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RNA-seq测的也不是绝对表达值吧

RNA-seq测的也不是绝对表达值吧# Biology - 生物学

n*72013-09-27 07:09

1 楼

micro-array因为probe的亲和性不可比，所以荧光强度只有相对意义，只能一个gene自
己比
不知道是我在那里看到的，还是我自己先入为主了，一直觉得RNA-seq可以测量到绝对
表达值，RPKM/FPKM在各个gene间是可比的
但是仔细一想，一个mrna各个区域能被sequenced的几率都不一样，各个gene间也有有
些说不清楚的差异吧？这样用RPKM来比较不同gene表达还是有些问题的吧

x*d2013-09-27 07:09

2 楼

"一个mrna各个区域能被sequenced的几率都不一样"
这就是为什么现在的sequencing depth至少要50million，而且要paired end read。

H*N2013-09-27 07:09

3 楼

RNA-seq gives better approximations than microarrays for relative gene
expression levels.

s*s2013-09-27 07:09

4 楼

没有完美的方法. 问题确实多多, 不过总算比没有强

【在 n******7 的大作中提到】

: micro-array因为probe的亲和性不可比，所以荧光强度只有相对意义，只能一个gene自
: 己比
: 不知道是我在那里看到的，还是我自己先入为主了，一直觉得RNA-seq可以测量到绝对
: 表达值，RPKM/FPKM在各个gene间是可比的
: 但是仔细一想，一个mrna各个区域能被sequenced的几率都不一样，各个gene间也有有
: 些说不清楚的差异吧？这样用RPKM来比较不同gene表达还是有些问题的吧

a*e2013-09-27 07:09

5 楼

theoretically, microarray has problems in probe specificity, hybrid
efficiency, and dynamic range etc.
RNA-seq is much better if your sequencing is deep enough.

n*72013-09-27 07:09

6 楼

这说的这个不会改变sequencing采样的bias

【在 x*****d 的大作中提到】

: "一个mrna各个区域能被sequenced的几率都不一样"
: 这就是为什么现在的sequencing depth至少要50million，而且要paired end read。

n*72013-09-27 07:09

7 楼

恩，这个同意
我是在琢磨一个基于绝对表达值的方法，如果各个gene表达值不是那么可比，这方法就
不那么有意义了

【在 H****N 的大作中提到】

: RNA-seq gives better approximations than microarrays for relative gene
: expression levels.