计算机模拟蛋白结构？# Biology - 生物学
gw
1 楼
老吾老以及人之老,幼吾幼以及人之幼
大家也都为人父母了，
却为什么不能体会父母的心呢？
为什么对别人的父母
就不能象对自己的父母一样呢？
难道大家都是这样
为自己的孩子树立榜样的吗？
大家也都为人父母了，
却为什么不能体会父母的心呢？
为什么对别人的父母
就不能象对自己的父母一样呢？
难道大家都是这样
为自己的孩子树立榜样的吗？
y*n
2 楼
经过碟中谍4的洗礼，Brad Bird对动作场面更加稔熟于心
各种高科技小玩意大显神通
这个夏天，不如陪大叔和萝莉，在未来世界来一场酣畅淋漓的冒险
各种高科技小玩意大显神通
这个夏天，不如陪大叔和萝莉，在未来世界来一场酣畅淋漓的冒险
c*e
3 楼
说话挺正常一姑娘，怎么唱歌就这声儿了？装的这么沧桑干嘛？还故意装沙哑。我去，
难听死了
难听死了
h*8
4 楼
计算机模拟蛋白结构？
记得前几天有篇文章介绍计算机模拟蛋白结构的，哪位牛人给个链接？
记得前几天有篇文章介绍计算机模拟蛋白结构的，哪位牛人给个链接？
t*g
5 楼
她真的唱得难听死了。
K*4
6 楼
dead le.
【在 h**********8 的大作中提到】
: 计算机模拟蛋白结构？
: 记得前几天有篇文章介绍计算机模拟蛋白结构的，哪位牛人给个链接？
【在 h**********8 的大作中提到】
: 计算机模拟蛋白结构？
: 记得前几天有篇文章介绍计算机模拟蛋白结构的，哪位牛人给个链接？
a*e
7 楼
好好唱能比金池好听吗？
d*u
8 楼
protein structure prediction
简单说有两种办法
一是模拟蛋白质形成过程，用氢键、离子键和分子间作用力等等来计算最优形态
二是把已知蛋白质和氨基酸链做对比，找出最接近的。当然这里面算法比较复杂，一两
句话说不清。
【在 h**********8 的大作中提到】
: 计算机模拟蛋白结构？
: 记得前几天有篇文章介绍计算机模拟蛋白结构的，哪位牛人给个链接？
简单说有两种办法
一是模拟蛋白质形成过程，用氢键、离子键和分子间作用力等等来计算最优形态
二是把已知蛋白质和氨基酸链做对比，找出最接近的。当然这里面算法比较复杂，一两
句话说不清。
【在 h**********8 的大作中提到】
: 计算机模拟蛋白结构？
: 记得前几天有篇文章介绍计算机模拟蛋白结构的，哪位牛人给个链接？
c*7
9 楼
看看David Baker？他做的还是比较靠谱的。。。
j*x
10 楼
我去。。。
你这两句话总结的太山寨了吧，结果版主还给M了。。。
【在 d*****u 的大作中提到】
: protein structure prediction
: 简单说有两种办法
: 一是模拟蛋白质形成过程，用氢键、离子键和分子间作用力等等来计算最优形态
: 二是把已知蛋白质和氨基酸链做对比，找出最接近的。当然这里面算法比较复杂，一两
: 句话说不清。
你这两句话总结的太山寨了吧，结果版主还给M了。。。
【在 d*****u 的大作中提到】
: protein structure prediction
: 简单说有两种办法
: 一是模拟蛋白质形成过程，用氢键、离子键和分子间作用力等等来计算最优形态
: 二是把已知蛋白质和氨基酸链做对比，找出最接近的。当然这里面算法比较复杂，一两
: 句话说不清。
j*x
11 楼
Baker是典型的“走自己的路，让别人无路可走”。de novo prediction这块，他的方
法一出来，基本上其他人就都死掉了。
其实他做的东西离真正的靠谱还差得远，虽然灌水无数了
【在 c*********7 的大作中提到】
: 看看David Baker？他做的还是比较靠谱的。。。
法一出来，基本上其他人就都死掉了。
其实他做的东西离真正的靠谱还差得远，虽然灌水无数了
【在 c*********7 的大作中提到】
: 看看David Baker？他做的还是比较靠谱的。。。
c*7
12 楼
三级结构预测本来就不是神马靠谱学科，能做多少是多少呗。。。
【在 j****x 的大作中提到】
: Baker是典型的“走自己的路，让别人无路可走”。de novo prediction这块，他的方
: 法一出来，基本上其他人就都死掉了。
: 其实他做的东西离真正的靠谱还差得远，虽然灌水无数了
【在 j****x 的大作中提到】
: Baker是典型的“走自己的路，让别人无路可走”。de novo prediction这块，他的方
: 法一出来，基本上其他人就都死掉了。
: 其实他做的东西离真正的靠谱还差得远，虽然灌水无数了
a*k
13 楼
计算机预测蛋白结构有三个level。
研究最早的是二级结构预测，就是给你一个蛋白序列，找出其中的alpha helix, beta strands
