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蛋白结构预测求助！

蛋白结构预测求助！# Biology - 生物学

l*z2014-01-22 08:01

1 楼

网上找了一个配置，不知性能怎么样，主要玩玩星际2和暗黑3，能跑的动吗？
去年买的AMD的APU太吵了，想换一个安静的。
Fanless 4K mini pc I5 4200u with Intel Core i5 4200U 1.6Ghz CPU Haswell
Architecture SOC design 8G RAM 120G SSD windows Linux
http://www.aliexpress.com/store/product/Fanless-4K-mini-pc-I5-4

m*e2014-01-22 08:01

2 楼

因为最近在关注慢粒患者对酪氨酸激酶抑制剂耐药的研究，是关于ABL基因的几个不同
剪接体或是突变体的蛋白结构预测(共有11个)，做这个预测是想先从理论上分析一下有
无引起耐药的可能。因为是刚接触这方面，所以我想是蛋白二级还是三级结构发生了
变化。想请这方面的专家帮忙解决一下，网上有没有好用的软件可以做这方面的分析的
？非常感谢。

n*72014-01-22 08:01

3 楼

这两要求不高吧，当年我的2010 mbp都可以跑暗黑3，当然效果一般
国内这种MoDT还是挺不错的，多年以前P4还在卖的时候买过一个PM的MoDT，很满意

T*u2014-01-22 08:01

4 楼

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12154025
check gate keeper /DFG motif etc

【在 m****e 的大作中提到】

: 因为最近在关注慢粒患者对酪氨酸激酶抑制剂耐药的研究，是关于ABL基因的几个不同
: 剪接体或是突变体的蛋白结构预测(共有11个)，做这个预测是想先从理论上分析一下有
: 无引起耐药的可能。因为是刚接触这方面，所以我想是蛋白二级还是三级结构发生了
: 变化。想请这方面的专家帮忙解决一下，网上有没有好用的软件可以做这方面的分析的
: ？非常感谢。

y*g2014-01-22 08:01

5 楼

不是amd的cpu吵是amd的风扇吵直径小转速高
换个大点的慢速的
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

m*e2014-01-22 08:01

6 楼

谢谢。有没有软件可以分析一下结构变化么？

【在 T****u 的大作中提到】

: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12154025
: check gate keeper /DFG motif etc

l*n2014-01-22 08:01

7 楼

水冷

p*u2014-01-22 08:01

8 楼

你是说像NAMD或者GROMACS这样的软件吗

t*z2014-01-22 08:01

9 楼

双塔六管140mm高端风冷，只要$9.99，赶紧啊！
http://www.newegg.com/Product/Product.aspx?Item=N82E16835118133&nm_mc=AFC-C8Junction&cm_mmc=AFC-C8Junction-_-na-_-na-_-na&cm_sp=&AID=10446076&PID=3938566&SID=

l*12014-01-22 08:01

10 楼

CHARMm
cited from 2010 PSU one PhD dissertation:
PDF link,
https://etda.libraries.psu.edu/paper/10601/6356
or
Verkhivker GM. (2012).
Simulating molecular mechanisms of the MDM2-mediated regulatory interactions
PLoS One.7: e40897.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22815859
or
The following environment variables are related to these packages and should
be set accordingly:
CHARMMEXEC CHARMM executable
CHARMMDATA CHARMM data files
AMBERHOME Amber installation directory
SANDEREXEC Amber sander executable
LEAPEXEC Amber tLeap executable
MODELLEREXEC Modeller executable
PSIPREDDIR PSIPRED installation directory
PDBDIR Directory with local copy of PDB
http://blue11.bch.msu.edu/mmtsb/Installation
more pls go to
PPTx slide file:
http://lms.chem.tamu.edu/mm.pdf
or
http://www.lbpa.ens-cachan.fr/version-francaise/equipes/plate-f