新手求教， 大家用哪个genome browser看别人publish的Chip-Seq data?# Biology - 生物学
m*5
1 楼
只是想挖几个现有的发表过的Chip-Seq 看几个TFs对GOI的调控
请问新手上路用哪个broswer好？
galaxy怎么样？
请问新手上路用哪个broswer好？
galaxy怎么样？
X*n
2 楼
UCSC genome browser.
Galaxy was for data analysis, right?
Galaxy was for data analysis, right?
d*s
3 楼
ucsc genome browser只能看peak，不能比较分析。
galaxy不了解，是个分析平台。
从geo上下载chip-seq的data files。上传到genome browser里my data下的customer
tracks里。
customer tracks里有对上传文件格式的要求。可以上传多个文件，同时查看。
上传完以后，你就可以搜索并查看你感兴趣的locus的TF binding peaks了。
【在 m******5 的大作中提到】
: 只是想挖几个现有的发表过的Chip-Seq 看几个TFs对GOI的调控
: 请问新手上路用哪个broswer好？
: galaxy怎么样？
m*5
4 楼
非常感谢！！！
能直接上传的是BED文件么？
如果是FASTA格式的源文件要用什么软件读呢？
大家用本机的类似CisGenome这样的软件能读得开么？
能直接上传的是BED文件么？
如果是FASTA格式的源文件要用什么软件读呢？
大家用本机的类似CisGenome这样的软件能读得开么？
l*1
5 楼
倾情奉献下哈
ChIP-seq Tufts Uni online pptx slide lecture:
Pls refere 重点:
Day 4: Analyzing peaks for transcription factor binding site consensus
sequences.
---
Day 1: ChIP techniques, library production, USCS browser tracks
HTTP double dot//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-Analysis
_pt1.2.ppt
Day 2: QC on reads, Mapping binding site peaks, examining read density maps.
HTTP double dot//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-and-
Analysis-pt2.31.ppt
Day 3: Analyzing peaks in relation to genomic feature, etc.
//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-and-Analysis-pt3.1.ppt
Day 4: Analyzing peaks for transcription factor binding site consensus
sequences.
//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-and-Analysis-pt4.1.ppt
Day 5: Variants & advanced approaches.
//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-and-Analysis-pt5.1.ppt
after master above all >2/3 contens,
then can try 高级篇
web link:
HTTP double dot//www.bioinformatics.dei.polimi.it/courses/PhD/genomic_
computing/material/Genomic_Computing_course_HM3.pdf
its pp54 是重点..
or IGB Integrated Genome Browser:
http://bioviz.org/igb/download.html
【在 m******5 的大作中提到】
: 非常感谢！！！
: 能直接上传的是BED文件么？
: 如果是FASTA格式的源文件要用什么软件读呢？
: 大家用本机的类似CisGenome这样的软件能读得开么？
ChIP-seq Tufts Uni online pptx slide lecture:
Pls refere 重点:
Day 4: Analyzing peaks for transcription factor binding site consensus
sequences.
---
Day 1: ChIP techniques, library production, USCS browser tracks
HTTP double dot//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-Analysis
_pt1.2.ppt
Day 2: QC on reads, Mapping binding site peaks, examining read density maps.
HTTP double dot//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-and-
Analysis-pt2.31.ppt
Day 3: Analyzing peaks in relation to genomic feature, etc.
//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-and-Analysis-pt3.1.ppt
Day 4: Analyzing peaks for transcription factor binding site consensus
sequences.
//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-and-Analysis-pt4.1.ppt
Day 5: Variants & advanced approaches.
//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-and-Analysis-pt5.1.ppt
after master above all >2/3 contens,
then can try 高级篇
web link:
HTTP double dot//www.bioinformatics.dei.polimi.it/courses/PhD/genomic_
computing/material/Genomic_Computing_course_HM3.pdf
its pp54 是重点..
or IGB Integrated Genome Browser:
http://bioviz.org/igb/download.html
【在 m******5 的大作中提到】
: 非常感谢！！！
: 能直接上传的是BED文件么？
: 如果是FASTA格式的源文件要用什么软件读呢？
: 大家用本机的类似CisGenome这样的软件能读得开么？
d*7
6 楼
用UCSC genome browser
BED文件也得看是什么bed文件，如果是peak calling出来的bed文件，很小，直接上传
就行，但是如果是mapped reads的话，没法上传也没法看
如果是mapped reads的话，一般用bedtools把它转成bedGraph，再用bedGraphTobigWig
转成bigwig(转成bigwig的好处是loading快，只load当前窗口区域的data，而不是整个
file)，如果测序比较深的话，bigwig也比较大，我们的chip-seq出来的bigwig一般都
好几百MB，没法上传，给自己机子架一个ftp或者http，把链接贴上去就行
fasta或者fastq应该是map之前的raw reads，对与chip-seq来说，看的事map之后的
signal track。想看raw reads的quality，有好多软件，fastqc是比较受欢迎还比较傻
瓜的一个，R里面好像也有一些能读raw reads的package
cisgenome可以，而且支持windows，还有图形界面，不过如果只是想看看track的话，
IGV更不错！
【在 m******5 的大作中提到】
: 非常感谢！！！
: 能直接上传的是BED文件么？
: 如果是FASTA格式的源文件要用什么软件读呢？
: 大家用本机的类似CisGenome这样的软件能读得开么？
BED文件也得看是什么bed文件，如果是peak calling出来的bed文件，很小，直接上传
就行，但是如果是mapped reads的话，没法上传也没法看
如果是mapped reads的话，一般用bedtools把它转成bedGraph，再用bedGraphTobigWig
转成bigwig(转成bigwig的好处是loading快，只load当前窗口区域的data，而不是整个
file)，如果测序比较深的话，bigwig也比较大，我们的chip-seq出来的bigwig一般都
好几百MB，没法上传，给自己机子架一个ftp或者http，把链接贴上去就行
fasta或者fastq应该是map之前的raw reads，对与chip-seq来说，看的事map之后的
signal track。想看raw reads的quality，有好多软件，fastqc是比较受欢迎还比较傻
瓜的一个，R里面好像也有一些能读raw reads的package
cisgenome可以，而且支持windows，还有图形界面，不过如果只是想看看track的话，
IGV更不错！
【在 m******5 的大作中提到】
: 非常感谢！！！
: 能直接上传的是BED文件么？
: 如果是FASTA格式的源文件要用什么软件读呢？
: 大家用本机的类似CisGenome这样的软件能读得开么？
m*5
7 楼
非常感谢！
您说的可以直接view的文件是BED/GFF文件么？也就是那种已经有RoW/Coloum
indicating binding peaks的
【在 d***s 的大作中提到】
:
: ucsc genome browser只能看peak，不能比较分析。
: galaxy不了解，是个分析平台。
: 从geo上下载chip-seq的data files。上传到genome browser里my data下的customer
: tracks里。
: customer tracks里有对上传文件格式的要求。可以上传多个文件，同时查看。
: 上传完以后，你就可以搜索并查看你感兴趣的locus的TF binding peaks了。
您说的可以直接view的文件是BED/GFF文件么？也就是那种已经有RoW/Coloum
indicating binding peaks的
【在 d***s 的大作中提到】
:
: ucsc genome browser只能看peak，不能比较分析。
: galaxy不了解，是个分析平台。
: 从geo上下载chip-seq的data files。上传到genome browser里my data下的customer
: tracks里。
: customer tracks里有对上传文件格式的要求。可以上传多个文件，同时查看。
: 上传完以后，你就可以搜索并查看你感兴趣的locus的TF binding peaks了。
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