和loop区。最早的一些算法出现在上个世纪70年代。基本的idea很简单，从已有晶体结构中统计
helix, strands和loop区氨基酸的出现概率，然后根据这个进行预测。效果一般。后来出现的一些
基于贝叶斯、神经网络等等的算法考虑到了序列前后的相互影响，结果改善很多。现在二级结构预测
的准确度很高，大概80%左右的样子。说起来，二级结构预测可以算是机器学习在生物学中最早的成
功应用之一。也是bioinformatics最早热起来的方向之一。
三级结构预测就困难很多。从方法上大概可以分成三个类别：ab initio, homology modeling和
threading. ab initio预测基于力场，计算蛋白折叠构象的最小能量状态。大家都知道David
Baker是这方面的代表人物。要注意的是，Baker的ab initio预测可不是一个原子一个原子地搭
建，而是一个片断一个片断的搭建。用的力场也是low resolution的，不同于动力学模拟的分子力
场。Baker自然才华横溢，光彩夺目，但要说ab initio预测多么成功，恐怕还有很多争议。
homology modeling更加靠谱一些，基本假设是序列相似的蛋白会有相似的结构。这个假设是很靠
得住的，如果序列差异度很小，这个方法预测的结构还是很靠谱的。而且，因为结构比序列更加保
守，即使序列差异度很大，还是有可能找到类似的结构作为模板来预测目标蛋白结构。当然，这里面
技术难度很大。Treading主要就是针对这种情况。homology modeling和threading作得好的中
国人很多（见每年一次的结构预测比赛）。也有一些人用真正的动力学模拟的方法来模拟蛋白的折叠
过程，从而进行结构预测，比如哥大的David Shaw。这哥们用自己的钱搭建专门用于这个的超级计
算机，最近几年灌了不少CNS。有钱人就是爽啊。
三级结构预测现在没有以前火了。不少人重点转向了蛋白设计，也就是设计完成特定功能的蛋白结
构。四级结构预测，或者说是protein docking项比较而言还很活跃。但是都很难。目前的
protein docking有点像三级结构的ab initio预测，需要能量函数，构象空间采样，以及识别天
然构象。很显然就有有一些人开始用类似于三级结构的homology modeling，找类似的蛋白复合体
(protein complex)进行比对和预测。然而，由于protein complex的结构更diversified而且
已有结构更少，预测的难度也更大。
Overall, 蛋白结构预测差不多算是bioinformatics/computational biology的holly grail
之一吧。
研究最早的是二级结构预测，就是给你一个蛋白序列，找出其中的alpha helix, beta strands
和loop区。最早的一些算法出现在上个世纪70年代。基本的idea很简单，从已有晶体结构中统计
helix, strands和loop区氨基酸的出现概率，然后根据这个进行预测。效果一般。后来出现的一些
基于贝叶斯、神经网络等等的算法考虑到了序列前后的相互影响，结果改善很多。现在二级结构预测
的准确度很高，大概80%左右的样子。说起来，二级结构预测可以算是机器学习在生物学中最早的成
功应用之一。也是bioinformatics最早热起来的方向之一。
三级结构预测就困难很多。从方法上大概可以分成三个类别：ab initio, homology modeling和
threading. ab initio预测基于力场，计算蛋白折叠构象的最小能量状态。大家都知道David
Baker是这方面的代表人物。要注意的是，Baker的ab initio预测可不是一个原子一个原子地搭
建，而是一个片断一个片断的搭建。用的力场也是low resolution的，不同于动力学模拟的分子力
场。Baker自然才华横溢，光彩夺目，但要说ab initio预测多么成功，恐怕还有很多争议。
homology modeling更加靠谱一些，基本假设是序列相似的蛋白会有相似的结构。这个假设是很靠
得住的，如果序列差异度很小，这个方法预测的结构还是很靠谱的。而且，因为结构比序列更加保
守，即使序列差异度很大，还是有可能找到类似的结构作为模板来预测目标蛋白结构。当然，这里面
技术难度很大。Treading主要就是针对这种情况。homology modeling和threading作得好的中
国人很多（见每年一次的结构预测比赛）。也有一些人用真正的动力学模拟的方法来模拟蛋白的折叠
过程，从而进行结构预测，比如哥大的David Shaw。这哥们用自己的钱搭建专门用于这个的超级计
算机，最近几年灌了不少CNS。有钱人就是爽啊。
