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RNA seq分析求教

RNA seq分析求教# Biology - 生物学

A*e2017-02-12 08:02

1 楼

我做RNA seq分析的结果请问，整个基因组有3万基因，3千多万pair end reads，超过
80%都map上去了，用的是STAR map的，怎么cufflink才给出了4千多个基因表达，其中
还只有1400 FPKM大于0, 请问这是什么原因？
另外最近读到有关cufflink可能有些问题，请问现在是否还有其它有统治性的分析工具
？

r*z2017-02-12 08:02

2 楼

可以用StringTie 替代 Cufflink
ballgown 替代 cuffdiff

f*02017-02-12 08:02

3 楼

你看下reads都集中到哪些基因上去了是不是rRNA没有除干净

【在 A*******e 的大作中提到】

: 我做RNA seq分析的结果请问，整个基因组有3万基因，3千多万pair end reads，超过
: 80%都map上去了，用的是STAR map的，怎么cufflink才给出了4千多个基因表达，其中
: 还只有1400 FPKM大于0, 请问这是什么原因？
: 另外最近读到有关cufflink可能有些问题，请问现在是否还有其它有统治性的分析工具
: ？

c*e2017-02-12 08:02

4 楼

打车问个问题，RNA-seq做差异分析的时候，用FPKM的话，不同个体总FPKM差异非常大
（所有基因加和10000，有的50000），于是考虑用 TPM，可否？谢谢

M*P2017-02-12 08:02

5 楼

总加和没啥用
大数可能是一两个基因造成的。

【在 c**********e 的大作中提到】

: 打车问个问题，RNA-seq做差异分析的时候，用FPKM的话，不同个体总FPKM差异非常大
: （所有基因加和10000，有的50000），于是考虑用 TPM，可否？谢谢

n*72017-02-12 08:02

6 楼

可不用谢

【在 c**********e 的大作中提到】

: 打车问个问题，RNA-seq做差异分析的时候，用FPKM的话，不同个体总FPKM差异非常大
: （所有基因加和10000，有的50000），于是考虑用 TPM，可否？谢谢

D*p2017-02-12 08:02

7 楼

FPKM受到library size影響，已經被淘汰了，現在都用TPM. 差異分析應該要用raw
counts. 大部份的包裹像Deseq2都用negative binominal 模型去做差異分析，
normalized之後模型就不適用了

：打车问个问题，RNA-seq做差异分析的时候，用FPKM的话，不同个体总FPKM差异非常大
：（所有基因加和10000，有的50000），于是考虑用 TPM，可否？谢谢