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DNA无处不在。现在可以轻松采集了 | 新知

DNA无处不在。现在可以轻松采集了 | 新知

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《经济学人·商论》2023-09-27


Easy fieldwork
轻松的野外考察

Animals can be tracked by simply swabbing leaves
只需擦拭树叶即可追踪动物
DNA gets everywhere. Now it is possible to harvest it
DNA无处不在。现在可以轻松采集了【新知】


BIOLOGICAL FIELDWORK can mean trips to exotic places. But the work itself can be tedious, especially when you are trying to track down elusive subjects. The most common method is to send a few eager graduate students armed with camera traps and several weeks of spare time. But perhaps not for much longer. A paper published in Current Biology, whose lead authors are Christina Lynggaard at the University of Copenhagen and Jan Gogarten at the Helmholtz Institute for One Health in Germany, suggests an easier method: simply swabbing nearby leaves for DNA.
做生物田野调查可能得去异国他乡的奇异地点。但这项工作本身可能非常乏味,尤其当你试图追踪的对象还踪迹难寻时。最常见的做法就是找几个热情高涨又有几周空闲时间的研究生,让他们带上红外触发相机去完成任务。但这可能很快就会改变了。由哥本哈根大学的克里斯蒂娜·林加德(Christina Lynggaard)和德国亥姆霍兹大健康研究所(Helmholtz Institute for One Health)的扬·戈嘉顿(Jan Gogarten)领衔发表在《当代生物学》(Current Biology)上的一篇论文提出了一种更简单的方法:只需要拿根拭子在周边的树叶上抹几下采集些DNA就可以了。


The DNA in question is called “environmental DNA” (eDNA for short). It refers to all the genetic information that animals shed as they go about their daily business: breathing, urinating, moving around, or interacting with their environment in any way. In recent years gene-sequencing technology has become quick and sensitive enough to pick out genetic sequences from particular animals—including humans—from this ubiquitous eDNA.
这里所说的DNA被称为“环境DNA”(简称eDNA)。它指的是动物在日常的呼吸、排尿、走动或以任何方式与环境互动时散落的各种遗传信息。近年来,基因测序技术已经变得足够快速和灵敏,可以从这种无处不在的eDNA中识别出是哪种动物(包括人类)留下了基因序列。


One way of doing so is simply to blow air through filters, then analyse them to see which critters live in the vicinity. Aware of that technique, Drs Gogarten and Lynggaard wondered if there might be a simpler approach. Air-sampling systems can take days to do their work. Maintenance must be done, and filters must be changed. But given that eDNA is literally blowing around ecosystems, the researchers wondered if it might be collecting on leaves.
一种做法是用过滤器过滤空气,再分析过滤器捕获的信息来判断附近有哪些动物。戈嘉顿和林加德了解这种技术,但他们想知道是否有更简单的方法。空气采样系统可能需要几天的时间才能得出结果。系统需要维护,并且必须经常更换过滤器。但顾名思义,eDNA是散布在生态系统中各处的,两位研究人员想知道它是否会聚集在叶子上。
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衍生阅读 | DNA主题阅读


《经济学人·商论》2022-06-01

The DNA dragnet


DNA的天罗地网
人类到处播撒遗传信息
凭借这些信息足以轻松识别个人【新知】

在基因时代,有两件事大大便利了生态学家的工作。一是每个有机体都有自己的化学身份证,也就是它们的基因组。二是它们在经过的每个地方都会留下这些身份证。尿液、粘在树篱上的皮毛,甚至脱落的皮肤细胞——所有这些都把DNA沉积到环境中。低成本的基因测序让科学家能够从土壤、沙子、水之类的地方收集这种“环境DNA”(eDNA),并且用它来跟踪物种生活的地点。

“每个有机体”当然也包括人类。在5月15日发表在《自然——生态与进化》(Nature Ecology & Evolution)期刊上的一篇论文中,来自美国和欧洲的一批研究人员报告说,这种eDNA调查也收集到了大量的人类DNA。任何拥有合适设备的人都可以读取这些DNA,并且有可能匹配到个人。

这些研究人员的初衷并不是研究这种他们称之为“人类基因混获”的现象。这项研究工作始于佛罗里达州的惠特尼海龟医院(Witney Sea Turtle Hospital),当时是在调查一种海龟的病毒性疾病。研究人员从海龟的养殖箱里提取水的样本,也从海龟筑巢的海水和海滩上取样,寻找病毒DNA。所有这些都提出了让人不安的问题。最直接的问题可能事关科学家自身。... ...

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《经济学人·商论》2018-10

正向螺旋》(Virtuous spirals)


在DNA中存储计算机数据

正向螺旋

自然界的数据存储介质可能很快就有新用途


DNA是已知最早的信息存储系统。它比纸笔、计算机硬盘等其他任何存储系统的历史都要早数十亿年。但是,尽管DNA存储了人类(以及其他所有生物)得以存在所需的数据,想用它来存储人产生的数据却一直未能成功。

个中原因与其说是技术问题,不如说是成本太高。在DNA中编码1GB的数据将耗资数百万美元,而储存到硬盘上的花费还不到一美分。位于波士顿的生物技术公司Catalog希望将DNA数据存储的成本降至每GB不到10美元。这个价格仍然很高,但如果有非常庞大的存储需求,每立方米空间能存储多少数据也是要考量的因素。

硬盘很占空间。其存储密度约为每立方米3000万GB。而采用Catalog的方法,一立方米可以存储6000亿GB。对于一些需要无限期保存海量信息的机构,比如电影公司和粒子物理实验室,在综合考虑价格和存储密度这两个因素之后,天平可能很快会向DNA倾斜。... ...【付费文章】欢迎打开商论App,订阅后阅读全文
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