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鼓吹一下phosphoproteomics

鼓吹一下phosphoproteomics# Biology - 生物学

t*p2007-05-22 07:05

1 楼

最近刚参加了一个Cold Spring Harbor的会议，听到一个talk，觉得真是激动人心。特
此跟大家分享一下。
简单的来说，就是质谱能够鉴别磷酸化的peptide，如果分辨率够高，加上定量，那么
就可以看到整个细胞在某种刺激下蛋白磷酸化随着时间的动态变化。
关键词：
定量的实现：假设同时培养两盘细胞，一盘是正常的培养液，一盘含有稳定重同位素的
arginine和lysine。第一盘加EGF，第二盘对照。如果把两盘细胞等量混合，就可以看
到某个磷酸化peptide的相对变化。
富集：TiO2可以特异地富集磷酸化的peptide。
分辨率和灵敏度：是不是所有可被磷酸化的peptide都可以被检测到呢？由于人们无法
估计总共有多少磷酸化的peptide，所以不知道能cover百分之几。总之大概有10000个
磷酸化的peptide被检测到。
多点磷酸化：也可以看到。甚至是某个位点的磷酸化依赖于另外一个位点，也可能获得
信息。
定位：把蛋白分为胞质蛋白和核蛋白，可以提供蛋白磷酸化后穿梭细胞核的信息。
时间动态：比如加入EGF，处理不同时间。
Cluster：把磷酸化动态变化相似的蛋白

K*S2007-05-22 07:05

2 楼

pour some cold water, hoho (I happened to did some phosphoproteomics works
when I was in graduate school.)
关键词：
定量的实现：I agree stable isotope labeling is the key. But metabolically
labeling (in cell culture) can only solve part of the problem, how about
tissue samples, body fluid etc? There are ways to label such samples
actually both on protein level and peptide level (chemically and by using
enzymes), but still lots of questions need to be answered such as: can you
label all of them? variations

【在 t****p 的大作中提到】

: 最近刚参加了一个Cold Spring Harbor的会议，听到一个talk，觉得真是激动人心。特
: 此跟大家分享一下。
: 简单的来说，就是质谱能够鉴别磷酸化的peptide，如果分辨率够高，加上定量，那么
: 就可以看到整个细胞在某种刺激下蛋白磷酸化随着时间的动态变化。
: 关键词：
: 定量的实现：假设同时培养两盘细胞，一盘是正常的培养液，一盘含有稳定重同位素的
: arginine和lysine。第一盘加EGF，第二盘对照。如果把两盘细胞等量混合，就可以看
: 到某个磷酸化peptide的相对变化。
: 富集：TiO2可以特异地富集磷酸化的peptide。
: 分辨率和灵敏度：是不是所有可被磷酸化的peptide都可以被检测到呢？由于人们无法