2008年，马英九当选台湾“总统”。在接下来的四年时间里，马英九政府在经济、外交、治安等领域多有建树，获得了民众的认同。2012年1月14日，马英九获得“总统”连任。在接下来的这四年，等待马英九的，将是更加严峻的挑战。
2008年，马英九以国民党候选人身分参选“总统”。3月22日，他以765万9014票，58.45％的得票率击败民主进步党的谢长廷，当选“总统”。
2008年5月20日，马英九在台北小巨蛋举行的就职庆祝大会，以“人民奋起，台湾新生”为题，发表就职演说，再次重申“三不政策”－“不统、不独、不武”的理念，维持台湾海峡的现状。
自马英九步入政坛之初，常被许多媒体报道为“年轻俊秀的政治明星”。而马英九本人以长期持续的晨跑及积极参与运动来建立健康活力的正面公众形象。图为2009年6月7日，马英九与市民一起长跑。
有调查认为马英九出色的外在条件是他在台湾政坛崛起的最大因素；而在性格上，马英九被塑造为具有“正直自律、俭朴清廉、依法行事”的形象，并且极力避免涉入任何有可能惹人非议的应酬与聚会，因而有“政治不沾锅”、“政治洁癖”等的评价。认同这种行事作风的人会认为马英九比较温和理性，反对者则会批评马英九虚伪或缺乏勇于带头领众的魄力。图为2004年6月6日，台北，马英九向媒体展示肌肉。
在一些针对台湾女性与同性恋的票选活动中，马英九曾被选为政治人物类的“梦中情人”，媒体送给他一个昵称——“小马哥”。图为2005年6月16日，一名支持者“强吻”马英九。
台湾政坛流传着一种说法：不论马英九做错什么事，只要他一摆出招牌的无辜眼神，选民就会立刻原谅他。马英九的团队也深谙“亲民”之道，于是便有了马英九在出席各界活动时的百变造型。
马英九上任仅一个月即宣布扩大“小三通”政策，全面放宽台湾地区民众自由选择经“小三通”往返大陆地区；实施两岸周末包机，开放大陆居民赴台旅游。图为2008年5月18日，为四川大地震赈灾的“把爱传出去”晚会彩排现场，马英九与夫人周美青当义工接听捐款专线。
2008年11月4日，两岸协商谈判在台北举行。?尽管当天有数百名抗议民众在与警方爆发流血冲突，但民调显示超过半数民众支持两岸透过协商寻求开放经贸。此后两岸不断就大陆游客赴台“自由行”，定期航班、开放直航城市和港口等一系列问题达成共识。图为2008年11月4日，马英九会见陈云林。
自2008年开放陆客赴台旅游以来，赴台旅游、交流的大陆居民在2010年达到163万人次，超过日本，成为台湾第一大境外客源。开放陆客来台观光近三年的时间，已经为台湾创造超过1,000亿元的收益。图为2011年7月7日，马英九参加孙中山纪念馆参加七七事变展开幕典礼。离场时，一位来台旅游的大陆女游客欲“熊抱”马英九。
2010年，两岸签订海峡两岸经济合作架构协议（ECFA）。ECFA对台湾经济推升作用无庸置疑，台商回台投资投资金额大幅上升，2010年达到406亿台币，而2006年只有22亿台币。然而台湾社会对于马英九的两岸政策呈现出截然不同的两种态度。图为台湾“绿营”民众开展“反马”抗议活动。
马英九在任期间，经济增长迅速，社会治安案件下降，政绩斐然。2011年5月公布的“世界竞争力年鉴”显示，台湾地区竞争力排第六，在亚太地区首次进入前三；台湾经济表现由2010年的第17名进步为第5，显示已走出金融风暴危机。另外，2010年全球创新能力指标，台湾位列全球第九位。图为2011年，台北市鸟瞰。
马英九执政期间，台湾外交成绩斐然。三年内，台湾护照免签国家从54个增加到124个。图为马英九的选举广告。
马英九政府在经济、治安和外交上的一系列成绩，成为他谋求连任的最大资本。图为2011年10月10日，辛亥百年阅兵上，马英九振臂高呼。
然而，马英九数次“不良记录”也成为竞争对手的把柄。2009年8月8日，台风莫拉克袭卷南台湾，死亡人数难以统计，损失预估超出二百亿台币。此次灾难被认为是台湾近五十年来最大规模的天灾。媒体纷纷以负面报道抨击马英九。图为2009年8月19日，马英九前往甲仙乡小林村视察灾情，并祭祀小林村罹难者亡魂。
2009年8月19日，马英九（右）与“农委会主委”陈武雄（右二）到甲仙乡龙凤寺与小林村灾民座谈，会中不断被居民炮轰救灾不力与听取居民的建言，图为小林村自救会执行长蔡松谕发表情形。
马英九前往灾区勘灾时，被幸存者指责“效率不彰”、“作秀”。成为他政治事业成败的一大考验。图为2009年8月18日，马英九在一个新闻发布会上向民众致歉。9月7日，内阁改组，行政院长刘兆玄下台，由吴敦义组阁。吴敦义上台后。3年时间，基本完成马英九交付的八八风灾重建、甲型流感防治和振兴经济三大任务。
2006年，台湾卷起一股由国民党和民进党互相揭发的“特别费”风暴。民进党质疑并检举马英九在台北市长任内将首长特别费挪用当成生活费。2007年，台北地检署依“利用职务机会诈取财物”将马英九起诉。被起诉的同日，马英九发表声明﹐宣称“正义已遭政治绑架”，并呼吁“虚耗应到此为止。”图为2007年4月3日?，马英九“特别费”案首次开庭?。
2008年，马英九上任“总统”之初发表了“663”政见:承诺八年内台湾经济成长率达到6%、年平均国民所得3万美元以上，整体失业率降低到3%，并发誓四年没达到“633”就下台。2011年10月3日，马英九对于633政见发表意见，他表示，其政见中关于改善失业率部分“确实没做到”，无法兑现的理由是世界整体经济情势不佳,并且拒绝兑现“捐薪”的承诺。各家媒体纷纷炮轰马英九。图为民众抗议失业率居高不下。
马英九竞选连任主要诉诸选民在过去的执政时间里带领台湾走向快速的经济成长，并以各方面的建设、社会福利、劳工等政绩诉求选民继续带领台湾向前行。在2012年的“大选”中，马英九主要打造国民党、竞选团队、行政团队三位一体的竞选布局，带领“老中青”竞选团队，全力抢票。图为1月5日，马英九在拜票中。
1月14日，台湾地区领导人选举结果产生，马英九胜利连任。马英九在胜选演讲时高呼“我们赢了！”，并表示未来将重视分配、青年就业、生态保护及农渔业的可持续发展问题，缩小贫富差距，让台湾再创奇迹。
1月14日，台湾地区领导人选举结果产生，马英九胜利连任。马英九在胜选演讲时高呼“我们赢了！”，并表示未来将重视分配、青年就业、生态保护及农渔业的可持续发展问题，缩小贫富差距，让台湾再创奇迹。