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How to test if a nuclear protein is a DNA binding protein?

How to test if a nuclear protein is a DNA binding protein?# Biology - 生物学

F*K2012-02-20 08:02

1 楼

Thanks for your advice

o*d2012-02-20 08:02

2 楼

如果你知道这个蛋白可能结合到DNA上的序列，可以做EMSA。

F*K2012-02-20 08:02

3 楼

At this stage I want to know if it binds to DNA.

【在 o**d 的大作中提到】

: 如果你知道这个蛋白可能结合到DNA上的序列，可以做EMSA。

c*r2012-02-20 08:02

4 楼

1) FRAP to see the protein's mobility in nucleus.
2) cell fractionation to see if the protein only in DNA binding fraction

v*d2012-02-20 08:02

5 楼

EMSA 就是用来干这个的，当然只是in vitro
可以参考这个:
http://tools.invitrogen.com/content/sfs/manuals/mp33075.pdf
in vivo 很难证明是direct binding，要是你有目的序列，可以ChIP

【在 F*K 的大作中提到】

: At this stage I want to know if it binds to DNA.

l*12012-02-20 08:02

6 楼

plus if your nuclaer protein is Proline-Rich Homeodomain protein (PRH)
you can try oligomeric assembly
Please go to 2010 one paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20675722

【在 v*********d 的大作中提到】

: EMSA 就是用来干这个的，当然只是in vitro
: 可以参考这个:
: http://tools.invitrogen.com/content/sfs/manuals/mp33075.pdf
: in vivo 很难证明是direct binding，要是你有目的序列，可以ChIP