英国弗朗西斯•克里克研究所的研究人员近日在距今约4,000年的三具人体遗骸中发现了导致鼠疫的鼠疫耶尔森菌（Yersinia pestis），这是英国已知的最古老的鼠疫病例。LNBA Yersinia pestis菌株分布的地图这个团队与牛津大学等机构的研究人员合作，在英国萨默塞特郡的一个集体墓地中发现了两例鼠疫耶尔森菌，并在坎布里亚郡的一个环形石碑中发现了另一例。这项成果于5月30日发表在《Nature Communications》杂志上。他们从这两个地点的34具遗骸中采集了少量骨骼样本，以筛查牙齿中是否存在鼠疫耶尔森菌。这项技术是在一个专门的洁净室中进行的，在那里他们钻取牙齿并提取牙髓，众所周知，牙髓可以捕获病原体的DNA残留物。接下来，研究人员对样本进行了分析。他们在两名儿童的遗骸中发现了细菌DNA，估计他们死亡时的年龄在10至12岁之间。他们还在另一名年龄在35至45岁的妇女遗骸中发现了细菌DNA。放射性碳年代测定分析显示，他们所有人都生活在同一时期。他们利用Illumina NovaSeq平台生成了两个儿童样本的直接鸟枪法测序数据，但这个妇女样本不适合鸟枪法测序。不过，所有三个人的DNA文库都经过了两轮杂交捕获，并采用Daicel Arbor Biosciences公司的RNA诱饵进行靶向富集。研究人员发现，这些鼠疫耶尔森菌属于新石器时代晚期和青铜器时代（LNBA）的一个谱系，也就是距今5,000年至2,500年前，当时欧亚大陆发现了鼠疫，但英国还没有发现。他们推测，这个菌株可能是在4,800年前人类向西扩张后带入中欧和西欧的。他们指出，尽管无法在其他骸骨中检测到这种病原体，但鼠疫耶尔森菌DNA很可能被降解了。研究人员还发现，这种细菌的基因组也发生了变化，缺乏后期菌株中常见的yapC和ymt基因。ymt基因被认为在通过跳蚤传播鼠疫方面发挥了重要作用，因此他们假设，与后来引起黑死病的鼠疫菌株不同，LNBA菌株很可能不通过跳蚤传播。同时，他们指出，萨默塞特郡遗址很罕见，因为它与同一时期的其他葬礼地点不匹配——埋葬在那里的人似乎死于创伤。研究人员推测，大规模埋葬不是由于鼠疫的爆发，而是个体可能在死亡时被感染。作者表示，这样的研究结果可以让研究人员了解病原体是如何随时间演化的，而且有助于鉴定让病原体更具毒性的原因。共同通讯作者、弗朗西斯•克里克研究所古代基因组学实验室项目负责人Pontus Skoglund称：“这项研究为我们理解病原体和人类的古代基因组以及我们如何共同进化提供了一块新的拼图。”参考文献：Yersinia pestis genomes reveal plague in Britain 4000 years ago.
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