, 2） mutant A (partial loss of function), 3） mutant A (null); 4）
mutant B (null), 以及mutant B和两种mutant A的组合。我想看各个mutant和WT是否
有差异，mutant A和B之间是否有差异，mutant A的partial loss of function是否和
null有差异；以及双突变是否和单突变有差异（看是否是叠加效应）。所以想两两比较。
谢谢大家
我的样品是这样的
1） WT, 2） mutant A (partial loss of function), 3） mutant A (null); 4）
mutant B (null), 以及mutant B和两种mutant A的组合。我想看各个mutant和WT是否
有差异，mutant A和B之间是否有差异，mutant A的partial loss of function是否和
null有差异；以及双突变是否和单突变有差异（看是否是叠加效应）。所以想两两比较。
谢谢大家
s*s
11 楼
要nice, 不同的人有不一样的skill set。
不过我确实认为统计应该是所有科学的必修课，很多生物系已经要求研究生必须学了
【在 e*******o 的大作中提到】
: 我都惊讶现再生物统计，不教R，难道不交SAS，SPSS？
: 统计用excel 做，不服不行。
不过我确实认为统计应该是所有科学的必修课，很多生物系已经要求研究生必须学了
【在 e*******o 的大作中提到】
: 我都惊讶现再生物统计，不教R，难道不交SAS，SPSS？
: 统计用excel 做，不服不行。
G*G
12 楼
第一种比较, anova产生的pvalue为何不用correction？
但是两两比较需要做一个correction？
【在 x*******g 的大作中提到】
: 看目的是什么。如果是看6组样本之间有没有显著区别，的确应该用Anova。但是如果明
: 确的想看些样本之间的差异，两两比较还是可以的，就是要做一个correction。
但是两两比较需要做一个correction？
【在 x*******g 的大作中提到】
: 看目的是什么。如果是看6组样本之间有没有显著区别，的确应该用Anova。但是如果明
: 确的想看些样本之间的差异，两两比较还是可以的，就是要做一个correction。
S*h
13 楼
不如这样说， 你一个图中只有2组数据的时候，用t test,3组或以上用one way anova.
其结果是在有 Corrections的情况下，告诉你组间数据有无明显差异。如果有差异，
此时你不知
道哪些组间有差异，所以你要辅以post hoc 分析。post hoc 又有很多种，最常见用
Bonferroni, tukey's之类。
其结果是在有 Corrections的情况下，告诉你组间数据有无明显差异。如果有差异，
此时你不知
道哪些组间有差异，所以你要辅以post hoc 分析。post hoc 又有很多种，最常见用
Bonferroni, tukey's之类。
m*y
14 楼
我的理解是3组以上的比较，必须先做anova。
anova告诉你是否存在2组之间有显著性差异，但不能告诉你是哪两组。如果anova都没
有显著性，就没必要做两两比较了。
请大牛纠正。
【在 g*****n 的大作中提到】
: 假设我有6组不同的strain要用来比较某个表型，需要两两之间相互比较是否差异显著
: ，请问excel或者其他软件能不能做批处理的 t test？我现在只能手动的选择两两比较
: ，太耗时间了。谢谢
anova告诉你是否存在2组之间有显著性差异，但不能告诉你是哪两组。如果anova都没
有显著性，就没必要做两两比较了。
请大牛纠正。
【在 g*****n 的大作中提到】
: 假设我有6组不同的strain要用来比较某个表型，需要两两之间相互比较是否差异显著
: ，请问excel或者其他软件能不能做批处理的 t test？我现在只能手动的选择两两比较
: ，太耗时间了。谢谢
e*c
15 楼
my thinking too
【在 m*******y 的大作中提到】
: 我的理解是3组以上的比较，必须先做anova。
: anova告诉你是否存在2组之间有显著性差异，但不能告诉你是哪两组。如果anova都没
: 有显著性，就没必要做两两比较了。
: 请大牛纠正。
【在 m*******y 的大作中提到】
: 我的理解是3组以上的比较，必须先做anova。
: anova告诉你是否存在2组之间有显著性差异，但不能告诉你是哪两组。如果anova都没
: 有显著性，就没必要做两两比较了。
: 请大牛纠正。
d*m
16 楼
首先我不是大牛，如有不准确也请大牛纠正。
三组以上并不是必须先做ANOVA。ANOVA和T-test没有本质上的区别，事实上t-
distribution是ANOVA用的F-distribution极端情况(df=1)。
所以两两做T-test在方法学上并没有任何问题。只不过为了保证同时能reject null
hypotheses，p-value必须重新调整(bonferroni theorm)。
【在 m*******y 的大作中提到】
: 我的理解是3组以上的比较，必须先做anova。
: anova告诉你是否存在2组之间有显著性差异，但不能告诉你是哪两组。如果anova都没
: 有显著性，就没必要做两两比较了。
: 请大牛纠正。
三组以上并不是必须先做ANOVA。ANOVA和T-test没有本质上的区别，事实上t-
distribution是ANOVA用的F-distribution极端情况(df=1)。
所以两两做T-test在方法学上并没有任何问题。只不过为了保证同时能reject null
hypotheses，p-value必须重新调整(bonferroni theorm)。
【在 m*******y 的大作中提到】
: 我的理解是3组以上的比较，必须先做anova。
: anova告诉你是否存在2组之间有显著性差异，但不能告诉你是哪两组。如果anova都没
: 有显著性，就没必要做两两比较了。
: 请大牛纠正。
l*h
17 楼
为什么做bonferroni？难道bonferroni不是multi-test correction里最老且没有理论
和模拟依据的方法吗？为什么不用FDR？
和模拟依据的方法吗？为什么不用FDR？
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