三级结构预测现在没有以前火了。不少人重点转向了蛋白设计，也就是设计完成特定功能的蛋白结
构。四级结构预测，或者说是protein docking项比较而言还很活跃。但是都很难。目前的
protein docking有点像三级结构的ab initio预测，需要能量函数，构象空间采样，以及识别天
然构象。很显然就有有一些人开始用类似于三级结构的homology modeling，找类似的蛋白复合体
(protein complex)进行比对和预测。然而，由于protein complex的结构更diversified而且
已有结构更少，预测的难度也更大。
Overall, 蛋白结构预测差不多算是bioinformatics/computational biology的holly grail
之一吧。
c*g
14 楼
I think David Backer's method should be count as threading + energy
minimization, although the "threading loop" is only 2 to 3 amino acids
在 aablackk (black) 的大作中提到: 】
beta strands
结构中统计
来出现的一些
在二级结构预测
物学中最早的成
modeling和
道David
个原子地搭
minimization, although the "threading loop" is only 2 to 3 amino acids
在 aablackk (black) 的大作中提到: 】
beta strands
结构中统计
来出现的一些
在二级结构预测
物学中最早的成
modeling和
道David
个原子地搭
f*e
15 楼
收藏了！！谢谢
请问你知道用computational structure prediction 在工业界实现rational drug
design运用成熟么？有用于screening purpose么？
beta strands
结构中统计
来出现的一些
在二级结构预测
物学中最早的成
modeling和
道David
个原子地搭
【在 a******k 的大作中提到】
: 计算机预测蛋白结构有三个level。
: 研究最早的是二级结构预测，就是给你一个蛋白序列，找出其中的alpha helix, beta strands
: 和loop区。最早的一些算法出现在上个世纪70年代。基本的idea很简单，从已有晶体结构中统计
: helix, strands和loop区氨基酸的出现概率，然后根据这个进行预测。效果一般。后来出现的一些
: 基于贝叶斯、神经网络等等的算法考虑到了序列前后的相互影响，结果改善很多。现在二级结构预测
: 的准确度很高，大概80%左右的样子。说起来，二级结构预测可以算是机器学习在生物学中最早的成
: 功应用之一。也是bioinformatics最早热起来的方向之一。
: 三级结构预测就困难很多。从方法上大概可以分成三个类别：ab initio, homology modeling和
: threading. ab initio预测基于力场，计算蛋白折叠构象的最小能量状态。大家都知道David
: Baker是这方面的代表人物。要注意的是，Baker的ab initio预测可不是一个原子一个原子地搭
请问你知道用computational structure prediction 在工业界实现rational drug
design运用成熟么？有用于screening purpose么？
beta strands
结构中统计
来出现的一些
在二级结构预测
物学中最早的成
modeling和
道David
个原子地搭
【在 a******k 的大作中提到】
: 计算机预测蛋白结构有三个level。
: 研究最早的是二级结构预测，就是给你一个蛋白序列，找出其中的alpha helix, beta strands
: 和loop区。最早的一些算法出现在上个世纪70年代。基本的idea很简单，从已有晶体结构中统计
: helix, strands和loop区氨基酸的出现概率，然后根据这个进行预测。效果一般。后来出现的一些
: 基于贝叶斯、神经网络等等的算法考虑到了序列前后的相互影响，结果改善很多。现在二级结构预测
: 的准确度很高，大概80%左右的样子。说起来，二级结构预测可以算是机器学习在生物学中最早的成
: 功应用之一。也是bioinformatics最早热起来的方向之一。
: 三级结构预测就困难很多。从方法上大概可以分成三个类别：ab initio, homology modeling和
: threading. ab initio预测基于力场，计算蛋白折叠构象的最小能量状态。大家都知道David
