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有没有人做过promoter的knockin老鼠啊？

有没有人做过promoter的knockin老鼠啊？# Biology - 生物学

l*e2013-03-20 07:03

1 楼

【以下文字转载自 Military 讨论区】
发信人: fibril (游来荡去), 信区: Military
标题: Re: 卡梅伦访华成果: 英国将向中国出口种猪
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 9 11:58:50 2010, 美东)
现在连猪也要外F了。唉。沦丧。。。

J*92013-03-20 07:03

2 楼

原来以为这次出来的会是iphone 7，结果弄了个6S上市。6和6+，还嫌不够赚。请问达
人，7什么时候上市？要不要等？

z*62013-03-20 07:03

3 楼

我想看看有多少人做过。。。我手头有个现成的，想看看这玩意到底有多大新意，大家
有人有经验的吗？...

V*s2013-03-20 07:03

4 楼

明年九月，多等一年，手机就会更高级一年。等三年，估计现在的6S就惨不忍睹了

【在 J******9 的大作中提到】

: 原来以为这次出来的会是iphone 7，结果弄了个6S上市。6和6+，还嫌不够赚。请问达
: 人，7什么时候上市？要不要等？

w*e2013-03-20 07:03

5 楼

能先解释一下什么是promoter knockin mice?

【在 z*******6 的大作中提到】

: 我想看看有多少人做过。。。我手头有个现成的，想看看这玩意到底有多大新意，大家
: 有人有经验的吗？...

M*u2013-03-20 07:03

6 楼

今年要是不出6+而是直接出7 你就买了？！

：原来以为这次出来的会是iphone 7，结果弄了个6S上市。6和6+，还嫌不够赚。请问达
：人，7什么时候上市？要不要等？

z*62013-03-20 07:03

7 楼

OK... sorry about my confusion...
应该说替换promoter... 应该属于study regulatory element... 我的老鼠是把人的基
因的promoter region，1.5 kb左右knockin到老鼠的promoter的地方... 然后看有没有
什么生理病理意义...
我昨天我们这新来的PI聊了会天，他给我了片关于Hox gene的cell paper，也是study
regulatory element，看着貌似挺好玩的...

【在 w*e 的大作中提到】

: 能先解释一下什么是promoter knockin mice?

m*52013-03-20 07:03

8 楼

那1。5 k 在别的系统里验证过没

【在 z*******6 的大作中提到】

: OK... sorry about my confusion...
: 应该说替换promoter... 应该属于study regulatory element... 我的老鼠是把人的基
: 因的promoter region，1.5 kb左右knockin到老鼠的promoter的地方... 然后看有没有
: 什么生理病理意义...
: 我昨天我们这新来的PI聊了会天，他给我了片关于Hox gene的cell paper，也是study
: regulatory element，看着貌似挺好玩的...

z*62013-03-20 07:03

9 楼

在体外都验证过了，我们也有个全基因的transgenic老鼠，一样的趋势... 现在就想看
是不是这一段promoter是导致这个调控差别的原因...

【在 m******5 的大作中提到】

: 那1。5 k 在别的系统里验证过没

m*52013-03-20 07:03

10 楼

sounds to me making a bac transgenic is much less risky than doing a knock
in

【在 z*******6 的大作中提到】

: 在体外都验证过了，我们也有个全基因的transgenic老鼠，一样的趋势... 现在就想看
: 是不是这一段promoter是导致这个调控差别的原因...

z*62013-03-20 07:03

11 楼

嗯，我们两个老鼠都有，transgene的老鼠paper已经发了，还剩个knockin没发，所以
我就需要characterize一下，找几个model test一下就ok了...

【在 m******5 的大作中提到】

: sounds to me making a bac transgenic is much less risky than doing a knock
: in

m*52013-03-20 07:03

12 楼

有现成的就做啊！羡慕
不过如果这个kockin strategy 和你的bac transgenic没有太大去别可能也发不高

【在 z*******6 的大作中提到】

: 嗯，我们两个老鼠都有，transgene的老鼠paper已经发了，还剩个knockin没发，所以
: 我就需要characterize一下，找几个model test一下就ok了...

z*62013-03-20 07:03

13 楼

对呀，爽也不爽，不过我觉得对我来说挺好的，算是别人给我的老鼠，作为graduate
student的side project还是很好的，老板说让我就简单做做，没有什么特殊的model或
者phenotype搞片JBC就行了，我也无所谓了，因为貌似却是没有什么技术含量... 就是
基本上重复之前transgenic的实验...
所以我就上来问问大家这种knockin有木有神马新意... 看能从JBC提高到blood不...

