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猜想与反驳-hypothesis driven?
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猜想与反驳-hypothesis driven?# Biology - 生物学
b*1
1
各种传言看来是出不了了,得到明年上半年了。
不知道出来之后电池续航能力会怎样。
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D*a
2
我觉得那个帖子是两个问题混在一起
1 科学研究如何进行,如何收集数据来解释现象
2 科学文章发表和科学基金申请的现状,不光要有story,还要有完整story。
如果分开这两个问题,那么我还是认同科学活动需要假设。
说到这里不得不说说波普尔。波普尔最著名的理论,是在于对经典的观测-归纳法的批
判,提出「从实验中证伪的」的评判标准来区别“科学的”与“非科学的”。
先说说他提出的证伪原则。
波普尔同意对偶然真理的界定,但他强调这样的经验科学应该服从一种证伪主义。证伪
主义至少存在两个优点。第一,科学理论的表达一般为全称判断,而经验的对象是个别
的。所以,经验如果用来证实理论,那么它将是无法穷尽一般的理论的。
比如一个全称判断,所有的羊都是白的。再多的白羊也不能证明所有的羊都是白的,
而只要一只黑羊就能证明所有的羊都是白的这个理论是错误的。所以,经验的真正意义
在于可以证伪科学理论。
第二,证伪主义可以避免对错误理论的辩护和教条。如果坚持实证主义,那么一旦出现
与理论相悖的经验,人们便会做出特例假設或特殊的限制以使得理论能满足经验。但实
际上这样的设定往往是极不科学的。证伪主义使人们相信所有的科学都只是一种猜测和
假说,它们不会被最终证实,但却会被随时证伪。
那么为了能够证伪,就应该大胆提出假设和猜测,因为如果没有猜测(数据导出的结论
),只有数据,别人就不能否定它。
而这个假设就是为了等人来否定的,人们去寻找到和这一假说不符合的事例。对假说进
行修正,不断重复这一过程,乃至将最初的假说全盘否定。试错法对理论的修改和完善
是没有止境的,试错法的结果只能是一个较好的假说,但不是最好的假说。最好的假说
是终极真理的代名词,和科学精神相悖。
拿到生物学上来看,设计实验,不是为了证明这个假设,而是为了证伪这个假设。如果
这个假设不能被自己设计的实验证伪,那么我们可以下结论说某蛋白具有某某作用。而
这个结论可以进一步在世界范围内被人试图证伪。
那么即使一个data driven的project在执行过程中不需要hypothesis,那么它最后仍然
需要作出一个结论,即我分析的数据是不是足够多来解释我这个疾病表型的变化?这一
千个蛋白或者一万个位点上有没有能够解释表型的变化?有多少个蛋白或者位点是可能
跟这个疾病有强联系的?有多少个是可能没有联系的?我对这方面研究的了解是,这个
结论需要最终作出来,然后才能开展后续的传统方法的实验,比如老鼠KO或者细胞之类
的。那么这些结论,我认为并不是最终结论,而是根据数据得到的服务于将来科学活动
的假设。如果没有人来作出这个结论/假设,那么后续研究就不能在此基础上进行,那
么这些data的意义就没有得到实现。科学活动的一个步骤中暂时不需要假设不等于科学
活动从此不需要假设。
现在的问题是很多实验室没有认清假设被推翻之后并非失败,而是有新的作用被发现,
需要抛弃假设来重新审视数据。要区别的是扭曲结果来支持假设的风气,而不是去否定
提出假设的科学活动。人的问题和科学活动的内在逻辑应该分开来讨论。
当然是不是由于大规模测序等等大型project的出现,生物学是不是走到了库恩说得需
要Paradigm shift的阶段?而不再适用于慢性的猜想-反驳的模式?我本身不太了解大
规模测序这方面的东西,如何进行Paradigm shift?如果有人有什么见解愿意听听。
(证伪主义部分文字改编自维基百科)。
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c*o
3
信厨子,得永生
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y*n
4
我看到的做的好的data driven的group都是从hypothesis出发的,包括大规模测序文章
垃圾文章不算
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z*e
5
看明天发布会便知。
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b*n
6
如果hypothesis不是100%成功的话,就总得有个机制允许negative data的出现
不过目前negative data还是不太受人欢迎,只能被封存在硬盘或者实验记录本里面

,需要抛弃假设来重新审视数据。要区别的是扭曲结果来支持假设的风气,而不是去否
定提出假设的科学活动。人的问题和科学活动的内在逻辑应该分开来讨论。

【在 D*a 的大作中提到】
: 我觉得那个帖子是两个问题混在一起
: 1 科学研究如何进行,如何收集数据来解释现象
: 2 科学文章发表和科学基金申请的现状,不光要有story,还要有完整story。
: 如果分开这两个问题,那么我还是认同科学活动需要假设。
: 说到这里不得不说说波普尔。波普尔最著名的理论,是在于对经典的观测-归纳法的批
: 判,提出「从实验中证伪的」的评判标准来区别“科学的”与“非科学的”。
: 先说说他提出的证伪原则。
: 波普尔同意对偶然真理的界定,但他强调这样的经验科学应该服从一种证伪主义。证伪
: 主义至少存在两个优点。第一,科学理论的表达一般为全称判断,而经验的对象是个别
: 的。所以,经验如果用来证实理论,那么它将是无法穷尽一般的理论的。