: Baker是这方面的代表人物。要注意的是，Baker的ab initio预测可不是一个原子一个原子地搭
j*x
16 楼
想啥呢？
基于X-ray晶体结构的rational drug design到目前为止仅有凤毛麟角的成功案例，谈
成熟运用尚为时过早，更不要说基于predicted structure了。即使不谈工业界，想在
Proteins这样的水杂志上灌都很困难
【在 f*********e 的大作中提到】
: 收藏了！！谢谢
: 请问你知道用computational structure prediction 在工业界实现rational drug
: design运用成熟么？有用于screening purpose么？
:
: beta strands
: 结构中统计
: 来出现的一些
: 在二级结构预测
: 物学中最早的成
: modeling和
基于X-ray晶体结构的rational drug design到目前为止仅有凤毛麟角的成功案例，谈
成熟运用尚为时过早，更不要说基于predicted structure了。即使不谈工业界，想在
Proteins这样的水杂志上灌都很困难
【在 f*********e 的大作中提到】
: 收藏了！！谢谢
: 请问你知道用computational structure prediction 在工业界实现rational drug
: design运用成熟么？有用于screening purpose么？
:
: beta strands
: 结构中统计
: 来出现的一些
: 在二级结构预测
: 物学中最早的成
: modeling和
f*e
17 楼
阿。。。我又被忽悠了。。。。嗬嗬，听那些专门为了鼓舞人心的talk,全都不着边阿
，但是一个比一个能吹
很早之前biochem学的那个啥最经典的structural drug design得有名药，现在是不是
还是唯一的案例阿
【在 j****x 的大作中提到】
: 想啥呢？
: 基于X-ray晶体结构的rational drug design到目前为止仅有凤毛麟角的成功案例，谈
: 成熟运用尚为时过早，更不要说基于predicted structure了。即使不谈工业界，想在
: Proteins这样的水杂志上灌都很困难
，但是一个比一个能吹
很早之前biochem学的那个啥最经典的structural drug design得有名药，现在是不是
还是唯一的案例阿
【在 j****x 的大作中提到】
: 想啥呢？
: 基于X-ray晶体结构的rational drug design到目前为止仅有凤毛麟角的成功案例，谈
: 成熟运用尚为时过早，更不要说基于predicted structure了。即使不谈工业界，想在
: Proteins这样的水杂志上灌都很困难
f*e
18 楼
俺博士后 lab 有尝试过搞这个。很不幸的，homology modeling 的结构通常
侧链都很屎。（50% 序列相似还是很屎）拿错得离谱的侧链去 dock 药，结果当
然是屎。大药厂通常解自己要的结构，这些结构当然不会放到 PDB 上的。
【在 j****x 的大作中提到】
: 想啥呢？
: 基于X-ray晶体结构的rational drug design到目前为止仅有凤毛麟角的成功案例，谈
: 成熟运用尚为时过早，更不要说基于predicted structure了。即使不谈工业界，想在
: Proteins这样的水杂志上灌都很困难
侧链都很屎。（50% 序列相似还是很屎）拿错得离谱的侧链去 dock 药，结果当
然是屎。大药厂通常解自己要的结构，这些结构当然不会放到 PDB 上的。
【在 j****x 的大作中提到】
: 想啥呢？
: 基于X-ray晶体结构的rational drug design到目前为止仅有凤毛麟角的成功案例，谈
: 成熟运用尚为时过早，更不要说基于predicted structure了。即使不谈工业界，想在
: Proteins这样的水杂志上灌都很困难
j*x
19 楼
真正拿得出手的（unequivocally），据我所知目前仅此一家（Dorzolamide，1995）。
勉强可以拿出来凑数的撑场面的，还有其他不多几个Nelfinavir（1997），Zanamivir
（1999）
经常被拿来忽悠但是其实不能算数的，Imatinib（2001）。
【在 f*********e 的大作中提到】
: 阿。。。我又被忽悠了。。。。嗬嗬，听那些专门为了鼓舞人心的talk,全都不着边阿
: ，但是一个比一个能吹
: 很早之前biochem学的那个啥最经典的structural drug design得有名药，现在是不是
