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ChIPseq想专门看重复区域能实现吗

ChIPseq想专门看重复区域能实现吗# Biology - 生物学

y*n2017-05-18 07:05

1 楼

I am a CS senior at top20 CS department in US who is looking for a Microsoft
FT Software Engineer referral.
I am currently holding a SE FT offer from B company and will be having
onsite interview with Amazon next Wed, I have several interview experience
with Google, FB and Linkedin(all get rejected).
I have applied MSFT for two times but still haven't get a chance to have an
interview with Microsoft.
Can someone help me to get an interview? If you want my resume please
contact me at xiayuan0623 at gmail
Thanks a lot.

j*g2017-05-18 07:05

2 楼

如果target是通过结合基因组上的重复区域发挥作用。
做alignment的时候，想专门看repetitive区域，怎么做到；bowtie或者BWA怎么设置。
一般情况都是把重复区域过滤掉了吧？

z*e2017-05-18 07:05

3 楼

所谓的repetitive区域其实也还是会有多态性，所以还是会有uniquely mapped reads
。建议直接默认设置做就是了。先做出一个结果，再调整参数。

【在 j*********g 的大作中提到】

: 如果target是通过结合基因组上的重复区域发挥作用。
: 做alignment的时候，想专门看repetitive区域，怎么做到；bowtie或者BWA怎么设置。
: 一般情况都是把重复区域过滤掉了吧？

j*g2017-05-18 07:05

4 楼

这样大量过滤掉了，按默认设置没看到多少repetitive regions，特别是SINEs

：所谓的repetitive区域其实也还是会有多态性，所以还是会有uniquely mapped
reads
：。建议直接默认设置做就是了。先做出一个结果，再调整参数。

【在 z*****e 的大作中提到】

: 所谓的repetitive区域其实也还是会有多态性，所以还是会有uniquely mapped reads
: 。建议直接默认设置做就是了。先做出一个结果，再调整参数。

z*e2017-05-18 07:05

5 楼

按默认设置没看到多少repetitive regions。你具体是怎么统计的，能说下不？

y*12017-05-18 07:05

6 楼

对repetitive region的研究是ChIP-Seq技术上的瓶颈，或者说是ChIP本身的瓶颈，暂
时可能无法克服。在ChIP的时候sonication后基本上DNA应该平均300bp左右，但是人类
基因组很多repeat都远比这个长，所以从ChIP的角度resolution根本不够。
另外如果从测序的角度来说，除非用MiSeq，read长度300+可能还好一些，能提高一些
mappability。所谓的pair-end 100bp根本对repeat研究没有什么太大的帮助。对绝大
多数alignment软件来说，100+100并不等于200.
最后就是有一些in silico methods，例如跟RSEM类似的CSEM可以使用EM来map ChIP-
seq reads，但是效果并不是很好。
repeat研究任重道远，但是估计研究来研究去，其实还是一堆junk DNA :D

l*k2017-05-18 07:05

7 楼

像Alu刚好300bp，pair-end seq是不是能看到了？

: 对repetitive region的研究是ChIP-Seq技术上的瓶颈，或者说是ChIP本身的瓶
颈，暂

: 时可能无法克服。在ChIP的时候sonication后基本上DNA应该平均300bp左右，但
是人类

: 基因组很多repeat都远比这个长，所以从ChIP的角度resolution根本不够。

: 另外如果从测序的角度来说，除非用MiSeq，read长度300 可能还好一些，能提
高一些

: mappability。所谓的pair-end 100bp根本对repeat研究没有什么太大的帮助。
对绝大

: 多数alignment软件来说，100 100并不等于200.

: 最后就是有一些in silico methods，例如跟RSEM类似的CSEM可以使用EM来map
ChIP-

: seq reads，但是效果并不是很好。

: repeat研究任重道远，但是估计研究来研究去，其实还是一堆junk DNA :D

【在 y*******1 的大作中提到】

: 对repetitive region的研究是ChIP-Seq技术上的瓶颈，或者说是ChIP本身的瓶颈，暂
: 时可能无法克服。在ChIP的时候sonication后基本上DNA应该平均300bp左右，但是人类
: 基因组很多repeat都远比这个长，所以从ChIP的角度resolution根本不够。
: 另外如果从测序的角度来说，除非用MiSeq，read长度300+可能还好一些，能提高一些
: mappability。所谓的pair-end 100bp根本对repeat研究没有什么太大的帮助。对绝大
: 多数alignment软件来说，100+100并不等于200.
: 最后就是有一些in silico methods，例如跟RSEM类似的CSEM可以使用EM来map ChIP-
: seq reads，但是效果并不是很好。
: repeat研究任重道远，但是估计研究来研究去，其实还是一堆junk DNA :D

