求牛人指教RNA-sequencing的data能用否。 - 未名空间MITBBS历史存档

国际科技财经博客移民网络热点娱乐民生时事公众号

Redian新闻

>未名空间

>Biology - 生物学

求牛人指教RNA-sequencing的data能用否。

求牛人指教RNA-sequencing的data能用否。# Biology - 生物学

k*n2014-04-10 07:04

1 楼

【以下文字转载自 WaterWorld 讨论区】
发信人: BigBedBoy (。oоО), 信区: WaterWorld
标题: 很奇怪，为什么最近买不到三鹿牌的奶粉了呢？
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 9 18:10:44 2011, 美东)
原来我们东方店里买的一种奶粉，好像是三鹿牌的，一直喝，口味挺好的。不过最近好
像买不到了。不知道店里以后还进不进货了。
版上的dx你们那能买到这种奶粉吗？

d*a2014-04-10 07:04

2 楼

按说也是intel的cpu
能装Linux,怎么不能Windows?

c*x2014-04-10 07:04

3 楼

小弟第一次做RNA-sequencing。3对（WT vs. Mut)6个样品的coverage distribution如
附件所
示。core facility说样品WT3和MUT3还成，但是其他4个好像比较差。
麻烦大牛指点一下后续的data能否使用，或者还有啥需要注意的。多谢多谢。

h*d2014-04-10 07:04

4 楼

LoL

【在 k**n 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 WaterWorld 讨论区】
: 发信人: BigBedBoy (。oоО), 信区: WaterWorld
: 标题: 很奇怪，为什么最近买不到三鹿牌的奶粉了呢？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 9 18:10:44 2011, 美东)
: 原来我们东方店里买的一种奶粉，好像是三鹿牌的，一直喝，口味挺好的。不过最近好
: 像买不到了。不知道店里以后还进不进货了。
: 版上的dx你们那能买到这种奶粉吗？

d*b2014-04-10 07:04

5 楼

bios加密你就装不了了，这就是为什么要uefi的目的。

【在 d******a 的大作中提到】

: 按说也是intel的cpu
: 能装Linux,怎么不能Windows?

M*P2014-04-10 07:04

6 楼

你们core facility说的对，有钱就重新做一个吧。
可能是barcode有问题？

【在 c***x 的大作中提到】

: 小弟第一次做RNA-sequencing。3对（WT vs. Mut)6个样品的coverage distribution如
: 附件所
: 示。core facility说样品WT3和MUT3还成，但是其他4个好像比较差。
: 麻烦大牛指点一下后续的data能否使用，或者还有啥需要注意的。多谢多谢。

N*m2014-04-10 07:04

7 楼

装啥世外高人哪？

【在 k**n 的大作中提到】

P*H2014-04-10 07:04

8 楼

有相似价钱，相似硬件的win10。何必折腾
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

c*x2014-04-10 07:04

9 楼

敢问barcode是什么个问题。core facility head支吾了一推，说很有可能是送到他们
那里后没有及时放到-80降解了。
真是没有钱啊。

a*g2014-04-10 07:04

10 楼

居然不是粪坑的作品

M*P2014-04-10 07:04

11 楼

难说，你这个先拿到原始数据来个fastqc看看。

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8

【在 c***x 的大作中提到】

: 敢问barcode是什么个问题。core facility head支吾了一推，说很有可能是送到他们
: 那里后没有及时放到-80降解了。
: 真是没有钱啊。

k*e2014-04-10 07:04

12 楼

存货都卖完了呗

【在 k**n 的大作中提到】

s*r2014-04-10 07:04

13 楼

你送的是RNA？做library之前一般都会bioanalyzer一下，降不降解应该马上就知道的

【在 c***x 的大作中提到】

: 敢问barcode是什么个问题。core facility head支吾了一推，说很有可能是送到他们
: 那里后没有及时放到-80降解了。
: 真是没有钱啊。

c*x2014-04-10 07:04

14 楼

送的是RNA。WT3和MUT3肯定是做了bioanalyzer，告诉我没有问题。那些有问题的样品
我就没有收到过bioanalyzer的结果。

c*x2014-04-10 07:04

15 楼

敢问MHP，是不是如果有钱，只需要重新做1个WT+Mut验证一下就可以了？
如果真的没有钱，是应该把三个样品的数据合并着分析，还是只以MUT3和WT3的结果为
准？

m*T2014-04-10 07:04

16 楼

首先你得解释清楚你做RNA-Seq的目的是什么？一个样本需要多少reads？这些样本之间
是什么关系？
另外，core lab给的qc明显不够，有没有BioA的traces（包括RNA本身及library制成后
的），定量用的也是BioA还是qPCR等其它手段？Barcode就是如果一个样品所需要的能
量小，那一个run可以用加barcode的方式来区别不同样本，这样可以把多个样本pool在
一起做sequencing，成本会降低很多。
另外是在什么平台上做的？Illumina的还是其它的？

【在 c***x 的大作中提到】

: 敢问MHP，是不是如果有钱，只需要重新做1个WT+Mut验证一下就可以了？
: 如果真的没有钱，是应该把三个样品的数据合并着分析，还是只以MUT3和WT3的结果为
: 准？

y*32014-04-10 07:04

17 楼

是不是pool在一起测的，看看定量有没问题啊。

c*x2014-04-10 07:04

18 楼

多谢赐教。
目的：鉴定1个基因knock out和野生型动物在mRNA表达上的差异基因。
一个样本需要多少reads：这个我不懂，但用的是c elegans，我查查别人paper。
样本关系：3次完全相同的独立实验的样本。
平台：Illumina
其他的问题我暂时没有办法回答，但是太有用了。万分感谢并希望在我更新后继续赐教。
有一个【在 medIT (新年新气象) 的大作中提到: 】

m*T2014-04-10 07:04

19 楼

你需要恶补一下NGS及RNA-Seq的基础知识。有不少review paper都不错，前几年nature
上有专门的NGS技术的介绍，有时间最好读一读。
我刚刚查到一篇c elegans的mRNA测序的免费文章，对你应该会有所帮助。
http://genome.cshlp.org/content/19/4/657.long

教。

【在 c***x 的大作中提到】

: 多谢赐教。
: 目的：鉴定1个基因knock out和野生型动物在mRNA表达上的差异基因。
: 一个样本需要多少reads：这个我不懂，但用的是c elegans，我查查别人paper。
: 样本关系：3次完全相同的独立实验的样本。
: 平台：Illumina
: 其他的问题我暂时没有办法回答，但是太有用了。万分感谢并希望在我更新后继续赐教。
: 有一个【在 medIT (新年新气象) 的大作中提到: 】

c*x2014-04-10 07:04

20 楼

Thanks. Will come back after finishing the rev