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ChIP-seq的size selection是必须的吗?
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ChIP-seq的size selection是必须的吗?# Biology - 生物学
C*g
1
instantly approved.
but found gave the wrong hotel account member # when I applied..., can it be
corrected when I activate the card? thanks a lot!
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n*u
2
【 以下文字转载自 Hardware 讨论区 】
发信人: toofar (忆当时年少春衫薄), 信区: Hardware
标 题: 日啊,感恩节刚买了台thinkpad,现在同样的配置价钱跌了50.。。
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 29 10:36:05 2011, 美东)
有办法让lenovo给我返这50刀么?
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j*g
3
以前我做ChIP-seq都有size selection这一步,最早是切胶,后来用Ampure XP beads。
现在的测序facility说他们都不做这一步,只要shearing的还行的话,没必要。
请问是这样吗?
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J*g
4
why not call chase CSR?
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B*e
5
今儿个早上才买的股票,嗖嗖的就插水了。。。
能找SEC给返回来么?
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l*r
6
凡是要选size的都是伪科学

beads。

【在 j*********g 的大作中提到】
: 以前我做ChIP-seq都有size selection这一步,最早是切胶,后来用Ampure XP beads。
: 现在的测序facility说他们都不做这一步,只要shearing的还行的话,没必要。
: 请问是这样吗?

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C*g
7
thanks for your reply. i will call CSR tomorrow. what a silly mistake...

【在 J*******g 的大作中提到】
: why not call chase CSR?
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P*e
8
黑色星期五娶的老婆今天就查出怀孕了,谁还能找比这好的deal吗?

【在 B********e 的大作中提到】
: 今儿个早上才买的股票,嗖嗖的就插水了。。。
: 能找SEC给返回来么?

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f*e
9
不能这么说,这size不是真正意义上的selection,比如next500,基本500bp以上的都
会丢失掉,放在里面只是浪费了loading的量而已


: 凡是要选size的都是伪科学

: beads。



【在 l******r 的大作中提到】
: 凡是要选size的都是伪科学
:
: beads。

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n*9
10
u can send an message to correct and merge
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r*e
11
买一送一,赚了

【在 P******e 的大作中提到】
: 黑色星期五娶的老婆今天就查出怀孕了,谁还能找比这好的deal吗?
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j*g
12
也就是说如果shearing的好 就不用做size selection?
[在 finixtree (alix) 的大作中提到:]
:不能这么说,这size不是真正意义上的selection,比如next500,基本500bp以上的都
:会丢失掉,放在里面只是浪费了loading的量而已
:<br>: 凡是要选size的都是伪科学
:<br>: beads。
:<br>
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b*1
13
赶紧再买一台, 就返回25刀.

【在 n*********u 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Hardware 讨论区 】
: 发信人: toofar (忆当时年少春衫薄), 信区: Hardware
: 标 题: 日啊,感恩节刚买了台thinkpad,现在同样的配置价钱跌了50.。。
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 29 10:36:05 2011, 美东)
: 有办法让lenovo给我返这50刀么?

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y*u
14
have you ever done any chip seq?

【在 l******r 的大作中提到】
: 凡是要选size的都是伪科学
:
: beads。

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t*r
15
刚给lenovo打电话了寄出去quote了

【在 n*********u 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Hardware 讨论区 】
: 发信人: toofar (忆当时年少春衫薄), 信区: Hardware
: 标 题: 日啊,感恩节刚买了台thinkpad,现在同样的配置价钱跌了50.。。
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 29 10:36:05 2011, 美东)
: 有办法让lenovo给我返这50刀么?

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j*g
16
?
[在 yiersanmumu (一二三木木) 的大作中提到:]
:have you ever done any chip seq?
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t*r
17
楼上的土鳖们,知不知道什么叫price adjustment?
脑袋僵化就要多问,don't jump to conclusion without doing any research.

【在 b*****1 的大作中提到】
: 赶紧再买一台, 就返回25刀.
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y*u
18
最好要size selection
对判断peak summit也有帮助
Chip-Seq和RNA-Seq analyzing principle不一样,没分析过的人下意识地以为size
selection会损坏信息的保真度,其实selection后信息保真度更高。
你shear完的size和chip后的size以及最后effective建库的size根本不是一回事
最科学的做法是adaptor ligation完做size selection再library amplify

【在 j*********g 的大作中提到】
: 也就是说如果shearing的好 就不用做size selection?
: [在 finixtree (alix) 的大作中提到:]
: :不能这么说,这size不是真正意义上的selection,比如next500,基本500bp以上的都
: :会丢失掉,放在里面只是浪费了loading的量而已
: :<br>: 凡是要选size的都是伪科学
: :<br>: beads。
: :<br>

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h*e
19
很多网站一个月内提供PRICE MATCH

【在 n*********u 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Hardware 讨论区 】
: 发信人: toofar (忆当时年少春衫薄), 信区: Hardware
: 标 题: 日啊,感恩节刚买了台thinkpad,现在同样的配置价钱跌了50.。。
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 29 10:36:05 2011, 美东)
: 有办法让lenovo给我返这50刀么?