y*12017-05-18 07:05

8 楼

如果这个repeat是300bp，而测序用的100x2 PE
那可能align之后，default的输出结果可能有几种情况
1）两个read都在repeat区域，那每个read都会输出排名靠前的几个alignment，无法确
认具体是genome里哪个repeat
2）其中一个read能map到repeat边缘的unique区域，那么这个read能输出unique
alignment。另外一个read输出排名靠前的几个alignment，这个可以通过自己写的小脚
本只选择离unique mapped read最近的那个alignment。
3）两个read都是map到unique区域，这个就没有问题了。
根据上面的几种情况，虽然能得到一些uniquely mapped的read，但是也只是这个
repeat附近ChIP的部分信息，还是不能准确估算ChIP的信号强弱。

【在 l**k 的大作中提到】

: 像Alu刚好300bp，pair-end seq是不是能看到了？
:
:
: 对repetitive region的研究是ChIP-Seq技术上的瓶颈，或者说是ChIP本身的瓶
: 颈，暂
:
: 时可能无法克服。在ChIP的时候sonication后基本上DNA应该平均300bp左右，但
: 是人类
:
: 基因组很多repeat都远比这个长，所以从ChIP的角度resolution根本不够。
:
: 另外如果从测序的角度来说，除非用MiSeq，read长度300 可能还好一些，能提
: 高一些
:
: mappability。所谓的pair-end 100bp根本对repeat研究没有什么太大的帮助。

l*k2017-05-18 07:05

9 楼

Alu属于sine，是散在重复序列，如果片段长度也是300，刚好落在一个元件内部的概率
很低吧，也就是情况2比较多，还是能得到一些信息的。

: 如果这个repeat是300bp，而测序用的100x2 PE

: 那可能align之后，default的输出结果可能有几种情况

: 1）两个read都在repeat区域，那每个read都会输出排名靠前的几个alignment，
无法确

: 认具体是genome里哪个repeat

: 2）其中一个read能map到repeat边缘的unique区域，那么这个read能输出unique

: alignment。另外一个read输出排名靠前的几个alignment，这个可以通过自己写
的小脚

: 本只选择离unique mapped read最近的那个alignment。

: 3）两个read都是map到unique区域，这个就没有问题了。

: 根据上面的几种情况，虽然能得到一些uniquely mapped的read，但是也只是这个

: repeat附近ChIP的部分信息，还是不能准确估算ChIP的信号强弱。

【在 y*******1 的大作中提到】

: 如果这个repeat是300bp，而测序用的100x2 PE
: 那可能align之后，default的输出结果可能有几种情况
: 1）两个read都在repeat区域，那每个read都会输出排名靠前的几个alignment，无法确
: 认具体是genome里哪个repeat
: 2）其中一个read能map到repeat边缘的unique区域，那么这个read能输出unique
: alignment。另外一个read输出排名靠前的几个alignment，这个可以通过自己写的小脚
: 本只选择离unique mapped read最近的那个alignment。
: 3）两个read都是map到unique区域，这个就没有问题了。
: 根据上面的几种情况，虽然能得到一些uniquely mapped的read，但是也只是这个
: repeat附近ChIP的部分信息，还是不能准确估算ChIP的信号强弱。

z*e2017-05-18 07:05

10 楼

再加上shift的话，还是可以考察的。楼主不出来了，楼主在断定不能考察的时候是否
考虑shift的因素了。
[在 lxzk (流浪) 的大作中提到：]
:Alu属于sine，是散在重复序列，如果片段长度也是300，刚好落在一个元件内部的概
率很低吧，也就是情况2比较多，还是能得到一些信息的。
: : 如果这个repeat是300bp，而测序用的100x2 PE
: : 那可能align之后，default的输出结果可能有几种情况
: : 1）两个read都在repeat区域，那每个read都会输出排名靠前的几个
alignment，无法确
: : 认具体是genome里哪个repeat
: : 2）其中一个read能map到repeat边缘的unique区域，那么这个read能
输出unique
: : alignment。另外一个read输出排名靠前的几个alignment，这个可以
通过自己写的小脚
: : 本只选择离unique mapped read最近的那个alignment。
: : 3）两个read都是map到unique区域，这个就没有问题了。
: : 根据上面的几种情况，虽然能得到一些uniquely mapped的read，但是
也只是这个
:..........

i*02017-05-18 07:05

11 楼

求教各位大神，RNA-seq里面如何看这些重复序列的转录本的丰都？

y*12017-05-18 07:05

12 楼

如果是RNASeq可以用RSEM来map multi-reads
或者使用alignment free method，直接count相似的序列的数量

【在 i*********0 的大作中提到】

: 求教各位大神，RNA-seq里面如何看这些重复序列的转录本的丰都？