【在 m******5 的大作中提到】

: 有现成的就做啊！羡慕
: 不过如果这个kockin strategy 和你的bac transgenic没有太大去别可能也发不高

m*52013-03-20 07:03

14 楼

I thought you are a postdoc..........
能多提供一些context么？
这样不好判断

【在 z*******6 的大作中提到】

: 对呀，爽也不爽，不过我觉得对我来说挺好的，算是别人给我的老鼠，作为graduate
: student的side project还是很好的，老板说让我就简单做做，没有什么特殊的model或
: 者phenotype搞片JBC就行了，我也无所谓了，因为貌似却是没有什么技术含量... 就是
: 基本上重复之前transgenic的实验...
: 所以我就上来问问大家这种knockin有木有神马新意... 看能从JBC提高到blood不...

w*r2013-03-20 07:03

15 楼

Promoter 可以换成 synthetic non coding DNA Knockin，比较sexy,直奔西嗯爱死

【在 z*******6 的大作中提到】

z*62013-03-20 07:03

16 楼

这个老鼠是人家十年前做的... 木有希望换了...

【在 w***r 的大作中提到】

: Promoter 可以换成 synthetic non coding DNA Knockin，比较sexy,直奔西嗯爱死

z*62013-03-20 07:03

17 楼

您抬举我了啊... 三年级PhD在读一枚...
我们实验室做endothelial cell adhesion molecule，具体什么就不说了... 主要不是
怕被scoop，因为就我们老板对这个感兴趣，但就是不太想自爆实验室而已...
简单介绍一下背景...
这个分子人跟老鼠的调控不一样，目前发现人的分子promoter区域木有canonical NF-
kB binding site，所以不被TNF-a之流上调（甚至下调一倍左右的样子），而老鼠的有
canonical NF-kB binding site，所以会被TNF-a之流上调（上调几十倍的样子）...
in vitro和baboon model都证明了，加上我们的bac transgenic老鼠，也都一直是
consistent的结果...
然后体外结果证明这1.5kb左右的promoter对这种inducible expression的区别很重要.
.. 所以这个knockin老鼠就要用来看看是不是体内也是一样的，同时我计划找几个简单
的pathophysiological或者bacterial infection model整整看看...

【在 m******5 的大作中提到】

: I thought you are a postdoc..........
: 能多提供一些context么？
: 这样不好判断

f*02013-03-20 07:03

18 楼

1.5 kb太短,没有意义,体外的实验跟体内的实验差别太大了,体外的实验参考意义不大.
楼上有个人说用bac做,这是最有说服力的了. 我做过2个不同的bac,可以付责任的说,
技术上不难,花大量的钱,但成不成功靠运气.有时候,你发现老鼠做出来,什么问题都没
有,但就是不表达,或者表达效率出奇的低,或者跟理论偏差太大.
而且这玩意耗时间,可能几年就耗进去了,什么都没得到.我就是个活生生的例子.全靠运
气的东西.

z*62013-03-20 07:03

19 楼

bac和knockin老鼠都有了... 我属于后人乘凉的... 前人栽树的时候我还没来呢...
phenotype也基本跟预测的一样，现在就需要好的model搞一搞...

大.

【在 f*********0 的大作中提到】

: 1.5 kb太短,没有意义,体外的实验跟体内的实验差别太大了,体外的实验参考意义不大.
: 楼上有个人说用bac做,这是最有说服力的了. 我做过2个不同的bac,可以付责任的说,
: 技术上不难,花大量的钱,但成不成功靠运气.有时候,你发现老鼠做出来,什么问题都没
: 有,但就是不表达,或者表达效率出奇的低,或者跟理论偏差太大.
: 而且这玩意耗时间,可能几年就耗进去了,什么都没得到.我就是个活生生的例子.全靠运
: 气的东西.

m*52013-03-20 07:03

20 楼

试过ex vivo model没有？比如切dorsal aorta explant 然后看你们老鼠的explant在
explant culture里是不是更能迁移之类

【在 z*******6 的大作中提到】

: 您抬举我了啊... 三年级PhD在读一枚...
: 我们实验室做endothelial cell adhesion molecule，具体什么就不说了... 主要不是
: 怕被scoop，因为就我们老板对这个感兴趣，但就是不太想自爆实验室而已...
: 简单介绍一下背景...
: 这个分子人跟老鼠的调控不一样，目前发现人的分子promoter区域木有canonical NF-
: kB binding site，所以不被TNF-a之流上调（甚至下调一倍左右的样子），而老鼠的有
: canonical NF-kB binding site，所以会被TNF-a之流上调（上调几十倍的样子）...
: in vitro和baboon model都证明了，加上我们的bac transgenic老鼠，也都一直是
: consistent的结果...
: 然后体外结果证明这1.5kb左右的promoter对这种inducible expression的区别很重要.

z*62013-03-20 07:03

21 楼

不知道有什么好的ex vivo相关的model...
嗯，你这个是挺有意思的model... 不过据我们所了解，我们这个分子在cell crawling
or cell migration in matrix没什么作用... 它主要表达在endothelial luminal
side... 主要跟leukocyte recruitement相关... 所以我才想试试各种infection
model什么的...
不过还是谢谢你的建议！

【在 m******5 的大作中提到】

: 试过ex vivo model没有？比如切dorsal aorta explant 然后看你们老鼠的explant在
: explant culture里是不是更能迁移之类