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请教cancer genomics的牛牛们

请教cancer genomics的牛牛们# Biology - 生物学

p*h2013-03-04 08:03

1 楼

我3个月前用cbio portal分析一个基因，同一个氨基酸位点在好几个病人中重复出现。
但
是，这个月发现TCGA data更新了，这个突变不见了。。。大家觉得是之前的somatic
mutation caller出错了，但是现在的把这个突变过滤掉了哦。。。是不是需要分析
raw data?

N*n2013-03-04 08:03

2 楼

其他的data有变吗？你是在somatic mutation的是在这个链接里面的吗？
https://tcga-data.nci.nih.gov/tcgafiles/ftp_auth/distro_ftpusers/anonymous/
tumor/gbm/gsc/

somatic

【在 p*****h 的大作中提到】

: 我3个月前用cbio portal分析一个基因，同一个氨基酸位点在好几个病人中重复出现。
: 但
: 是，这个月发现TCGA data更新了，这个突变不见了。。。大家觉得是之前的somatic
: mutation caller出错了，但是现在的把这个突变过滤掉了哦。。。是不是需要分析
: raw data?

p*h2013-03-04 08:03

3 楼

恩，其他的基因也有变化。很诡异的是上次查有300多个tumor测序完成，现在只有200
多个。。。
我感觉cbio更新是根据2月27号的那个文件夹。

【在 N******n 的大作中提到】

: 其他的data有变吗？你是在somatic mutation的是在这个链接里面的吗？
: https://tcga-data.nci.nih.gov/tcgafiles/ftp_auth/distro_ftpusers/anonymous/
: tumor/gbm/gsc/
:
: somatic

N*n2013-03-04 08:03

4 楼

他们的sample ID 是一样吗？

200

【在 p*****h 的大作中提到】

: 恩，其他的基因也有变化。很诡异的是上次查有300多个tumor测序完成，现在只有200
: 多个。。。
: 我感觉cbio更新是根据2月27号的那个文件夹。

p*h2013-03-04 08:03

5 楼

是一样的，原来有突变的ID们现在没有突变。所以我怀疑caller algorithm有变动。

【在 N******n 的大作中提到】

: 他们的sample ID 是一样吗？
:
: 200

N*n2013-03-04 08:03

6 楼

The somatic mutation data is provisional in TGCA, may changed after confirm.

【在 p*****h 的大作中提到】

: 是一样的，原来有突变的ID们现在没有突变。所以我怀疑caller algorithm有变动。

p*h2013-03-04 08:03

7 楼

What do you suggest may cause the change? We thought this was real as
the same mutation occurred in several patients. If I understand it correctly
the data I was looking at have not been validated experimentally (such as by
RNAseq). Was there manual checking at Broad? Thanks.

confirm.

【在 N******n 的大作中提到】

: The somatic mutation data is provisional in TGCA, may changed after confirm.

b*r2013-03-04 08:03

8 楼

你应该到ESP ARIC 1000genome等群体数据库看看，也许是因为正常人里太常见？

p*h2013-03-04 08:03

9 楼

Nope, it is a famous gene in non cancer field, and SNPs if any would have
been reported due to interests in other diseases. Thanks!

【在 b****r 的大作中提到】

: 你应该到ESP ARIC 1000genome等群体数据库看看，也许是因为正常人里太常见？