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j*g
20
你说的很对,recommended的protocol都是size selection。但是我们的facility坚持
认为没必要,他不size selection,测序前library跑的bioanalyzer是个100bp到1kb的
宽峰…
怎么说服他做size selection?
话说为什么size selection 保真度更高?
[在 yiersanmumu (一二三木木) 的大作中提到:]
:最好要size selection
:对判断peak summit也有帮助
:Chip-Seq和RNA-Seq analyzing principle不一样,没分析过的人下意识地以为size
:selection会损坏信息的保真度,其实selection后信息保真度更高。
:你shear完的size和chip后的size以及最后effective建库的size根本不是一回事
:最科学的做法是adaptor ligation完做size selection再library amplify
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o*1
21
多买多返,买两台就返回33.33刀,买十台就返回45刀。买一百台就返回
49.51刀,就很接近现价了。

【在 b*****1 的大作中提到】
: 赶紧再买一台, 就返回25刀.
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f*e
22
size selection也可以在建库完成后。如果用的是hi seq,1kb也没有什么问题。传统
的用truseq kit建rna seq库,一般是没有必要size selection的,镁离子化学断裂非
常的好。chipseq ip的大小一般会比input大一点,如果是sonication shear的不好的
话,ip下来的片段就可能会大很多,但是mnase digestion好的话的基本pattern不会变
,也就是如果超声shear的好的话确实不需要选择,因为大片段本来就不多。测序时到
flow cell 上cluster的时候也就都丢了,无所谓。


: 你说的很对,recommended的protocol都是size selection。但是我们的
facility坚持

: 认为没必要,他不size selection,测序前library跑的bioanalyzer是个100bp
到1kb的

: 宽峰…

: 怎么说服他做size selection?

: 话说为什么size selection 保真度更高?

: [在 yiersanmumu (一二三木木) 的大作中提到:]

: :最好要size selection

: :对判断peak summit也有帮助

: :Chip-Seq和RNA-Seq analyzing principle不一样,没分析过的人下意识地以为
size

: :selection会损坏信息的保真度,其实selection后信息保真度更高。



【在 j*********g 的大作中提到】
: 你说的很对,recommended的protocol都是size selection。但是我们的facility坚持
: 认为没必要,他不size selection,测序前library跑的bioanalyzer是个100bp到1kb的
: 宽峰…
: 怎么说服他做size selection?
: 话说为什么size selection 保真度更高?
: [在 yiersanmumu (一二三木木) 的大作中提到:]
: :最好要size selection
: :对判断peak summit也有帮助
: :Chip-Seq和RNA-Seq analyzing principle不一样,没分析过的人下意识地以为size
: :selection会损坏信息的保真度,其实selection后信息保真度更高。

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X*8
23
现在难道不都是测全长以防漏掉splicing variants吗?

100bp

【在 f*******e 的大作中提到】
: size selection也可以在建库完成后。如果用的是hi seq,1kb也没有什么问题。传统
: 的用truseq kit建rna seq库,一般是没有必要size selection的,镁离子化学断裂非
: 常的好。chipseq ip的大小一般会比input大一点,如果是sonication shear的不好的
: 话,ip下来的片段就可能会大很多,但是mnase digestion好的话的基本pattern不会变
: ,也就是如果超声shear的好的话确实不需要选择,因为大片段本来就不多。测序时到
: flow cell 上cluster的时候也就都丢了,无所谓。
:
:
: 你说的很对,recommended的protocol都是size selection。但是我们的
: facility坚持
:
: 认为没必要,他不size selection,测序前library跑的bioanalyzer是个100bp

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j*g
24
测全长是什么意思?最长也就2*150吧,而且谁会测那么长呢?
[在 Xiaotan98 (笑谈) 的大作中提到:]
:现在难道不都是测全长以防漏掉splicing variants吗?
avatar
X*8
25
好像是说要检测splicing variants. 我前几天看到的。

【在 j*********g 的大作中提到】
: 测全长是什么意思?最长也就2*150吧,而且谁会测那么长呢?
: [在 Xiaotan98 (笑谈) 的大作中提到:]
: :现在难道不都是测全长以防漏掉splicing variants吗?

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f*e
26
你们学校用的什么平台,你找他家的kit看看就知道了


: 好像是说要检测splicing variants. 我前几天看到的。



【在 X*******8 的大作中提到】
: 好像是说要检测splicing variants. 我前几天看到的。
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