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m*s
7
能出。
电池续航能力肯定不行。
想让马儿跑得快,还不给吃草。

【在 b******1 的大作中提到】
: 各种传言看来是出不了了,得到明年上半年了。
: 不知道出来之后电池续航能力会怎样。

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D*a
8
对,这个是现在生物研究很大的一个问题。尤其是要反驳一个大牛的东西,付出很多还
得不到什么。

【在 b*******n 的大作中提到】
: 如果hypothesis不是100%成功的话,就总得有个机制允许negative data的出现
: 不过目前negative data还是不太受人欢迎,只能被封存在硬盘或者实验记录本里面
:
: ,需要抛弃假设来重新审视数据。要区别的是扭曲结果来支持假设的风气,而不是去否
: 定提出假设的科学活动。人的问题和科学活动的内在逻辑应该分开来讨论。

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a*8
9
不是说今年没戏了吗?
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j*t
10
赞同Dua的观点,‘很多实验室没有认清假设被推翻之后并非失败,而是有新的作用被
发现’
我还真没遇到几个真正open-minded 教授。大多都是自诩自己有多么open-minded。但
一旦手下做出了negative results,或者无法重复以前的某个试验,他们就觉得是做试
验的这个人出了问题,而不是去怀疑当初的假设,更不会有时间去仔细分析实验细节和
使用的试剂和方法。
更关键的是,如果是第一次出现的没有预料到的结果(与hypothesis不一致的结果),
又有多少人能根据这个unexpected结果推导出新的、正确的假设来呢?
总之太浮躁的大环境会直接影响大多数人们的决定。
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l*y
11
赞。补充一句,hypothesis and testing by scientific experiments 是 Francis
Bacon 首先比较完善地在哲学上提出来并推广的,所以他和伽利略被并称为现代科学之
父。波普的主要贡献是进一步分析 falsifiablity。
另外说一下 scientific experiment 和 general data collection 的区别,那就是:
是否是 hypothesis driven 的。我想知道自己多重,算 data collection;想知道全
系的每个人多重,也算 data collection;想知道 BMI 和血脂是否有 correlation,
于是去测全系所有人的体重身高和血脂,就算是 scientific experiment 了;测了全
系所有人的一堆指标,想筛选一下看哪些指标跟血脂有关,依然是 scientific
experiment,而不是简单的 data-driven research,因为已经在试图证伪一系列的
bio hypotheses 了:身高和血脂有关,体重和血脂有关,blah blah。证伪的方法是设
立一系列的 stats null hypotheses:身高和血脂无关,体重和血脂无关,blah blah。
纯粹的 data-driven research 可能压根就不存在吧。只要有从 data 到 knowledge
的飞跃,就免不了 hypothesis。

【在 D*a 的大作中提到】
: 我觉得那个帖子是两个问题混在一起
: 1 科学研究如何进行,如何收集数据来解释现象
: 2 科学文章发表和科学基金申请的现状,不光要有story,还要有完整story。
: 如果分开这两个问题,那么我还是认同科学活动需要假设。
: 说到这里不得不说说波普尔。波普尔最著名的理论,是在于对经典的观测-归纳法的批
: 判,提出「从实验中证伪的」的评判标准来区别“科学的”与“非科学的”。
: 先说说他提出的证伪原则。
: 波普尔同意对偶然真理的界定,但他强调这样的经验科学应该服从一种证伪主义。证伪
: 主义至少存在两个优点。第一,科学理论的表达一般为全称判断,而经验的对象是个别
: 的。所以,经验如果用来证实理论,那么它将是无法穷尽一般的理论的。

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t*l
12
大赞!
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f*7
13
说实话,这些全是纸上谈兵。孙子兵法很多将军都读,真正能打好仗的没几个。做生物
科研就像是打仗,一将功成万骨枯,大部分人都做了炮灰。做得好的都得要靠天时地利
人和,还有运气。如此而已。

【在 D*a 的大作中提到】
: 我觉得那个帖子是两个问题混在一起
: 1 科学研究如何进行,如何收集数据来解释现象
: 2 科学文章发表和科学基金申请的现状,不光要有story,还要有完整story。
: 如果分开这两个问题,那么我还是认同科学活动需要假设。
: 说到这里不得不说说波普尔。波普尔最著名的理论,是在于对经典的观测-归纳法的批
: 判,提出「从实验中证伪的」的评判标准来区别“科学的”与“非科学的”。
: 先说说他提出的证伪原则。
: 波普尔同意对偶然真理的界定,但他强调这样的经验科学应该服从一种证伪主义。证伪
: 主义至少存在两个优点。第一,科学理论的表达一般为全称判断,而经验的对象是个别
: 的。所以,经验如果用来证实理论,那么它将是无法穷尽一般的理论的。