: 还是唯一的案例阿
勉强可以拿出来凑数的撑场面的，还有其他不多几个Nelfinavir（1997），Zanamivir
（1999）
经常被拿来忽悠但是其实不能算数的，Imatinib（2001）。
【在 f*********e 的大作中提到】
: 阿。。。我又被忽悠了。。。。嗬嗬，听那些专门为了鼓舞人心的talk,全都不着边阿
: ，但是一个比一个能吹
: 很早之前biochem学的那个啥最经典的structural drug design得有名药，现在是不是
: 还是唯一的案例阿
h*8
20 楼
多谢多谢，好多牛人
【在 h**********8 的大作中提到】
: 计算机模拟蛋白结构？
: 记得前几天有篇文章介绍计算机模拟蛋白结构的，哪位牛人给个链接？
【在 h**********8 的大作中提到】
: 计算机模拟蛋白结构？
: 记得前几天有篇文章介绍计算机模拟蛋白结构的，哪位牛人给个链接？
h*8
21 楼
多谢多谢大家！！！
18号的nature有一篇用rosetta robetta 预测cebp的， 这玩意象个joke啊？
请大家评论评论
另外读到一篇
http://www.nature.com/nature/journal/v437/n7059/full/nature0398
这哥们都没说结构图怎么出来的，晕死啊。。。。
18号的nature有一篇用rosetta robetta 预测cebp的， 这玩意象个joke啊？
请大家评论评论
另外读到一篇
http://www.nature.com/nature/journal/v437/n7059/full/nature0398
这哥们都没说结构图怎么出来的，晕死啊。。。。
j*x
22 楼
joke也不joke，这个显然是典型的先有实验数据/证据然后回到结构中找支持。因为磷
酸化前后的结构差异用homology modeling一般而言是无法体现出显著差异的（甚至连
同源结构都还没有），所以只好通过Rosetta来搭个大概，然后通过已知的结构范例“
凑”出磷酸化前后的差异来，属于先放一箭然后再去画靶子的类型（大部分突变体结构
功能分析都是这个模式）。因为已经有了很强的实验证据支持，结构预测分析这块也只
是锦上添花，并不是关键核心，所以文中写的也很简单。
后面那篇paper，其中的结构是pdb中已知的，拿来做个示意图highlight一下motif，自
然没必要解释怎么来的。
【在 h**********8 的大作中提到】
: 多谢多谢大家！！！
: 18号的nature有一篇用rosetta robetta 预测cebp的， 这玩意象个joke啊？
: 请大家评论评论
: 另外读到一篇
: http://www.nature.com/nature/journal/v437/n7059/full/nature0398
: 这哥们都没说结构图怎么出来的，晕死啊。。。。
酸化前后的结构差异用homology modeling一般而言是无法体现出显著差异的（甚至连
同源结构都还没有），所以只好通过Rosetta来搭个大概，然后通过已知的结构范例“
凑”出磷酸化前后的差异来，属于先放一箭然后再去画靶子的类型（大部分突变体结构
功能分析都是这个模式）。因为已经有了很强的实验证据支持，结构预测分析这块也只
是锦上添花，并不是关键核心，所以文中写的也很简单。
后面那篇paper，其中的结构是pdb中已知的，拿来做个示意图highlight一下motif，自
然没必要解释怎么来的。
【在 h**********8 的大作中提到】
: 多谢多谢大家！！！
: 18号的nature有一篇用rosetta robetta 预测cebp的， 这玩意象个joke啊？
: 请大家评论评论
: 另外读到一篇
: http://www.nature.com/nature/journal/v437/n7059/full/nature0398
: 这哥们都没说结构图怎么出来的，晕死啊。。。。
j*e
23 楼
推荐一个华人里面的牛人，michgan的Zhang Yang 这几年在CASP单挑很多如Baker这种
group的老牌强队。
group的老牌强队。
f*e
24 楼
张阳是土博里少见的成功人士。
【在 j*******e 的大作中提到】
: 推荐一个华人里面的牛人，michgan的Zhang Yang 这几年在CASP单挑很多如Baker这种
: group的老牌强队。
【在 j*******e 的大作中提到】
: 推荐一个华人里面的牛人，michgan的Zhang Yang 这几年在CASP单挑很多如Baker这种
: group的老牌强队。
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