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c*d
14
现在所谓生物的大拿们,有几个还潜心研究这写哲学理论。他们关心的就只有一个,怎
么华丽丽的发文章,然后骗到更多的钱。理论在现实面前,就是一块遮羞布,对其有用
的,拿来遮羞,没用的,擦屁股都闲麻烦。
现在生物学研究,就像一个大粪坑,你觉得臭,你就跳出去,要不你就往里面扔石头,
填废物。
NIH应该是认识到这一点了。开始慢慢的砍那些实在是一点用都没有的所谓基础研究。
拆了几个所,建立translational studies就是个例子。
可惜土共还没认识到这一点。有点小钱,就开始砸这些毫无用处,发垃圾文章的学科。
一个国家要强大,还是要靠工程,材料学科。前几年,新加坡也被忽悠,投资高生物科
技,现在全停了。

【在 f********7 的大作中提到】
: 说实话,这些全是纸上谈兵。孙子兵法很多将军都读,真正能打好仗的没几个。做生物
: 科研就像是打仗,一将功成万骨枯,大部分人都做了炮灰。做得好的都得要靠天时地利
: 人和,还有运气。如此而已。

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w*n
15
和生物体系相关的假设很难评定绝对的错或对,因为永远是不完整的。不如以假设为基
础构建出一套可以用于解决实际问题的体系,比单纯争论孰对孰错更有意义。
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p*m
16
这个思维就跟外国人造钟表轮船 满世界的探险的时候 中国人觉得这是奇技淫巧 觉得
只有重农抑商才能长治久安 一户不耕一户不织天下就有饥寒一样。

【在 c******d 的大作中提到】
: 现在所谓生物的大拿们,有几个还潜心研究这写哲学理论。他们关心的就只有一个,怎
: 么华丽丽的发文章,然后骗到更多的钱。理论在现实面前,就是一块遮羞布,对其有用
: 的,拿来遮羞,没用的,擦屁股都闲麻烦。
: 现在生物学研究,就像一个大粪坑,你觉得臭,你就跳出去,要不你就往里面扔石头,
: 填废物。
: NIH应该是认识到这一点了。开始慢慢的砍那些实在是一点用都没有的所谓基础研究。
: 拆了几个所,建立translational studies就是个例子。
: 可惜土共还没认识到这一点。有点小钱,就开始砸这些毫无用处,发垃圾文章的学科。
: 一个国家要强大,还是要靠工程,材料学科。前几年,新加坡也被忽悠,投资高生物科
: 技,现在全停了。

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s*r
17
钟表,轮船都不是基础研究吧。

这个思维就跟外国人造钟表轮船 满世界的探险的时候 中国人觉得这是奇技淫巧 觉得
只有重农抑商才能长治久安 一户不耕一户不织天下就有饥寒一样。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个思维就跟外国人造钟表轮船 满世界的探险的时候 中国人觉得这是奇技淫巧 觉得
: 只有重农抑商才能长治久安 一户不耕一户不织天下就有饥寒一样。

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p*m
18
不是 但是站在老祖宗的实用主义角度 和基础研究一样都是奇技淫巧 吃下去不能果腹
穿身上不能保暖的东东

【在 s******r 的大作中提到】
: 钟表,轮船都不是基础研究吧。
:
: 这个思维就跟外国人造钟表轮船 满世界的探险的时候 中国人觉得这是奇技淫巧 觉得
: 只有重农抑商才能长治久安 一户不耕一户不织天下就有饥寒一样。

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r*s
19
搞基础研究的就像是勘探队,应用研究的就是采矿的。矿总用采完的一天,坐吃山空。
没有勘探队,永远发现不了新矿。

【在 c******d 的大作中提到】
: 现在所谓生物的大拿们,有几个还潜心研究这写哲学理论。他们关心的就只有一个,怎
: 么华丽丽的发文章,然后骗到更多的钱。理论在现实面前,就是一块遮羞布,对其有用
: 的,拿来遮羞,没用的,擦屁股都闲麻烦。
: 现在生物学研究,就像一个大粪坑,你觉得臭,你就跳出去,要不你就往里面扔石头,
: 填废物。
: NIH应该是认识到这一点了。开始慢慢的砍那些实在是一点用都没有的所谓基础研究。
: 拆了几个所,建立translational studies就是个例子。
: 可惜土共还没认识到这一点。有点小钱,就开始砸这些毫无用处,发垃圾文章的学科。
: 一个国家要强大,还是要靠工程,材料学科。前几年,新加坡也被忽悠,投资高生物科
: 技,现在全停了。

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c*d
20
现在的情况就像,90%的人都在勘探,其中又有90%的人说,他们的办法能找到新矿。结
果是永远是那10%采矿的人在创造价值。
问题就是勘探的人太多,采矿的人太少。勘探的老板们不去专研勘探的技术,而是想着
怎么编个勘探技术发表出去,骗到钱,再来招跟多的奴隶。

【在 r********s 的大作中提到】
: 搞基础研究的就像是勘探队,应用研究的就是采矿的。矿总用采完的一天,坐吃山空。
: 没有勘探队,永远发现不了新矿。

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